Hallituksesta oli kuitenkin, vaikka sen pelko yhä kasvoi, arveluttavaa karkoittaa pois miestä, jonka voitot lisäsivät sen arvoa — aikana, jolloin se ei ollut missään arvossa muulla taholla — ja joka sitäpaitsi omin neuvoin suoritti oman armeijansa kulungit ja lisäksi kykeni lähettämään miljoonan toisensa jälkeen Parisiin ja muillekin armeijoille. Saadaksensa kuitenkin jarrutetuksi tätä vaarallista mutta ehdottomasti tarpeellista Bonapartea Direktorio päätti, että hänen täst'edes oli komennettava yhdessä kenraali Kellermann'in kanssa, jonka johdossa oli Alppi-armeija, ja samaan aikaan hänelle ankarasti huomautettiin, että diplomatiset välittelyt olivat kokonaan jätettävät hallituksen komissarioille. Tämä odottamaton käsky saapui Bonapartelle päivää jälkeen Lodin taistelun, jolla hän oli pukenut Ranskan nimen voiton säteilevään loistoon. Hän ei milloinkaan olisi ollut halukas luopumaan itsenäisestä asemastaan ja päästämään toista kunniansa ja valloitustensa osalliseksi. Tämän uuden loistokohtauksen jälkeen se oli hänelle mahdotonta. Hänen päätöksensä oli nopea, ja toukokuun 14 p:nä hän vastasi Parisiin. Hänen kirjeensä alkoi kertomalla Lodin voitosta. "Toivomuksenne ovat toteutuneet. Lombardia on nyt tasavallan oma." Mutta Carnot'n välityksellä hän Direktoriolle lähetti päätöksensä ylipäällikkyyden jakamisesta. "Nykyisissä oloissa on ehdottomasti välttämätöntä, että teillä on kenraali, jolla on teidän täydellinen luottamuksenne. En valita, jollen minä ole se, ja minun intoni on oleva kahdenkertainen ansaitakseni luottamuksenne siinä asemassa, jonka minulle määräätte. Mutta itsekullakin on omat tapansa sodankäynnissä. Kenraali Kellermann'illa on suurempi kokemus kuin minulla, hän ehkä osaa käydä sotaa paremmin kuin minä, mutta molemmat yhdessä me vasta voisimme käydä sitä huonosti. Sodan laita on sama kuin hallitsemisen; se on tunteen asia. En tahdo mitään jarrua jalkaani. Olen alkanut joltisellakin kiitoksella, haluan vast'edeskin osoittautua teidän vaatimustenne arvoiseksi. Mutta jos minun täytyy hallituksen komissarioille tehdä selkoa jokaisesta askeleestani, johon rupean, jos heille suodaan oikeus muuttaa liikkeitäni, lisätä tai vähentää sotajoukkojani, älkää sitten odottakokaan saavanne minusta kuulla mitään hyvää."
"Vannon teille, että pidän silmällä ainoastaan isänmaan parasta; minut tapaatte aina oikealla tiellä. Olen velvollinen uhraamaan aatteeni tasavallalle. Jos minua koetetaan halventaa teidän silmissänne, niin on vastaukseni sydämessäni ja omassatunnossani!"
