Mutta ylioppilaat, jotka halusivat akateemista oppiarvoa maisterinnimineen ja muine etuisuuksineen, olivat vielä velvolliset julkaisemaan kaksi latinankielistä väitöskirjaa ja niitä julkisesti vastaväitteitä vastaan latinaksi puolustamaan. Siihen olivat he jo useamman vuoden valmistautuneet. Olivat kuunnelleet luentoja, kirjoitelleet latinalaisia aineita ja harjaantuneet osakuntain kokouksissa väittelemään. Vaan ei ollut väitteleminen eikä väitöskirjan kirjoittaminen sittenkään helppoa, semminkin kun latinanopiskelu oli joutumassa vain sivutyöksi ja latinantaito kävi harvinaiseksi. Kiusaantunein mielin ajatteli ylioppilas väittelyä, jonka menon hän jo entuudeltaan toveriensa väittelyistä tunsi. Hän arvattavasti samaten kuin moni muu sammallellen toistelisi vastaväittäjän hyvin valmistettuja latinankielisiä hyökkäyksiä koettaen niihin siinä silmänräpäyksessä vastineen tapaista keksiä, hätäyksissään törkeästi loukkaisi kieliopin tärkeimpiä sääntöjä tahi juhlallisesti vaijeten vilkuisi professoriinsa, joka kunniansa tähden olisi pakotettu tulemaan oppilaalleen avuksi. Oppisali olisi puolillaan ylioppilaita, jotka hänelle nauraisivat, ehkäpä joku nenäkäs vielä nousisi kahden lakimääräisen vastaväittäjän jatkoksi ylimääräisenä häntä kiusaamaan. Ja professorienkin tähden, jotka siellä täällä kuulijain joukossa istuisivat, saisi hän hävetä, kunnes juhlallisuus vihdoinkin loppuisi muutamilla ulkoa opituilla latinalaisilla korupuheilla, joilla puolustaja, vastaväittäjä ja professori laittelisivat mikä toisen suurta oppia ja kaunopuheisuutta, mikä toisen kiitettävää malttia ja hienotunteisuutta.
Ei ollut kovin kummeksuttavaa, että monikin ylioppilas vihasi väittelyä kaiken vanhanaikuisen hedelmättömän liikaoppisuuden ilmauksena, ja että moni professori toivoi ylioppilaitten aikaa käytettäväksi parempiin. Mutta Porthan oli toista mieltä. Hänestä "harjaantui nuoriso latinankielen käyttämisessä, vieläpä oppi yleensä rohkeasti ja vaivatta esittämään sanottavansa, katsomaan asiaa useammalta taholta, nopeasti erottamaan, mikä enemmän tai vähemmän kuului pääkysymykseen ja helposti selvittämään esitettyjä ja esiintyviä vaikeuksia". Mutta jotta väittelyistä tällaista hyötyä olisi, piti niitä oikealla tavalla valmistaa. Porthanin oppilaat väittelivätkin hyvin aineeseensa perehtyneinä ja heidän akateemiset julkaisunsa olivat, mikäli mahdollista, heidän ja heidän opettajansa yhteistyön tulos.
Porthan kirjoitti kumminkin itse sellaiset julkaisut, jotka kävivät oppilaan ensimäisestä väitöskirjasta. Hän antoi näet ylioppilaitten harjoitusväitöskirjoina painattaa ja pienissä osissa julkaista hänen omia laajoja tutkimuksiaan. Tällä tavalla olivat Porthanin kirjastonhistoria, hänen tutkimuksensa suomalaisesta runoudesta ja hänen julkaisemansa piispa Juustenin päiväkirja ilmestyneet. Näin kesti teosten julkaiseminen kauvan ja painatus tapahtui yhtämittaisilla keskeytyksillä, mutta tutkimus meni akateemisten töitten lomassa ja teokset saatiin painetuiksi nuorten väitöskirjan puolustajain varoilla. Siksipä oli tämä julkaisutapa akatemian opettajain kesken tullut tavalliseksi.
Ylioppilaitten ei tarvinnut tällaisia suurten tutkimusten kappaleita puolustaa, vaan heitä varten painettiin väitöskirjan eteen muutamia oppilauselmia ja näistä he saivat vastata. Oppilauselmat olivat monenlaatuisia. Niissä esitettiin joku juuri luennoilla kuultu, vastakeksitty totuus, tärkeä tieteen peruslauselma tahi käytännöllinen elämänviisaus. Niistä väitellessä tottuivat nuorukaiset keskustelemaan kysymyksistä, jotka olivat tulleet paljon pohdituiksi ajan muotikysymyksiksi, tahi ikuisista totuuksista, joihin jokainen sivistynyt aina tunsi tarvetta suhtautua. Tämäntapaisia lauselmat olivat:
"On kaikissa kansoissa uutteran kielen viljelemisen ja tarkan ajatustoiminnan menestymisen välillä läheisempi suhde kuin yleensä luullaan."
