Kun näin ollen Renan alkoi selvitä nuoruutensa huumauksesta, jolloin hän taivasta tavoittavassa optimismissaan ei pitänyt edes keskustelemisen arvoisena sitä mahdollisuutta, että »ihanne» ei toteutuisi, tuli hän seisomaan varsin vakavan vaikeuden edessä. Olihan mahdoton sulkea silmiään siltä, että luonto näyttää olevan tähän ihanteen toteutumiseen nähden aivan välinpitämätön. Ensinnäkin ihmiskunnan vaikutus, jonka kautta »Jumala on organisoitava», näyttää olevan sidottu tähän vaivaiseen maapalloon. Ja »kaukana siitä että Jumala ilmenisi luonnossa, on tämä päinvastoin epämoraalinen, hyvä ja paha ovat sille yhdentekeviä. Milloinkaan ei vuorenvieremä ole pysähtynyt jättääkseen musertamatta kunnon miestä; aurinko ei ole kalvennut yhdenkään rikoksen edessä; maa juo yhtä hyvin viattoman kuin viallisen verta. Historiakin on siveelliseltä kannalta katsoen jatkuva skandaali» (Fragm. philos. s. 319).
»Onko siis epätoivo oikeassa; olisiko totuus surullinen?»
Askel »Tieteen tulevaisuudesta» tähän kysymykseen ei ole aivan lyhyt!
Toistaiseksi Renan kuitenkin vastaa tähän kysymykseen selvällä kiellolla. Jos järkemme onkin ateistinen, ilmenee »Jumala» meille meidän siveellisessä tunteessamme. Velvollisuuden täyttämys, epäitsekäs uhrautuminen, jotka historiassa—sen skandaalisuudesta huolimatta!—ilmenevät häikäisevässä loistossaan, ovat käsittämättömiä ilman »Jumalaa». Tarvitsee vain ajatella Jesusta ja muita ihmiskunnassa vaikuttavan ihanteellisen voiman eläviä ilmauksia.
Tämä Renanin filosofian toinen kehityskausi ilmenee hänen 50- ja 60-luvulla kirjoittamissaan esseissä: »Etudes d'histoire religieuse», »Essais de morale et de critique», »Fragments philosophiques», jotka julkaistiin vasta 1876 yhdessä myöhempään periodiin kuuluvien »Filosofisten dialogien» kanssa, »Questions contemporaines».
Jonkunlaisen yhteenvedon hänen nykyisestä kannastaan antaa kirjoitus:
»Luonnontieteet ja historialliset tieteet», joka on laadittu ystävä
Berthelot'lle osoitetun kirjeen muotoon. Se on vuodelta 1863.
Renan sovittaa siinä historiallisen katsantokannan koko maailmankaikkeuteen. Historia sanan ahtaimmassa merkityksessä kuvaa vain viimeistä myöhäisintä vaihetta tässä universaalisen syntymisen tapahtumasarjassa. Filologia ja vertaileva mytologia valaisevat jo varhaisempaa kautta: ihminen puhui ja loi myyttejä, ennenkuin hän jätti jälkeensä kirjallisia muistomerkkejä. Näiden tieteiden takana alkavat paleontologian ja luonnonhistorian äärettömät taivaanrannat sarastaa. Nykyisissä eläinmuodoissa piilee niiden menneisyyden selitys. Tähtitaivaankin muodostukset ovat ikivanhan historian asiakirjoja. On tuleva aika, jolloin luonnontieteetkin muuttuvat historiallisiksi.
Ja Renan tulkitsee tämän kosmillisen kehitysprosessin sen tulosten valossa. Silloin ehdottomasti näyttää siltä kuin olisi vaikuttamassa jokin pyrkimys luoda yhä täyteläisempää olemassaoloa. Aika yksinään ei riitä tätä seikkaa selittämään. Ilman salaista »hedelmällistä edistyksen siementä» (Fragm. philos. 177) olisi aika jäänyt ikuisesti tuottamattomaksi. Salainen jousi, joka työntää kaiken elämään, on välttämätön olettamus.
Korkeinta, mitä tämä pyrkimys edistykseen tähän saakka on tuottanut, on ihmiskunta. Miksi tämä jäisi olemaan korkein muoto tietoisuutta, mitä maailmankaikkeus pystyy tuottamaan? Ihmiskunta on kerran syntynyt; siis tulee sen olemassaolo todennäköisesti kerran loppumaankin. Mutta vaikka se sitä ennen ei ehtisikään saavuttaa muuta kuin keskinkertaisia tuloksia, niin mitä senvertainen menetys merkitsee maailman kokonaisuudessa! Sitäpaitsi on mahdoton aavistaa, mitä ihmeitä tulevaisuus tuo helmassaan. Tieto on valtaa. Tulee kerran aika, jolloin esim. kemiaa on harrastettu miljoonia vuosia. Mihinkä pystyykään tämän kaukaisen tulevaisuuden kemisti! Hän kenties hallitsee atomin lain ja tuntee elämän salaisuuden. Hän muovailee olioita, sekä eläviä että kuolleita, mielensä mukaan. Hän tulee riippumattomaksi kiertotähtemme rajoista. Hänestä tulee maailman herra: tiede organisoi universumin.
Ja ellei tätä toteuta ihmiskunta, toteuttaa sen kenties elämä jollakin toisella taivaankappaleella. Aika on ääretön, ja mahdollisuudet rajattomat. Lukemattomista elämän siemenistä on yksi kerran putoava suotuisaan maaperään ja kantava täyden hedelmän, joka on »Jumala» täydellisyydessään.