Rangaistustoimet meteliin osallisia ylioppilaita vastaan olivat sangen ankarat. Kaikki he erotettiin yliopistosta kuka lyhyemmäksi kuka pitemmäksi ajaksi, lukukaudeksi tai pariksi, sen mukaan, kuinka suureksi kunkin syyllisyys oli arvosteltu. Toisenlainen oli se arvostelu, minkä pojat saivat vanhempainsa puolelta. Useimmat isät hyväksyivät poikain käytöksen, jopa niinkin täydellisesti, että kun esim. tohtori V. S. Schildt Jyväskylässä kuuli, että hänen vanhempi poikansa oli ollut mukana noissa naukujaisissa ja saanut siitä rangaistuksen, oli hän lausunut, että hän olisi häpeissään, jos poika olisi jättäytynyt pois sellaisesta tilaisuudesta.
Rangaistus, joka seurasi professori Nordqvistille pidetyistä naukujaisista, ei rajoittunut ainoastaan osanottajien erottamiseen yliopistosta, vaan niitäkin ylioppilaita, jotka eivät siihen olleet ottaneet osaa, rangaistiin siten, että kaikilta ylioppilasosakunnilta kiellettiin oikeus käyttää osakuntien lippuja. Jokaisella osakunnalla, lukuunottamatta hämäläistä, samoin kuin ylioppilaskunnalla kokonaisuudessaan ja sen laulukunnalla oli silloin oma lippunsa. Professori Nordqvistin väite, että häntä kohdannut häväistys oli tapahtunut valtiollisista syistä, että ylioppilaat olivat tahtoneet sentähden häntä häväistä, että hän oli venäjänkielen opettaja, saattoi Suomen yliopiston valtiollisen epäluulon alaiseksi Venäjän hovin silmissä. Muistettava on myös, että keisari Aleksanteri II jo perintöruhtinaana oli nähnyt Suomen ylioppilasten puolelta sellaista käytöstä, jonka voi selittää itsepäiseksi juonitteluksi.
Perintöruhtinaana ollessaan oli Aleksanteri II osoittautunut hyvinkin vapaamieliseksi, mutta kun Nordqvistin naukujaisten johdosta pidetyssä tutkinnossa ainoastaan kaksi ylioppilasta oli merkinnyt nimensä naukujaisten paheksujain luetteloon, niin sitä kaiketi pidettiin mielenosoituksena Venäjää vastaan ja niin saivat kaikki Helsingin yliopiston jäsenet rangaistukseksi tuon lippujen käyttämiskiellon.
Joitakuita vuosia myöhemmin yritettiin saada kielto peruutetuksi, kun luultiin keisarin jo leppyneen, mutta kun ministerivaltiosihteeri oli asian ottanut puheeksi, oli keisari jyrkästi vastannut:
»Keine Rede mehr davon.» (Ei puhettakaan siitä enää.)
Ylioppilaskunnan, laulukunnan ja eri osakuntien lippujen käyttäminen pysyi kiellettynä keisari Aleksanteri II:n hallituksen loppuun asti ja kielto peruutettiin vasta vuonna 1885, kun keisari Aleksanteri III kesällä kävi Helsingissä.
Ylioppilaat, jotka olivat Helsingissä Nordqvistin naukujaisten aikana, tiesivät, ettei syynä niihin ollut mikään muu kuin everstiluutnantti Malmin muiston häpäiseminen. Sen vuoksi tuntui ylioppilasosakuntain lippujen kielto heidän mielestään ansaitsemattomalta rangaistukselta. Eihän noissa naukujaisissa ollut mukana kuin kymmenes osa ylioppilaskunnasta ja vaikka jokainen rehellisesti ilmoitti syyllisyytensä, niin kaikkia kuitenkin rangaistiin. Se oli kohtuuttomuuta, joka koski arkaan kohtaan. Sillä noihin lippuihin kohdistuivat monet rakkaat muistot. Kotoseudun ihmiset, isät, äidit, siskot ja muut sukulaiset olivat liput teettäneet ja lahjoittaneet ei sotilastarkoituksiin, vaan ainoastaan juhlatilaisuuksissa käytettäviksi. Kun tämä kiellettiin, niin ei ole kumma jos mielet katkeroituivat. Epäiltiin, että kun kerran yliopistonopettajien joukossa saattoi löytyä henkilö, joka oman häpeämättömän käytöksensä puolustukseksi julkeni saattaa syytöksillään koko yliopiston nuorison venäläisten silmissä valtiollisten epäilyksien alaiseksi, ja aikaansai lippujen käytön kieltämisen, niin ei ollut mitään takeita siitä, ettei joku venäläinen poliisimies tulisi takavarikoimaan ylioppilaitten lippuja jonkun karsasmielisen viranomaisen käskystä.
Liput laatikkoinensa ja tankoinensa sentähden kätkettiin ylioppilaskirjastoon eikä niiden säilytyspaikasta ollut tietoa muilla kuin taloudenhoitajalla, kirjastonhoitajalla ja kirjaston amanuensseilla. Toivottiin parempia aikoja, jolloin venäläinen mielivalta loppuisi ja aiheettomat epäluulot haihtuisivat.
Hämäläisen osakunnan lippu
Palvellessani amanuenssina ylioppilaskirjastossa olin tilaisuudessa näkemään kirjastossa säilytetyt eri osakuntien liput ja ihailin niiden hienoutta; mutta vaikka niitä lippuja silloin ei saanut käyttää julkisesti muualla kuin koristeena huoneenseinällä kerran vuodessa osakunnan vuosijuhlassa, niin kuitenkin hämäläisen osakunnan jäsenenä tunsin alakuloista mielipahaa siitä, ettei hämäläisillä lippua ollut lainkaan.