Porthan toimitti siitä jäljennöksen itsellensä. Se maksoi paljon ja valmistui vähitellen. Mutta kun osia siitä viimeinkin alkoi Turkuun saapua, huomasi Porthan heti, että tässä oli ihan verraton aarre hänen käsiinsä joutunut. Turun tuomiokapitulin kirjurit olivat kirjaan kopioineet kaikki kirjeet ja asiakirjat, jotka koskivat Suomen kirkkoa, sen hallintoa ja sen oikeuksia. Sitä lukiessa tuntuu keskiaika niin elävältä, kuin itse siinä eläisi. Aatelismiehet ja porvarit lahjoittavat avoimilla kirjeillä kirkolle tilojaan ja talojaan metsineen, kalavesineen ja muine etuuksineen oman autuutensa sekä puolisonsa ja lastensa sielujen pelastuksen tähden. Piispat antavat määräyksiä papeille miten seurakuntaa tuli hoitaa, he päättelevät yhdessä kaniikkien kanssa, kuinka paljon ja missä muodossa seurakuntien tuli kymmenyksiään maksaa, he järjestävät Pyhän Henrikin juhlan uudelleen, he perustavat uusia alttareita ja uusia pappisvirkoja tuomiokirkkoon. Näkee millaisia sääntöjä on kirkonmiehille säädetty, tapaa paavien bullia ja kuninkaitten kirjeitä. Kirkon ensi ajoilta on kirjeitä vähän, mutta niiden luku lisääntyy vuosisatain kuluessa ja niin ne antavat ihan täydellisen kuvan katolisen kirkon oloista.
Tästä tuli Porthanille erinomainen apulähde, kun hän alkoi Juustenin kronikkaa selittää. Kronikka oli kertonut lyhyesti ja ylimalkaisesti, parilla sanalla, jollakin rivillä piispain toimista, nyt selittelivät kymmenet keskiaikaiset kirjeet noita tietoja. Myöhemmät piispain kronikat ja muut historiateokset olivat tosin kertoneet vähän enemmän. Mutta millä tavalla ne olivat kertoneet? Nyt kun vertaili Mustan kirjan asiakirjoja niiden ilmoituksiin, huomasi hyvin selvästi saman ilmiön, joka oli kaikkien maitten valistushistorioitsijoita suututtanut, joka oli kysynyt niiltä niin paljon työtä ja vaivaa. Siinä sai Porthan omin silmin nähdä sitä entisajan tutkijain huolimattomuutta ja alituista erehtymistä, josta edellä oli puhe. Jotakin olivat he tavallisesti tienneet asioista, mutta useimmiten puolittain, epäselvästi tahi aivan väärin. Heidän ilmoituksensa tavallisesti jo monen kirjan kautta kulkeneina muistuttivat epämääräisiä huhuja, joita ihmisjoukoissa liikkuu.
Porthan otti siinä samalla läpikäydäkseen kaikkien näitten kirjoittajain ilmoitukset, vertasi niitä Juustenin tietoihin ja Mustan kirjan lähteisiin, korjasi missä oli korjattavaa, hylkäsi missä oli hylättävää ja merkitsi muun oikealla nimellään: varmaksi, todennäköiseksi, epävarmaksi. Ja hän esitti koko tämän tarkastelunsa julkaisussaan. "Rodulffin vankeus- ja surma-vuoden ilmoittaa Spegel (Ruotsin kirkkohist. 2 osa 387 siv.) olleen vuoden 1178, luullakseni siinä meidän kirjoittajaamme seuraten, mutta Messenius (Scondia 10 kirj. 5 siv.) mainitsee vuoden 1192 ehkäpä jonkun arvelun nojalla. Palmsköldin katkelmasta taas puuttuu vuosiluku. Emme siis uskalla mitään päättää." Tällä tavalla piti jokaista tietoa tutkia, se oli juuri niitä pikkuseikkoja ja sitä vaivalloista kinastelua (gräl), joksi Porthan itse tutkimustaan kutsui.
