Se luonnontutkimusta vallitsevan mekanistisen prinsiipin ja siihen nojaavan biologian ohjelman määritelmä, jonka du Bois-Reymond antoi ja jota meidän päivinämme ovat kannattaneet W. Roux ynnä muut luonnontutkijat, on senvuoksi hyljättävä. Tämä mekanistisen prinsiipin luonnonfilosofinen määritelmä tahtoo asettaa biologisen tutkimuksen määrätyn filosofisen teorian, nim. mekaanisen luonnonkäsityksen palvelukseen, mikä tietenkään ei ole oikeutettua.
Biologian pohjaksi on pantava mekanistisen prinsiipin »positiivinen» määritelmä: orgaanistakin tapahtumista vallitsee puhtaasti aineellinen kausaliteetti, mutta on epätietoista, voidaanko tämä kausaliteetti koskaan tulkita puhtaasti fysikaaliskemialliseksi.
Ylläkehitelty ajatustulos tavataan monilla vanhemmilla ja uudemmilla, varsinkin juuri etevimmillä biologeilla. Heillä tavataan ajatuskäänteitä, jotka voidaan tulkita tietoisuudeksi siitä, että mekanistisen prinsiipin ja biologisen ohjelman fysikaaliskemiallinen määrittely ei ole loogillisesti oikeutettu.
Tähän tapaan lienee käsitettävä esim. sentapainen kanta, jota vuosisadan keskivaiheilla mainehikkaat tutkijat Virchow ja Claude Bernard edustivat.[120] Orgaanisen tapahtumisen pohjana on erikoinen »Stoffkombination», »arrangement vital», joka tosin noudattaa »mekaanisia lakeja», mutta ei ole fysikaaliskemiallisesti selitettävissä.
Nykypäivinä taas, kun »energian» käsitteestä on tullut se »tyttö kaikkien mieleen», joka _du Bois-Reymond_in mukaan »elinvoima» oli aikoinaan, alleviivaavat monet tutkijat sitä mahdollisuutta, että »organismeissa saattaa piillä energiamuotoja, joita niiden ulkopuolella ei ollenkaan tavata».[121]
Kaikkein selvimmin on kuitenkin Oscar Hertwig kehitellyt käsitystä, että biologia on autonominen tiede samoin kuin fysiikka ja kemia.[122]
_Hertwig_in käsityksen ydin voidaan esittää seuraavaan tapaan.
Ne luonnontieteet, jotka tutkivat (elottomien ja elollisten) kappalten aineellista kokoonpanoa, ovat johtaneet siihen tulokseen, että kokoonpanon pohjana aina on joukko yksinkertaisempia osasia. Mutta nämä eivät suinkaan kaikki ole samanlaatuisia, vaan päinvastoin muodostavat monimutkaisen, arkitektoonisesti ylenevän sarjan, kun näet alemman asteen osaset tavalla, joka on nykyiselle tutkimukselle pääasiassa tuntematon, muodostavat korkeampia organisatiomuotoja. Uusimpien fysikaalisten olettamusten mukaan ovat atomit merkillisellä tavalla kokoonpannut radioaktiivisista hiukkasista—samalla nämä »elektronit» ovat kappalten aineellisen erittelyn provisoorisena päätepisteenä äärettömän pienen taholla—; atomit puolestaan yhtyvät molekyyleiksi, jotka taas saattavat muodostaa molekyylikomplekseja. Mutta ei voida esittää mitään tosiseikkoja sellaista olettamusta vastaan, että viimemainitut puolestaan saattavat tuntemattomalla tavalla muodostaa erityisten lakien alaisia, lähinnä korkeamman asteen organisatiomuotoja, »biologisia yhdistyksiä», jotka ehkä eroavat orgaanisen kemian jo suunnattoman monimutkaisista atomien ketjuuntumisista yhtä paljon kuin nämä puolestaan yksinkertaisemmista yhdistyksistä. Nämä »biologiset yhdistykset» kuuluvat osaksi jo mikroskooppisesti näkyvään maailmaan; sellaisia lienevät elävän solun vähäisimmät morfologiset rakennusosaset, tuma, kromosomit j.n.e. Niitä mainitaan nykyajan biologiassa monilla eri nimillä (micellit, bioforit, bioblastit, genit j.n.e.), mutta yhteisinä on niillä ainakin kaksi elävän aineen perusominaisuutta, kyky kasvaa, assimiloimalla aineita ja muuttamalla ne omaksi substanssikseen ja kyky itsejakaantumisen kautta lisääntyä. Ja samalla tavalla kuin molekyyli on syntynyt atomien yhtymisen kautta, samalla tavalla lienevät myös »biologiset yhdistykset» vähitellen, todennäköisesti meille tuntemattomien välijäsenien kautta, syntyneet munanvalkuaismolekyylien yhtymisen kautta.
Kemia ja biologinen morfologia ovat näin ollen koordinoituja tieteitä. Edellinen käsittelee yksinkertaisempia (myöskin orgaanisia) aineellisia yhdistyksiä, jälkimäinen korkeampia aineen organisatiomuotoja; nämä muodostavat erikoisen tutkimusalan erikoisine redusoimattomine lainmukaisuuksineen. Yhtä vähän kuin elektroniteoria voi korvata kemiaa, yhtä vähän voi kemia korvata morfologiaa ja päinvastoin.
Samassa suhteessa kuin kemia morfologiaan on fysiikka fysiologiaan.