Korkeasta aallokosta huolimatta Bonaparte vielä samana iltana panetti alkuun laivojen tyhjentämisen ja marssi ensimäisten 5,000 miehen kanssa kirkkaassa kuutamossa Aleksandriaa kohti, joka lyhyen vastustuksen perästä antautui; muutkin Niilinsuun rantakaupungit joutuivat helposti hänen valtaansa, kun mamelukit, todellinen sotavoima, olivat vetäytyneet sisämaahan. Se oli ratsuväkenä, noin 8-10,000 miestä, erinomaista joukkoa Ibrahim'in ja Murad-Bey'n johtamana, mutta tykkejä heillä oli varsin vähän. Vihollisten paljoutta Bonaparten siis ei tarvinnut pelätä, vaan luonnon- ja elämänsuhteita ja semminkin pettymyksiä, joiden alaisiksi ranskalaiset soturit joutuivat. Sillä ne olivat, kuultuansa faraonien vanhasta maasta, kuvitelleet sitä hedelmällisiksi, viljaviksi maisemiksi, jotensakin paratiisin kaltaisiksi, mutta todellisuudessa siellä ei ollut tarjona muuta kuin erämaita, kurjia hökkeleitä, huonoa juomavettä ja sietämätön kuumuus. Jo marssiessaan Aleksandriasta mamelukkien pääkaupunkiin Kairoon, johon Bonaparte kulki erämaan kautta, vaikka tie oli parempi, joskin pitempi Rosette'stä pitkin Niiliä, sotamiehet saivat tuta kaikkia nälän ja janon kauheuksia. Moni kuoli matkalla; toisten nähtiin käyvän omaan henkeensä käsiksi pelastuaksensa nykyisistä ja vastaisista kärsimyksistä; jopa itse ylikenraalin edessä sotamiehet ampuivat luodin otsaansa, lausuen: "Tämä on sinun työtäsi!" Kenraalien mennessä ohitse huusi miehistö: "Tuolla kävelevät ranskalaisten teloittajat! Tuhat kertaa parempi olisi kuolema kuin se kurjuus, johon nyt olemme joutuneet." Tuommoisia kohtia on upseerien kirjeissä kotimaahan. Mutta ylikenraali, joka tavallisuuden mukaan esiintyi sotamiesten parissa, joka oli samojen kärsimysten alaisena ja kesti samoja ponnistuksia, hän näytti olevan ainoa, johon kurjuus ei koskenut. "Kas niin, Berthier, nyt olemme vihdoin täällä", sanoi hän taputtaen esikuntapäällikköänsä olalle.
Vasta jälleen lähestyessään Niiliä matkallaan Kairoon ranskalainen sotajoukko joutui mamelukkien hyökkäyksen alaiseksi. Chebrissan (eli Ramanhieh'in) luo vihollinen oli asettanut muutamia tykkiveneitä, joiden tuli ryhtyä taisteluun pientä ranskalaista Niilin-laivastoa vastaan, jonka Bonaparte kiireessä oli saanut kuntoon. Heinäkuun 12 p:nä ranskalaiset saapuivat sinne, ja heti syntyi joella kahakka, jonka aikana 5,000 ratsumiestä mannermaalla koetti murtaa tiiviisti sulkeutuneita ranskalaisia kolonnia. Kummassakin paikassa vihollinen ajettiin takaisin ja vasta 21 p:nä sen päävoima yritti pidättää Bonapartea Embabeh'in luona lähellä pyramiideja. "Soturit", huusi Bonaparte joukollensa, "muistakaa, että neljäkymmentä vuosisataa katsoo teihin tuolta ylhäältä." Illan tullessa vihollinen oli hajoitettu, Murad Bey'n rikas leiri oli ranskalaisten saaliina ja hän itse pakosalla Ylä-Egyptiin, kenraali Desaix'n seuratessa häntä tarmokkaasti aina Syene'n koskiin saakka. Ibrahim Bey joukkoineen pakeni Syriaan. Pari päivää sen jälkeen Bonaparte astui Kairoon ja asetti pääkortteerinsa Murat'in avaraan palatsiin.
Ne kuukaudet, jotka hän täällä levossa vietti sotilastensa kanssa, hän käytti valmistaviin töihin maanviljelyksen parantamiseksi. Hänen varma uskonsa oli, että Egyptin vanhat rikkauden lähteet saataisiin uudestaan vuotamaan, kun poistettaisiin vuosisatojen rappiotilan seuraukset. Koko tiedemiesten joukko, jonka hän oli tuonut mukanaan ja järjestänyt Ranskan "Institut National'in" mukaan, toimi senvuoksi ensin tutustuaksensa perin pohjin maahan ja keksiäksensä sopivimmat keinot Bonaparten suunnitelmien toteuttamiseksi. Instituti, joka piti ensimäisen istuntonsa, Monges puheenjohtajana, Hassan Kachef'in palatsissa, jaettiin neljään osastoon, matematiikkia. luonnontiedettä, valtiotiedettä ja taidetta varten. Ylikenraali itse, seurassaan joukko insinöörejä, ryhtyi heti tutkimuksiin löytääksensä ikivanhan Suez'in kanavan jäljet, mikä onnistuikin; pintamittauksia toimitettiin, karttoja piirustettiin, mutta aika ei sallinut suureen työhön ryhtymistä.
