Vigilius oli kovasti pettynyt toiveissaan, eikä Teodorakaan juuri ollut tyytyväinen. Viimeksimainittu koetti kuitenkin, koska hänelle oli yhdentekevää, kenen avulla pääsi tarkoitustensa perille, saavuttaa Silveriuksen avulla sen, mitä oli toivonut Vigiliukselta, ja siitä syystä hän koetti suostuttaa Silveriusta lupaamaan, että Antimus saisi jälleen ruveta hoitamaan patriarkan tointaan. Mutta paavi kielsi sen jyrkästi. Keisarinna päätti nyt toimia. Belisariukselle lähetettiin jyrkkä käsky erottaa Silverius ja asettaa hänen tilalleen Vigilius. Belisarius epäröi tuntien suurta haluttomuutta ruveta tottelemaan Bysantista tullutta käskyä, mutta Antonina, joka tahtoi miellyttää keisarinnaa, sai hänet luopumaan epäilyksistään, ja kunnianhimoisen Vigiliuksen, joka koko ajan painosti kenraalia, väitetään käyttäneen hyvinkin tepsiviä keinoja hänen taivuttamisekseen. Hän lupasi Belisariukselle rahaa, ja koska ei muutenkaan ollut aivan vaaratonta asettua vastustamaan keisarinnan tahtoa, suostui sotapäällikkö lopulta yhtymään salahankkeeseen onnetonta Silveriusta vastaan.
Juuri näihin aikoihin hyökkäsivät itägootit uudelleen kuningas Vitigeen käskystä. Valtava sotajoukko alkoi piirittää Roomaa, ja kaupunkia puolustamassa ei Belisariuksella ollut muuta kuin hädin tuskin viisituhatta miestä, joitten suojana oli kehnoja linnoitusvalleja. He saivat sitäpaitsi tehdä työtään tyytymättömien ja nurisevien kaupunkilaisten keskellä, jotka olivat hyvin kiusaantuneita piirityksen vaivoista ja joitten joukosta selvästi kuului kavaltajien ääniä. Kun Belisariukselle sitten näytettiin kirjeitä, jotka paavi muka oli kirjoittanut ja joissa tämä tarjoutui luovuttamaan goottien kuninkaalle Asinarian sataman aina omaan asuntoonsa Lateraniin asti, kiukustui kenraali näistä ensin jonkin verran, mutta ymmärsi sitten pian, että nämä n.s. todistukset olivat häpeämättömiä väärennyksiä. Tuntien sääliä uhria kohtaan hän koetti salaa ja yhteisvoimin Antoninan kanssa vieläkin taivuttaa Silveriusta. Hän ehdotti, että tämä itse tekisi Teodoralle sellaisia tarjouksia, jotka tähtäsivät samaan kuin keisarinnan Vigiliukselle esittämät suunnitelmat, jolloin hän voisi pelastua uhkaavasta vaarasta. Mutta Silverius, joka ajatteli ennenkaikkea olevansa oikeaoppisuuden vartija, kieltäytyi tällaisesta jyrkästi. Ja niin kehittyivät tapaukset edelleen.
Kumotakseen kavallusaikeita koskevat huhut, jotka kiertelivät hänen nimensä ympärillä, Silverius oli muuttanut pois Lateraanipalatsista ja siirtynyt jälleen Aventinuksen kukkulalle pyhän Sabinan kirkon läheisyyteen. Täältä Belisarius lähetti noutamaan häntä ja lupasi poikapuolensa Fotiuksen välityksellä, ettei hänelle tapahtuisi mitään pahaa. Vaikka paavin lähimmät epäilivätkin kreikkalaisten lupauksia, lähti hän kuitenkin Pincion palatsiin, ja tämä ensimmäinen kohtaus sujuikin ilman väkivaltaisuuksia. Viime tingassa Belisarius oli alkanut epäillä. Mutta muutamia päiviä myöhemmin esitettiin kenraalille jälleen syyte paavia vastaan. Tällä kertaa paavi, jonka oli vallannut pelko ja levottomuus, kieltäytyi aluksi lähtemästä turvapaikakseen valitsemastaan kirkosta. Vihdoin hän kuitenkin päätti mennä Belisariuksen puheille, otti mukaansa suuren seurueen ja jätti asiansa Jumalan haltuun.
