Kirkollisessa suhteessa oli se tosin vielä piispan alaisena, jolla oli valtiollistakin valtaa. Mutta tämänkin vallan piti murtua. Sitä järkyttelivät osittain berniläiset, jotka kaikkialla, mihin heidän valtansa ulottui, koettivat saada uskonpuhdistusta toimeen, osittain hengellisten virkojen kantajat itse väärinkäytöksillään ja huonolla elämällään. Tiedämme kansan tehneen rynnäkön piispan palatsiin vapauttaakseen kunniallista tytärtä, jonka prelaatti avoimelta kadulta oli ryöstättänyt. On tehty rynnäköitä luostareihin, mihin naisia on houkuteltu ja laahattu. Porvaristo katkeroitui yhä, enemmän hengellistä säätyä vastaan — Genevessä oli sadoittain pappeja ja munkkeja — ja Genevessä käyvät berniläiset moittivat julkisesti pappeja heidän hurjasta elämästään ja yllyttivät geneveläisiä olemaan välittämättä paastokäskyistä ja kirkollisista säädöksistä. Mutta mistä apu tulisi? Miten pahan esimerkin saastuttama kaupunki taas pääsisi kuriin ja järjestykseen? Vangittu Bonnivard, joka Geneven vapauden vuoksi jo paljon oli kärsinyt, sanoi geneveläisten hänen ajatustaan kysyessä: "Te tahdotte parantaa kirkkonne? No, se on kyllä tarpeen sekä oppiin että tapoihin nähden. Sanotte pappien ja munkkien olevan vain aviorikkojia, pelureita ja juomareita; mutta te ette ole hiuksen vertaa heitä parempia. Neuvoni on: jollette itse vilpittömästi tahdo parannusta tehdä, niin antakaa pappien olla rauhassa; samanlaisethan soveltuvat aina yhteen; mutta jos tahdotte kirkkonne parantaa, niin tehkää itse parannus ja kutsukaa evankeelisia saarnamiehiä." — Jälkimäinen vaihtoehto hyväksyttiin. V. 1532 saapui Wilhelm Farel Geneveen Bernistä lähetettynä, ja nyt alkoi taistelu vanhan roomalaisen kirkollisuuden ja uskonpuhdistuksen evankeliumin välillä: — taistelu, joka monen myrskyisen kohtauksen jälkeen loppui siihen, että elokuussa 1535 katolinen jumalanpalvelus kaikissa muodoissa lakkautettiin ja Bernin ja Zürichin mallin mukainen jumalanpalvelusjärjestys juhlallisesti otettiin käytäntöön.
Farel oli tulinen eteläranskalainen (synt. 1489), joka muinoin oli nauttinut hurskaan ja viisaan Faber Stapulensiksen opetusta ja Ranskasta karkoitettu "uuden" evankeliumin intoilijana. Valtavalla puhetaidollaan voitti hän sieluja, mutta voitettujen johtamiseen, järjestämiseen ja hallitsemiseen ei hänellä ollut kyllin kärsivällisyyttä ja viisautta. Siksi oli tuo piispasta ja herttuasta vapautunut ja vapauden nautinnosta huumautunut Geneve kuohuva sekoitus, jota Farel, vaikka hänellä oli toisiakin evankeelisia saarnaajia apunaan, ei pystynyt ohjaamaan. Olemme jo ennen saaneet luoda silmäyksen asemaan. Olemme nähneet, miten Farel v. 1536 Kalvinissa näki taivaan lähettämän enkelin ja avun, Geneveä varten määrätyn miehen, ja vannotti häntä jäämään. Kalvin ei tahdo, hänellä on monta vastaväitettä; hän oli vielä nuori mies, käytännöllisyyttä puuttui, tahtoi jatkaa lukujaan, vaikuttaa kirjallisella työllä eikä tahtonut sitoa itseään yksityisseurakuntaan; hän tahtoi vetäytyä hiljaisuuteen, hänen lukunsa olivat kaukana päämäärästään. — Silloin valtaa Farelin pyhä viha ja korottaen kättään ja ääntään huutaa hän Kalvinille: "Mitä, lukusi? Sanon sinulle Jumalan nimessä: jos sinä kirkon näin suuressa hädässä ollessa kieltäydyt meitä auttamasta ja etsit itsellesi enemmän kuin Kristukselle, niin kiroaa Jumala sinun lukusi." — Silloin murtui Kalvinin vastustus. Jumalan käden tapaamana antautui hän. Kuuliaisena hänelle, jolle hän kääntyessään oli antautunut, heitti hän omat suunnitelmansa ja jäi Geneveen. Hän sai kokea, mitä kaikki voimme kokea: "Toinen vie sinut mihin et tahdo" (Joh. 21). — Hän sai kokea myöskin, mitä mekin, että mitä enemmän me mieliharrastuksiamme ja omia suunnitelmiamme heitämme kieltäen itsemme velvollisuuden vaatiessa, sitä myöten siunaantui meille tietoa ja viisautta ja hedelmää kantavaa elämää. Elämä on ihmisten valo; elämä kulkee edeltä, ja Herran työhön ei tarvitse edeltäpäin tulla valmiiksi.
