Seitsemässä päivässä tuo loppumattoman pitkä, kaita kolonna — 40,000 miestä — kiemurteli ylös tuon 10 1/2 penikulmaa St. Bernhardein ja alas laakson kautta toista puolta St. Remy'hin. Siellä tavattiin taas ajotie; lavetit koottiin jälleen, tykit asetettiin niihin ja Aostan yli kuljettiin nyt alaspäin Dora Baltea-virran laaksoa pitkin. Tällä matkalla saapuivat pääarmeijaan ne pienet osastot, joiden Bonaparte oli antanut kulkea pienen St. Bernhardin ja Simplon'in ylitse. Jo 18 p:nä oli etujoukko törmännyt itävaltalaisiin joukkoihin; nämä kuitenkin pian lyötiin, mutta seuraavana päivänä saapui Lannes kalliolinnan Bardin luo, joka ahtaassa solassa kokonaan sulki tien. Raivaamatonta polkua joen toisella rannalla onnistui kuitenkin Lannesin viedä jalkaväestö valloittamattoman linnan ohi, mutta tykistö oli jätettävä. "Ellei muu auta", kirjoitti Bonaparte, joka 20 p:nä itse kulki huipun yli [ei kuitenkaan tulisella ratsulla, kuten David'in taulu allegorisesti kuvaa, vaan sävyisän muulin selässä], "täytyy suuttia raskaat tykit ja jättää ne paikoilleen. Ensi taistelussa täytyy meidän ottaa itävaltalaisilta uudet." Marmont kuitenkin hoksasi peittää linnan alapuolelta kulkevan kylätien lannalla ja käski kietoa pyörät olkiin, ja siten sotamiehet parina yönä vetivät suurimman osan tykkejänsä linnan ohi, ennenkuin sitä sieltä huomattiin. 24 p:nä Lannes rynnäköllä valloitti Ivrean Dora Baltean laakson suussa. Kesäkuun 2 p:nä Bonaparte astui Milanoon. Tänne saapui apujoukko, jonka Moreau oli lähettänyt St. Gotthard'in ylitse lyötyään Rein-armeijan ja ahdistettuaan sen takaisin Ulmiin. Bonaparten voima oli nyt noin 60,000. Itse hän kulki alituisesti taistellen itävaltalaisia joukkoja vastaan 30,000:lla miehellä alas Piacenzaan ja ylitse Po'n oikealle rannalle. Melas, joka oli Piemontissa ja sieltä aikoi syöksyä Ranskaan, huomasi nyt paluumatkansa katkaistuksi.
Bonapartelle oli ylen tärkeää saada sotaretki päätetyksi niin pian kuin mahdollista, sillä hänen läsnäolonsa Parisissa oli välttämättömän tarpeellinen, jotta hänen koko politiikkinsa, hänen jättiläistyönsä ei tulisi jo alussa kumotuksi. Jotta siis aikaa ei menisi hukkaan turhiin marsseihin peräytyvää vihollisia etsiessä, lähetti hän toisen osaston toisensa perästä sulkemaan siltä kaikki tiet, ja siten vetämällä verkon yhä tiukemmalle sen ympärille aikoi pakottaa sen joko taistelemaan tai antautumaan. Mutta siten Bonaparte poikkesi muutoin aina noudattamastaan strateegisesta periaatteesta: keskittää voimansa ja vaikuttaa yhtä haavaa mahdollisimman suurilla joukoilla. Vielä 13 p:nä hän luuli Melasin vetäytyvän takaisin Novin kautta Genuaan, jonka Masséna urhoollisen puolustuksen jälkeen oli jättänyt, ja ehkä pääsevän pakoon Englannin laivastoon. Tätä estääksensä hän illalla lähetti Desaix'n etelään Novin kautta ja heikonsi sillä vielä lisäksi viime hetkinä voimaansa.