Kun kaiken tämän piti mahtua Juustenin kronikan laitokseen, paisui se kovin ja tuli omituisen näköiseksi. Tekijä luuli aluksi saattavansa julkaista kronikan selityksineen kolmena, neljänä väitöskirjana. Mutta sitten hän yhtämittaa huomasi miten teos kasvoi hänen käsissään; ensimäinen vihkonen ilmestyi vuonna 1784, sitten melkein joka vuosi yksi tahi useampia ja julkaisemista yhäti riitti, kunnes viimeinen vihdoin ilmaantui vuonna 1800. Mahtava julkaisu oli silloin valmiina 56 väitöskirjana. Itse kronikka oli aivan mitättömänä alussa, sitten seurasivat muistutukset viivanalaisine alamuistutuksineen, joihin suuri osa Mustasta kirjasta oli kokonaisasiakirjoina tahi otteina painettu. Nämät alamuistutukset olivat melkeinpä pääasiana, niissä oli enimmät tiedot; lukemattomia yksityisseikkoja oli siinä huolellisesti tutkittu ja runsaita aineksia oli siinä tarjolla. Leikillään Porthan puolustellen teoksensa merkillistä muotoa sanookin kirjoittaneensa nuotteja ilman tekstiä. Juustenin kronikka oli vain yhtenäisenä puitteena, jonka sisään Porthan oli saanut mahtumaan melkein koko Suomen keskiajan historian. Vieläpä kielitieteen avulla tekemänsä tutkimukset suomen suvun alkuajoista ja maamme pakana-ajasta hän tässä toi esiin. Itse hän tästä suurteoksestaan vaatimattomasti kirjoitti Caloniukselle: "Veli tuntee tuon teoksen ennestään, se ei sisällä suuria asioita, vaan enimmäkseen vähäpätöisyyksiä; mutta koska olen siihen tahtonut ikäänkuin varastohuoneeseen asettaa kaikki mitä olen voinut koota Suomen asioita koskevaa, sekä sitäpaitsi poistaa kaikki valheet ja tarkastaa vääryyksiä, joilla on peitetty se vähä, joka Suomen historiasta on jälellä, ei ole voitu välttää sellaista yksityiskohtaista uutteruutta. Muut rakentakoot sitten tämän vaivalloisen kinastelun perustalla kootuista ja puhdistetuista aineksista miellyttävämmän rakennuksen ja siihen minä nuoria miehiämme usein kehotankin."
Erilaisia tutkimuksen aineksia, arvosteluja, tietojen vertailuja, asiakirjain otteita ja kappaleita, kaikki ryhmitettyinä muutamien lähdekohtien ympärille — siinä muoto, jossa Suomen sivistyshistoria ja osaksi valtiollinenkin oli esitettynä. Jonkun nuoremman tutkijan oli määrä kirjoittaa tämän pohjalla kaunis filosofinen historia, josta yleisö saattoi oppia saada. Mutta sivistyshistoriaa ei ollut helppo esittää eikä sovelluttaa yhteen valtiollisen historian kanssa. Tavallisesti oli edellinen ahdettu johonkin loppukappaleeseen valtiollisen historian taakse, ilman että lukija oikeastaan saattoi käsittää mitä tekemistä sillä siinä oli ja kuinka se kuului yhteen edellisen kanssa. Eikä siihen saanut soveltumaan kuin muutamia elämän aloja; lukemattomat asiakirjain pikkupiirteet jäivät käyttämättä ja samalla myöskin näyttämättä. Sivistyshistoria oli pysynyt sentähden verrattain laihana ja yksipuolisena. Ja entäs valtiollinen? Se kertoi edelleenkin enimmäkseen kuninkaitten hallitustoimista, selitteli laajalti heidän luonteenominaisuuksiaan ja arvosteli niitä valistusajan porvarillisen siveyskaavan mukaan.
Niin muodottomana ja hajanaisena aineskokoelmana kuin se olikin, tarjosi Juustenin kronikka lukijalle, joka osasi ja jaksoi lukea lävitse pitkät muistutukset asiakirja-otteineen, paljon elävämmän ja monipuolisemman käsityksen kuin mikään järjestelmällinen historia. Lähteet kertoivat itse, niitä ei ollut rococo-ajan historioitsija sievistelevällä kädellään pusertanut ja mehuttomiksi tehnyt. Ne olivat siinä alkuperäisinä ja elävinä kaikkine omituisuuksineen, yhtä eroavina taidokkaista pragmatisista historiateoksista kuin alkuperäiset kansanrunot Macphersonin mukailuista tahi paremmin kuten Homeron laulut niiden ranskankielisistä jälittelyistä.