Heti palatsiin tultuaan Silverius joutui eroon seuralaisistaan, joita ei päästetty ulompia huoneita pitemmälle. Yhdessä Vigiliuksen kanssa vietiin paavi sisähuoneisiin. Siellä hänen silmiensä eteen avautui omituinen näky. Eräällä leposohvalla loikoi Antonina veltossa asennossa kuin valtiatar, joka ottaa vastaan alamaisiaan, ja hänen jalkainsa juuressa istui Belisarius rakastuneena ja hellänä kuin nöyrä orja, joka odottaa käskijättärensä määräyksiä.
»Kuulkaapas, paavi», huudahti kenraalin puoliso, »mitä olemme me ja roomalaiset oikein tehneet teille, koska tahdotte jättää meidät itägoottien käsiin?»
Ei tiedetä mitä tämän jälkeen puhuttiin, mutta on hyvinkin tunnettua, mitä sitten tapahtui. Paavilta riistettiin hänen ulkonaiset arvomerkkinsä ja hänen päälleen pantiin munkin kaapu, minkä jälkeen eräs Belisariuksen palvelija lähetettiin ilmoittamaan ulompiin huoneisiin kokoontuneille papeille: »Paavi on erotettu ja alennettu munkiksi». Yleisen hämmingin vallitessa valittiin Vigilius jo seuraavana päivänä paaviksi bysanttilaisten mahtikeinojen vaikutuksesta. Tämä tapahtui maalisk. 29 p. vuonna 537.
Onneton Silverius, jonka Belisarius lähetti Lyykiaan, ei saanut koskaan enää nähdä ikuista kaupunkia. Hetkisen oli tosin Justinianus kauhuissaan paavia vastaan tehdystä ilkityöstä tuuminut kunnollisen oikeudenkäynnin alullepanemista ja paavin asettamista jälleen istuimelleen, jos hänet olisi huomattu viattomaksi. Teodorasta välittämättä hän oli käskenyt lähettää Silveriuksen takaisin Roomaan, ja Vigilius oli jo peloissaan ja levoton seurauksista. Onneksi oli Antonina saapuvilla. Haluten tapansa mukaan noudattaa Teodoran toivomuksia hän taivutti Belisariuksen luovuttamaan Vigiliuksen tämän onnettoman edeltäjän miehille. Karkoitettuna Palmarian saarelle, jossa hänen ravintonaan oli »murheen leipä ja epätoivon vesi», Silverius kuoli pian sen jälkeen Vigiliuksen kunnianhimon, Antoninan vehkeilyn ja Teodoran valtiollisten juonien viattomana uhrina.
Näytti siis siltä, että keisarinnan hankkeet olivat menestyneet. Hän oli saanut paavinistuimelle miehen, joka kuului samaan uskontokuntaan kuin hän itsekin. Mutta kun Vigilius oli päässyt kunnollisesti uuteen asemaansa, muuttikin hän kantaa. Antoninan neuvoista ja Belisariuksen kehoituksista välittämättä hän koetti kiemurrella syrjään ja lykätä tuonnemmaksi antamiensa lupauksien täyttämistä. Hänen vihamiehensä tosin väittävät hänen lopulta antautuneen ja lähettäneen monofysiittien suurille johtajille Teodosiukselle, Antimukselle ja Severukselle kirjelmän, jossa hän ilmoitti täysin yhtyvänsä heidän uskontunnustukseensa. Mutta tämän asiakirjan oikeaperäisyys on hyvin epäilyttävä, ja ne julkiset uskontunnustukset, jotka paavi esitti keisarille ja patriarkka Menakselle, kuvastavat puolestaan ankaraa oikeaoppisuutta. Ulkonaiset olosuhteet muuten olivat sellaiset, että hänellä oli tarpeeksi tekosyitä, joihin hän saattoi vedota. Sodan hävittämä Italia oli aivan liian vaarallisessa asemassa, jotta olisi voinut pitää kovinkaan moitittavana, vaikka paavi sattuikin