Sodanjohdon taholla tehdyn päätöksen toteuttaminen kohtasi vielä erinäisiä vaikeuksia, mutta ne voitettiin. Maaliskuun 3 p:nä allekirjoitettu Saksan ja Venäjän välinen rauhansopimus ei myöskään ollut asiaan vaikuttavana esteenä. Jo maaliskuun alussa saapui saksalaisia sota-aluksia sekä pienehkö maihinnousujoukko Ahvenanmaalle, jotavastoin pääretkikunta, n.s. Itämeren-divisiona, kenraali, kreivi von der Goltzin johdolla vasta 1 p:nä huhtikuuta lähti yli Itämeren pyrkimään Suomen mantereelle. Alkuperäisestä aikomuksesta laskea joukot maihin länsirannikolla oli luovuttu pääasiallisesti strategisista syistä, ottamalla huomioon Suomen silloinen sotatilanne, ja valittu Hanko maihinnousupaikaksi. Retkikunta saapui sinne 3 p:nä huhtikuuta, jonka jälkeen sotatoimet ja eteneminen Helsinkiin pitkin rannikkorataa heti alkoivat. Punaisten heikko vastarinta murrettiin helposti — jo se tieto, että vastassa oli sotaan tottuneita saksalaisia sotureita, herätti jonkun verran pelkoa. Heidän sotavoimansa olivat myös tässä osassa maata heikentyneet, kun oli täytynyt lähettää lisäjoukkoja Tampereelle, missä ratkaiseva taistelu parhaillaan oli käynnissä. Vasta Helsingin edustalla kohtasi saksalaisia hieman ankarampi vastarinta. Jo 10 päivää maihinnousun jälkeen, 12 p:nä huhtikuuta, saksalaiset joukot tunkeutuivat lännestä käsin pääkaupunkiin, samalla kuin saksalainen laivasto-osasto amiraali Meurerin johdolla Tallinnasta tuli kaupungin satamaan ja laski maihin pienehkön taistelujoukon. Venäjän laivasto, josta osa jo silloin oli lähtenyt itää kohden, ei tehnyt mitään vastarintaa. Hangossa saksalaisen päällystön kanssa tehdyn sopimuksen mukaan sen tuli pysyä puolueettomana ja heti vesien auettua purjehtia Venäjälle. Helsinki säästyi näin hävitykseltä, minkä Venäjän laivasto siellä olisi voinut aikaansaada, ja todennäköisesti olisikin toimeenpannut, jollei saksalaispelko olisi lamaannuttanut sen toiminnanhalua. Viaporin linnoitus miehitettiin taistelutta. Sitävastoin saksalaisten tunkeutuessa pääkaupunkiin syntyi katutaisteluita, joihin myös otti osaa valkoinen kaarti, joka siellä salaa oli aseistettu ja nyt sai mahdollisuuden päästä toimimaan. Jo seuraavana päivänä, 13 p., kaupunki oli puhdistettu kapinallisista aineksista ja kokonaan valkoisten käsissä. Riemulla väestö, joka nyt kahden ja puolen kuukauden hirmupäivien jälkeen taas saattoi hengittää vapaasti, ja lailliset viranomaiset, jotka jälleen voivat ryhtyä toimimaan, tervehtivät saksalaisia sotureita vapauttajinaan. Suurin osa punaisten sotavoimia, samoin kuin kapinan johtajat, olivat paenneet itään päin ja osa niistä pelastautui Venäjälle, siellä yhä edelleen avustaakseen venäläisten Suomen jälleenvalloittamispyyteitä.
Huhtikuun 6 p:nä oli toinen pienehkö saksalainen joukko-osasto Tallinnasta kenraali Brandensteinin johdolla noussut maihin Loviisassa, karkoittanut kaupungissa ja sen ympäristössä olevat punaiset joukot ja lähtenyt etenemään pohjoista kohti. Tämän retkikunnan tarkoituksena oli miehittämällä joku kohta Riihimäen—Viipurin rataosalla katkaista punaisten peräytymistie itään. Kahakoiden ja taistelujen jälkeen, sekä koettuaan muutamia vastoinkäymisiä, varsinkin Uudessakylässä, joka vähän aikaa oli saksalaisten hallussa, tämä joukko-osasto valtasi 18 p:nä huhtikuuta Lahden, joka oli punaisten pääpesäpaikkoja.