Kaikessa hiljaisuudessa alkoi Kalvin Genevessä työnsä ja jäi melkein huomaamattomaksi 20 vuotta vanhemman Farelin rinnalla, joka siellä oli roomalaisvallan muuriin läven murtanut. Farelilla oli kuitenkin melkein taikauskoinen kunnioitus nuorta virkatoveriaan kohtaan. Tämä vanhemman uskonpuhdistajan ehdoton mukautuminen nuoremman tahtoon kuvaa sen miehen henkistä etevyyttä, joka tästä puoleen yhä enemmän ja enemmän otti käteensä Geneven kohtalot. Aluksi rajoitti Kalvin toimintansa julkisiin raamatullisiin luentoihin ja oli jonkun aikaa viratta ja palkatta. Sitten valittiin hänet saarnaajaksi, menestyi siinä toimessa hyvin ja kotiutui pian uudessa maaperässään. Kun hän ensi kerran oli saarnannut, juoksi kansaa laumoittain hänen asunnolleen vakuuttamaan hänelle tyytyväisyyttään. Kalvin voi tuskin pidättää kyyneleitään ja hänen täytyi niille, jotka ensi päivänä eivät olleet kuulemassa, luvata seuraavana päivänä taas saarnata. Uusi vetää puoleensa; kuitenkaan ei tässä ollut vain uutuus; vielä hänen vanhanakin ollessaan annettiin hänestä todistus, että häntä kuunneltiin kaikkein mieluimmin. Kuten kansa, niin oli neuvostokin häneen ihastunut.
Mutta Kalvin ei ajatellut pelkällä saarnaamisella suorittaneensa täällä saamansa tehtävän. Kalvinille oli sietämätön se evankeelinen epäjärjestys, mikä Farelin aikana oli syntynyt. Hän koetti auttaa asiaa. Henkien piti tietää, sekä mistä he olivat päässeet irti, että myöskin mihin uskossa ja elämässä kristittynä oleminen heitä velvoitti. Jos Kristuksen palvelijat ovat rakentajia ja Jumalan salaisuuksien huoneenhaltijoita (1 Kor. 3 ja 4), niin ei tässä ole kysymys vain purkamisesta ja hajoittamisesta, vaan myöskin rakentamisesta ja Jumalan huoneen järjestämisestä ja pyhästä armovälineiden hoidosta. Siksi pyrki Kalvin kirkolliseen tunnustukseen ja kristillissiveelliseen elämän järjestykseen, tahtoen yleensä saada aikaan elämän uudistuksen. Yhdessä Farelin kanssa kyhäsi hän uskontunnustuksen ja teki katkismuksen. Edellinen oli tarkotettu kansalaisten juhlallisesti hyväksyttäväksi, jälkimäinen nuorison ja muiden, joille se tarpeellista oli, ahkerasti käytettäväksi. Kristillinen tapain valvonta piti saataman aikaan, ja sen kautta estettäisiin huikentelevaisuus ja pahennukset. Kaikkeen tarjosi neuvosto apuaan. Tärkeä oli nimenomaan ehtoolliselta sulkemisjärjestys, jonka kautta ne, jotka eivät hyväksyneet uskoa tai rikkoivat kristillistä elämänjärjestystä vastaan, saivat ensin varotuksen ja sitten suljettiin Herran ehtoolliselta. Jos joku tätä hengellistä rangaistusta halveksi, kävi maallinen esivalta asiaan käsiksi. Jumalanpalvelukseen otettiin virrenveisu apostolisena tapana.