unohtamaan uskonnolliset kysymykset syrjemmälle. Länsimaitten liittyminen kannattamaan Kalkedonin kirkolliskokousta ja Leo suuren uskontunnustuksen kaava oikeuttivat myöskin sellaisiin varovaisuustoimenpiteisiin, joita paavi noudatti. Teodorakin näyttää käsittäneen, kuinka vaarallisia ennenaikaiset askeleet saattoivat olla, ja luottaen täydellisesti Vigiliukseen hän odotti aluksi kärsivällisesti otollista hetkeä, jolloin uusi paavi voisi täyttää lupauksensa. Justinianuksella taas, joka oli jo joutunut suuresti paavin lähettilään ja uskollisen ystävän Pelagiuksen vaikutuksen alaiseksi, ei ollut mitään erikoista halua suojella monofysiittejä. Vigilius saattoi siis ilman varsin suuria vaikeuksia ja joutumatta riitaan Teodoran kanssa pysyä uskollisena roomalaiselle oikeaoppisuudelle. Loppujen lopuksi olivat keisarinnan yritykset sekaantua paavinistuimen asioihin täydellisesti epäonnistuneet kaikista vehkeilyistä huolimatta.
Mutta Teodora ei ollut sellainen nainen, joka olisi rankaisematta sallinut vedettävän itseään nenästä. Hänen suosikkinaan oli ollut eräs Arsenios niminen mies, joka oli melko huonomaineinen ja kuului samarialaisten kerettiläiseen lahkoon. Tämän miehen oli keisarinna tehnyt rikkaaksi, kohottanut senaattoriksi ja vaikutusvaltaiseksi mieheksi, ja samarialaisten kapinoidessa Palestiinassa oli hän suopeasti kuunnellut Arsenioksen suunnitelmia kristittyjen kukistamiseksi. Mutta sen jälkeen oli Arsenios muuttanut toiseen puolueeseen, kääntynyt kristinuskoon, ottanut kasteen pyhältä Sabakselta ja puolusti nyt vastakääntyneen hehkuvalla innolla uutta uskoaan. Aleksandriassa hän koetti miellyttää keisaria työskentelemällä kaikin voimin Kalkedonista lähteneen vastavaikutuksen hyväksi, jonka Teodosiuksen seuraaja patriarkka Paulus oli hallituksen avulla pannut alulle. Teodora tietystikin tunsi häntä kohtaan kaunaa hänen luopumisensa vuoksi ja antoi hänen hyvinkin selvästi huomata sen. Monofysiittinen vastustuspuolue sai vakinaisen päämajansa Egyptissä, ja patriarkan oli tuon tuostakin pakko käydä asioihin kovakouraisesti käsiksi. Arsenios toimi nyt hyvin innokkaasti. Hän taivutti yliprefekti Rodonin tutkinnotta ja tuomiotta mestauttamaan erään pääpiispan vastustajan. Teko oli laiton, ja se harkittu julmuus, jolla se suoritettiin, herätti yleistä kauhua.
Keisarinna käytti heti tilaisuutta hyväkseen kostaakseen. Arsenios ja Rodon vangittiin, tuomittiin kuolemaan ja mestattiin, ja heidän omaisuutensa takavarikoitiin. Vastaväitteistään huolimatta sekoitettiin Paulus asiaan, ja Gazan pappeinkokous erotti hänet virasta. Keisarinna voi olla ylpeä saavutuksistaan — yhdellä iskulla hän oli erottanut toimesta monofysiiteille vastenmielisen ylipapin, silmäänpistävällä esimerkillä hän oli näyttänyt, mihin vaaraan virkamiehet joutuivat, jos he keisarin käskystäkään ajoivat liian innokkaasti oikeaoppisuuden asioita, sekä lopuksi rangaissut vanhaa ystävää, joka oli pettänyt hänet. Vigiliuskin sai kokea Teodoran leppymätöntä vihaa sekä huomata, kuinka varomatonta oli ollut pettää Teodoran toiveet.