Kaikilla niillä suurilla mieskohtaisilla keinoilla, jotka olivat Bonaparten käytettävissä, hän koetti saada väestöä puolelleen; hän kääntyi sentähden erityisesti pappissäädyn puoleen, jolla oli suurin vaikutus, eikä hän laiminlyönyt mitään tilaisuutta osoittaakseen kunnioitustaan korania ja profeettaa kohtaan, jonka juhlaan hän suurimmalla komeudella otti osaa. Siten hän tarkoin noudatti Aleksanteri Suuren enemmän kuin 2,000 vuotta vanhan esimerkkiä, ja samoin kuin tämä suuri makedonialainen julistutti itsensä Ammon-jumalan pojaksi, Bonapartekin esiintyi korkeampien valtojen lähettiläänä. "Onko ainoatakaan ihmistä", kirjoittaa hän eräässä julistuksessa Kairon asukkaille, "niin sokeata, ettei hän huomaa kaikkia toimiani itse kohtalon johtavan? Julistakaa kansalle, että maailman luomisesta saakka on ollut kirjoitettuna, että minä, muserrettuani Islamin viholliset ja kumottuani ristin olin tuleva kaukaisesta Lännestä suorittamaan mitä minulle säädetty oli. Kertokaa kansalle, että kaikki, mikä on tapahtunut, on ennustettu enemmän kuin kaksikymmentä kertaa koranin pyhässä kirjassa ja että se, mikä on tuleva, jo on selitetty. Mutta se päivä on tuleva, jolloin kaikki ihmiset ymmärtävät, että korkeampi valta johtaa minua ja etteivät mitkään inhimilliset ponnistukset voi mitään minua vastaan."
Viisi vuotta myöhemmin hänen ajatuksensa kääntyivät takaisin tähän aikaan: "Egyptissä minä tunsin itseni vapaaksi kaikista sivistyksen ehkäisevistä ohjaksista. Unelmoin mielessäni kaikkia mahdollisuuksia ja näin keinot unelmieni toteuttamiseksi. Näin itseni, perustettuani uuden uskonnon, matkalla Aasiaan norsun selässä, turbaani päässäni ja kädessäni uusi korani, jonka olin kirjoittanut oman mieleni mukaan. Tahdoin yritykselläni sulattaa yhteen kahden maanosan kokemukset, tehdä historian alamaisekseni, hyökätä Englannin valtaa vastaan Intiassa ja valloitettuani sen uudestaan ryhtyä yhteyteen Euroopan kanssa."
Semmoiset unelmat, mielikuvitukset ja houkuttelevat tuulentuvat elähyttivät häntä niin ankaran ja lohduttoman todellisuuden keskellä, että se olisi masentanut jokaisen muun kuin tämän ihmeellisesti varustetun miehen rohkeuden. Bonaparte, El-Kebir, s.o. suuri, joksi maan asujamet häntä sanoivat, oleskeli 30,000-miehisen voiman kanssa vihollisessa pääkaupungissa, jonka asukasluku oli 300,000. Vaikka hän kaikin mokomin koetti taivuttaa väestöä lempeydellä ja ystävyydellä, ei hän siinä mitenkään onnistunut, ja ennen pitkää hänen täytyi päivittäin Kairon kaduilla teloittaa viisi, kuusi ihmistä, synnyttääksensä turkkilaisissa kauhua, joka yksin oli mahdollinen pitämään heitä kurissa. Mutta niin kauan kuin hän oli tekemisissä yksistään mamelukkien ja tyytymättömän väestön kanssa, niin kauan kuin maan oikea yliherra, Turkin sultaani, salli itseänsä petkuttaa, tyytyen siihen selitykseen, että retki kohdistui yksinomaan kapinallisia mamelukkeja vastaan, sikäli tuo kaikki kävi päinsä. Elokuun alussa Bonaparte sai tietää, että Nelson oli hyökännyt Ranskan laivastoa vastaan Abukirin luona ja että se urhean puolustuksen jälkeen melkein kokonaan oli tuhottu. Itse amiraali Bruyes oli "l'Orient" laivan mukana räjähytetty ilmaan. Yhteys Ranskan kanssa oli katkaistu ja palaaminen sotajoukon kanssa oli toistaiseksi mahdoton. Hänen sieluntarmonsa osoittautui tässä koko suuruudessaan. Mitä tunteita hänessä lieneekin virittänyt tuo masentava tiedonanto, hän kuitenkin esiintyi hillittynä ja tyynenä kuin aina. "Onneton Bruyes, mitä oletkaan tehnyt", oli ainoa huudahdus, joka pääsi hänen huuliltaan. "Nykyinen sotaretkemme kysyy enemmän kuin yhtä lajia miehuutta", hän sanoi upseereilleen. "Täytyy menetellä niin, että pää aina pysyy aaltojen yläpuolella; kyllä ne sitten pian asettuvat ja tyyntyvät." Sotamiehet ja upseerit olivat epätoivossa tietäen olevansa eristettyinä kodista, mutta Bonaparten tyyneys ja kylmäverisyys teki vaikutuksensa; tästä lähin he enemmän kuin koskaan ennen panivat luottamuksensa kaksikymmentäyhdeksän-vuotiaaseen päällikköönsä, joka ei koskaan unohtanut niitä, jotka olivat häntä tänä vaikeana aikana auttaneet.
