Isän onnettomuus hajotti heti hänen perheensä. Nuori Henrik Gabriel joutui enojensa kasvatiksi. Senkautta vaikuttivat häneen paljoa välittömämmin ja voimakkaammin ne mielipiteet ja tunteet, ne harrastukset ja pyrinnöt, jotka olivat äidin suvussa kulkeutuneet perintönä. Ja sukuun liittyi niin paljon muistoja, niin paljon esimerkiksi kelpaavaa toimintaa. Polveutuihan Porthanin äidinäiti itse Mikael Agricolasta, suomalaisen kirjakielen luojasta. Ja jos täytyneekin olettaa, että tämä vanha sukumuisto oli jo jälkeläisten tietoisuudesta haihtunut, niin olihan paljoa läheisempi, paljoa rakkaampi esikuva heidän muistissansa. Porthanin äidin setä oli näet Daniel Juslenius, kansallisuutemme innokas ihailija ja puolustaja. Syvästi oli Jusleniukseen koskenut suomalaisen kansan hyleksitty tila, ulkolaisten pilkka ja omainkin miesten halveksuva välinpitämättömyys. Hän tahtoi maansa maineen kirkastaa, näyttää, että suomalaiset olivat ikivanhaa alkukansaa, Magogista, Japhetin pojasta, polveutuvaa, paljon olivat he urotöitä toimittaneet ja suuri oli heidän pakanallisten kuninkaittensa valtakunta ollut. Ja miten olikaan heidän kielensä komeaa, voimakasta ja ihmisten mieliä liikuttavaa ja miten somia olivatkaan heidän runonsa ja sananlaskunsa! Kansan kieleen, runouteen ja historiaan Juslenius yhäti enemmän kiintyi, kirjoitti niistä tutkimuksia ja keräili tietoja. Suuri suomalainen sanakirja oli hänen pyrkimystensä viimeinen tulos. Vuonna 1752 Juslenius kuoli kaukana Ruotsinmaalla Skaran piispana, mutta hänen harrastuksensa säilyivät arvokkaana perintönä sukulaisten ja ystäväin piirissä.
Ensin joutui Porthan Kustaa Jusleniuksen, Kruunupyyn kirkkoherran luokse. Kiitollisena hän jälkeenpäin muisteli enon hänelle, aikaisin kodittomaksi joutuneelle poikaraukalle, osottamaa hellyyttä ja huolenpitoa. "Olenhan kokonaan Sinun velallisesi, melkein kaikki olen Sinulta saanut," näin hän lausuu ylioppilaana esikoisteostaan enollensa omistaessaan. "Kokonaista kaksitoista vuotta ja enemmänkin pidit minusta isällistä huolta, nautin pojan oikeutta. Sinähän ensinnä riensit meille haaksirikkoutuneille avuksi ja annoit minulle kodin sekä turvan silloin, kun luontainen suojelijamme ja ohjaajamme oli melkein kadotettu. Sinäpä sen lisäksi ensinnä minussa lukuhalua herätit ja itse minua opastit lukemaan. Vaivalloisen virkasi estämänä minut sitten muitten kasvatettavaksi annoit. Aina minua opetit muistutuksillasi ja neuvoillasi. Sinähän minua kolmisen vuoden ajan kokonansa ylläpidit tässä kuuluisassa tieteitten tyyssijassa etkä mitään kustannuksia pelännyt, jotta henkeni nauttisi hyödyllisiä ja tärkeitä tietoja." Yliopistolliset omistuskirjoitukset olivat tavallisesti tyhjiä korulauseita täynnänsä, mutta tässä oli muutakin. Siinä tuntuu tunnetta sanoista.
Jo alusta pitäen, enonsa avustamana ensimäisiä askeleitaan opintiellä ottaessaan, Porthan mieltyi lukuihin ja innostui jo huvikseen syventymään Sleidanuksen suureen latinankieliseen teokseen "neljästä maailmanvallasta". Samalla alkoi kotiopetus akatemiasta tulleitten maisterien johdolla. Ensimäinen oli Henrik Hyllén, porvarinpoika Turusta, vähiin vaatimuksiin tottunut, uuttera ja rehellinen nuorukainen, joka kirjoiltansa unohti elämän käytännölliset puuhat ja joutavat pikkuasiat. Eipä edes oppilastansakaan hän huomannut valppain silmin seurata. "Hän ohjasi minua yhdeksän vuoden ajan eli oikeammin antoi minun enimmästä päästä itse ohjata itseäni," kertoo tunnettu ruotsalainen kynäilijä Gjörwell, hänkin Hyllénin oppilaita; "paitsi että hän osaksi syvennytti minut; metafysiikan pimentoihin, osaksi nosti minut matematiikan kirkkaisiin korkeuksiin, joita seutuja varten en suinkaan ollut luotu, sen sijaan, että hänen olisi pitänyt ottaa selville se aines mikä minussa oli, seurata ja jalostaa sitä. Sen vähän minkä osaan opin itse." Hyllénin jälkeen tuli useita muita kotiopettajia.
