Tammikuussa 1800, jolloin aineksia oli ylenmäärin kasaantunut, hän itse käytti yöt jatkoksi ja pyysi, että sota-, sisä- ja poliisiasiat lähetetään hänelle klo 10 illalla. Usein hän johti keskusteluja näissä osastoissa klo 10:stä illalla klo 5:een aamulla. Neuvostonjäsenet nääntyivät väsymyksestä ja nukkuivat tuoleilleen, mutta Bonaparte itse, reippaana ja joustavana kuten aina, pudisti heitä: "Ylös, kansalaisministerit! Ylös! kello on vasta kaksi; meidän täytyy jotakin tehdä Ranskan kansan meille maksamista rahoista."
Jos koskaan hallituksen esimies maan ensimäisenä uupumattomimpana työmiehenä on valaissut tiensä seurattavalla ihanteella, niin kyllä semmoinen oli Napoleon Bonaparte. Mitkään mieskohtaiset halut eivät häntä häirinneet, eivät mitkään himot varastaneet häneltä tarmoa. Hän eli ainoastaan työssä, rikastuttaakseen sitä maata ja sitä suuresti lahjakasta kansaa, joka, sen hän tiesi, saattoi tulla verrattomaksi työkaluksi hänen kädessään.
Toinen tärkeä lakiehdotus toisensa jälkeen esitettiin siten ensimäisen konsulin, valtioneuvoston ja monien, toisen tai toisen kysymyksen tutkimista varten asetettujen ylijohtokuntien yhteistyön tuloksena. Bonaparte oli heti lopettanut turmiolliset pakkolainaukset ja lakkauttanut emigranteilta vaaditut epämieluiset takeet. Joulukuun 25 p:nä emigranttilistat lopetettiin laillisella toimenpiteellä. Ranskan kansalaiset saivat taas vapaasti lähteä ulkomaille. Jotensakin vastenmielisesti hän suostui noin 100:n äärimäisen vallankumouksellisen lähettämiseen siirtoloihin; ne olivat enimmäkseen entisiä jakobineja, niiden joukossa kenraali Jourdan. Vähän sen jälkeen hän kuitenkin tämän määräyksen peruutti ja asetti heidät poliisin valvonnan alle. Maasta karkoitetut papit saivat palata, ja vuoden viimeisenä päivänä haudattiin ensimäisen konsulin käskystä paavi Pius VI, joka oli kuollut asuessaan Valence'issa, johon hänet oli viety Roomasta suurella juhlallisuudella, ja ensi kerran vallankumouksen alusta saakka voitiin turvallisesti käydä kirkollisissa toimituksissa. Epätoivoiset rahalliset seikat vähitellen saatiin korjatuiksi monilla järkevillä säännöksillä; vero- ja tullilaitos järjestettiin, ja niiden takavarikkoon otettujen maatilain arvo, jotka vielä olivat jääneet hallituksen haltuun, saatiin suuresti kohoamaan. Valtiovelkakonttorin perustaminen vahvisti julkisen luoton, ja tammikuun 18 p:nä perustettiin Ranskan pankki teollisuuden ja kaupan tukemiseksi. Seuraavina kahtena kuukautena julkaistiin laki tuomioistuinten järjestyksestä ja suuri hallintolaki; vallankumouksen aikana päätetty maan jakaminen departementteihin pysytettiin; nämä jaettiin arrondissementteihin ja kuntiin. Ne virkamiehet — prefektit, aliprefektit ja maire'it — jotka olivat näissä hallintopiireissä esimiehillä, oli siihen saakka valittu, mutta nyt nimittäminen jätettiin hallituksen päämiehelle, ja siten langat maan kaikista osista kokoontuivat ensimäisen konsulin käteen Parisissa. Näidenkin miesten nimittämisessä Bonaparte menetteli suurimmalla puolueettomuudella, katsomatta miesten valtiolliseen väriin tai entisyyteen.
