Jeanne d'Arcin piti seurata kuningasta. Itse tahtoi hän jäädä S:t Denis'iin, mutta kuningas ei tahtonut häntä jättää, ja hän suostui »vastoin ääniään». Kaarlo VII palasi Loiren rannoille ja antautui alhaisiin huvituksiin pitämättä väliä maastaan ja kunniastaan. Jeanne d'Arc teki pari pientä partioretkeä, mutta muuten pidettiin häntä toimettomuudessa. D'Alencon, joka koetti koota ympärilleen sotajoukon taistellakseen omin päinsä, olisi toivonut hänen läsnäoloaan, mutta kuningas kielsi häntä lähtemästä. Sen sijaan koetti kuningas lohduttaa häntä kaikenlaisilla lahjoilla ja kunnianosoituksilla. Hän ja hänen perheensä saivat aatelisarvon, »ilman hänen pyyntöään ja äänien ilmestystä», selitti hän itse. Ainoa suosionosoitus, jota hän kuninkaalta pyysi, oli hänen syntymäseutunsa vapauttaminen veroista, johon suostuttiinkin, ja siten olivat Domromy ja Greux vapaita veroista viime vuosisataan asti.

Tämä aika oli Jeanne d'Arcille kova koetuksen aika. Usein vaikenivat hänen äänensä, hän oli levoton ja epäilevä. Hän kuuli puhuttavan kansansa vastoinkäymisistä, eikä saanut rientää sen avuksi, johon hän kuitenkin oli kutsuttu. Hänen vaikein koetuksensa oli kuitenkin nähdä kuninkaansa läheltä, oppia tuntemaan hänen velttoutensa, kevytmielisyytensä ja välinpitämättömyytensä ja huomaamaan, ettei hänellä ollut mitään vaikutusvaltaa siihen mieheen, jota hän niin voimakkaasti oli auttanut ja joka hänen silmissään oli itse Ranska. Mutta sotaa jatkettiin joka taholla. Kansallinen liike, jonka Orléansin neitsyt oli herättänyt, ei voinut kuolla. Mutta koska koossapitävää valtaa ei enää ollut, käytiin sotaa eri tahoilla ilman suunnittelua ja yhteyttä. Se ankara sotakuri, jonka Jeanne oli pannut toimeen, oli höltynyt, ja maa kärsi sanomattomasti näistä alituisista taisteluista. Englantilaiset osoittivat suurta voimaa jälelle jääneiden omistustensa puolustamisessa. He tekivät uuden sopimuksen Burgundin herttuan kanssa, jonka mukaan tämän piti saada Champagne omakseen, jos hän vain voisi valloittaa sen takaisin ranskalaisilta. Hän rupesikin piirittämään sen kaupunkeja, ja menestys seurasi hänen aseitaan.

Jeanne d'Arc ei ajan pitkään voinut olla toimeton näitä huolestuttavia sanomia kuullessaan. Maaliskuun lopulla läksi hän sen vuoksi salaa kuninkaan luota, jäähyväisiä sanomatta, ainoastaan pienen uskollisen sotilasjoukon seuraamana, joka ei koskaan ollut hänestä luopunut. Hänen itseluottamuksensa ei ollut, entisellään, sillä hän oli ollut kuulevinaan ääniä, jotka sanoivat: »Jeanne, sinut otetaan ennen juhannusta, sen täytyy tapahtua! Älä kummastele; ota kaikki vastaan, Jumala on sinua auttava.» Mutta nämä epäilykset voitti usein usko kutsumukseen, jonka hän kerran oli saanut, ja jonka kautta hän jo oli toimittanut niin monta suurta tekoa, kun hän häiritsemättä oli saanut siihen antautua. Hän ei enää uskaltanut lausua mielipiteitään samalla varmuudella kuin ennen puhtaasti sotaa koskevissa kysymyksissä, vaan jätti ne upseereille, mutta missä hän vain näyttäytyi joukkojen keskuudessa, jotka Champagnea puolustivat, otettiin hänet ystävällisesti vastaan, ja hänen onnistui elähyttää sotilasten rohkeutta. Filip hyvä pani erittäin arvoa tärkeän Compiègnen kaupungin anastamiseen, Jeanne otti osaa sen puolustamiseen. Toukokuun 23 p:nä 1430 tehtiin kaupungista hyökkäys. Jeanne kulki kuten ainakin etunenässä; vihollinen koetti tavallista innokkaammin suunnata päällekarkauksensa juuri häntä vastaan. Sotilaat ympäröivät hänet, hän lyötiin maahan hevosen selästä ja vangittiin. On epäilty että ranskalaiset sotilaat olisivat jättäneet hänet vaaralle alttiiksi Compiègnen päällikön käskystä, joka lienee ollut hänen vastustajiaan, mutta asiaa ei ole voitu näyttää toteen. Jeannen vangitsi eräs picardialainen jousimies, tämä antoi hänet eräälle ritarille, joka möi hänet nuorelle Luxemburgin Juhanalle, Burgundin ja Englannin liittolaiselle. Hänen hallussaan oli Jeanne monta kuukautta ja häntä kuletettiin linnasta toiseen. Häntä vartioittiin yhä ankarammin siitä syystä, että hän pari kertaa oli koettanut paeta. Kerran hän hyppäsi eräästä vankitornista, joka oli vähintäin kuusikymmentä jalkaa maasta. Hän oli kauvan tajuttomana, mutta vahvistui jälleen ja kertoi, että hän kauvan oli tuuminut hypätä tornista alas, mutta että äänet olivat häntä varoittaneet. Samalla olivat ne luvanneet hänelle vapauden, mutta »silloin ajattelin, että minun itse tuli tehdä jotain vapautuksekseni», lisäsi hän sillä tervejärkisyydellä, joka liittyi hänen haaveellisimpiinkin luuloihinsa.

