Elokuun 7 p:nä hän vietiin linjalaiva "Northumberland'iin". Hän oli seuralaisikseen valinnut kenraali Bertrand'in, kreivi Las Cases'in ja tämän nuoren pojan, kreivi Montholon'in, ja kenraali Gourgaud'in — joilla osaksi oli perheetkin mukanansa — sekä tarpeellisen palvelusväestön. Lisäksi sai Bellerophon'in laivalääkäri, O'Meara, luvan seurata mukana. Elokuun 10 p:nä linjalaiva lähti merelle neljän fregatin suojelemana — niissä rykmentti jalkaväkeä vartioväeksi saarelle — ja pian olivat Euroopan rannat näköpiirin ulkopuolella.
Ei ole epäilystäkään, että Napoleon oli valmistunut siihen, mitä hän Elbassa enimmän oli pelännyt, siirtokuntiin viemiseen. Hän oli pelannut korkeata peliä, ja oli tappiolle joutunut puoli. Mutta hän oli vapaaehtoisesti antautumalla Englannille voittanut — ei vierasvaraista kohtelua, sillä sitä hän ei rauhattomaksi julistettuna voinut odottaakaan Englannissa — mutta hänen oli onnistunut vaikeuttaa luovuttamisensa Ranskalle, joka vain olisi vienyt hänet mestauslavalle. Ja hänessä sammui toivo vasta elämänkin sammuessa. Nyt oli kuitenkin henki pelastettu, ja vankeudessa oli aina jokunen toivo vapautumisesta. Kun löytyi laivalautoja viemään hänet kaukaiseen saareen, kyllä saattoi löytyä toisia, jotka toisivat hänet taas kotimaahan. Varmasti hän ei odottanut vähääkään tuloksia vastalauseestaan siirtokuntaan viemistään vastaan, jota hän sanoi annetun lupauksen rikkomiseksi, yhtä vähän kuin kirjeestään hallitsevalle prinssille, mutta kumpikin saattoi julaistuna hankkia hänelle sekä Ranskassa että Englannissa myötätuntoisuutta, joka ehkä vielä voisi olla hänelle hyödyksi.
70 päivän purjehduksen jälkeen nähtiin matkan päämäärän, mustan ja jyrkän alastoman kalliosaaren sukeltavan merestä, ja lokakuun 15 p:nä Northumberland laski ankkurinsa pienen Jamestown'in kaupungin varmaan satamaan. Ei yhdelläkään kaupungin tuhannesta asukkaasta ollut aavistustakaan, että heidän saarensa oli oleva sen miehen asuinpaikkana, joka oli huomannut Euroopan liian pieneksi suunnitelmilleen; siellä ei ollut mitään asuntoa hänelle, ja kukistunut keisari sijoitettiin siis ulkopuolelle kaupunkia erään englantilaisen kauppiaan Baclombe'in luo, jonka lasten kanssa hänen nähtiin usein leikkivän.
Sillä välin sotalaivan kirvesmiehet ja matruusit olivat työssä laittaaksensa pienen "Longwood'in" kartanon kuntoon hänen itsensä ja seurueensa asuttavaksi. Se sijaitsi lakeudella vuorten korkeudessa, josta oli avara näköala mustain ja alastomain basalttikallioiden yli. Tässä puutteellisessa rakennuksessa oli neljä huonetta varustettu Napoleonia itseään varten; sitä paitsi oli siinä asunto Las Cases'ille ja hänen pojalleen, Montholon'ille vaimoineen sekä Gourgaud'ille, mutta kenraali Bertrand perheineen asui muutamassa lähellä olevassa talossa. Puutarhassa ja sen ulkopuolella olevalla lakeudella sallittiin Napoleonin vapaasti liikkua määrättyjen rajojen sisällä, joita vartioitsivat sotamiehet. Tämän alueen ulkopuolella hän sai kulkea ainoastaan englantilaisen upseerin seurassa, mutta milloin vain laiva oli näkyvissä, ei sallittu hänen eikä hänen seurueensa astua määrättyjen rajojen yli.
