Kuukautta myöhemmin Wurmser keisarinsa käskystä toisen kerran samosi eteenpäin, tällä kertaa alas Brenta-laakson kautta, hänen alikenraalinsa Davidovich'in kulkiessa pitkin Adige'a. Tarkoitus oli taas saada Bonaparte kahden tulen väliin. Vaikka vihollinen nyt oli nähnyt niin monta todistusta hänen ihmeteltävästä nopeudestaan, tuli se taas yllätetyksi. Bonaparte kiiti Tyroliin Davidovich'ia vastaan, löi hänet ahtaissa rotkoissa Roveredon ja Callianon luona ja ajoi hänet niin kauvas takaisin pohjoiseen, että hän itse saattoi kulkea Brenta-laakson kautta. Wurmser marssi mitään aavistamatta ainoastaan kaksi päivän-matkaa edellä, päästäksensä pitkin Brenta-jokea Legnanoon, josta hänen yhteistyönsä Davidovich'in kanssa ja Bonaparten sulkeminen oli alkava. Silloin ranskalaiset tekivät hyökkäyksen hänen jälkijoukkoonsa; hänen täytyi kiirehtiä marssiansa päästäksensä johonkin paikkaan, jossa voisi kääntää rintaman Bonapartea vastaan. Yritys tehtiin seuraavana päivänä, syyskuun 8:ntena, Bassanon luona, mutta siitä sukeutui täydellinen tappio. Ja kaikki tiet Saksaan olivat suljetut! Hänen täytyi sentähden armeijansa jäännöksen kanssa, jota oli 14,000 miestä, kulkea eteenpäin maassa, joka oli kaikkialta vihollisen miehittämä. Hän kulkee etelään Vicenzan kautta Bonaparten takaa-ajamana, joka toivoo saada hänet pidätetyksi Adige'n luona. Mutta paria hänen käskyistään ei oltu ajoissa toteltu; Legnanon luona oli Wurmser'in onnistunut pujahtaa joen yli ja asettua Mantuan edustalle. Kaksi päivää sen jälkeen saapui Bonaparte, löi hänet ja pakoitti hänet sulkeutumaan linnaan, jonka miehistö siten kohosi 25,000 soturiin. Itävaltalaiset olivat tällä kaksitoista-päiväisellä retkellä menettäneet 22,000 miestä ja 75 tykkiä; loput olivat kytketyt Mantuaan.
"Kuten hyvin ymmärrätte, rakas kenraali", kirjoitti Carnot Bonapartelle syyskuun 19 p:nä, "me levottomina odotimme sen toimen tuloksia, josta annoitte meille tiedon kuriirin kautta. Olemme nyt saaneet viime raporttinne, ja vaikka olimmekin tottuneet teidän erinomaisiin urotöihinne, sittenkin tiedonantonne Bassanon voitosta kävi yli toiveittemme. Minkä kunnian olettekaan niittänyt, kuolematon Bonaparte! Mikä tappio uhkamieliselle Itävallalle!" Juuri samaan aikaan Reinin joukot olivat kokeneet vastoinkäymisiä; Bonaparten ihailu tuli vaan sitä suuremmaksi, se kohosi innostukseksi; mutta "voiton lemmikki" oli hankkiva ranskalaisille vielä useampia yllätyksiä.
Marraskuun alussa oli Itävalta asettanut vielä kolmannen armeijan avustamaan yhä piiritettyä Mantuaa. Tällä kertaa vanha, kokenut Alvinczy ylikenraalina samosi idästä, Bassanosta, Davidovich'in tullessa pohjoisesta pitkin Adige'a. Taas piti Bonaparte muserrettaman ylivoimalla Mantuan muurien edustalla. Hänen alikenraalinsa syöstään takaisin, itse hän Veronan luona marraskuun 12 p:nä kärsii tuntuvan tappion. Yksitoista hänen kenraaleistaan on haavoittunut, sotamiehet uupuneet ja asema vakava. Mutta sairaaloista nähtiin potilaiden ja haavoitettujen raahautuvan tarttuakseen aseisiin ja iskeäkseen vielä kerran kolmivärisen lipun alla. "Moni näistä uljaista miehistä vuoti vielä verta haavoistaan", kirjoittaa Bonaparte; "tämä surullinen näky kuohutti sieluani kovin." Hän rohkenee vielä kerran yrittää ylivoiman murtamista, yritys, jota asiantuntijat pitävät loistavimpana neron tekona uudessa sotahistoriassa.
