Mutta Porthanin julkaisusta tuli jotakin aivan toista, kuin mitä hän ensin näin oli aikonut. Pari kuukautta sen jälkeen kuin hän ensin ilmoittaa aikomuksestaan julkaista Juustenin kronikka, oli hän Tukholmassa saanut käsiinsä Turun tuomiokirkon mustan kirjan. Tämä asiakirjakokoelma oli 1600 luvulla joutunut Ruotsiin, useat tutkijat olivat sitä silmäilleet, toiset vähän käyttäneetkin, mutta pääasiassa sen sisältö oli jäänyt aivan tuntemattomaksi.[324] Sittemmin oli se joutunut saman kohtalon alaiseksi, kuin useat muutkin vanhat asiakirjakokoelmat tähän aikaan, oli hävinnyt antikviteettiarkistoon, "suureen mereen", kuten tutkijat sitä kutsuivat. Kohta eivät edes ammattimiehetkään tienneet paikkaa, jossa sitä säilytettiin. Niin kirjoitti suuri tutkija ja kokoilija M. v. Celse: "Onko Codex Aboensis (Svarteboken) nykyjään olemassa, en tiedä".[325]
Kuitenkin oli jo jonkun aikaa turkulaisten tutkijain huomio kääntynyt vanhoihin Suomea koskeviin asiakirjoihin Ruotsin puolella. Olen ennen puhunut siitä tietojen välityksestä, jota Mennander harjoitti tähän aikaan Ruotsin ja Turun oppineitten välillä, — hän nyt myöskin ensinnä sai Ruotsista mustan kirjan hankkimisen aatteen.
Vuonna 1763 tekee v. Stiernman selkoa Mennanderille muutamista Pyhän Sigfridin alttaria Turussa koskevista kirjeiden kopioista. Kuvaavaa hänen käsitykselleen on, että näistä kirjeistä, jotka enimmäkseen ovat lahjoituskirjeitä mainitulle alttarille, ei ole hänen mielestään muuta hyötyä, kuin että niistä saa muutamia muinoin eläneiden henkilöiden nimiä.[326] Viittä vuotta myöhemmin lähettää Gahm Mennanderille luettelon asiakirjoista, jotka löytyvät eräässä vanhassa kirjassa. Gahm oli sen matkoillaan hankkinut ja oli se kopia toisesta, jonka hän myöhemmin löysi valtioarkistosta. Luultavasti tarkoittaa Gahm tällä kirjalla niin kutsuttua Registrum Aboenseä, joka sisälsi Turun piispain säännökset ja "Åbo Klockare lag" nimisen asiakirjan. Lähettäessään luettelon tästä Mennanderille huomauttaa Gahm, että pitäisi etsiä Turun tuomiokirkon mustaa kirjaa, josta tässä kirjassa puhutaan.[327]
Kesällä 1782 teki Porthan sopimuksen tuon asiakirjan kopioituttamisesta Gjörwellin yksityissihteerin Stechaun kanssa.[328] Ei ole mitään tietoa siitä kuka tuon lähdekokoelman löysi, mutta arvattavasti Gahm jollakin tavalla oli siinä osallisena. Hänen kauttansa Porthan sai kopioimistyön järjestetyksi ja kutsuu hän Gahmia vanhaksi ystäväkseen. Tämä löytö muutti kokonaan Porthanin Juustenin kronikan julkaisun suunnitelman, vaikkei hän itsekään sitä vielä heti tajunnut. Lokakuussa vuonna 1783 hän toivoo voivansa saada työnsä loppuun kolmessa, neljässä väitöskirjassa. Marraskuun lopulla kertoo hän saaneensa kolmannen osan tilaamastaan mustan kirjan kopiasta ja kertoo siinä olevista monista paavillisista bullista, jotka hän aikoo täydellisinä liittää esitykseensä.[329] Nyt oli aineksien kokoamishalu voittanut varsinaisen tekstin julkaisemistarkoituksen täydelleen ja samalla oli koko teos muuttunut aivan toisenlaiseksi kuin mitä siitä oli aijottu.