Tarkoilla matemaatisilla laskelmillaan oli Bonaparte jo neljä kuukautta sitten merkinnyt St. Guilianon, penikulman päässä Marengosta, siksi paikaksi, jossa taistelu oli suoritettava hänen ja Melasin kesken. Mutta jos hän, aivan vastoin tapaansa, yrittäisi murtautua heikontuneen ranskalaisen voiman lävitse Marengon luona, saattoi asia päättyä varsin huonosti. Ja juuri niin kävi. Heti lähetettiin Desaix'lle määräykset palata pikaisesti, ja Bonaparte itse kaartineen ja vähine reservijoukkoineen riensi Lannes'ia auttamaan. Mutta klo 1 aikaan eivät ranskalaiset enään jaksaneet pitää paikkaansa, vaan tungettiin heidät kaikkialla takaisin. Bonaparte istui ojan partaalla Alessandriaan johtavan tien varrella pitäen hevostaan suitsista: hän huimi tietä ratsupiiskallaan niin että pöly ja sora suitsi, luoteja putosi alas ja vieri pitkin tietä, mutta niistä hän ei välittänyt, hyräili vain yleisesti tunnettua säveltä ooperasta: "Vanki eli Merkillinen yhdennäköisyys." Hän ei voinut itseltään salata, että vähän oli toivoa taistelun voittamisesta, sillä Desaix ei ollut odotettavissa ennen klo 4-5:ttä. Jos hän tänään saikin sormilleen varomattomuudestaan, kun oli hajoittanut siten voimansa, niin kyllä se runsaasti korvautuisi seuraavana tai seuraavina päivinä, kun hän oli väkensä koonnut. "Olin varsin omituisessa asemassa", sanoi Bonaparte itse, "ja uskalsin vähän voittaakseni paljon."
Kunnon Desaix oli kuitenkin heti aamulla, kuullessaan kovaa tykkien pauketta pohjoisesta, tehnyt kokokäännöksen ja käskyä odottamatta hän viime tingassa saapui alas Marengon kentälle. "Minä vannon, että nyt saat selkääsi", olivat hänen ensimäiset sanansa päällikölleen. "Antaa selkään ja saada selkään, semmoinen onkin sodan meno", vastasi Bonaparte tyynesti ja pyysi häntä lausumaan mielipiteensä. Desaix loi silmäyksen taistelutantereeseen, katsoi kelloaan ja sanoi: "No, taistelu on menetetty! Mutta kello on vasta 3 ja meillä on vielä aikaa voittaa uusi." Kaikkialla peräytyminen keskeytettiin ja rivit järjestettiin uudestaan: ensimäinen esiin syöksyvä itävaltalainen kolonna otettiin vastaan rajulla tulella; se kerkesi laukaista vain yhden kerran, mutta se teki riittävän vaikutuksen: Desaix, tuo uskollinen auttaja, putosi kuolettavasti haavoitettuna ratsunsa selästä.
Reservin saavuttua onni kokonaan kääntyi ranskalaisten eduksi. Nuoren kenraalin Kellermann'in loistava hyökkäys viskasi itävaltalaiset kerrassaan takaisin, ja seuraavana päivänä Melas allekirjoitti aselevon, jolla hän jätti koko maan Minciosta länteen Ranskalle. Heinäkuun alussa Bonaparte jo oli taas Parisissa, jossa hänen "ystävänsä" Talleyrand, Sieyés j.m. jo neuvottelivat kuka asetetaan hänen paikalleen ensimäiseksi konsuliksi, jos onni ei olisi hänelle Italiassa myötäinen. Sen mahdollisuuden, että yksi sotaretki, ehkäpä vain yksi onnistumaton taistelu saattaisi järkähyttää hänen asemansa, hän tahtoi mahdollisimman pian poistaa, mutta ensin oli kuitenkin rauha, kunniakas rauha saatava solmituksi. Rauhanvälittelyt hidastuivat kuitenkin; keisari tahtoi suostua vain erikoisrauhaan — jommoista Englanti äsken myöntäessään apurahoja oli velvoittanut hänen olemaan tekemättä — vaatien muutamia myönnytyksiä Italiassa. Bonaparte, joka halusi tehdä näistä lopun, epuutti marraskuun lopussa 1800 useampaan kertaan uudistetun aselevon. Kenraali Moreau seisoi väkineen München'in pohjoispuolella Isar'in varrella, ja siellä häntä vastaan hyökkäsivät itävaltalaiset, varomattomasti luopuen omasta suojellusta, vahvasta asemastaan. Seurauksena oli heille tappio joulukuun 3 p:nä 1800 Hohenlinden'in luona; tie Wien'iin oli vapaa, ja Moreau ajoi vihollista takaa itse Itävaltaan, Steyer'iin saakka, jossa suostuttiin aselepoon joulukuun 25 p:nä. Samaan aikaan kenraali Macdonald ryhtyi sankarilliseen kulkuun Splügen'in yli myrskyjen ja vyöryvien lumikinosten läpi, jatkaen sitten matkaa pitkin Adige'a, ja itse Italiassa kenraali Brune samosi Mincion yli itään ja löi itävaltalaiset takaisin kauvas Adige'n toiselle puolelle. Nyt keisari ei enään kyennyt pitämään puoltaan ja allekirjoitti helmikuun 9 p:nä 1801 Luneville'issä rauhanehdot, joiden mukaan Ranska sai Toscanan, jota paitsi Campo Formion rauhanehdot muutoin vahvistettiin. Cisalpinen, Ligurian, Helvetian ja Batavian tasavallat tunnustettiin. Rein tuli Ranskan itäiseksi rajaksi, ja niille Saksan ruhtinaille, jotka siten menettivät maitansa Rein-joen vasemmalla rannalla, oli hankittava korvaus Saksasta. Tämä oli suoritettava Bonaparten valvonnan alla, joten hän siten ulotutti valtansa Rein'in toiselle puolelle ja samalla myös sai oikeuden sekaantua Saksan sisällisiin asioihin.