"Se, joka haluaa sielutiedettä oikein ja menestyksellä esittää, tuntekoon myöskin anatomiaa ja fysiologiaa."
"Väärin on luulla runouden ainoastaan huvitusta varten olevan olemassa."
Toinen, niin sanottu graduaaliväitöskirja oli useimmissa tapauksissa Porthanin ja jonkun ylioppilaan yhdessä laatima. Porthan määräsi oppilaalleen aineen alalta, joka tälle oli luennoilta tuttu, ja mielellään senlisäksi sellaisen, josta oppilas erikoisesti oli huvitettu. Ylioppilas Snellman, joka oli soitantoa harrastava ja itse taitava viulunsoittaja, sai kirjoittaa väitöskirjansa aineesta "Musiikin ja ihmismielen läheisestä suhteesta ja edellisen merkityksestä jälkimäisen viljelemisessä". Innokkaan suomenkielen ystävän ja kansanrunojen kerääjän Erik Lencqvistin poika kirjoitti "Vanhain suomalaisten opillisesta ja käytöllisestä taika-uskosta" ja tässä väitöskirjassa tulivat isän keräelmät ja tutkimukset julkaistuiksi. Niinikään perustui ylioppilas Alopaeuksen väitöskirja "Porvoon historia" hänen isänsä, porvoolaisen kymnaasinlehtorin muistiinpanoihin. Milloin koetti Porthan graduaaleillaan hyödyttää suomalaista tutkimusta, milloin taas antaa nuorisolle esityksen yleishyödyllisestä asiasta tahi tärkeästä ajan kysymyksestä. Usein ne sitäpaitsi soveltuivat ylioppilaan vastaiseen elinuraan.
Porthan kaikessa opetuksessaan antoi juuri sitä tietoa, jota sillä hetkellä katsoi oppilailleen välttämättömimmäksi: sitä hän jakoi luennoilla, kirjoitusharjoituksissa, väitöskirjain oppilauselmissa ja itse väitöskirjoissa. Yksi esimerkki lukemattomista tarjolla olevista riittäköön hänen menettelyään valaisemaan.
Oikeana valistusajan miehenä koetti Porthan kaikin voimin vastustaa sen ajan hämäriä ja mystillisiä oppeja, jotka perustuivat ihmisten ylenluonnollisen kaipuuseen, kuten svedenborgianismia ja magnetismia. Niitä oppeja piti hän vain heikkouden ilmauksina ja ennakkoluulojen synnyttäminä. "Katsoen ajan merkkeihin, jotka ovat näyttäytyneet", kirjoittaa Porthan eräälle ruotsalaiselle ystävälleen vuonna 1788, "olen kuitenkin pitänyt velvollisuutenani myöskin oman vähän kykyni mukaan palvella maanmiehiäni (erittäinkin nuoria ylioppilaitamme, joiden tulee viedä kotiin hyödyllisiä ja järkeviä tietoja) selityksillä, jotka tarkoittavat tätä tilapäistä tarvetta. Herra Professori huomannee sen muutamista teeseistä, jotka ovat Suomen historiaa koskevan väitöskirjani alussa: olen käyttänyt tätä tilaisuutta antaakseni nuorisolle muutamia tarpeellisia aatteita, jotka kaikella uutteruudella olen selvittänyt. Olen myöskin tällä lukukaudella pitänyt yksityisiä luentoja sielutieteestä jotenkin lukuisalle auditoriolle antaen kuulijoilleni terveitä periaatteita, mitkä koskevat oppia unista, näyistä, ekstaaseista, innottelemisista, hulluudesta sekä sen kaikista lajeista ja asteista, aavistus- ja ennustuskyvyistä ynnä muusta samanlaisesta." Samantapaisista asioista, "ennakkoluuloista", "ennakkoluulojen hävittämisestä", "haamuista", "ihmeistä" j.n.e. Porthan kirjoitutti kokonaisia väitöskirjojakin. Ja erikoisesti suomalaiseen tutkimukseen syventyen hän samoihin aikoihin kirjoitti väitöskirjan "Suomalaisten noituuden maineesta".