Tulen nyt niihin kirjoituksiin, jotka yksinomaisesti ja välittömästi koskevat varsinaista oppihistoriaa. Olemme edellä nähneet, että Porthan oli sitä viljellyt yhtenä tutkimuksensa pääalana, ennenkuin hän antautui varsinaiseksi historiantutkijaksi. Hänen kirjastonhistoriansa oli samalla jossakin määrin yliopistonhistoriaa ja tätä hän nyt edelleenkin harrasti, kuten hänen pienemmistä kirjoituksistaan näkyy. Jo vuonna 1772 oli hän julkaissut kuvauksen Svenoniuksen ja Terseruksen välisestä oppiriidasta yliopiston konsistoorion pöytäkirjain mukaan. Oli luonnollista että niissä tavattavat erinomaisen runsaat ainekset aiheuttivat hänet tuollaisiin pienempiin kyhäyksiin, hän kun niitä laajalti käytti kirjastonhistoriaa varten. Äskenmainittu kyhäys oli nimeltään "Religionstvisten emellan J. Terserus och E. Svenonius".
Pienempiä yliopistoa koskevia lähteitä julkaisi Porthan edelleenkin silloin tällöin. Vuotta ennen Porthanin kuolemaa ilmaantui Turun sanomissa kirjoitus "Förteckning öfver Theologiska Faculteten i Åbo tillhörige handskrifne handlingar". Tässä julkaistuista asiakirjoista koskee suuri osa yllämainitun Svenoniuksen teoloogista toimintaa. Varmuudella ei voi sanoa onko se Porthanin vai Tengströmin kynästä lähtenyt, vaiko molempain yhdessä toimittama. Olihan Tengström kirjoittanut laajan esityksen Svenoniuksen vastustajasta Terseruksesta ja Turun lehdissä oli hän julkaissut koko joukon kirkon ja sen opin historiaa koskevaa. Mutta, kuten juuri näimme, ei tuo ala ollut Porthanillekaan outo. Myöskin tiedämme, että hänellä oli kopioituna paljon tietoja 17. vuosisadan oppihistoriasta, jotka oli saanut ruotsalaisista lähteistä, Palmsköldin ja Nordinin kokoelmista.[376]
Onkin hyvin mahdollista, että kirjoitus oli Porthanin ja Tengströmin yhdessä toimittama. Yksissä neuvoin he näet kokoilivat aineksia Turun yliopiston historiaa varten.[377] Bilmark oli kyllä jo 1770 luvun alkupuoliskolla julkaissut yliopiston historian, mutta se oli jäänyt vaillinaiseksi eikä täydennystä kuulunut, vaikka aineksista ei olisi hänellä ollut puutetta. Vasta Bilmarkin kuoleman jälkeen painatti Porthan ne väitöskirjana "De professoribus Regiae Academiae Aboensis, ab hujus natalibus primum designatis". Bilmark oli ne ehtinyt laittaa lopulliseen muotoonsa, Porthan oli ainoastaan pari muistutusta siihen oheen viivan alle liittänyt.[378]
Sitä ennen — vuonna 1799 — oli Porthan kuitenkin ehtinyt alkaa lyhyen akatemian historian Turun lehdissä. Tengström kirjoitti tästä tuumasta Gjörwellille seuraavana kesänä: "Professori Porthan alkoi viime vuonna akatemiamme historian pienoiskoossa, jonka hän on luvannut lopettaa ennen pitkää ja johon yhdessä olemme koonneet aineksia. En jätä hänelle muistuttamatta tämän huvittavan luonnoksen täydentämistä kesäloman aikana, jonka hän viettää tällä kertaa Turussa".[379] Kirjoitus jäi kuitenkin jatkoa vaille, vaikka Porthan vielä syksyllä 1800 puhui sen laittamisesta valmiiksi.[380]