Bonaparten vastaus, jossa hän lujasti teroitti sen seikan ehdotonta tarpeellisuutta, että koko valta sekä sotilaallisissa että diplomatisissa asioissa keskitettäisiin yhteen käteen, teki Direktoriossa vaikutuksensa: Kellermann jäi sinne missä oli, lausuttiin toivomus, että hyökättäisiin Livornoa vastaan, ja kenraali Bonaparte jäi yksin määrääjäksi ja sai vapaat kädet Italiassa. Direktorio asettui täten arveluttavalla tavalla pelin ulkopuolelle ja antoi lyhytnäköisyydessään ohjakset sen miehen käsiin, joka osasi niitä pidellä niinkuin ei yksikään toinen. Bonaparte sydämessään riemuitsi. "Minulle on varattu", sanoi hän Marmont'ille, "tilaisuus suorittaa suurtöitä, joita nykyinen sukupolvi ei voi ajatella mahdolliseksi." Mutta ensimäiset korkealle tähtäävän kunnianhimon kipinät eivät syttyneet nyt; ne olivat kauvan kyteneet tuhan alla hänen ensi ajoistaan saakka. Nyt ne leimahtivat ilmi liekkeihin. Mutta hänen lupauksensa uhrata aatteensa tasavallalle oli pelkkä fraasi kuten tällä ajalla moni muukin, ja Direktorio olisi varmaan ollut hänen kanssaan eri mieltä siitä, mikä oli oikea tie ja mitä varsinaisesti isänmaan paras vaati. Bonaparte näki selvästi, mihin hän pyrki; hän jo tunsi itsensä Cesariksi; oli vain tartuttava oikeaan hetkeen kulkeakseen Rubicon'in yli.
Mutta sillä välin Direktorio antoi kaikkialla Ranskassa viettää juhlia Italiassa saavutettujen loistavien voittojen johdosta.
Bonaparte oli otettu Milanossa — jossa hän soi miehilleen kahdeksan päivän levon — vastaan vapauttajana. Mutta suuret verot, joita hän vaati asukkailta, saivat pian mielet kääntymään ja aiheuttivat kansankapinan päivä sen jälkeen, kun hän oli lähtenyt joukkoineen Beaulieu'tä vastaan. Hän huomasi aseman siksi vakavaksi, että hän itse ryhtyi meteliä asettamaan, ja ankarasti se kukistettiin. Hänen täällä puuhatessaan armeija kulki itään päin. Yhdestä ainoasta lauseesta kirjeessä, jonka hänelle näinä päivinä kirjoitti Berthier, saa käsityksen siitä, mihin määrään Bonaparte oli sieluna armeijassaan, kuinka hänen lujaa johtoansa kaivattiin silloin, kun hän ei ollut saapuvilla. "Armeija teitä kärsimättömänä ikävöitsee." Eikä sen tarvinnutkaan kauvan häntä odottaa; jo 27 p:nä hän saapui, ja nyt riennettiin eteenpäin vihollista vastaan.
Beaulieu odotti ranskalaista armeijaa Mincio-joen takana. Toukokuun 30 p:nä Bonaparte kulki joen yli Borghetton luona, löi itävaltalaiset ja karkoitti ne Adige'n toiselle rannalle. Hän jatkoi takaa-ajoa, ja Beaulieu etsi osaksi turvaa Mantuan muurien suojasta, osaksi pelastusta pakenemalla ylös Tyroliin. Peschiera ja Verona valloitettiin, ja Bonaparte sai kesäkuun 1 p:nä, 8 päivää Milanosta lähtönsä jälkeen, ilmoittaa Direktoriolle: "Itävaltalaiset ovat Italiasta karkoitetut; etuvartijamme seisovat Saksan vuorilla."
Yksistään Mantuan vahva linna Mincion varrella pysyi vielä viimeisenä Itävallan varustuksena Italiassa. Sen omistamisesta oli tästä lähin sotaa käytävä.
Itävaltalaisten poissaoloa aikoi Bonaparte käyttää Direktorion niin suuresti toivoman retken suorittamiseksi keski-Italiaan. Ja toukokuussa oli Pannan ja Modenan herttuain pakko ostaa itselleen aselepo. Kesäkuussa tuli Neapelin ja Kirkkovaltion vuoro. Kaikkialla täytyi maksaa suuria summia ja luovuttaa taideteoksia y.m. Bonaparten oveluutta kuvaavaa on, että hän kapitoliumista pyysi Brutuksen, kuninkaanmurhaajan jälkeläisen ja vapauden puolustajan antiikisen rintakuvan. Kun se Bonaparten lahjana asetettiin Direktorion saliin, kuka silloin voikaan lahjoittajassa aavistaa Cesaria, tasavallalle vaarallista miestä? Neapelin täytyi sitoutua puolueettomuuteen. Rooman täytyi luovuttaa Ranskalle Ferrara ja Bologna sekä tärkeä Anconan satamakaupunki. Kesäkuun 28 p:nä valloitettiin Livorno, jolloin englantilaiset menettivät tärkeän yhdyssiteen Italian kanssa, jota paitsi Bonaparten käsiin joutui joukko monenlaisia runsaita tavaravarastoja. Pari kuukautta myöhemmin ranskalainen sotajoukko sieltä käsin valloitti hänen isänmaansa Korsikan.