Samoihin aikoihin kuin saksalaiset joukot saapuivat maahan ja suorittivat ensimäiset sotatoimensa Etelä-Suomessa, oli tärkeitä sotatapahtumia sattunut myöskin rintaman pohjoispuolella. Asemataistelua oli siellä jatkunut eikä kapinallisten ja venäläisten onnistunut, niin usein ja eri kohdista rintamaa kuin he yrittivätkin, murtautua sen läpi tai saada sitä peräytymään. Ensi sijassa punaiset olivat menestymättä pyrkineet ottamaan haltuunsa Haapamäen—Pieksämäen radan, siten katkaistakseen valkoisilta lännen ja idän välisen yhteyden. Lukuisia, osittain ankaroita yhteentörmäyksiä oli sattunut pitkin koko linjaa, Lavialla, Ruovedellä, Vilppulassa, Kuhmoisissa, Sysmässä, Lusissa (Heinola), Savitaipaleella, Joutsenossa, Ahvolassa, Kavantsaarella, Muolaassa, Raudussa, Valkjärvellä y.m., mutta maaliskuun keskivaiheille saakka pysyi rintama jokseenkin muuttumatta. Mutta 16 p:nä maaliskuuta alkoi yhtenäisen suunnitelman mukaisesti valkoisen armeijan suuri rynnäkkö etelään päin, varsinkin Pohjois-Satakunnasta ja Pohjois-Hämeestä Tamperetta kohti, joka oli punaisen ja punavenäläisen armeijan lujimpia varustuksia ja tukikohtia. Keskusta (Wetzer) rynnisti taistellen Vilppulasta Orihveden ja Suinulan kautta Messukylään, itäinen sivusta (Wilkman) Jämsästä Orihvedelle, Kangasalle ja Lempäälään ja läntinen osaksi Vaskivedeltä ja Kurusta Teiskon kautta (Hjalmarsson), osaksi Ikaalisista Kyröskosken kautta (Linder) Tampereelle. Jo 24 p:nä maaliskuuta laukaistiin ensimäinen tykinluoti kohti kaupunkia, joka lähipäivinä joutui melkein piirityksiin. Punaisten tehdessä epätoivon vimmalla vastarintaa valloitettiin etukaupungit ja 3 p:nä huhtikuuta alkoi rynnäkkö itse kaupunkia vastaan. Kaksi päivää myöhemmin se ankaran, katu kadulta ja talo talolta käydyn taistelun jälkeen oli valkoisten hallussa. Tampereen valloitus, valkoisen armeijan suurin ja loistavin uroteko ja sodan verisin taistelu, oli vaatinut uhriksi lukuisasti kaatuneita ja melkoiset osat kaupunkia olivat tuhoutuneet, mutta tärkeä tulos vapaussodassa oli täten saavutettu. Punaisten valta oli tässä ensimäisessä suuressa voimainmittelyssä saanut ankaran iskun ja alkoi horjua, voimatta enää koskaan tointua. Osa Tampereelle kootuista ja kaupungin puolustukseen osaa ottaneista punaisista joukoista onnistui pelastautumaan etelään päin, mutta vankien lukumäärä nousi kuitenkin 10,000:een, minkä ohella 50 venäläistä tykkiä ja runsaasti muita aseita ja ampumatarpeita joutui hallituksenjoukkojen saaliiksi.
Samoihin aikoihin kuin Tampereesta taisteltiin ja sen valloituksen jälkeen eteni valkoisia joukkoja alituisesti taistellen (Karkussa, Mouhijärvellä y.m.) pohjoisesta käsin Satakuntaan Tampeeren—Porin radalle puhdistaen nämä seudut punaisista rosvojoukoista, jotka siellä olivat harjoittaneet kauheaa terroria ja tehneet hirvittäviä rikoksia (Noormarkussa, Suodenniemellä y.m.). Huhtikuun 11 p:nä valkoiset miehittivät Porin, sen jälkeen kuin punaiset ryöstettyään ja tuhottuaan omaisuutta olivat lähteneet kaupungista. Huhtikuun 18 p:nä vallattiin Rauma samoin ilman taistelua.
