Kohta kun Kalvin oli kääntynyt ja alkanut toimia Pariisin evankeelisten piirissä, täytyi hänen paeta tästä kaupungista. Siihen oli aiheena eräs juhlatilaisuus. Hänen ystävänsä Cop, lääketieteilijä, joka oli yliopiston rehtorina, sai vanhan tavan mukaan Pyhäin miesten päivän juhlana pitää puheen. Kalvin valmisti sen hänelle ja käytti aihetta puhuakseen kirkollisten tekojen ansiollisuutta vastaan ja vanhurskauttamisesta uskon kautta Kristukseen. Kuulijakunta hämmästyi, korkeakoulu julmistui, oikeusviranomaiset aikoivat sekaantua asiaan. Cop pakeni Baseliin. Nyt tahdottiin käydä käsiksi hänen salaiseen rikostoveriinsa, joksi Kalvinia arveltiin. Saatuaan varoituksen pääsi hän huoneensa ikkunasta pakoon, pelastautui erään viinitarhurin taloon laitakaupungilla ja sieltä tämän pukeissa, kuokka olalla pujahti Pariisista kenenkään tuntematta. Eräs normandialainen ystävä, du Tillet, otti hänet vieraakseen, piti häntä luonaan vuoden, antoi kirjastonsa hänen käytettäväkseen ja tuli vieraansa kautta evankeeliseen uskoon. Eräässä luolassa kuuluu Kalvin usein saarnanneen ja jakaneen Herran ehtoollista. Erään roomalaisen messun kannattajan keskeyttämänä kerrotaan hänen kerran huudahtaneen: "Kun minulta tuomiopäivänä kysytään, miksi en siihen ottanut osaa, voin sanoa: Herra, et ole sitä käskenyt. Tässä on lakisi, raamattu, jonka minulle olet antanut; siinä en ole huomannut mitään muuta uhria kuin sen joka ristin alttarilla on teurastettu." (Hepr. 9: 44.) Silloin tällöin on Kalvin näissä kokouksissa keskellä puhettaan innostuksen valtaamana vaipunut polvilleen rukoillakseen Jumalan siunausta läsnä oleville, itselleen ja koko Ranskanmaalle.
Ranskassa näytti yhteen aikaan päivä valkenevan ja evankeelisen vapauden aika koittavan. Kuningas Frans I:n sisar, Navarran kuningatar Margareta oli evankeliumille ja uskonpuhdistukselle suosiollinen ja tuki sitä missä voi. Hänen hovissaan oleskeli 80-vuotias Faber Stapulensis, joka jo aikaa oli viitannut uskon ja kirkon uudistukseen, joka evankeliumin kautta tulisi tapahtumaan. Hänen ollessaan Pariisin yliopiston professorina oli hänen ympärilleen kokoontunut monta samanmielistä oppilasta, m.m. Meauxin piispa Briconnet. Huikentelevainen ja aistillinen kuningaskin, joka väliin vainosi puhdasta evankeliumia, väliin sillä koreili, kirjoitti esim. kerran Melanktonille, että hän tulisi Pariisiin tuomaan sinne uskonpuhdistusta. Kuninkaaseen ei ollut luottamista. Kun Kalvin kerran pakopaikastaan uskalsi Pariisiin, eivät siellä asiat olleet omiaan häntä rohkaisemaan. Rajut, hurmahenkiset ainekset, kiihkoiset uudestikastajat pitivät peliään uskovaisten piirissä, ja eräänä aamuna — 14 p. lokakuuta 1534 — nähtiin kirkkojen ja palatsien seinämillä, jopa kuninkaallisen hallituksen ovellakin lentolehti, jossa ankarin ja kiukkuisin sanoin käytiin paavilaisen messun "inhottavien ja suurten väärinkäytösten" kimppuun; "oli pahinta Kristuksen ruumiin häväisemistä, kun ajateltiin hänen olevan taikinapalasessa, joka ehkä joutui hämähäkkien ja hiirien ruuaksi". — Sellainen uhkamielisyys loukkasi syvästi katolilaisten tunteita ja sai kuninkaan raivoihinsa. Seurauksena oli joukottain oikeushaasteita, vankilat tulivat täyteen epäluulon alaisia syyllisiä ja syyttömiä. Moni Kalvinin läheisimmistä, kuten jo mainittu innokas evankeelinen de la Forge, odotti vankilassa ankaraa rangaistusta. Frans I puhui ja toimi niinä päivinä yhtä hirveästi kuin myöhemmin Filip II Espanjassa ja entisinä aikoina Nero. Kuusi polttoroviota rakennettiin eri paikkoihin kaupunkia, ja kuusi evankeelista, joukossa de la Forge, vietiin, ei kuitenkaan yksinkertaisesti poltettavaksi. Heidät laskettiin pitkään tankoon sidottuina tuleen, sitten taas nostettiin ylös, sitten taas laskettiin, kunnes he hitaasti paistuivat. Kuusi kertaa kävi kuningas itse iloitsemassa tästä pirullisesta näytelmästä; mutta ei hän yhdessäkään marttyyrissä tavannut pienintäkään heikkouden tai katumuksen merkkiä; "he kuolivat kaikki uskon kuninkaina murhakuninkaan silmäin edessä".