Nyt olivat jälellä Ranskan vihollisina ainoastaan Englanti ja Neapeli. Bonaparte osasi ovelasti käyttää suhdettaan vähäpätöiseen Neapeliin saattaakseen eristämispolitiikkinsa mahtavaa Englantia vastaan täydelliseksi. Florens'in rauhanteossa 1801 hän tyytyi siihen, että kuningas Ferdinand IV vei sotajoukkonsa pois Kirkkovaltiosta ja sitoutui sulkemaan satamansa Englannilta. Tämä myöntyväisyys Bonaparten puolelta oli osana hänen pyrkimyksessään voittaa Venäjän suosiota, joka toisessa liittokunnassa oli erityisesti pitänyt Neapelin Bourbonien puolta. Hän oli edellisenä vuonna suurella menestyksellä käyttänyt hyväkseen oikullisen tsaari Paavalin kateutta Itävaltaa kohtaan ja hänen suuttumustaan onnistumattoman englantilais-venäläisen maallenousun johdosta Hollantiin syksyllä 1799. 7000 venäläistä sotamiestä, jotka siinä joutuivat vangiksi, hän lähetti uusilla vaatteilla varustettuina takaisin Venäjälle. Tsaarin viha Direktoriota vastaan muuttui nyt ihastukseksi sitä miestä kohtaan, joka oli sen kukistanut. Ja kun Bonaparte suvella 1800 luovutti hänelle Maltan, oli hän koskenut tsaarin sydämen hellimpiin kieliin. Paavali I oli näet maltalais-ritarien suurmestari, ja Maltan miehittäminen oli aikanaan sytyttänyt hänessä katkeran vihan Ranskaa vastaan. Bonaparte jätti älykkäästi mainitsematta, ettei ranskalainen miehistö voinut kauvankaan puolustautua englantilaista laivastoa vastaan, mutta hän oli tarjouksellaan saavuttanut tarkoituksensa, eripuraisuuden kylvämisen entisten liittolaisten keskuuteen. Kun La Valettan miehistö syyskuussa 1800 antautui englantilaisille, ja kun nämä eivät näyttäneet halullisilta ottamaan kuuleviin korviin suurmestarin vastalauseita, tuli ystävyydestä loppu; tsaari otti takavarikkoon kaikki englantilaiset laivat satamissaan ja muodosti Tanskan ja Ruotsin kanssa aseellisen puolueettomuuden liiton, josta, mitä Tanskaan tulee, oli seurauksena rauhan rikkominen Englannin kanssa ja taistelu sataman suussa huhtikuun 2 p:nä 1801. Ja samaan aikaan Englannin ainoa liittolainen Portugali pakoitettiin ranskalaisen sotajoukon avustamien espanjalaisten hyökkäyksellä sulkemaan satamansa Englannin laivoilta.