Merkillisin ja perinpohjaisin Bonaparten uudistustöistä oli epäilemättä kuitenkin suuri lakikokoelma, Code Napoleon, jota sittemmin vähitellen julkaistujen rangaistus-, rikos-, oikeudenkäynti- ja kauppakaarien ohessa vielä käytetään Ranskassa. Kun vanha kuningaskunta oli hajoitettu säätyihin ja yhdyskuntiin eri etuoikeuksineen ja tullirajoilla erotettuihin maakuntiin, oli niissä myöskin kokonaan erilainen lainkäyttö. Toisissa maakunnissa noudatettiin "kirjoitettua oikeutta", s.o. roomalaista oikeutta, toisissa nautinto-oikeutta. Jo ennen vallankumousta alettiin tehdä tässä kohden muutoksen luonnoksia; sekä lakiasäätävä kokous että Konventti ja Direktorio olivat luvanneet laatia yhteisen lain, joka uuden departementtijaon, kaikkien etuoikeuksien lakkauttamisen sekä sen periaatteen ohella, että sama oikeus on oleva kaikilla, oli laskeva perustuksen uudelle Ranskalle. Tämä kivi oli kuitenkin ollut liian raskas niiden nostettavaksi; mutta tässäkin Bonaparte muutamissa kuukausissa rautaisella tahdollaan sai toteutetuksi sen, mihin muut eivät kyenneet vuosikausissa. Enemmän kuin puolet lainsäädäntökomitean istunnoista johti Bonaparte itse. Hänen terävä katseensa, hänen musertava kritiikkinsä ja ankara logiikkinsa osoittautuivat tässäkin päteviksi hänen käytännöllisen älynsä rinnalla, ja monissa lakipykälissä on vielä huomattavissa hänen suoranainen vaikutuksensa. Toteuttaessaan koko vallankumousaatteelle alkuperäistä tasa-arvon periaatetta Bonapartea ei epäillyttänyt säilyttää vanhasta sitä, mitä hän piti järkevänä ja hyödyllisenä. Tässä kuten kaikkialla hänen suuressa uutisrakennuksessaan pitää paikkansa hänen sanansa eräälle työapulaiselleen: "En pelkää esimerkkien ja esikuvani etsimistä menneiltä ajoilta; samalla kun säilytän vallankumouksen luoman uuden ja hyvän, en luovu niistä hyvistä laitoksista, jotka se on turhanpäiten hävittänyt."
Tämä rauhan kansalaistyö ei kuitenkaan yksistään vienyt Bonaparten aikaa. Sotilasalallakin oli monenmoista suoritettavaa; Vendée oli vielä kapinassa, ja sodan ulkonaisia vihollisia vastaan — joka vasta syyskuun viime päivinä oli saanut Ranskalle vähän suotuisamman käänteen — oli ainoastaan väliaikaisesti katkaissut Venäjän kateus Itävaltaa kohtaan ja näiden valtain eripuraisuus. Myöskin yhdistettyjen englantilais-venäläisten sotajoukkojen onnistumaton maallenousu Hollannin rannikolle oli saanut tsaarin tyytymättömäksi; hän peräytti joukkonsa pois ja erosi liittokunnasta. Sen sotavoiman, joka siten tuli vapaaksi Hollannissa, päätti Bonaparte käyttää Vendée'n kapinan täydelliseen kukistamiseen. Kun sikäläinen levoton väestö näki, että hänen kehoituksensa takana aseista luopumiseen — jolloin täydellinen amnestia luvattiin — oli 30,000 miestä sotaväkeä, kadotti suurin osa kaiken toivon; ainoastaan paria aseellista koplaa vastaan täytyi käyttää väkivoimaa, ja helmikuussa 1800 oli sisällinen rauha turvattu koko maassa, ensi kerran pitkistä ajoista.
Ulkonaista rauhaa Bonaparten ei onnistunut hankkia kansalleen, jolla kymmenen vuoden uuvuttavien taistelujen jälkeen ei ollut rakkaampaa toivoa kuin juuri rauha. Mutta rauha tiesi Ranskalle ja sen uudelle herralle kunniakasta rauhaa; ei yhtäkään niistä maista, jotka niin suunnattomilla voimanponnistuksilla oli valloitettu vallankumouksen riehuessa, joihin sen aatteet olivat levinneet ja joissa sen perusaatteet osaksi olivat päässeet käytäntöön, ei yhtäkään niistä maista voitu edes ajatella takaisin annettavaksi. Mutta cisalpinisen tasavallan ja Piemont'in olivat itävaltalaiset miehittäneet, ja Ranskan hallussa oli Italiassa ainoastaan Genuan ympäristö, jota Masséna vielä puolusti. — Oli varsin varmaa, ettei voinut odottaakaan näitä valloituksia rauhan tiellä luovutettavan takaisin; ne olivat siis takaisin valloitettavat, ja rauha oli siten toistaiseksi mahdoton. Englannille joulukuussa 1797 ilmoitettuun toivomukseen saada lopetetuksi tuo hävittävä sota Ranskan hallitus sai vastauksen, ettei rauhasta voinut tulla kysymystäkään ennenkuin Bourbon'ien huone oli uudestaan asetettu valtaistuimelle ja Ranska palannut ennen vallankumousta olleisiin rajoihinsa.