Joskaan ei kotiopetus aina mallikelpoista ollut, oli se kumminkin parempaa kuin vanha latinakoulu. Täällä kouluutettiin köyhäin ihmisten lapset kylmässä kouluhuoneessa, opettajan kurituksen alaisina. Harvoja kouluaineita he lukivat ja vähän he oppivat, mutta sen sitä tarkemmin. Heidän piti ulkolukuna lukea Svebiliuksen katkismus, Benzeliuksen uskonoppi, Cellariuksen kielioppi sekä muutamat muut koulukirjat, kerta toisensa jälkeen kannesta kanteen, neljästi, viidesti, kuudesti. Joskus selitettiin sisältö, usein ei, mutta aina piti vaikeat säännöt ja määrittelyt olla muistissa. Latina, kreikka, heprea ja uskonoppi olivat pääaineina, mutta yliluokilla opetettiin vähän laajemmalta maantiedettäkin ja historiaa, mittausoppia ja laskutaitoa. Näin valmistuneina laskettiin oppilaat yliopistoon, jossa he pääaineitaan jatkoivat papeiksi päästäkseen.
Oli sentään toista saada kotiopetusta. Sattuihan toisinaan kotiopettaja, joka ei liikoja lapsesta välittänyt, istui vain umpimielisenä kamarissaan ja vastasi äreästi pojan uteliaisiin kysymyksiin, vieläpä näytti syötäessäkin niin ajatuksiinsa vaipuneelta ja oppineelta, ettei tiennyt miten hänen kanssaan olla. Ja oli niitä semmoisiakin, jotka vain tahtoivat tiedoillaan loistaa, ottivat neuvoakseen ja opettaakseen koko talon väkeä ja turhantarkasti korjailivat kaikkia poikain puheita ja tekoja. Vaan ulkoa ei ainakaan tarvinnut niin paljon asioita lukea eikä niitä ymmärtämättä mielessään pitää. Sillä kotiopettaja oli akatemiassa ollessaan kuullut uudemmanaikaisesta opetustavasta ja semminkin jos hän oli ehtinyt lukea Mennanderin äsken-ilmestyneen väitöskirjan nuorison kasvatuksesta, tiesi hän kyllä, että lapsille ensin piti selittää asiat tarkalleen, todistaa ne oikeiksi järkisyillä, ottaa sopivia esimerkkejä avuksi ja kauniisti heille kuvailla miten perin huvittavia ja hyödyllisiä oppikirjan tiedot todella olivat. Vasta sitten tuli ne ulkoa lukea. Näin säästyi lapsi hämäristä ja erehdyttävistä käsitteistä, ennakkoluuloista, jotka varjon tavoin olisivat hänen vastaista elämäänsä samentaneet.
Ja oli aineissakin eroa. Maisteri oli akatemiassa kuunnellut luonnontieteitä, taloustiedettä, ranskankieltä ja ehkä saksaakin, siveysoppia hän osasi ja viisaustiedettäkin. Nämät olivat tieteitä, joista elämässä oli käytännöllistä hyötyä eikä opilla mitään arvoa ollut, ellei sitä saanut elämässään käyttää. Näin oli opettaja selitellyt ja näin ajattelivat monesti pojan vanhemmatkin. Sellaisella opetustavalla jolla opettaja opetti ehti pian opintonsa loppuun ja pääsi varsin nuorena lukujansa yliopistossa jatkamaan. — Että tuollaisella opetustavalla useasti tottui väittelemään ja järkeilemään asioista niitä tuntematta ja antoi opettajansa itseensä tietoja ammentaa omasta puolestaan liioin itseään rasittamatta, oli myöhemmin hyvinkin tavalliseksi huomattu vika. Vaan näiden aikain kotiopetus ei ollut vielä sellaisiin liiallisuuksiin kehittynyt, siksi siinä oli liiaksi latinakoulun jälkiä.
Tällaiset olivat opetusolot kun Porthan, poikana vielä, opetteli tieteitten ensi alkeita. Ja näin saivat sivistyksensä ne nuorukaiset, jotka tähän aikaan ja vielä koko joukon myöhemminkin valmistautuivat Turun akatemiaan pyrkimään. Niitä olivat Porthanin ylioppilastoverit ja myöhemmin hänen oppilaansa. Toiset olivat latinakoulunkäyneitä talonpoikaisylioppilaita ja porvarispoikia, varattomia ja käytökseltään ujoja. Ne ottivat oppiarvon tai pappistutkinnon. Toiset tulivat virkamiesten kodeista ja joukossa oli pappien tahi porvarienkin lapsia, enimmäkseen kotiopetusta saaneita. Näistä tuli maamme virkamiehet ja sotilaat.