Otteet hänen upseeriensa kirjeistä kotimaahan ovat riittävänä todisteena heidän suhteistaan ylikenraaliin. "Luottamuksemme Bonaparteen on rajaton… koko armeija menettäisi rohkeutensa, ellei se tuntisi hänen neroansa. Hän yksin saa pitää kokonaan huolen siitä, että suoriudumme meitä ympäröivästä kurjuudesta." Ja se mies, joka epätoivoisissa oloissa piti yllä tuhansien muiden rohkeutta, oli itse surujen ja tuskien vallassa. "Jätän sinun haltuusi asiani", kirjoittaa hän Josef-veljelleen, "minulla on suuret kotoiset huoleni, sillä huntu on nyt kokonaan nostettu." Rouva Josephine — hänhän huvitteli Parisissa.
Mutta häviö Abukirin luona irroitti sultaanin täydellisesti Ranskasta; nyt hän teki liiton Venäjän kanssa, joka pelkäsi Ranskan vaikutusta Välimerellä yhtä paljon kuin Englantikin. Ja levottomuutta se herätti maan asukkaissakin, niin suuresti kuin he Bonapartea ihailivat ja pelkäsivätkin. Kun hän voidaksensa paremmin puolustaa Kairon linnoitusta hajoitutti erään moskean, puhkesi kapina. Vasta kauhean verilöylyn jälkeen, jolloin kokonaisia kaupunginosia ampumalla täydellisesti ruhjottiin, kapina saatiin asettumaan.
Kun laivaston hävittäminen oli kumonnut hänen alkuperäiset suunnitelmansa ja kun huhu tiesi kertoa, että sultaani oli julistanut sodan Ranskaa vastaan ja lähettänyt julmuudestaan tunnetun Achmed pashan, Djessariksi (teurastajaksi) sanotun, alas Syrian kautta, päätti Bonaparte kohta lähteä häntä vastaan. Tyhjentymättömällä keksintäkyvyllään hän oli oitis tehnyt uudet suunnitelmat. "Nelson kenties pakoittaa minut suorittamaan suurtöitä, joita alussa en laisinkaan ajatellut", hän lausui Kleber'ille. Välittelyihin ryhdyttiin Maissore'n sultaanin Tippo Sahib'n kanssa, joka oli Englannin kiihkein vihamies Intiassa, ja niinikään Persian shahin kanssa. Nyt oli hänen unelmistaan ja mielikuvitteluistaan tehtävä tosi. Kaupungit Syrian rannikolla oli valloitettava; St. Jean d'Acre'sta — Ranskan historiassa mainio jo ristiretkien ajoilta —, joka hänestä oli Intian avain ja tarpeellinen yhteyttä varten Tippo Sahib'in kanssa, hän lähtisi Damaskon ja Aleppon kautta Konstantinopoliin. Kun sitten hajoamistilassa oleva Turkin valtakunta on kukistettu, hän perustaa uuden suuren keisarikunnan Itään ja palaa Adrianopolin ja Wien'in kautta takaisin.
Helmikuussa 1799 hän lähti Syriaa kohti. El-Arieh, Gaza ja Askalon valloitettiin suuremmitta vaikeuksitta. Jaffan linna kesti kolme päivää. Rynnäkössä sitä vastaan kaatui 2,000 miestä Achmed'in parhaista joukoista ja 2,000 otettiin vangiksi. Kaksi päivää mietittyään ja pidettyään neuvottelua ei Bonaparte keksinyt muuta keinoa kuin ammuttaa ne kaikki. "Koulumestarimaista historian kirjoitusta", sanoo eräs saksalainen historioitsija, "tämä on pöyristyttänyt ja kauhistuttanut; mutta sotilaallinen historiankirjoitus ei voi katsoa asiata samalta kannalta. Napoleon ei ollut julma, mutta hänellä oli se ominaisuus, joka on sotapäällikölle välttämätön, että hän oikealla hetkellä voi olla julma ja että hänen laskuissaan ihmiset ovat vain numeroita."