Merisota Englantia vastaan näet jatkui yhä; Ranskan ja Hollannin siirtomaat olivat melkein kaikki valloitetut ja Ranskan kauppa kärsi suuresti, kun englantilaiset olivat sulkeneet Ranskan, Hollannin ja vihdoin Espanjankin länsirannikon satamat. Itävallan nöyryyttämisen jälkeen Bonaparte tahtoi Englannin kukistamista. "Jos teemme kaikkemme laivastomme vahvistamiseksi ja kukistaaksemme Englannin", kirjoitti hän Direktoriolle, "niin on Euroopa jalkojemme juuressa." Jo marraskuussa 1797 hän oli määrätty "englantilaisen armeijan" päälliköksi, jonka piti astua maihin Englannin rannikolla ja suunnata isku suoraan Lontoota vastaan. Vaikka hän suuresti epäili moisen maihinnousun yrityksen mahdollisuutta Ranskan vähäväkisellä merivoimalla, antoi hän kuitenkin sotajoukon kokoontua pohjoisrannikolle. On kuitenkin enemmän kuin todennäköistä että hän, ruvetessaan tähän tehtävään, aikoi käyttää uutta armeijaansa, johon suureksi osaksi kuului italialaisen armeijan sotilaita, kukistaakseen Direktorion; mutta, kuten sanottu, hän ei pitänyt hedelmää kypsyneenä vielä, ja kun hän itse selvästi huomasi, että hän sitä mukaan kuin aika kului menetti jalansijaansa Parisissa, hän päätti lähteä sieltä pois. Ensin hän helmikuussa 1798 matkusti pitkin Ranskan pohjoisrannikkoa tutkiakseen sikäläisiä oloja, mutta kirjoitti jo 23 p:nä Direktoriolle, että maihinnousu-yritys Englantiin oli nyt mahdoton suorittaa ja että se kaikessa tapauksessa oli lykättävä pimeihin syysöihin saakka. Vähän sen jälkeen hän ehdotti armeijan käyttämistä Egypti-retkeen.
Tässä kohden Bonaparte otti omakseen vanhan ranskalaisen tuuman. Jo neljännellätoista vuosisadalla Ranskan kuningas Filip Kaunis uneksi herruutensa laajentamista Saksan, Italian ja bysantilaisen valtakunnan valloittamisella. Hänen mielikuvituksessaan oli Egyptin omistaminen maailmanherruuden pää-kulmakivi. Sittemmin, kun Ludvig XIV liittyneenä kristikunnan vihollisiin, turkkilaisiin, uhkasi Hollantia ja Itävaltaa, oli filosoofi Leibnitz kehottanut häntä kääntämään aseensa mieluummin turkkilaisia vastaan ja riistämään niiltä Egyptin, jolla hän tuntuvasti voisi vahingoittaa Hollannin kauppaa Intiassa. Omituista kyllä hän huomauttaa "suurelle kuninkaalle" Egyptin valta-asemaa muinaisuudessa ja sitä että kaikki maailmanvalloittajat olivat pitäneet Egyptiä välttämättömänä alusmaittensa osana. Kokonaan riippumatta Leibnitz'in ehdotuksesta syntyi 1732 suunnitelma Suez'in kannaksen katkaisemiseksi ja myöhemmin Puolan jaon aikana Versailles'n hallitus aprikoi, eikö Ranskan pitäisi hankkia itselleen turvallisuus valloittamalla faraonien maan. Vihdoin oli Egyptissä oleva Ranskan konsuli vähän ennen Bonaparten ehdotusta lähettänyt Direktoriolle raportin, jossa hän lämpimästi puolsi Egyptin miehittämistä. Sekin olisi jo Englannin eduille Intiassa varsin uhkaavaa; mutta jos mentäisiin pitemmälle kaivamalla kanava Suez'in kannaksen poikki, olisi ehkä mahdollista tuhota Englannin koko kauppa Intiassa. Sillä Korsikan, Italian, Jonian saaret ja Maltan valloitettuaan — Bonaparte oli jo ne kaikki päättänyt anastaa — oli Ranska yksinvaltiaana Välimerellä ja voi ohjata koko Intian kaupan Suez'in kanavan kautta suuriin satamakaupunkeihinsa Toulon'iin ja Marseille'hin.
Direktorio suostui mielihyvällä Bonaparten ehdotukseen Egyptin retkestä, josta lupasi koitua tuhoava isku Englannille ja joka sitäpaitsi saisi tuon peljätyn kenraalin poistumaan Ranskan rajoilta. Egyptin yliherra, Konstantinopolin sultaani, joka oli enemmän nimeksi kuin asiallisesti herrana, toivottiin saada suostuvaiseksi esittämällä retken tarkoittavan yksinomaan mamelukkeja, jotka olivat anastaneet kaiken vallan. Viekas diplomaatti Talleyrand sai tehtäväkseen Turkin taivuttamisen Ranskan puolelle ja vihollisuuksien virittämisen Venäjän ja sultaanin kesken. Huhtikuun 12 p:nä Bonaparte nimitettiin egyptiläisen armeijan ylipäälliköksi.