Maaliskuussa 1801 Bonaparte hautoi suuria tuumia. Hänen Egyptin-aikaiset unelmansa ja haaveilunsa, jotka joutuivat niin ratkaisevaan haaksirikkoon St. Jean d'Acre'n edustalla, näkyivät hetkeksi taas virinneen eloon. Vielä piti Ranska Egyptin miehitettynä ja voi siis sieltä käsin avustaa suuremmoista suunnitelmaa, jonka tsaari oli sommitellut ja joka tarkoitti hyökkäystä Englannin alusmaihin Khiwan ja Herat'in kautta.
Mutta huhtikuun alussa 1801 saapui Parisiin tieto, että Paavali I oli murhattu. Siten luhistuivat kaikki nuo suuret toiveet. Aseellinen puolueettomuus lakkautettiin ja Aleksanteri I asettui ystävälliselle kannalle Englantia kohtaan. Siellä oli kuitenkin rauhalle suosiollisempi mieliala päässyt voimaan William Pitt'in vetäydyttyä syrjään maaliskuussa 1801. Pitkäaikaiset häiriöt kaupankäynnissä, sisäiset rauhattomuudet ja pelko maallenousun yrityksen mahdollisesta aikaansaamisesta Ranskan puolelta vaikuttivat, että Englannissakin haluttiin lopettaa tuo hävittävä sota. Bonaparte, joka Egyptistä sai tiedon että Kleber oli murhattu ja joka ymmärsi, ettei Ranskan hallitusta Egyptissä enään voitu tämän murhan jälkeen pitää pystyssä, niinikään halusi rauhaa ennenkuin ranskalaisen sotajoukon oli pakko luopua tästä maasta. Rauhan alkeisehdot allekirjoitettiin Lontoossa lokakuun l p:nä 1801; kaikista valloittamistaan maista sai Englanti pitää ainoastaan Trinidad'in ja Ceylon'in, joista Espanjan ja Hollannin täytyi luopua.
Vähän sen jälkeen kun rauhanehdot oli allekirjoitettu saapui Lontooseen tieto, että ranskalainen kenraali Menou oli luovuttanut Egyptin Englannille. Ranskan sotamiehet piti tuotaman kotiin englantilaisilla laivoilla. Kun Egypti oli luovutettu, saatiin entiset ystävälliset suhteet Turkin kanssa taas palautetuiksi, ja Ranskalla oli nyt rauha koko maailman kanssa.
Ja myöskin sisäinen rauha onnistui Bonaparten hankkia Ranskan kansalle; vähän aikaa Marengon taistelun jälkeen hän ryhtyi välittelyihin paavin kanssa roomalais-katolisen kirkon uudestaan asettamisesta Ranskaan. Hän tiesi, että siitä tosin syntyy tyytymättömyyttä semminkin korkeammissa säädyissä, mutta kansa sisimmässä sydämessään oli lujasti kiintynyt vanhaan jumalanpalvelukseen. "Minä en voi saada samaa vaikutusvaltaa kansan omaantuntoon kuin tsaari ja sultaani", hän sanoi, "mutta eihän minun silti pidä kääntää omiatuntoja vastaani"; ja hän lausui vakaumuksenaan, että jumalanpalveluksen uudestaan asettaminen hankkii hänelle "kansan sydämen". Jo aikoja sitten oli hän selvillä paavin kanssa rakennetun rauhan ja ystävyyden valtiollisesta merkityksestä. "Katolisuudella", sanoi hän perästäpäin, "sain minä paavin puolelleni, ja siihen valtaan ja vaikutukseen nähden, mikä minulla Italiassa oli, en luullut mahdottomaksi saada hänet aikaa voittaen johdatetuksi mieleni mukaan. Minkä vaikutuksen silloin saisinkaan, minkä lujan tukikohdan muuta Euroopaa vastaan!" Kesäkuun 15 p:nä 1801 allekirjoitettiin konkordaatti Parisissa. Kirkkovaltio annettiin takaisin paaville, ja valtio tunnusti hänet Ranskan kirkon päämieheksi. Kun kirkon maatiloja ei luovutettu, sitoutui valtio edelleenkin maksamaan hengellisen säädyn palkat. "Noita mainioita munkki-ilveilyjä!" sanoi Bonapartelle eräs vanha upseeri konkordaatin johdosta pidetystä juhlasta, "niistä puuttuu vain se miljoona ihmistä, joka on antanut itsensä teurastettavaksi, saadaksensa muserretuksi sen, mitä te taas autatte jaloilleen."