Nyt ei Kalvinin auttanut enää Ranskassa viipyä: ikävä ja tuska sydämessä jätti hän isänmaansa. Jo aikaisemmin oli hän luopunut palkkapitäjistään. Kaksikymmenviisivuotisena oli hänet Navarran kuninkaan hovissa esitetty vanhalle, kunnianarvoiselle Faber Stapulensikselle, ja tämä oli ennustanut Kalvinista tulevan aseen, jonka kautta Herra pystyttää valtakuntansa Ranskassa. Tämä kyllä jossain mielessä toteutuikin, mutta ei suoranaisesti, vaan kuitenkin Kalvinin toimesta, vaikka kaukaa. Vuoden vaihteessa 1534-1535 läksi hän vaeltamaan ja saapui Baseliin, missä jo oli järjestetty evankeelinen seurakunta. Siellä toivoi hän saavansa hurskasten oppineiden miesten seurassa antautua rauhassa jumaluusopillisiin tutkimuksiinsa. Capito opetti hänelle hepreaa ja lukuhuone oli hänen mielipaikkansa.
Täällä syntyi Kalvinin kuuluisin teos: "Kristinuskon opetus" (Institutio religionis christianse), parhain ja aikanaan täydellisin uskontieteen oppikirja ja uskonpuhdistusohjelma. Ensi painos siitä ilmestyi 1535 ja viimeinen Kalvinin kädestä 1559, ja on sitä näinä 24 vuotena alituisesti paranneltu ja lisätty, lukujen noustessa kuudesta kahteenkymmeneen. Teos on voimallinen Jumalan valtakunnan esitaistelijan kynästä lähtenyt nerontuote, kauniskielinen, syvällisiä ajatuksia ja suurta oppia sisältävä, järjestetty, tarkkaan yhtäjaksoinen kristinopin esitys. Kirjassa on uskonpuhdistusoppi koottu järjestelmään ja on se reformeerattujen kirkkojen käytännöllisen rakennuksen pohjana. Siitä alkaa länsimaisessa kirkkohistoriassa uusi jakso.
Suurenmoisesti vaikuttava on esipuhe. Siinä omistetaan kirja Ranskan kuninkaalle Frans I:lle, jota kehoitetaan tutkimaan valtakunnassaan peräti väärin käsitettyä ja vainottua evankeliumin puhdasta oppia, lakkauttamaan vainot ja alistumaan jumalalliseen totuuteen. "Kuninkaan tekee kuninkaaksi se että hän tietää: minä olen Jumalan palvelija, hänen asettamansa hänen valtakuntaansa hoitamaan. Ken ei tässä mielessä hallitse ja kellä ei ole päämääränä hallituksellaan Jumalan kunniaa edistää, se ei ole kuningas, vaan rosvoliiton päämies. Pahasti erehtyy se, joka toivoo pitkällistä menestystä valtakunnalle, missä ei Jumalan valtikka, nimittäin hänen pyhän sanansa kautta, saa hallita. Me evankeeliset tunnustamme kyllä Jumalan edessä olevamme kurjia ja halpoja syntisparkoja, maailman hylkyjä, niin ettei meillä mitään muuta kerskattavaa ole kuin Jumalan laupeus, jonka kautta pelastuneet olemme. Siitä huolimatta on oppimme ylhäistä ja ihanampaa kuin kaikki maailman valta ja kunnia. Sillä se ei ole meidän, vaan elävän Jumalan ja hänen Kristuksensa. Älä usko, kuningas, herjaajia, että tämä 'uusi evankeliumi', kuten he sanovat, tarkottaa kumousta ja paheiden vallalleen päästämistä! Onko kukaan meidän keskuudessamme kuullut kapinallista sanaa? Ja pitäisihän elämämme olla kaikille herjaajillemme siveyden, hyvyyden, laupeuden, kohtuullisuuden, kärsivällisyyden ja kaikkein hyveiden esikuvana. — Tarkotukseni oli tätä kirjaa kirjoittaessa taivuttaa sydäntäsi ainakin kerran kuuntelemaan asiaamme. Mutta jos viholliset saavat sinun estämättäsi ahdistaa meitä vankeudella, kidutuksilla, miekalla ja tulella, niin kärsimme kuten teurastettavat lampaat loppuun asti kestäen kärsivällisinä ja pannen toivomme Herran väkevään käteen. Hän ilmestyy aikanaan kurjia lunastamaan ja tuhoomaan vainoojat. Herra, kuningasten kuningas, vahvistakoon asemasi vanhurskaudessa ja korottakoon istuimesi totuuden kautta! Baselissa 1 p. elok. 1535."