Monipuolista ainesvarastoaan selvitellessään oli tutkija joutunut syventymään mitä yksityiskohtaisimpiin asioihin. Tekisi mieli kysyä, saattoiko kaikkien noitten pikkuseikkain tuntemuksesta tosiaan olla jotakin käytännöllistä hyötyä, tekikö se ihmiskunnan onnellisemmaksi, että se tiesi millä aseella Henrik piispa oli tapettu, oliko murhaajan nimi Lalli vai eikö ja katkesiko piispan peukalo murha-iskusta. Kaikkia näitä asioita näet Porthan tunnontarkasti tutki ja kumminkin hän samalla vaati, että historiasta lähtisi aivan välitöntä käytännöllistä hyötyä. Tahi miten sopi monioppisuus tällaiseen yksityiskohtaiseen tutkimukseen? Jos tutkimus kerran vilkastuneena tuottaisi tuhansia sellaisia erikoisselvittelyjä kuin oli Porthanin tutkimus siitä, minä vuonna kuningas Erik Pyhä astui valtaistuimelle ja teki retkensä Suomeen, niin miten silloin kävisi? Tutkijan tuli silloin perehtyä kaikkiin näihin ja kumminkin oli hänen velvollisuutensa hallita melkein koko inhimillisen tietämyksen piiriä. Porthan tuskin tuli ajatelleeksi, että hän monioppisuudesta ja kokoilusta vähitellen oli siirtymässä erikoistutkimukseen. Juuri tällaista erikoisopintoihin syventymistä tavattiin sen ajan opiskelevassa nuorisossa, valitettiin, semminkin Ruotsista, että ylioppilaat eivät viitsineet kulkea entiseen tapaan monilla luennoilla, vaan istuivat kotonansa yhtä erikoisalaa opiskelemassa. Mutta Porthan kutsui tällaista oman aineen yksinomaista opiskelua halveksien käsityöläisyydeksi.
Mutta palaamme Juustenin kronikkaan. Siitä näet käy Porthanin tutkimustapa selville. Se oli hänelle erinomaisen kuvaava. Hän tahtoi poistaa kaikki tähänastiset harhaluulot ja väärät tiedot, joita kaikissa historiateoksissa vilisi, ottaa kerrankin selville miten asiat olivat olleet, tapahtumat tapahtuneet. Hän kävi siis suoraa päätä asioihin käsiksi ja rupesi ensi työkseen tutkimaan sekavia ja ristiriitaisia tietoja Erik Pyhän Suomen-retkestä.
Hän etsi lukuisista tutkimuksista ja lähteistä mitä niissä oli siitä asiasta sanottu ja vertasi niiden tietoja keskenään. Näin joutui hän keskelle mitä erilaisinta kirjain paljoutta ilman alustavia tutkimuksia, ilman, että hänellä yksityiskohdissa oli selvillä eri lähteitten luonne, tapa esittää asioita, kokoonpano j.n.e. Eihän hänellä ollut aikaa niistä edeltäkäsin selvää ottaa. Mutta vähitellen, työn kuluessa, kun hän usein oli tullut käyttäneeksi yhden kirjoittajan tietoja, huomasi Porthan, että tämä olikin sellainen ja sellainen, esitti asiat omalla määrätyllä tavallaan. Ja sitä myöten kuin tämä selvisi otti hän entistä enemmän huomioon lähteen luonnetta asiaa arvostellessaan.
Porthan kysyi aina mistä ilmoittaja oli tietonsa saanut, haki samalla tavalla kuin muut valistushistorioitsijat tietoa vanhemmista lähteistä, ajoi sitä leppymättä takaa läpi koko lähdekirjallisuuden. Usein hän siinä huomasi, että erehdys oli tapahtunut. Ei hän näet tyytynyt saamaan selville, että jotakin tietoa ei vanhemmissa lähteissä enää ollutkaan, että se siis oli myöhempi lisäys. Ei, hän tahtoi tietää miten tuo lisäys oli siihen tullut. Hän luki ihmeekseen Messeniuksen kertomuksen siitä, että suomalaiset muka olivat Birger kuninkaan aikana tehneet kapinan ja kutsuneet venäläiset maahan. Vanhemmissa lähteissä ei tuollaista kerrota. Oliko se Messeniuksen päähänpisto vain, vai mistä hän sen oli saanut? Miettiessään tätä äkkäsi Porthan, että Smoolannissa tosiaan oli tuollainen kapina ollut; kun Smoolannin seutuja joskus Finvediksi kutsuttiin, oli hutiloiva Messenius sekottanut sen Suomeen, yhdistänyt siihen venäläisten samanaikuisen hyökkäyksen maahamme ja lisäillyt vielä kaikenlaisia muita juttuja. Tahi kun muutamat tutkijat olivat väittäneet Suomessa olleen Fulco-nimisen piispan ja eräs kirjoittaja päällepäätteeksi liitti siihen erään Julius-nimisen, huomasi Porthan, että Fulco oli ollut virolaisten piispana siihen aikaan ja oli sekotettu meikäläiseen piispaan Folqvinukseen; Julius oli saatu siten, että joku hätäinen tutkija oli lukenut Fulco sanan sijasta Julio ja niin lisännyt Suomen piispain sarjaa uudella tulokkaalla.