Näihin aikoihin monofysiittinen kirkko alkoi järjestyä uudelleen Teodoran avulla, ja hovin papit rupesivat jo keisarinnaa miellyttääkseen koettamaan päästä yhteisymmärrykseen eriuskolaisten kanssa. Erään heistä, Teodorus Askidaksen, joka oli Cesarean piispa, oli käynyt niin onnellisesti, että hän oli löytänyt Kalkedonin kirkolliskokouksen hyväksymistä julkaisuista kolme, jotka olivat nestoriuslaisten harhakäsitysten saastuttamia, ja joitten tekijät olivat monofysiittien vihattuja vastustajia. Hyvin ylpeänä tästä keksinnöstään, jonka avulla hän luuli voivansa tehdä kilpailijalleen, roomalaiselle paavin lähettiläälle Pelagiukselle hyvän kepposen, Teodorus ilmoitti Justinianukselle asiasta ja imartelemalla keisarin teologista turhamaisuutta pyysi häntä tarkemmin tutkimaan asiaa. Sitäpaitsi hän huomautti Justinianukselle, että tässä oli sekä mukava että erittäin oikeaoppinen keino haihduttaa monofysiittien epäluulot, sekä että »uudistetun ja puhdistetun» kokouksen päätökset saisivat epäilemättä osakseen kaikkien hyväksymisen. Justinianus, joka oli Teodoran vaikutuksesta jälleen ruvennut noudattamaan sovinnollista politiikkaa, antoi vetää itseään nenästä, ja eriuskolaiset, kaikkein leppymättömimmätkin, jotka iloitsivat nähdessään Leo suuren työn joutuvan huonoon valoon, odottivat innokkaasti uutta yhdistävää uskontunnustuksen kaavaa. »Kolmen luvun kiista» alkoi.
Nyt pääsi Teodora viimeinkin käsiksi Vigiliukseen. Paavia pyydettiin vahvistamaan se julistus, jossa keisari lausui hylkäävän tuomionsa noista rikollisista kirjoituksista, ja taivuttaakseen hänet tähän Justinianus käytti aika kovakouraisia keinoja. V. 545 marrask. 22 p., kun paavi toimitti messua pyhän Cecilian kirkossa, piirittivät sotilaat sen äkkiä, ja keisarin sihteeri astui pyhäkköön ilmoittaen paaville, että tämän oli viipymättä seurattava häntä. Vigilius vangittiin ja vietiin kiireesti alukseen, joka odotti aivan lähellä Tiberillä. Tällä välin kokoontui valtava kansanjoukko rannalle. Ne uskovaiset, jotka olivat seuranneet paavia, päästivät valitushuutoja ja anoivat siunausta. Alukselta Vigilius siunasi heitä, ja kaikki vastasivat amen.
Tällä välin kiirehti keisarin edustaja lähtöä, ja pian alkoi alus lipua jokea alas. Nyt alkoi äkkiä kuulua toisenlaisiakin huutoja. Kansanjoukko, jossa oli monta paavin vihollista, alkoi syytää hänelle solvauksia, samalla kun laivalle satoi kiviä ja heittoaseita.
»Kuolema sinulle!» huusi rahvas, »tuho sinut periköön! Olet tuonut onnettomuutta roomalaisille — käyköön sinun huonosti minne joutunetkin!»
Vihdoin oli laiva, jota virta kuljetti mukanaan, päässyt niin kauas, ettei näitä solvauksia enää kuulunut. Vigilius saapui Portoon ja matkusti sieltä laivalla Syrakusaan.
Yleensä pidettiin tätä teatterikeikausta pääasiassa Teodoran järjestämänä, ja väitettiin hänen toimeenpanneen koko paavin ryöstön. Hän oli kirjoittanut lähettiläälleen: »Sinun on vangittava Vigilius missä tahansa hänet löydätkin, kun se ei vain tapahdu Pyhän Pietarin kirkossa, ja tuotava hänet meidän luoksemme. Muuten sinut, elävän Jumalan nimessä, nyljetään elävältä».