Bonaparte oli ennakolta varma saavansa sellaisen vastauksen ja hän oli jo tammikuussa 1800 käskenyt sotaministerinsä Berthier'n täydellisessä salaisuudessa varustaa 50-60,000 miehisen reserviarmeijan. Pöyhkeilevin sanoin antoi hän — pettääksensä viholliset — levittää semmoisen huhun, että hän kokosi melkoista voimaa Dijon'iin. Sillä hän tahtoi uskotella kaikille, että hän aikoi avustaa Genuaa, johon Melas oli sulkenut Massénan. Huhtikuun kuluessa koottiin Dijon'in 7-8,000 rekryyttiä, invaliidia ja aikansa palvellutta sotamiestä. Englannin ja Saksan pilalehdet julkaisivat pilakuvia Bonapartesta ja tästä naurettavasta reservijoukosta, jonka kaikista selvimmin sanottiin todistavan Ranskan uupumista. Sitä Bonaparte juuri halusikin, ja antaaksensa Dijon'in armeijalle lisätyn merkityksen Euroopan silmissä, hän itse omassa persoonassaan toimitti sen tarkastuksen toukokuun 6 p:nä.
Mutta sillä välin oli todellinen reserviarmeija, joka oli hiljaisuudessa eri tahoilta haalittu, kokoontunut Geneve-järven pohjoiselle rannalle ja Rhône-laakson itäpuolelle. Bonaparten suunnitelma oli, että hän itse, Moreau'n vetäessä väkikarttua Itävallan Rein-armeijan kanssa ja Massénan pitäessä hallussaan Genuaa, kulkee Alppien yli, syöksyy selkäpuolelta vihollisen kimppuun, joka tämmöistä ei aavistakaan, ja valloittaa Lombardian takaisin yhdellä iskulla.
Yöllä toukokuun 8 ja 9 p:äin välillä Bonaparte saapui armeijaan ja kuten ainakin omin silmin otti varman selon, että kaikki oli järjestyksessä edessä olevaa rohkeaa yritystä varten.
Kenraali Lannes seisoi etujoukon kanssa Martigny'n luona Rhônen polvessa Geneve-järvestä lounaaseen. 14 p:nä Bonaparte käski hänen edetä Val d'Entremont'in kautta pientä St. Pierre'in kaupunkia kohti, ja siten alkoi kuuluisa kulku St. Bernhardin yli. Tie St. Pierre'iin oli toki tykistölle kulkukuntoinen, mutta tästä ylös huipulle ja St. Remy'hin Val du grand St. Bernhardiin, Italian puolelle, oli vain kuormajuhtien polku. St. Pierre'issä oli tykit nostettava laveteistaan ja ontoissa puunrungoissa vedettävä ylös polkua myöten. Suuri joukko tienrakentajia ja insinöörejä kulki edellä ja raivasi tietä tarmonsa takaa. Läheisten laaksojen talonpojat ottivat alussa tuhannesta frangista tykin haalatakseen St. Remy'hin, mutta siitä heille tuli semmoinen vaiva, että he kuljetettuaan 6-8 kappaletta kerrassaan kieltäytyivät, vaikka rahan ansaitsemisen halu kyllä oli suuri. Bonaparten, joka kernaasti olisi säästänyt miestensä voimia, täytyi panna soturit työhön, 100 miestä kutakin tykkiä varten, vaikka heillä oli omakin kontti kannettavanaan. Pitkin matkaa oli sijoitettu käsityöläisiä, seppiä, kirvesmiehiä, satulaseppiä, jotta silmänräpäyksessä saataisiin tarpeellista apua. Eteenpäin! Yhä eteenpäin! kaikui sotamiesten työlauluissa, ja jos hetkellinen uupumus voitti, oli aina joku upseeri, joka osasi kertoa eräästä monsieur Hannibal'ista, joka oli monta vuotta sitten kulkenut samaa tietä, vieläpä norsuilla. Eikö sitten ranskalaisten soturien pitäisi läpäisemän vähäpätöisellä tykistöllä? Eteenpäin, eteenpäin! kuului vastaus. Ja taas haalittiin ja vedettiin tykkejä pitkin jyrkkiä kuiluja, jään ja lumen yli jyrkkää alppipolkua ylös.