Uusi kirkko- ja elämänjärjestys oli hyvin ankara; mutta kun ei ollut mitään ihmisen muodon katsomusta ja kun yleisesti tunnustettiin, että sekasorto ja leväperäisyys oli saatava loppumaan, niin hyväksyi neuvosto ja kansa Kalvinin ehdotukset. Sisällisesti vastahakoisiakin piti kurissa evankeelinen saarna, joka hallitsi yleistä mielipidettä, niin että he näyttivät kristillisemmiltä kuin mitä olivat. Ankarat määräykset julkaisi neuvosto sabatin rikkomisesta, pelaamisesta ja kelvottomien laulujen laulamisesta julkisilla paikoilla. Eräs koruompelija sai kolme päivää vankeutta, kun oli morsiamen liian komeasti pukenut; mies, joka salaisuudessa oli jatkanut pelihuoneen pitoa, sai seista häpeäpaalussa kortit kaulassa; aviorikkoja joutui vuodeksi pannaan, ja pyöveli kuljetti häntä rikostoverinsa kanssa pitkin kaupunkia; ei kärsitty enään julkista tanssia, joka todella olikin mennyt häpeämättömyyteen. Tässä esimerkkejä ankarasta kurista, johon Geneve taipui, hurskasten saarnamiesten pyhän innon hetkeksi vallatessa heidät ikäänkuin taikavoimaila.
Mutta jo vuonna 1537 häiritsi paha tuuli työtä. Tohtori Caroli nousi evankeelisessa synodissa syyttämään Kalvinia harhaopista ja kirkosta luopumisesta, kun hänen kirjoituksissaan ei esiintynyt käsitteitä "persoona" ja "kolminaisuus", kuten vanhimman kristillisen kirkon tunnustuksissa. Rohkeasti sysäsi Kalvin syytöksen syyttäjänsä silmille sanoen: "Todistan näiden veljien edessä, että sinulla on yhtä vähän uskoa kuin koiralla tai sialla". Synodi tunnusti Kalvinin oikeauskoiseksi ja t:ri Caroli, jonka elämä ei suinkaan ollut nuhteetonta, sai mennä matkaansa. — Samoin sai uskonpuhdistaja taistella hurmahenkisiä uudestikastajia vastaan, joita Hollannista oli saapunut. Nämät halveksivat kaikkia siveellisiä, yhteiskunnallisia ja kirkollisia lakeja ja elivät lihallisen mielen mukaan. Päivät päästään taisteli Kalvin näitä sekaantuneita henkiä vastaan ja neuvosto karkoitti heidät kaupungista. Porvaristosta itsestäänkin nousi yhä enemmän ääniä uskonpakkoa ja tapain ankaruutta vastaan. Koska uskontunnustuksessa, johon oli vannouduttu, oli muun muassa Jumalan kymmenen käskyä, sanoi moni, että kymmenet käskyt oli niin vaikeita, ettei niihin voinut vannoutua, ja olihan se muka tarpeetontakin, kun emme ole lain, vaan armon alla. Unohdettiin, että jumalalliset siveyskäskyt, erotettuina Mooseksen lain ulkonaisista säädöksistä, ovat ijankaikkisesti päteviä, ja että Kristus ei ollut tullut lakia kumoamaan, vaan täyttämään, kuten vuorisaarna opettaa. Vastustuspuolue, joka myöhemmin sai nimen "libertiinit", koskapa tahtoivat vapaata elämää viettää, vahvistui nopeasti ja selitti ettei aijottu enään sietää saarnaajain pakkovaltaa. "Sitä vartenko olemme taistelleet vapautuaksemme herttuasta ja piispasta, jotta taipuisimme tämän 'ranskalaisen' ikeen alle?" Itse Bonivard ja muita ansiokkaita ja arvokkaita kansalaisia liittyi vastustuspuolueeseen, ja suruksemme näemme tällaisten miesten liittyvän kansan huonoimpiin aineksiin, jotka halusivat vain vapautta intohimoilleen. Vastenmielisyys, kapinamieli, julkea hillittömyys, raju riehunta kaduilla ja ravintoloissa paisui paisumistaan. Hallitusvaaleissa (alussa vuotta 1538) voittivat Kalvinin vastustajat, ja nyt tahdottiin saarnaajille näyttää, kuka oli herrana. Syy välien rikkomiseen keksittiin. Bernin kirkoissa käytettiin ehtoollista vietettäessä happamatonta leipää ja Kalvin käytti tavallista; Geneven neuvosto tahtoi näyttää mahtiaan käskien saarnaajilleen, miten heidän oli meneteltävä. Nämät panivat vastalauseen kirkon vapauden nimessä. Silloin käskettiin heidät ulos. Pääsiäinen oli tulossa. Yöllä ennen tätä juhlaa oli kuin olisivat helvetin vallat irrallaan. Kirousta ja raakaa laulua kuului, uskonpuhdistajien oville koputettiin pyssynperillä, hurjina huudettiin: "Virtaan heidät!" — Ja tämä kansa tulvi sitten aamulla kirkkoihin, joissa Kalvin ja Farel saarnasivat. Molemmat miehet ilmestyivät aikanaan paikoilleen ja pitivät saarnan, vaikka uhkaavat miehet ja katseet olivatkin heitä vastassa. Tahdottiin nähdä, tottelisivatko he ehtoollista jakaessaan esivallan määräystä. Mutta Kalvin ja Farel eivät antaneet pelotella itseään. Saarnattuaan ensin Herran ehtoollinen oikean ja siunauksellisen nauttimisen edellytyksistä selittivät he molemmat, etteivät voineet sellaiselle kansalle ehtoollista jakaa; se tulisi pikemmin vihan kalkin kuin elämän sakramentin nauttimiseksi.