Kuinka näiden juttujen todenperäisyyden laita lieneekin, joka tapauksessa näytti siltä, ettei paavi, joka epäilemättä pelkäsi pettämänsä keisarinnan kostoa ja joka sitäpaitsi oli hyvin vähän halukas joutumaan kolmen luvun kiistan »teologiseen ampiaispesään», erikoisemmin jouduttanut Konstantinopoliin saapumistaan. Hän nimittäin tuli sinne vasta neljätoista kuukautta myöhemmin tammik. 25 p. vuonna 547, mutta koska hänellä oli tällä välin ollut hyvää aikaa sekä tuumia asiaa että koota uutta rohkeutta, ja koska hän tunsi koko länsimaitten vastustuksen antavan tukea itselleen, hän esitti nyt sellaisia mielipiteitä, jotka poikkesivat kokonaan hovin odottamista. Samoin kuin ennen Agapetus oli kohdellut Antimusta, kieltäytyi nyt Vigiliuskin rupeamasta yhteyteen patriarkka Menaksen kanssa ja julisti hänet muitta mutkitta pannaan kaikkien kannattajiensa kanssa. Pian Vigilius kuitenkin muuttui taipuisammaksi. Kiusaantuneena aikaisemmin antamiensa sitoumusten ajattelemisesta, horjuen keisarin itsepintaisuuden ja Teodoran tarmokkaan painostuksen alaisena sekä tuntien muuten mielihyvää sen kohteliaisuuden vuoksi, joka tuli hänen osakseen Bysantin hovin teologien taholta, hän suostui lopulta pitämään mahdollisena noiden kolmen luvun pannaan julistamista. Jo kesäkuussa hän teki sovinnon patriarkan kanssa ollakseen sillä tavoin mieliksi keisarinnalle, ja pian sen jälkeen hän meni vielä askeleen pitemmälle. Hänelle väitettiin, että hän voisi kirkolliskokousta loukkaamatta kirota nuo kolme lukua, ja pian hän ei itsekään ollut oikein varma, oliko hän oikeassa vai ei. Kaikista uhkauksista huolimatta hän kieltäytyi kuitenkin jyrkästi allekirjoittamasta keisarillista julistusta, koska hänen mielestään apostoli Pietarin seuraajan ei sopinut käyttää valtaansa vain yksinkertaisesti keisarin päätösten vahvistamiseksi uskonnon asioissa; mutta keisarin ja ministerien läsnäollessa hän sitoutui muodollisesti kiroamaan nuo kolme lukua ja takuuksi lupauksestaan jätti Justinianukselle ja Teodoralle nimikirjoituksellaan varustetut nimenomaiset selitykset. Ja hyvin ylpeänä siitä, että oli tällä tavoin ratkaissut hankalan kiistakysymyksen, ihastuneena siitä, että oli osannut selvittää niin vaikean pulman, ja tyytyväisenä ajatuksesta, että hänen viisautensa oli osannut jälleen rakentaa rauhan kirkossa, hän vaimensi jyrkästi kaikki neuvonantajansa, jotka esittivät vastalauseensa, ja julkaisi tuomionsa pääsiäisenä v. 548. Tunnustamalla siinä muodollisesti Kalkedonin kirkolliskokouksen päätöksen oikeaksi hän kirosi siitä huolimatta nuo kolme rikollista kirjailijaa ja heidän kirjoituksensa. Tämä oli Teodoran viimeinen voitto. Kuolinvuoteellaan hän saattoi paavin nöyryytystä ja monofysiittisen kirkon kasvavaa valtaa ajatellen iloita siitä, että oli kostanut vuoden 536 tappionsa, rangaissut Vigiliusta hänen petoksestaan sekä sitkeydellään ja voimallaan auttanut onnellisesti voittoon sen uskontopolitiikan, jonka puolesta hän oli aina taistellut.
Kirkko ei ole koskaan antanut Teodoralle anteeksi Silveriuksen väkivaltaista erottamista, hänen monofysismiä kohtaan osoittamaansa uskollisuutta eikä niitä väkivaltaisia voimakeinoja, joita hän käytti tyydyttääkseen kostonhimoaan kirkon miehiä vastaan ja joita käytettiin erittäin pontevalla tavalla Vigiliusta vastaan. Onpa häntä syytetty todellisten rikostensa lisäksi monista muistakin asioista, joista häntä ei oikeutta myöten voida panna vastuuseen, esimerkiksi siitä tylystä kohtelusta, joka tuli Vigiliuksen osaksi, mutta joka todistettavasti tapahtui vasta Teodoran kuoltua. Vuosisadan toisensa perästä ovat kirkkohistorian kirjoittajat solvanneet ja kironneet hänen nimeään, ja melkein naurettavaa on se kiivaus, jolla muutamat heistä kuvailevat Justinianuksen puolisoa »toisena Eevana, joka otti liian nöyrästi opetusta käärmeeltä, uutena Delilana, uutena Herodiaana, joka janosi pyhien miesten verta, helvetin tyttärenä, joka oli täynnä saatanan henkeä ja paholaisen myrkkyä ja himoitsi raivoten sen liiton repimistä, joka oli lunastettu marttyyrien ja tunnustajien verellä».
Teodora ansaitsee saada toisenlaisen arvostelun kuin tämä turha sanatulva on. Koettaessaan toteuttaa toiveitaan hän osoitti epäilemättä liian suurta kiihkoa, liian suurta väkivaltaisuutta, liian harkitsematonta ja leppymätöntä kostonhimoa, liian kylmäveristä julmuutta. Mutta sen ohella hänessä ilmeni myöskin erinomaisia lahjoja — miehekästä lujatahtoisuutta, selvää valtion etujen käsittämistä ja loistavaa ja suurenmoista valtiomieslahjakkuutta. Hän oli sitkeä pyrkimyksissään, uskollinen ystävilleen, ja se monimutkainen politiikka, jota hän pakotti puolisonsa noudattamaan uskonnollisissa kysymyksissä, oli Justinianuksen epäröinnistä ja horjuvaisuudesta huolimatta kaikin puolin keisarin arvoinen.
5