Luxemburgin Juhana tahtoi päästä vaivaloisesta vangistaan, ja englantilaiset lupasivat hänelle runsaita rahoja, jos hän antaisi hänet heille. Juhanaa pidätti kuitenkin hänen isänsä sisaren ja hänen puolisonsa hartaat rukoukset. He olivat mieltyneet Jeanneen, jonka olivat tavanneet hänen ollessa vankina Beaurevoir'en linnassa. Ylimalkaan, missä vain Jeanne tuli tekemisiin henkilöiden kanssa omasta sukupuolestaan, mieltyivät he häneen hänen naisellisen olemuksensa ja hiljaisen hurskautensa vuoksi. Mutta vaikutusvaltainen Luxemburgin Johanna kuoli, ja vaikka hän testamentissaan pyysi, ettei veljenpoika pettäisi Jeanne d'Arcia, jätti tämä marraskuun lopulla kallisarvoisen saaliinsa englantilaisille 10,000 écus'ta. Burgundin herttua valitti tätä häpeällistä ostoa. Kaarlo VII ei pannut rikkaa ristiin häntä pelastaakseen. Rheimsin arkkipiispa meni niin pitkälle hävyttömyydessä, että selitti kirjeessä Jeannen olevan kohtalonsa arvoisen.

Mimmoiseksi tämä kohtalo oli muodostuva, sen aavisti jokainen. Jo silloin kun sanoma hänen vankeudestaan saapui Pariisiin, oli osa yliopiston ja ranskalaisen inkvisitsioonin jäsenistä pyytänyt, että hän jätettäisiin tutkittavaksi oikeauskoisuudestaan. Beauvais'in piispa Pierre Cauchon, jonka hiippakunnassa hän oli vangittu, intoili erittäin hänen tuomituksi saattamistaan ja tarjoutui heti järjestämään oikeudenkäyntiä sitä varten. Hänellä oli erityinen syy vihata Jeanne d'Arcia, sillä tämän retki Pariisiin oli saanut aikaan liikkeen Beauvais'sa, joka oli karkoittanut englantilais-ystävällisyydestään vihatun piispan. Hän vannoi Jeannelle kostoa ja hän piti sanansa. Viekkaana, tunteettomana ja voimakkaana tuli hänestä etevin ase viattoman tyttöraukan tuomitsemiseen. Häntä pidettiin jonkun aikaa vankina Crotoy'ssa, sitten hän vietiin Roueniin, johon hän saapui joulukuun 23 p:nä. Siellä hän vietiin linnaan ja pantiin ensin rautahäkkiin, mutta muutettiin sitten kovaan vankeuteen, rautaketjut pantiin hänen jalkoihinsa, eikä hän koskaan saanut olla yksin, vaan oli aina raakojen vartioiden törkeille loukkauksille alttiina. He eivät tunteneet häntä kohtaan sitä kunnioitusta, jota hän aina herätti sotilaissaan.