Nyt hän keskitti kaikki voimansa Mantuan valloittamiseen. Piiritys oli alkanut jo ennenkuin hän oli retkeillyt etelään, ja hän oli toivonut saavansa linnan haltuunsa ennenkuin uudestaan järjestetty itävaltalainen armeija Wurmser'in johdolla joutuisi avuksi. Heinäkuun lopussa hän sai tiedon, että itävaltalaiset — luvultaan paljon voimakkaampina — lähestyivät kahtena osastona; Wurmserin johdossa oleva tuli pitkin Adige'a Garda-järven itäpuolitse, ja sen piti hyökätä hänen rintamaansa vastaan Mantuan edustalla; toinen kulki Quosdanovich'in johtamana Garda-järven läntistä rantaa pitkin, ja sen tuli käydä kimppuun selkäpuolelta. Hänen alikenraalinsa, joiden piti estellä etenevän vihollisen kulkua, lyötiin molemmilla tahoilla takaisin. Bonaparte tunsi, että ratkaisu oli käsissä. "Voi sitä, joka meistä on väärin laskenut", hän lausui Wurmser'ista ja itsestään. Kaikki oli kyseessä, mutta vaaran ohessa hänen kykynsäkin kasvoi. Äkkiä hän päätti keskeyttää Mantuan piirityksen; tykit tukittiin, ja koko armeija kokoontui Mincion vasemmalle rannalle.
"Antaakseni käsityksen", sanoi eräs ranskalainen valtiomies jotensakin tähän aikaan, "Bonaparten ruumiinrakenteesta, hänen sitkeydestään, uljuudestaan, liikuntojensa nopeudesta, vireydestään ja kaikista niistä hänen ominaisuuksistaan, joita hyvässä merkityksessä tapaamme hänessä, sanon häntä aina pieneksi tiikeriksi!" Tämä kuvaus ylikenraalista on huomioon otettava käsittääksemme koko italialaista sotaretkeä, sillä juuri nämä ominaisuudet muodostavat sen luonteen: nuo salamannopeat liikunnot, harkitut ja äkkinäiset harppaukset ja tuo vastustamaton, musertava hyökkäys. Hänen oma vireytensä, nopeutensa ja tarmonsa tarttui hänen väkeensä. "Niinkuin koski", sanoi hän miehilleen, "te olette syösseet alppien huipuilta alas; kaiken, mikä asettui teitä vastaan, te kaadoitte ja musersitte." Hän oli pää, armeija oli ruumis, ja jokainen sen jäsen totteli salamannopeasti ja silmänräpäyksessä noita oivallisia aivoja. Hänen neronsa ei kohonnut missään suurempaan loistoon kuin taisteluissa Garda-järven eteläisen kärjen ympärillä, jossa hän johti liikkeitä kahden armeijan välissä. Ennenkuin itävaltalaiset vielä aavistivatkaan hänen läheisyyttään, hän jo oli heidän kimpussaan, löi Quosdanovich'in Lonaton luona, kääntyi lounaaseen ja voitti seuraavana päivänä Wurmser'in Castiglione'n luona. Seuraavana päivänä taas voitto Peschieran luona, ja sitä seuraavana — elokuun 7:ntenä — oli Mantua uudestaan piiritettynä.