Niinpä muodostui Porthanissa laaja monioppisuus. Ei se sentään ollut entisajan monioppineitten ja kokoilijain unohtumista kirjain ääreen siksi, että oli huvittavaa tietää merkillisiä asioita ja nauttia suuresta tietovarastostaan. Eikä se myöskään ollut uudenaikaista valistajain halua omistaa itsellensä uusimmat, jyrkimmät ja äärimmäisimmät mielipiteet, jotta niiden avulla voisi tuomita olevaisia oloja ja vaatia niiden kumoamista. Ei. Porthanin oppi oli varsin käytännöllistä ja sellaisten syvällisten kysymysten kuin tahdonvapauden, jumalan olemassa-olon tahi sielun kuolemattomuuden käsitteleminen huvitti häntä vain sikäli kuin niistä lähti jotakin käytännöllistä hyötyä ihmisen siveelliselle toiminnalle. Hän puuttui kaikkiin kysymyksiin, jotka näyttivät tarpeellisilta hänen, hänen oppilaittensa ja muitten kanssaihmistensä tietää viisaasti elääkseen tässä maailmassa.
Mutta Porthan vaati, että opin tuli olla kriitillistä ja varmaa. Kun hän jotakin luki, koetti hän aina itselleen selvittää miten luettu sopi siihen mitä hän ennen tiesi; jos se tuntui oudolta ei hän aluksi uskaltanut sitä hyväksyä eikä hylätä. Viisas epäily oli hänestä kaikessa luvussa välttämätöntä. "Epäily on — mielestäni — pidättää hyväksymistään jonkun aikaa eikä tehdä johtopäätöstä ennenkuin asia on varma. Se on aivan toista kuin jonkun väitteen intoisaa ja vihamielistä ahdistamista, sillä tällainen menettelyhän osottaa tutkijan aivan puolueelliseksi. Eikä minua miellytä niidenkään ohje, jotka pitävät jokaista mielipidettä vääränä kunnes se heille oikeaksi todistetaan; minulle riittää se, että pidän asiaa vielä tutkimattomana, tuntemattomana ja epäiltävänä, kunnes olen tarkemmin sitä tutkinut ja olen sen selvästi osottanut joko oikeaksi tahi vääräksi." Aivan tyynesti ja intohimottomasti, ilman mitään ennakkoluuloja tahtoi Porthan siis tutkia asioita ja niin luuli hän voivansa hankkia itsellensä opin, joka oli oikea ja varma.
Akateemisissa väittelyissä sai Porthan tilaisuutta koetella oppinsa kestävyyttä. Vuonna 1765 esiintyi hän ensimäisenä vastaväittäjänä nuoren Mennanderin väittäjäisissä; puolustajan, varakanslerin pojan, tähden oli tapaus akatemian merkkitapauksia, maaherra, hovioikeuden jäseniä ja melkein kaikki professorit olivat läsnä. Itse väittely kait tapahtui vain näön vuoksi. Toista oli Olavi Schalbergin väitöstilaisuudessa vuonna 1771. Kalm kertoo siitä: "Sitten esiintyi maisteri Porthan ylimääräisenä, hän piteli Schalbergiä pahemmin, niin ettei tällä ollut mitään sanottavaa, ja vielä enemmän kiusatakseen häntä väitti Porthan, että Schalbergin mainitsema arabialainen sanajuuri oli tämän itsensä keksimä ja ettei sitä missään arabialaisessa sanakirjassa ollut. Todistaaksensa sitä toi hän esiin arabialaisen sanakirjan ja pyysi Schalbergiä näyttämään itsellensä tuon juuren. Mitä saattoi Schalberg tehdä kun ei osannut ainoatakaan kirjainta lukea? Porthan todisti silloin, että Schalberg oli mestari metsästämään, kalastamaan ja soittamaan sekä jotakuinkin metafysiikassa, mutta ei missään muussa."