Vanha unelma se olikin, mikäli se häntä koski, joka hänen nyt siellä oli toteutettava. Jo kadetti- ja luutnanttivuosina hänen vireä mielikuvituksensa oli liikkunut Idän asioissa, ja monta kertaa ennenkuin vallankumous puhkesi antaen toivoa paremmista ajoista hän oli ajatellut lähteä Intiaan. Italian sodan aikana nämä unelmat olivat äkkiä saaneet uutta voimaa; nyt oli todellisuus käsissä. "En tahdo pitempään viipyä täällä, täällä ei ole enää mitään tekemistä", hän sanoi Bourienne'ille ja Junot'lle; "ne (Direktorio) eivät tahdo suostua mihinkään. Näen, että jos jään tänne, olen mennyttä kalua. Kaikki täällä kuluu piloille. Maine, jonka olin hankkinut, on pian haihtunut; tämä pieni Euroopa ei voi tuottaa minulle riittävästi kunniaa. Tahdon Itään, ainoastaan siellä on saatavissa nimi, maine, joka kestää kautta aikakausien." Saattaa pitää varmana, että Bonapartelle tuolloin oli varsin vastenmielistä jättää kauvas taaksensa pääkaupunki Seinen varrella. Tosin hänellä ei ollut kilpailijaa, joka voisi tulla hänelle vaaralliseksi Ranskassa — kenraali Hoche oli äsken kuollut ja kuollut vuoteessaan kuten Bonaparte itse oli hänelle ennustanut — mutta mitä saattoikaan tapahtua hänen poissa ollessaan? Kuitenkin… eikö maailmaa voinut hallita yhtä hyvin Aleksanteri Suuren kaupungista kuin Parisista? Eikö Aleksandria perustettu suuren Makedonian valtakunnan keskipisteeksi? Se ajatus häntä lohdutti, kun hän aavisti mahdolliseksi, että ajat saattoivat muuttua Ranskalle levollisemmiksi kuin miltä nyt näytti. Bonaparte, jonka tarvitsi vain laskea löysälle Korsikassa orastuneen ja vallankumouksessa kehittyneen diplomatisen neronsa ohjakset, ei laiminlyönyt ennen lähtöään mitään, joka saattoi häiritä rauhaa ulospäin. Direktorio kyllä itse pitäisi huolta siitä, että syntyisi levottomuutta ja tyytymättömyyttä kotimaassa. Sillä "hedelmä oli kypsä" vasta mielivallan ja hämmingin joutuessa siihen mittaan, että Ranskan kansa yksistään nimessä Bonaparte näki pelastuksen toivon. Sentähden hän saattoi vastata kysymykseen, kauvanko hän aikoi olla poissa: "Pari kuukautta tai kuusi vuotta; se riippuu asianhaaroista."
Bonaparten nero sai kaikki tiet viemään perille; mihin suuntaan hän ohjasikin, hän näki onnensa tähden säteilevän edessään.
* * * * *
Niin suurella innolla valmistuksia kiiruhdettiin, että kaikki oli suoritettu kuukausi sen jälkeen kun suunnitelma, jota ainoastaan ani harva tunsi, oli hyväksytty. Kaikkialla Euroopassa arveltiin, että tarkoituksena oli maihinnousu Englantiin. Ei voitu pitää salassa kuljetuslaivaston varusteluja Toulon'issa, Genuassa ja muissa Välimeren kaupungeissa; laivastoon kuului 400 kuormalaivaa ja niiden suojaksi 15 linjalaivaa, 15 fregattia, 7 korvettia ja 30-40 kuunariparkkia; mutta yleisesti otaksuttiin, että tämän suuren sotavoiman piti ensin vapauttaa liittoutuneen espanjalaisen laivaston, jota englantilaiset pitivät suljettuna Cadiz'issa, ja sitten ottaa sotajoukot pohjoisrannikolta ja viedä ne Englantiin. Yksityisiä huhuja, joita oli liikkeellä lähetyskunnan todellisesta tarkoituksesta, ei tahdottu uskoa missään. Silloin saapui Englannin amiraalille, loordi Vincentille, joka silloin laivastollaan oli Lissabon'in ulkosatamassa, 1 p. toukokuuta tieto, että Bonaparte Toulon'issa marssitti laivoihinsa 60.000 miestä ja että aavistettiin, ettei tämä tarkoittanut Englantia. Niin kauvan kun peljätyn kenraalin oli luultu olevan pohjoisarmeijassa, uskottiin varmasti maallenousua Englantiin; mutta jos hän itse oli Toulon'issa, niin kyllä se tiesi jotakin muuta. Heti lähetettiin Nelson 8:lla laivalla vakoilemaan; 17 p:nä hän piileksi Hyér-saarien edustalla ja anasti ranskalaisen korvetin, joka oli ennen kuormalaivastoa lähtenyt vesille, Bonaparten luullessa Välimeren länsi-osaa englantilaisista vapaaksi. Vankeja kuulustaessaan Nelson sai varman tiedon, että Bonaparte itse johti 12,000 miehen laivoihin astumista; mutta retken tarkoituksesta eivät vangit mitään tienneet, niin oli Bonaparte osannut pitää tuumansa salassa. Nelson lähti vesille kohdatakseen vihollisen, mutta Ranskan laivaston lähtiessä Toulon'ista 19 p:nä ja kulkiessa pitkin rannikkoa yhtyäkseen Genuasta, Ajacciosta ja Civita Vecchiasta tuleviin osastoihin, mikä menestyksellä suoritettiinkin, Nelsonin yllätti 22 ja 23 p:n välillä ankara myrsky, jossa hän sai sellaisia vaurioita, että hänen täytyi mennä St. Pierre'n saareen Sardinian eteläpuolelle niitä korjaamaan. Aavistamatta läheistä vaaraa Bonaparte suuntasi matkan itään; hän oli saanut tiedemiehiä kaikilta aloilta liittymään matkueeseen, ja amiraalilaivassa "l'Orient" vietettiin päivät oppineissa keskusteluissa ja tutkimuksissa. Kesäkuun 9 p:nä laivasto ankkuroi Maltan edustalla. Koko voima oli nyt 32,000 miehen suuruinen, sijoitettuna 400 laivaan.