Sillä aikaa tehtiin valmistuksia oikeudenkäyntiin. Se halukkaisuus, jota osa Ranskan papistosta osoitti saadakseen hänet tuomituksi inkvisitsioonitribunaalin edessä, ei voinut kuin herättää mielihyvää englantilaisissa. Ei mikään voinut olla mieluisampaa heidän ylpeydelleen, kuin että hän toimitettiin hengiltä heidän vihollisenaan ja että hänen omat kansalaisensa polttivat hänet saatanan aseena. Tribunaalissa, joka nyt valittiin, oli ainoastaan ranskalaisia jäseniä, mutta oikeudenkäynti toimitettiin linnassa englantilaisen tarkastuksen alaisena ja englantilaisilla varoilla. Eräitä ulkonaisia muodollisuuksia tosin noudatettiin, mutta ylimalkaan tapaa siinä oikeudenkäynnissä, joka nyt seurasi, moniaita laittomuuksia. Se oli inkvisitsiooni-tuomioistuin, ja sen oikeudenkäsitteet olivat aina epämääräisiä. Oli seurattava osittain vanhoja kirkollisia lakeja, osittain tapaa. Laillisesti tutkittiin tosin Jeannen siveellisyyttä ja koko hänen entistä elämäänsä, mutta koska niiden huomattiin ainoastaan puhuvan hänen puolestaan, ei niihin pantu huomiota itse oikeudenkäynnissä. Myöskin koetettiin pöytäkirjoissa muutella sekä hänen omiaan että niiden todistajien sanoja, jotka häntä puolustivat. Hän huomautti siitä monesti, sillä hän ei koskaan hämmentynyt ja muisti, mitä hän kerran oli lausunut tahi kuullut. Tuomarin toimesta erotettiin myös eräs pappi, joka heti alusta vastusti oikeuden käyntiä.

Sitä paitsi oli tuomareiksi koetettu valita uskollisia englantilaisten kannattajia ja henkilöitä, jotka toisesta tahi toisesta syystä olivat tunnetut Jeannen verivihollisiksi. Hänen pyyntöönsä, että muutamia ranskalaismielisiäkin pappeja kutsuttaisiin, ei pantu huomiota. Beauvaisin piispa oli pannut toimeen valmistavia kokouksia, joihin oli kutsuttu hengellisiä ja yliopiston sekä inkvisitsioonin jäseniä, tuomarien luku oli määrätty, samaten muodot, joita oli seurattava, ja ne seikat, joista häntä oli syytettävä.

Helmikuun 21 p:nä 1431 kutsuttiin Jeanne ensi kertaa tuomioistuimen eteen, ja tutkinnot seurasivat sitten taajasti toisiaan. Ne pidettiin ensin isossa salissa, mutta koska ne näyttivät muodostuvan liian myrskyisiksi, pienemmässä huoneessa. Ne kestivät usein monta tuntia. Hänen kanssaan pidettiin yksityisiäkin tutkintoja ja eräs Loiseleur niminen pappi koetti tekeytymällä hänen ystäväkseen ja puolustajakseen houkutella häntä tunnustamaan.

Riitakysymys, joka monta kertaa otettiin puheeksi, oli se tuomioistuimen pyyntö, että hän vannoisi sanovansa koko totuuden. Jeanne vannoi useita kertoja sanovansa koko totuuden itsensä suhteen, mutta hän ei tahtonut sanoa kaikkea ilmestystensä suhteen. »Voi olla», sanoi hän, »että Te kysytte minulta asioita, joissa en voi Teille sanoa totuutta, esimerkiksi ilmestyksieni suhteen; sillä Te voisitte pakottaa minua sanomaan semmoista, josta olen vannonut olevani puhumatta, ja silloin minusta tulisi valapatto, joka ei voi olla Teidän tahtonne.» Mahdotonta oli, rukouksista, uhkauksista ja takertavista kysymyksistä huolimatta, saada häntä pitemmälle tässä kohdin. »Minä tulen Jumalan, luota», lausui hän kerran väsyneenä, »ja minulla ei ole mitään tekemistä täällä. Lähettäkää minut Jumalan luo.» Hän lupasi sanoa, mitä tiesi, vaan ei kaikkea mitä tiesi. Pitemmälle ei hän voinut mennä.

Jean Beaupère, muuan oppinut ja viekas tohtori Pariisin kuuluisasta teoloogisesta tiedekunnasta, taisi tuntikausia käyttää teräväjärkisyyttään ja skolastisten opintojen kautta harjaantunutta puhujataitoaan saadakseen tätä oppimatonta talonpoikaistyttöä takertumaan sanoihinsa. Useampia kertoja onnistui Jeannen saattaa hänet sanattomaksi terveellä järjellään ja luonnollisella kekseliäisyydellään.