Vielä samana päivänä kokoontui neuvosto, seuraavana päivänä kahdensadan neuvosto, ja tiistaina yleinen kansalaisneuvosto antamaan tuomiota saarnaajille. Enemmistö päätti, että Kalvinin ja Farelin oli kolmen vuorokauden kuluessa jätettävä kaupunki. Määräpäivänä jättivät he Geneven "iloisempina kuin oikeastaan oli sopinut" (kuten Kalvin myöhemmin sanoi). He menivät Berniin apua etsimään, sieltä Zürichiin, missä juuri oli koolla evankeelinen synodi. Täällä myönsivät he ehkä kyllä jossain kohdin olleensa liian ankaria, mutta olivat alttiit ottamaan vastaan ojennusta.
Koolla olevat isät antoivat tunnustuksen molempien innolle, mutta suosittelivat heille kuitenkin kristillistä "kärsivällisyyttä" valistumattoman kansan keskuudessa toimiessaan ja antoivat berniläisille toimeksi koettaa saada karkoitetut taas Geneveen.
Yritys meni kerrassaan myttyyn. Tosin tarjosi Bern, jonne Kalvin ja Farel pettynein toivoin palasivat, vielä apuaan karkoitettujen sovittamiseen, mutta ei ilman tuntuvia nöyryytyksiä uskonpuhdistajille. Mieliala oli Bernissä vähän muuttunut heitä vastaan Genevestä tulleiden tietojen kautta. Heitä syrjäytettiin, jollei suorastaan halveksien kohdeltu. Kuten syntisparkain, täytyi heidän usein virkaveljiensä ovilla odottaa tuntikausia kunnes heidät päästettiin sisälle. Silloinen vaikutusvaltaisin berniläinen saarnaaja Kunz otti heidät vastaan kiivailla syytöksillä ja uhkauksilla. Koskaan eivät Geneven uskonpuhdistajat voineet unohtaa Bernissä kärsimiään nöyryytyksiä. Säälivämpiä kuin jumaluusoppineet olivat maalliset viranomaiset, jotka lopulta lähettivät molempien saarnaajien mukana lähetystön Geneveen pyytämään kansan karkoittamispäätöksen peruuttamista. Kalvin ja Farel eivät kuitenkaan saaneet kaupunkiin tulla ja lähetystöstä huolimatta jäi kansanpäätös voimaansa. Raskain mielin palasivat uskonpuhdistajat Berniin; neuvostolle hyvästi sanomatta lähti Farel Neuenburgiin ja Kalvin hiljaiseen Baseliinsa.
Yleinen mielipide ei siihen aikaan yleensä ollut karkotettujen puolella. Kalvinin ystävä du Tillet kirjoitti hänelle näihin aikoihin Ranskasta: "Sinun on punnittava, onko Jumala täten ilmaissut tyytymättömyytensä työhösi ja tahtooko hän sinua nöyryyttää, jotta ihania lahjojasi, joilla hän sinut on varustanut, käyttäisit paremmalla tavalla hänen kunniakseen ja hänen valittujensa pelastukseksi." Niinkin lempeä mies kuin Bucer ei ollut ehdottomasti Kalvinin puolella ja lausui moitteita. Kalvin itse alkoi ymmärtää, mikä oli Jumalan tarkotuksena antaessaan hänen tulla kartoitetuksi Genevestä. Hän kirjoitti Farelille, joka Neuenburgiin oli saarnaajaksi kutsuttu: "Meidän tulee nöyrtyä, se on Jumalan tahto, ja me tahdomme nöyrtyä, ettemme joutuisi itse Jumalaa vastaan taistelemaan. Pankaamme toivomme Jumalaan." — Kun Mooses ensi kerralla nousi Israelia vapauttamaan oman lihansa ja tahtonsa voimalla, ei se käynyt; mutta kärsimysten koulussa puhdistettuna oppi hän kärsivällisesti panemaan toivonsa Jumalaan, ja niin se toisella kertaa menestyi.