Turun väestö oli niin hyvin ennen kapinaa kuin sen kestäessä saanut paljon kokea. Punaisilla oli siellä rajaton valta eivätkä he terrorisoinneet ainoastaan kaupungin porvarillisia, vaan myös ympäristön rahvasta. Minkäänlainen vastarinta ei siellä ollut mahdollinen. Osa kaupungin asekuntoisia miehiä oli kapinan alkaessa lähtenyt pohjoiseen ja liittynyt jo mainittuun Uudenkaupungin suojeluskuntaan, toinen osa oli vetäytynyt saaristoon ja sitten Ahvenanmaalle (Vårdöhön) sekä siellä järjestänyt suojeluskunnan, n.s. "saariston vapaajoukon". Se sai aseita ja opettajia sotaharjoituksia varten Ahvenanmaan saksalaisilta joukoilta. Saatuaan vahvistukseksi pienen saksalaisen sotilas-osaston tämä joukko oli taistellut saaristoon sijoitettuja punakaartilaisia vastaan ja vallannut muutamia sikäläisiä saaria (Houtskarin ja Korpon). Tampereen valloitus ja Helsingin menetys sai punaisten sodanjohdon pelkäämään, että Turku ja koko Länsi-Suomi joutuisivat eristetyiksi yhteydestä itäänpäin, minkä lisäksi odotettiin hyökkäystä lännestä päin Ahvenanmaalla maihinnousseiden saksalaisten joukkojen taholta. Alkoi yleinen, sekä punaisen kaartin että punaisten perheiden pako itää kohden, päämääränä Venäjä. Suuret määrät ryöstämällä saatua omaisuutta otettiin mukaan. Huhtikuun 12 p:nä lähti viimeinen pakolaisjuna Turusta ja jo seuraavana päivänä "saariston vapaajoukko" marssi kaupunkiin. Samaan aikaan kuin Helsinki, vapautui näin Turkukin. Turusta länteenpäin olevat seudut Turun—Toijalan rataosan ja rannikon välillä puhdistivat "saariston vapaajoukko" ja muut erilliset suojeluskuntaosastot, kun taas saksalaiset, noustuaan maihin Loviisassa ja vallattuaan Helsingin, suorittivat saman tehtävän itäisellä Uudellamaalla. Tässä puhdistustyössä oli muiden paikallisten suojeluskuntien ohella osallisena entinen n.s. Pellingin joukko, joka Tallinnasta oli kuljetettu Danzigiin ja sieltä oli saksalaisen Itämeren divisionan mukana tullut Suomeen. Huhtikuun keskivaiheilla näin maan eteläisimmätkin seudut, suurta osaa Viipurin lääniä lukuunottamatta, olivat valkoisten hallussa.
Sotatilanne oli Suomessa parin viikon kuluessa täydelleen muuttunut. Kenraali Mannerheimin suuri kansanarmeija oli pitkin koko rintamaa lähtenyt liikkeelle ja painoi punaisten joukkoja etelään päin. Sieltä taas tunkivat päälle saksalaiset sotavoimat. Nekin olivat kenraali Mannerheimin ylipäällikkyyden alaiset. Näiden välillä ulottui huhtikuun keskivaiheilla lännestä itään kapea kaistale, joka vielä oli kapinallisten hallussa. Punaiset joukot oli kokoonpuristettu tälle ahtaalle alalle, mistä ne tasaisena virtana vetäytyivät itäänpäin tuhansittain heitä seuraavien pakolaisten seuraamina, päästäkseen mikäli mahdollista Viipuriin ja etsiäkseen pelastustaan Venäjältä.
Osa kenraali von der Goltzin joukoista alkoi Helsingin valloituksen jälkeen edetä pohjoiseen pitkin rautatielinjaa ja valtasi 22 p:nä huhtikuuta Riihimäen rautatieristeyksen, missä punaiset epätoivon vimmalla tekivät vastarintaa, sekä 26 p:nä Hämeenlinnan, juuri viime tingassa estäen punaiset surmaamasta satakunnan kuolemaan tuomitsemaansa kansalaista, jotka näin pelastuivat. Seuraavana päivänä pohjoisen armeijan etujoukot marssivat kaupunkiin ja yhteys Mannerheimin ja von der Goltzin joukkojen välillä oli tällä kohdalla saavutettu. Nämä Tampereelta tulevat valkoiset sotajoukot olivat etelää kohti tunkeutuessaan kohdanneet ankaraa vastarintaa. Varsinkin olivat taistelut sitkeitä Lempäälässä, jonne punaiset olivat koonneet vahvoja joukkoja, ja jossa seudun maantieteelliset suhteet tarjosivat oivallisen puolustusaseman.