Marraskuun 14 p:nä hän yön tullessa kaikessa hiljaisuudessa lähti Veronasta, kulki Adige'n poikki ja lisäsi voimaansa suurimmalla osalla Mantuaa piirittävää armeijaa. Itään, pitkin joen oikeata rantaa kävi kulku yön pimeydessä pieneen Roncon kaupunkiin, johon hän etukäteen oli rakennuttanut sillan. 15 p:n aamulla hän taas seisoi Adige-joen vasemmalla rannalla; edessään hänellä oli laaja, rämeinen seutu Adige'n ja sen haarajoen Alpone'n välissä; soiden poikki johtivat salpatiet pohjoiseen. Niiden yli hän antoi armeijansa marssia eteenpäin. Augereau kulki keskistä salpa-tietä pitkin, joka Arcole'n luona johti Alpone'n yli rakennetulle sillalle. Bonaparten tarkoitus oli tätä tietä myöten selkäpuolelta iskeä viholliseen, joka vielä luuli hänen olevan Veronassa.
Taistelupaikaksi tuli Arcole. Täällä majaili osasto kroateja siltaa vartioimassa; peitetyistä asemista heidän tykistönsä sai aikaan kauhean verilöylyn ryntäävien ranskalaisten riveissä; Augereau, joka huomasi väkensä horjuvan, sieppasi lipun ja syöksyi etupäähän; neljä kenraalia, jotka seurasivat häntä, heti haavoittui, ja ryntäyskolonna peräytyi toisen kerran. Silloin saapuu lentäen Bonaparte ratsunsa selässä, heittäytyy maahan, tarttuu lippuun, ja niin edetään taas. Lannes, joka jo on saanut kaksi haavaa, ja Marmont seuraavat häntä; eräs nuori upseeri, Muiron, tahtoo juosta päällikköänsä suojaamaan, mutta kaatuu kuolleena hänen eteensä. Mutta mikään ei kestä vihollisen murhaavaa kylkitulta. Taas ranskalaiset tungetaan takaisin, kaikki pakenevat. Bonaparte itse suistuu salpatieltä suohon, ja hänen veljensä kenraali Marmont'in avulla vasta viime hetkessä hänet pelastaa joutumasta vangiksi. Seuraavana päivänä taistellaan yhtä itsepintaisesti ylipääsystä; milloin pääsevät ranskalaiset voitolle, milloin tunkevat itävaltalaiset ne takaisin. 17 p:nä Bonaparte uudestaan ryntää Arcole-sillalle, mutta yöllä hän oli rakennuttanut alapuolelle toisen sillan joen yli, ja sen kautta Augereau nyt kulkee samalle rannalle, jossa vihollinen seisoo.
"Jokaisessa taistelussa on hetki", sanoo Bonaparte itse, "jolloin vähinkin liike on ratkaiseva… se on se tippa, joka täyttää maljan yli reunojen." Se liike, joka ratkaisi tämän kolmipäiväisen verisen taistelun, sai alkunsa hänen vanhasta periaatteestaan vaikuttaa mielikuvitukseen silloin kun hän tahtoi saada jotakin aikaan. Vaikka itävaltalaiset olivat kolmena päivänä pitäneet puoliansa vihollistansa vastaan, ne äkkiä lähtivät pakoon, kun noin 50 ranskalaista ratsumiestä räikeästi kajahuttaen torvia tuimassa rynnäkössä syöksyi suon kaislan kahistessa heidän selkäänsä. Tuo suuri ihmistuntija oli laskenut oikein. Nuo vähälukuiset ratsumiehet kasvoivat uupuneiden sotamiesten silmissä mahtavan armeijan hirmukuvaksi, ja sitä vastaan ne eivät kestäneet. Seuraavana päivänä ranskalainen armeija, joka pari päivää ennen oli salaa hiipinyt ulos Milanoon johtavan portin kautta, riemuiten marssi Veronaan Venetsian portista. Itävaltalaiset peräytyivät Tyroliin, ja Mantua piiritettiin uudestaan.