Sitä myöten kuin musta kirja tuli kopioiduksi ja osia siitä lähetettiin Turkuun, ruvettiin tekemään valmistavia tutkimuksia ja aineskokoelmia sen avulla. Huomattava on, että Calonius oli tässä työssä osallisena. Caloniuksella oli kopia v. Stiernmanin teoksen "Svea och Götha Höfdingaminne" toisesta osasta, joka oli jäänyt painamatta. Tätä hän täydenteli muistutuksilla ja lisäyksillä, jotka hän sai Porthanin mustan kirjan kopiasta, arvatenkin omia tutkimuksiaan varten hallinnollisessa historiassa. Porthan on tämän Caloniuksen omistaman kopian ja hänen tekemiensä lisäysten perustalla laatinut luettelon Suomen maaherroista Kustaa Waasan aikaan asti. Itse on hän paikoitellen lisäillyt ja vähän muutellut käyttäen etupäässä Lagerbringin Swea Rikes Historiaa apunaan.[330] Luettelon hän julkaisi Turun sanomissa vuonna 1785 nimellä "Förtekning på Finlands Höfdingar intil Konung Gustaf I:s tid". Samana vuonna julkaistiin myöskin Turun sanomissa useita otteita mustasta kirjasta sekä sen perustalla tehty Porthanin tutkimus "Någre Anmärkningar til K. Magni Erikssons Historia, egenteligen rörande Finland".
Mutta vuonna 1785 teki kuninkaallinen julistus aikakauskirjoista lopun Turun sanomista ja samalla myöskin mahdottomaksi lähteiden painattamisen tässä lehdessä. Varmaankin tämäkin asianhaara aiheutti lähteiden julkaisemisen välttämättömyyttä juuri Juustenin kronikan selityksissä. Nämät saivat osaksi nyt edellisten tehtävän.
Nämät olivat lähimmät syyt siihen, että Porthanin selitykset Juustenin kronikkaan muuttuivat historiallisen asiakirjan julkaisusta yhä enemmän Suomen historiaa koskevain ainesten kokoelmaksi. Erittäinkin huvittavaa on seurata Porthanin omaa ajatusta tästä muutoksesta. Vuonna 1785 kirjoittaa hän Hallenbergille, että hänen olosuhteissaan ei voi ajatella suuria aikeita eikä yrityksiä ei historiallisiin kokoelmiin eikä esityksiin. Niinpä on Suomea koskeva historia ainoa, jota hän koettaa parantaa ja täydentää. "Tuolla minun työlläni ei tosin ole mitään yleistä intressiä; mutta niinpä tahdon kuitenkin koettaa tehdä sen niin täydelliseksi kuin mahdollista". Ja sen hän todella tekikin. Kahta vuotta myöhemmin tavataan ensi kerran vertaus, jota Porthan sitten aina on käyttänyt kuvaamaan työtään. "Juustenin kronikassa" — sanoo hän — "aijon erityisen vakavasti työskennellä; ja siihen sarjaan ikäänkuin varastohuoneeseen koota kaikki, mitä minulla on ollut tilaisuus tavata Suomen historian valaisemiseksi ennen reformatioonin aikaa".[331]
Vuonna 1784 alkoi Porthanin Juustenin kronikan julkaisu ilmestyä nimellä "M. Pauli Juusten episc. quondam Ab. Chronicon Episcoporum Finlandensium, annotationibus et sylloge monumentorum illustratum". Se tuli julkisuuteen 56:na eksersitiaaliväitöskirjana monen vuoden kuluessa; vasta 1800 painettiin näet kolme viimeistä osaa, jotka sisälsivät lopun teoksen sisällysluettelosta.
Voimme erottaa Juustenin kronikan selityksissä oikeastaan kaksi eri lajia aineksia. Toiset olivat varsinaiset uudet lähteet, jotka nyt julkaistiin joko kokonaisina, osittain tahi niin, että niiden sisältö esitettiin. Toisen aineksen taas muodostivat vanhempain kirjoittajain tarkastelu ja historiallisten kysymysten ratkaisu. Molemmat puolet tosin usein sekaantuivat toisiinsa ja sulivat yhdeksi, mutta ne edustivat kuitenkin eri harrastuksia tutkijassa ja muodostavat sentähden eri osansa julkaisussa. Tiedot, jotka eivät koskettaneet kumpaakaan harrastusta jäivät pois, viitataan vaan sinne, missä niitä ennen on käsitelty.
Kuitenkaan Porthan ei julkaise kaikkia saatavilla olevia ennen painamattomia lähteitä. Vaikka hän julkaistavien lähteitten valinnassa ei noudata mitään tarkkaa periaatetta, on hänellä kuitenkin vissejä näkökohtia, joiden mukaan hän ottaa niitä teokseensa. Joko olivat asiakirjat harvinaisia ja siis painatettavat, etteivät menisi hukkaan, tahi olivat ne omiansa erityisesti valaisemaan esitettyjä asioita, tahi useammin vielä kysymyksessä olevaa aikaa, sen tapoja ja ajatustapaa.[332]