Maltan saaria puolusti 400 vanhan temppeliherra- eli johanniittikunnan ritaria, joilla vuodesta 1530 oli ollut pääpaikkansa täällä. Niiden lisänä oli 500-miehinen rykmentti. Jo Italian sodan aikana Napoleon oli ruvennut sekaantumaan niiden asioihin ja hankkinut tilaisuuden vaikuttaa muutamiin niistä lupauksilla ja lahjomisilla. Hän korjasi nyt ponnistustensa hedelmät, kun tuo vahva, valloittamattomana pidetty La Valettan linna kesäkuun 12 p:nä antautui lyhyen, mitättömän vastustuksen jälkeen. Suuret varastot ja runsaat aarteet joutuivat tällöin ranskalaisten käsiin.
Jo heti Maltaan tultuansa Bonaparte oli saanut tietää, että Nelson, joka vieläkään ei tiennyt mitään hänen lopullisesta tarkoituksestaan, oli etsinyt häntä Neapelista ja siellä saanut lisäksi 10 linjalaivaa. Hän oli siis pian odotettavissa Maltaan ajaessaan takaa ranskalaista laivastoa, ja Bonaparte lähti sentähden mahdollisimman kiireesti saaresta ja purjehti itään päin. Jos tapahtuisi se onnettomuus, että Nelson pääsisi hänen jäljillensä, tahtoi hän olla maan läheisyydessä, jotta voisi pelastaa joukkonsa maihin; sentähden hän purjehti Jonian saarten rannikkoa myöten. Tuskin oli Nelson saapunut Maltaan ja nähnyt trikolorin (kolmivärisen lipun) liehuvan La Valettan valleilla, kun hän jo huomasi, että ranskalainen matkue tarkoitti Egyptiä, ja nyt lähdettiin minkä varustukset kestivät Aleksandriaan. Mutta juuri purjehtimalla suoraa tietä hän sivuutti vihollisensa. Sillä Bonaparte, joka kuljetti laivastoa yhtä mestarillisesti kuin sotajoukkoakin, pysyi pohjoisempana Kreetan rannikolla, josta Nelsonin mieleen tuskin juolahtaisi häntä etsiä. Täällä olivat kumminkin molemmat laivastot eräänä yönä toisiansa niin likellä, että englantilaisten laivain tykkisignaalit kuultiin ranskalaisiin. Kun Nelson saapui Aleksandriaan, tapasi hän ulkosataman tyhjänä. Oitis kulki hän edelleen Syriaan, ja kun hän sielläkään ei tavannut vihollistaan, hän kiiruhti Sisiliaan, koko sydämestään kiroillen ranskalaisia, "noita pirun sikiöitä, joilla oli semmoinen pirunmoinen menestys."
Vasta kesäkuun 28 p:nä, jolloin Bonaparte antoi käskyn suunnata kaakkoon Afrikan rannikkoa kohden, hän julisti joukoilleen, että niiden "englantilaisen armeijan itäisenä siipenä" — sillä retkeä pidettiin yhä osana suuresta yrityksestä Englantia vastaan — ensin oli valloitettava Egypti. Kesäkuun 1 p:nä, kaksi päivää sen jälkeen kun Nelson täältä oli etsinyt ranskalaisen laivaston, hän ankkuroi Abukirin poukamaan Aleksandrian itäpuolelle. Lännessä Bonaparte näki Ptolemaios-pylvään ikäänkuin himmeän varjon kuvastuvan kirkasta taivasta kohti, Aleksandrian, Aleksanteri Suuren kaupungin minaretien kimmeltäessä laskevan auringon valossa. Mihin hänen tähtensä vie hänet? Mutta mitä siitä… "miehuullinen halveksii tulevaisuutta." Eikö Cesar ollut huutanut pelkureille miehillensä veneessä: "Se kantaa Cesaria ja hänen onneansa!" Eteenpäin siis pitkin erämaan hiekkaa!