Aijomme myöhemmin palata tarkastamaan kirjan varsinaista sisältöä.
Kalvinin heikko ruumis oli paljosta henkisestä työstä niin heikentynyt, että hän tarvitsi erityistä virkistystä. Hän lähti yli Alppien Italiaan Ferraran ruhtinaan hoviin, missä ruhtinaan oppinut, uskossa elävä ja lujaluonteinen puoliso Renata (synt. 1510) oli ranskalaisista pakolaisista muodostuneen seurakunnan keskuksena. Pian oli Kalvin seurakunnan paimen ja opettaja, ja erittäinkin ruhtinatar oli hänelle kiitollinen opittuaan hänen kauttaan entistä selvemmin evankeliumia käsittämään. Oleskelu Ferrarassa tuli lyhytaikaiseksi, kun vaino ja epäluulo tämänkin piirin hajalle sai. Kalvin pysyi kuitenkin koko elämänikänsä kirjeenvaihdossa ruhtinattaren kanssa, varoittaen ja vahvistaen häntä. Viimeinen ranskalainen kirje, jonka hän saneli, oli Ferraran herttuattarelle osotettu. Kalvin jätti Italian surkumielin, kun ei ollut saanut aikaan tässä maassa evankeliumin levittämiseksi niin paljon kuin olisi toivonut. "Menin Italiaan", sanoi hän usein, "mennäkseni uudelleen". — Ihminen päättää, Jumala säätää.
Kalvin aikoi käydä muutamien perheasiain takia Ranskassa ja sitten taas palata Baseliin jatkamaan hiljaista opiskeluaan. Sotalevottomuuksien takia täytyi hänen kiertää Geneven kautta, missä hänet kertomuksemme alussa näimme elokuussa 1536.
Ensi vaikutus Genevessä; taistelu ja tappio.
Genevessä oli ennen Kalvinin tuloa tapahtunut kaksi vallankumousta, valtiollinen ja uskonnollinen. Vuosisatoja oli hallitusvalta ollut jaettuna kolmelle mahdille: yksi oli kaupungissa asuva piispa, toinen Savoijan herttua, joka maaherransa kautta oli ylimpänä tuomarina ja sotaväen päällikkönä, ja kolmanneksi porvaristo itse, joka noista kahdesta valtiomahdista huolimatta tunsi itsensä vapaavaltioksi ja valitsi kokouksissaan hallintovirkamiehistön ja neljä pormestaria. Savoijan ruhtinaat koettivat usein päästä yksin hallitsemaan, mutta kohtasivat aina lujaa vastarintaa kaupungin puolelta. Vaarallisemmaksi muodostui asema, kun Savoijan herrat Rooman avulla onnistuivat saamaan piispanviran perittäväksi sukuunsa. Silloin koettivat kaupunkilaiset saada turvaa Sveitsin valaliittolaisilta, erittäinkin Berniltä. Ja kun Savoijan herttua sellaisen liiton selitti kapinaksi, antoi teloittaa sen hommaajat ja vuosikauden Geneveä kuritti ja hävitti, niin muuttui asema kohta hänen lähdettyään taas: kansanvaltainen hallitus asetettiin ja kaupunki varustettiin puolustuskuntoon. Ja kun mielet alkoivat horjua, niin rohkaisivat heitä taas mahtavan Bernin lähettiläät; olivathan he seitsemässä taistelussa valaliiton etupäässä voittaneet Saksan keisarin, Grandsonin ja Murtenin luona tuhonneet Burgundin herttuan, Novaran luona voittaneet Ranskan kuninkaan! Kaikki Savoijan herttuan yritykset raukesivat; vuodesta 1526 on Geneve ollut valtiollisesti vapaa kaupunki.