Lahdessa saksalaiset joukot olivat pitäneet puoliaan punaisten hyökkäyksiä ja läpimurtautumisyrityksiä vastaan. Myöskin siellä oli saavutettu yhteys saksalaisten ja pohjoisen armeijan välillä siten, että Heinolan puolelta eräs joukko-osasto oli edennyt Lahteen saakka. Punaisten läntinen armeija, joka nyt oli eristetty radasta ja jonka peräytymistie Lahden luona oli katkaistu, täytti jäännöksillään Hauhon—Tuuloksen ja Lahden—Vesijärven väliset seudut. Epätoivon rohkeudella tämä pakolaisarmeija pyrki ulos ansasta, johon se oli joutunut, mutta onnistumatta. Kaikki käytettävissä olevat saksalaiset voimat siirrettiin näihin seutuihin ja kolme päivää, huhtikuun 30 p:stä toukokuun 2 p:ään, kestäneen taistelun jälkeen punainen armeija oli pakotettu antautumaan, — se oli Suomen Sedan. Saalis oli noin 20,000 vankia, 20 tykkiä, 200 konekivääriä ja 4,000 hevosta.
Itä-Suomessakin loppuratkaisu tapahtui samaan aikaan tai vähän sen jälkeen. Tampereen valloituksen jälkeen oli armeijan ryhmittelyä muutettu, Karjalan ja Savon rintamat saivat apujoukkoja ja voivat nyt alkaa lopullisen etenemisensä. Päämaja, joka suurimman osan sota-aikaa oli Seinäjoella, muutettiin tämän vuoksi Mikkeliin. Itä-Suomessa aloitti Karjalan rintama liikkuvan sodan. Kauimpana idässä, Raudussa, valkoiset joukot olivat Tampereen valloituksen aikoihin saavuttaneet huomattavan voiton pääasiallisesti venäläisistä kokoonpannusta suurilukuisesta vihollisjoukosta, joka melkein kokonaan tuhottiin. Karjalan rintaman joukot aloittivat huhtikuun 20 p:n paikoilla etenemisensä eteläisen pääradan erinäisiä seutuja kohti aina rajaan (Terijokeen) asti, siten katkaisten Viipurin ja Pietarin välisen yhteyden, jolla punaisten sodankäynnille oli ollut suuri merkitys. Huhtikuun 25 p:nä valkoinen armeija, jota täällä nyt johti kenraali K.F. Wilkman (Wilkama), eri puolilta ja alituiseen taistellen lähestyi Viipuria ja ryhtyi kaupunkia valloittamaan, mikä suoritettiin 28 ja 29 p:nä. Viipurissa ja taisteluissa sen ympäristössä otettiin 15,000 vankia ja saatiin runsas sotasaalis, 300 tykkiä, 200 konekivääriä y.m. Kaupungin asukkaat vapautuivat siitä terrorista, jota he olivat saaneet kärsiä kolme kuukautta ja joka oli ilmennyt kauhistuttavina joukkomurhina ja muina väkivallantöinä. Viipurin kukistuessa punaiset menettivät viimeisen lujan turvapaikkansa ja venäläiset lähinnä pääkaupunkia tärkeimmän tukikohtansa Suomessa.
Huhtikuun 26 p:nä Savon joukot hyökkäsivät punaisten rintamaa vastaan, pakottivat sen peräytymään ja etenivät toisella sivustallaan Lappeenrantaan, toisella Kouvolaan, jotka muutamia päiviä myöhemmin olivat valkoisten hallussa. Myöskin viimemainittu seutu ja sen läheisyydessä olevat tehdasyhdyskunnat sekä koko Kyminlaakso ympäristöineen ja varsinkin Haminan kaupunki saivat punaisten vallan aikana kokea kauhun päiviä. Sielläkin oli toimeenpantu julmia joukkomurhia. Täältä ja Viipurin tienoilta pakoon lähteneet laumat pääsivät Kotkaan, mistä osa niistä siellä odottavilla laivoilla ehti paeta Pietariin. Toukokuun 4 p:nä valkoiset joukot saapuivat Kotkaan, samalla kuin sen satamaan ankkuroi saksalaisia sota-aluksia. Samana päivänä vallattiin myös Hamina. Sota oli käytännöllisesti katsoen lopussa. Viimeiset maassa olevat venäläiset joukot olivat ne, jotka pitivät hallussaan maan kaakkoisimmassa kolkassa olevia Inon pattereita. Ne lähtivät maasta vasta 14 p:nä toukokuuta, senjälkeen kuin olivat räjähdyttäneet siellä olevat asevarikot ja tuhonneet linnoitusten tykit. Suomi oli "venäläis-vapaa" ja vapaustaistelun varsinainen päämäärä oli saavutettu. Kotoinen, maansa kavaltanut punainen vihollinen oli tehty vaarattomaksi, mutta oli osittain jäljellä maassa.