Vielä viimeisen voimanponnistuksen tahtoi keisari Frans yrittää valtansa säilyttämiseksi Italiassa. 1797 vuoden alussa Alvinczy samosi esiin uudella sotajoukolla Tyrolista pitkin Adige'a. Ranskalaisen kenraalin Joubert'in täytyi peräytyä suuren ylivoiman edestä, ja hän asettui Rivolin luo; tästäkin paikasta hän aikoi luopua, mutta viime tingassa hän sai Bonapartelta käskyn pysyä asemassaan. Varsin ylivoimaisen vihollisen aikomus oli koota eri joukkonsa, ratsuväkensä ja tykistönsä lakeudelle Rivolin luo. Bonaparte tahtoi käydä häneen käsiksi ennenkuin tämä yhtyminen oli tapahtunut ja siten pakoittaa hänet taistelemaan ilman tykistöä. Aamulla tammikuun 14 p:nä klo 2 Bonaparte joukkoineen yhtyi Joubert'iin. Aamun koitteessa taistelu alkoi, ja klo 2 iltapuolella vihollinen oli lyöty.
Bonapartelle oli omituista, ettei hän tuntenut ensinkään sitä herpoutumisen tunnetta, joka tarkoituksen saavutettua valtaa muut kuolevaiset, semminkin kun kaikki voimat ovat olleet pinnistettyinä. Vielä samana iltana voiton jälkeen, marssittuaan koko yön ja oltuaan tantereella kello kahdesta aamulla, hän vetäytyi Mantuaan, jossa taas taisteli ja voitti 10 p:nä. Muuan itävaltalainen apujoukko oli näet pikamarssissa kulkenut alas Mantuaan ja hyökännyt piiritysväkeä vastaan, Wurmser'in hyökätessä ulos kaupungista. Nyt ei ollut enään mikään pelastusmahdollinen. Helmikuun 2 p:nä Mantuan täytyi antautua.
Itävaltalaiset olivat nyt karkoitetut Italiasta. Niiden kokoontuessa Tyrolin vuoristoon ja kootessa sinne apujoukkoja Bonaparte mitättömällä voimalla lähti Roomaa vastaan. Kirkkovaltio ei ollut täyttänyt velvollisuuksiansa tasavaltaa kohtaan, ja Bonaparte tahtoi ennenkuin lähti uudestaan itävaltalaisia vastaan olla varma Italian ehdottomasta kuuliaisuudesta. Munkit kyllä koettivat yllyttää väestöä ja saarnata kestävyyttä, ja madonnan kuvat irvistelivät vihasta ranskalaisten menestyksen vuoksi, mutta paavin sotamiehet pakenivat joka paikasta. Retki alkoi helmikuun 1 p:nä, rauha tehtiin aivan Bonaparten määräysten mukaisesti helmikuun 19 p:nä Tolentinossa. Ennen luovutettujen maakuntien lisäksi jätettiin nyt Romagna Ranskalle ja lisäksi melkoisesti korotettu rahasumma. Rooman miehittäminen olisi ollut mitä helpointa, mutta Bonaparte, joka osasi arvostella paavin vaikutusta ja tiesi mitä merkitsivät hyvät suhteet pyhään isään, luopui varsin järkevästi kiihoittamasta häntä vastaansa ikuisen kaupungin miehittämisellä.
Neljätoista päivää paavin kanssa tehdyn rauhan jälkeen Bonaparte lähti itävaltalaisia vastaan. Suurin osa niiden Reinin armeijaa oli kutsuttu vahvistamaan niitä osastoja, joiden asiana oli puolustaa teitä Italiasta Wien'iin. Bonaparte lähti liikkeelle ennenkuin nämä osastot olivat saapuneet. Entisten Itävallan ylikenraalien sijalle, ne kun kaikki olivat vanhoja miehiä, oli tällä kertaa asetettu kuusikolmatta-vuotias arkkiherttua Kaarle, joka menestyksellä oli taistellut ranskalaisia vastaan Reinin luona. Hän oli asettunut Tagliamenton taa, mutta lyötiin siellä maaliskuun 10 p:nä, ja hänen täytyi, menetettyään paljon väkeä, vetäytyä takaisin Isonzon taa. Sieltäkin hän karkoitettiin, ja monien kohtalokkaiden tappelujen jälkeen Alppien korkeilla harjanteilla Bonaparte huhtikuun 7 p:nä oli Leoben'issa, josta on vain parin päivän matka keisarikaupunkiin. Siellä kaikki joutui hämminkiin; hovi pakeni ja odotettiin hyökkäystä kaupunkiin.