Mieleiseensä työhön joutui Porthan, kun hän vuonna 1764 pääsi yliopiston kirjastonhoitajan apulaiseksi. Hän perehtyi nyt esteettä Turun ainoaan suureen kirjavarastoon, kaikki sen kuulut teokset olivat joka päivä hänen silmäinsä edessä, kirjamarkkinain huomattavat uutuudet hän sieltä heti sai käsiinsä. Jokainen niistä oli lisä hänen oppiinsa, hän merkitsi sen sisällön mieleensä niinkuin nimenkin luetteloon ja niin pysyi hänen oppinsa aina uudenaikaisena. Sitäpaitsi alkoivat Porthania huvittaa vanhat harvinaisiksi käyneet kirjat kummallisine nidoksineen ja käsikirjoitukset vanhanaikuisine kirjaimineen. Hän vastaanotti kirjastoon saapuneita lisiä, huomasi kokoelmain täydentyvän, oli ylpeä aarteista, joita siellä oli, ja koetti kaikin voimin etsiä uusia, ehkä vielä saatavia. Porthanissa kasvoi näin kokoilemishalu, tuo kaiken tutkimuksen tärkeä alkusyy ja muinaisuuden todistuskappaleet kävivät hänelle rakkaiksi.
Vaan ei hän siltä eksynyt kokoiluinnon liiallisuuksiin, ei hän kateellisena vartioinut aarteitaan eikä salaillut harvinaisuuksiaan. Päinvastoin piti jokaisen saada niitä esteettä käyttää, saada kirjastosta mikäli mahdollista kaiken minkä tarvitsi lukuihinsa tai töihinsä itse valistuakseen ja muita valistaakseen. Luettelot oli laitettavat selvät ja käytännölliset, kirjoja hankittava hyviä ja lukuisia.
Tämä kaikki joutui Porthanin huoleksi, kun hänen entinen esimiehensä Henrik Hyllén, jonka muistamme Porthanin ensimäiseksi kotiopettajaksi, vuonna 1770 luopui kirjastonhoitajan toimesta siirtyen Hollolaan kirkkoherraksi. Porthan tuli näet hänen jälkeensä väliaikaiseksi kirjastonhoitajaksi ja vuonna 1772 vakinaiseksi.
Uusi kirjastonhoitaja järjesti kirjaston aivan uudestaan. Kirjat olivat ennen sisältönsä mukaisesti aineittain ja tieteittäin osastoihin asetetut; sitämyöten kuin uusia teoksia oli ilmestynyt liitettiin ne edellisiin, joten jokainen runsaanlainen lisäys aikaansai siirtoja ja muutteluja kirjariveissä tilan valmistamiseksi tulokkaille. Vuonna 1773 hajoitettiin teokset toisistaan ja ladottiin hyllyilleen aivan toisella tavalla, kokonsa ja muotonsa, niteensä ja näkönsä mukaisesti. Suuret foliantit tulivat alisille hyllyille, neljännes- ja kahdeksanneskokoiset korkeammalle. Jokainen kirja sai oman muuttumattoman paikkansa ja sekä kirja että paikka yhdenlaisen numeromerkin. Senmukaiset tehtiin luettelot.
Täydellinen aakkosellinen luettelo valmistettiin entisen vajanaisen sijalle; aineenmukainen jäi toistaiseksi tekemättä, mutta moniaita vuosia myöhemmin, kun Porthan jo kirjastonhoidosta oli luopunut, oli hän sen teossa avullisena. Vielä valmistettiin uusi, joka luetteli kirjat siinä sarjassa, jossa ne kirjastossa olivat paikoillensa asetetut. Ja lopuksi laadittiin päiväkirja, josta saattoi nähdä milloin, mistä ja mihin hintaan kukin teos oli saatu.
Päiväkirjat osottivat runsasta lisäystä. Kun Porthan luopui kirjastonhoitajan toimesta vuonna 1778 oli kirjain luku jo noin 10,000 nidettä, hyllyt olivat aivan ahdinkoon asti täynnänsä paitsi foliantien sijaa, joka monesta kohdasta ammotti tyhjänä. Se aika oli tulossa, jolloin täytyi turvautua uudelleen entiseenkin kirjastohuoneustoon vanhassa kiviholvissa, niin kostea ja koleailmainen kuin se olikin.
Mistä kirjain paljous? Professorit olivat oikeutetut ehdottamaan kukin ostettaviksi omaan tieteeseensä tarvittavia teoksia ja akateeminen konsistorio antoi siihen suostumuksensa. Vaan ei kirjastonhoitajan käynyt tähän hankintaan luottaminen, epätasaista ja epätietoistakin olisi se ollut. Hän lueskeli ulkolaisia aikakauskirjoja, merkitsi niistä kirja-arvosteluja, kyseli ruotsalaisilta oppineilta ja kirjainystäviltä kirjeellisesti, tiedusteli sieltä ja täältä. Näin hän sai tarpeellisista teoksista tiedon.