Oppihistoriallinen kuten äskenmainitut teokset oli myöskin kirjoitus "Korta Historiska Underrättelser om de förnämsta Scholor i Finland". Se ilmestyi jo vuonna 1772 Turun sanomissa. Ensimäisen kappaleen siitä, sen, joka käsittelee Turun katedraalikoulua, luullaan Porthanin kirjoittaneen, ainakin osaksi. Toiset ovat kuitenkin sitä epäilleet epätarkkuuksien tähden, jotka siinä esiintyvät.[381] Kuitenkin on tekijän käsitys Suomen keskiajan alusta jotenkin samanlainen, kuin se on esim. Porthanin Turun akatemian kirjaston historiassa, joka kirjoitettiin melkein samaan aikaan. Sitäpaitsi harrasti Porthan innokkaasti myöskin opetusta ja kouluja koskevia kysymyksiä. Muutamia vuosia myöhemmin eli vuonna 1775 keskusteli hän Fredenheimin kanssa uuden kymnaasin perustamisesta Turun hiippakuntaan.[382] Vielä vuosina 1793 ja 1794 julkaisee Porthan joukon Turun koulua koskevia asiakirjoja, joita säilytettiin akatemian kirjastossa.[383]
Viipurin koulun historiaa käsitteli tavallaan kirjoitus "Om en i Wiborg uppförd Comoedia, kallad Thet himmelska Consistorium" vuodelta 1792. Se kuului kuitenkin pikemmin kirjallisuushistoriaan, kertomus kun oli eräästä tässä koulussa esitetystä näytelmästä. Porthan julkaisi sen vanhan kirjan perusteella, joka löytyi akatemian kirjastossa.
Paitsi kirjastosta sai Porthan myöskin maaseudulta tarvittavia lähteitä, etenkin Pohjanmaalta. Pohjanmaalla oli hänellä useimmat ystävänsä ja lukuisimmat auttajansa. Hän kun oli pohjalaisen osakunnan inspehtorina, olivat sen ylioppilaat häntä lähinnä. Ei siis ole ihmeteltävää, että Porthan Turun lehdissä julkaisi kirjoituksia, jotka erityisesti koskivat tätä osaa maastamme. Niissä oli laaja kirjoitus "Berättelse om Österbottens öden under det långvariga kriget ifrån 1700 till 1721" vuosina 1789 ja 1791.[384] Tämä vanha kertomus oli Mennanderin välityksellä tullut pohjalaisen osakunnan kirjastoon ja sen säilössä se oli silloinkin, kun Porthan toimitti sen julkisuuteen.
Pohjanmaata koski myöskin kirjoitus "Om en i nyligare tider skedd ansenlig Folk-utflyttning ifrån Wermeland til Österbotten". Kirjoituksen tekijä sanoo aineen etupäässä herättäneen hänen huomiotaan sentähden, että hän ei ennen ollut siitä kuullut, vaikka oli tämän seudun historiaan jotenkin perehtynyt.[385]
Kuitenkaan ei voitane sanoa Porthanilla olleen erityistä paikallishistorian harrastusta Pohjanmaahan nähden. Päinvastoin käytti hän tämän maakunnan historiallisia lähteitä vain sentähden, että ne valaisivat osaltaan Suomen historiaa.
Uuden ajan alkua käsittelee myöskin kirjoitus "Anmärkning ang. de förste biskopar i Wiborgs stift" vuodelta 1793. Tästä aineesta oli Porthan kirjevaihdossa Nordinin kanssa vuonna 1791 ja lähetti hän silloin tälle tarkastettaviksi useita noita piispoja koskevia asiakirjoja. Härkäpään anomuskirjan iästä ja merkityksestä lausui Nordin arvelunsa, joka samanlaisena tavataan Porthanin kirjoituksessa.[386] Ensimäisen aiheen Porthanin tutkimuksiin antoivat kai kuitenkin muutamat Palmsköldin kokoelmassa olevat tiedonannot. Nähtävästi olivat nämät niiden tietojen joukossa, jotka P.F. Aurivillius toimitti Porthanille lopulla vuotta 1790.[387]