Viidentoista vanhana Porthan tuli ylioppilaaksi, merkittiin yliopiston jäsenkirjaan 5 päivänä marraskuuta 1754 ja vastaanotettiin pohjalaiseen osakuntaan. Samaan aikaan hän joutui toisen enonsa, Piikkiön tuomiokunnan tuomarin, Petter Juslénin holhottavaksi. Hänelle aukeni nyt ylioppilaselämä Suomen vanhassa akatemiakaupungissa, uudet tuttavapiirit ja uudet olot.
Ei ollut Turussa erikoisia merkillisyyksiä; näöltään ja laadultaan oli se yhtä paljon maaseutukaupunki kuin maamme keskusta. Kadut keskikaupungilla olivat kapeat ja mutkikkaat siinä kun ne vanhain kivirakennusten ja matalien puutalojen välitse kulkivat Aurajoen ainoalle sillalle. Vanha tuomiokirkko erottautui mahtavasti muista rakennuksista, sen juurella sijaitsi monin kerroin korjattu ja paikattu akatemiahuoneusto ynnä kirjasto. Hovioikeuden presidentin asunto ja raastupa olivat niiden ohella ainoat huomattavat rakennukset. Jokea kulkivat pienet matalakulkuiset alukset tuoden suuremmista lastattuja tavaroita ja sen rantoja seurasi rakennusrivi hyvän matkaa varsinaisen kaupungin ulkopuolelle. Paitsi porvaristoa asui Turussa joukko ruotsinkielisiä virkamiesperheitä, ja upseerejakin oli sinne majoitettu. Ne olivat kaupungin hienostoa, seurasivat Tukholman hovijuoruja ja valtiopäiväjuonia, tunsivat tarkoin toinen toisensa elämää ja oloja sekä kertoivat mielellään talonostoista, virkainmyynneistä ja kihlauksista. Tietysti ei yleisten asiainkaan harrastusta kokonaan puuttunut ja milloin joku kuninkaallinen merkkipäivä oli vietettävä tahi isänmaallisia raha-uhrauksia tehtävä osottautuivat turkulaiset innokkaiksi isänmaanystäviksi.
Akatemian opettajatkin kuuluivat kaupungin virkamiespiireihin ja heillä oli täydelleen vapaudenajan virkamiesten katsantotapa. Opettajatointa pidettiin ensi sijassa tuottavana tulolähteenä tahi yhteiskunnallista arvoa antavana omaisuutena; professorinpaikkoja ostivat opettajat toinen toisiltaan, siirsivät niitä sukulaisilleen ja tuttavilleen tahi pyydystelivät niitä kumarrusmatkoillaan Tukholmassa. M. J. Vallenius antoi vuonna 1758 professori Kraftmanille 3000 kuparitaaleria, jotta tämä olisi hakematta matematiikan-professorin virkaa. Samana vuonna ehdotettiin P. A. Gaddia kemian-professoriksi. "Yhtenä syynä siihen, että hän sitä haki," näin arvelee ainakin Vallenius, "lienee se, että hän kosii piispa Browalliuksen toista tytärtä ja ajattelee, että olisi vähän kunniallisempaa, jos hän olisi professori arvonimeltään. Muuten olen kuullut, että sekä tohtori Haartman että maisteri Pihlman, kemian-dosentti, ovat harmissaan siitä, että tämä tapahtui niin salavihkaan ja ettei tavallista ehdollepanoa tehty." Runouden professori Nääf oli sentään virkainhaussa innokkain. Vuonna 1761 valittaa professori Hassel, että Nääf yhtämittaa kiusaa häntä eroamaan virastaan ja luovuttamaan sen hänelle. Seuraavana vuonna pyrki Nääf kynsin hampain historian ja siveysopin professoriksi. Hänen kanssahakijansa Bilmark kertoo tästä: "Milloin uhkaa hän, kuten herrat professorit kertovat, tehdä akatemian onnettomaksi, jos hänet sivuutetaan, milloin hän surkeasti valittelee sortoa ja vainoa, milloin hän taas pitää tanssiaisia. Muutamia päiviä sitten oli hänen luonaan useita professoreita kesteihin kutsuttuina." Vuosikausia oleskeli Nääf virkavapaana Tukholmassa etujaan valvomassa.