Näissä varsin vaatimattomissa oloissa elettiin kuitenkin jonkinmoista hovielämää, hovivirkamiehineen ja hovipukuineen ruokapöydässä, jossa Napoleon itse oli esimiehenä, kunnianlegionan suurristi rinnassaan. Hovimestari seisoi hänen tuolinsa takana hopealla ommellussa puvussaan; ruoka-astiat olivat joko hopeaa tai ranskalaista porsliinia. Jälkiruuan aikana juteltiin, ja joskus Napoleon itse luki ääneen ranskalaisia klassikoita, sitten lyötiin korttia. Pian syntyi kiihkeä etikettiriita pienen hovin ja englantilaisten viranomaisten kesken, sillä nämä eivät tahtoneet tunnustaa mitään "keisari" Napoleonia, vaan ainoastaan kenraali Bonaparten, jolloin Napoleon selitti, ettei hän brumaire'n 19 p:n jälkeen ole ollut kenraalina, ja ehdotti, että häntä suorastaan sanottaisiin vain Napoleoniksi, ja siksi se jäi. Mutta kinastukset jatkuivat suurella kiihkeydellä, sittenkun kuvernööriksi oli saapunut Hudson Lowe; tämän koulumestarillinen pikkumaisuus ja jäykkä muodollisuus saivat jo alusta alkaen Napoleonin raivoon. Lopuksi kävi niin, että tuo ankara vanginvartija lakkasi käynneillään kiduttamasta pientä siirtokuntaa ja lähetti sinne vain upseerin tarkastamaan, että kaikki oli kunnossa.
Sillä ei mitään pelätty, niin paljon kuin sitä, että Napoleon koettaisi pujahtaa pois, vaikka kyllä piti olla tiettyä, että hän ei ollut suostunut niihin moniin pakenemisen ehdotuksiin, joita hänelle salamerkkikirjeissä tehtiin englantilaisissa sanomalehdissä. Hän sanoi itse, että hän piti vankeutta S:t Helenassa parempana kuin vapautta Amerikassa, jossa häntä odotti ainoastaan salamurha tai unohdus. Ja hän odotti vielä paljon elämältä. "Kahdessa vuodessa", hän sanoi kuvernöörille, kun tämä puhui hänelle uudesta asuinrakennuksesta, joka sen ajan kuluessa saattoi valmistua, "kahdessa vuodessa tapahtuu ministerivaihdos Englannissa tai syntyy uusi hallitus Ranskassa, ja silloin en ole enää täällä".
Mutta vaikkakin hänen elämänsä loppuisi ennenkuin hänen odottamansa päivät olivat tulleet, oli hänellä kuitenkin yksi tehtävä: huolenpito jälkimuistostaan. Rauhattomaksi julistettu Napoleon ei voinut odottaa, että hänen historiansa tulisi oikeudenmukaisesti kirjoitetuksi, niin kauvan kuin hänen vihollisensa olivat vallassa; pyhän allianssin miehet eivät kykenisi arvostelemaan revolutsionin miehiä. Sentähden hän vankeuden pitkinä, yksitoikkoisina päivinä, jolloin ei mikään häirinnyt muistojen piiriä, kirjoitti pitkiä oman historiansa katkelmia. Puolueetonta esitystä ei voida koskaan odottaa mieheltä, joka kirjoittaa oman historiansa, kaikkein vähimmän mieheltä, joka mahtavine intohimoilleen on jättänyt niin syviä jälkiä maailmanhistoriaan kuin Napoleon. Kaikista repivimmässä kritiikissä, mitä häntä vastaan on kirjoitettu, sanotaan: "Hänen käsityskantansa on hänen luonteensa pakoittama; hän näkee ihmiset semmoisina kuin hänen tarpeensa vaatii heitä näkemään." Mutta hän ei muodostanut vahaavassa mielikuvituksessaan ainoastaan ihmisiä; asiallisten tositapaustenkin täytyi olla semmoiset millaisina hän niitä tarvitsi ja millaisiksi hän ne tahtoi. Hän, joka oli sanonut itseänsä orjuutetuimmaksi mieheksi, pakoitetuksi tottelemaan sydämettömintä herraa: tapahtumain yhteyttä ja olojen luonnetta, tuli suunnattoman menestyksen aikana, vahvasti kehittyneestä todellisuusvaistostaan huolimatta, taivutetuksi pitämään mahdotonta mahdollisena ja rupesi, pyrkiessään mahdottoman saavuttamiseen, pitämään epätodellista todellisena.
Jos siinä on perää, mitä Napoleonista sanottiin silloin, kun hän seisoi tapausten keskellä, että hän oli täydellinen harhaluulo, niin totta kaiketi niin oli laita vielä enemmän nyt, kun muistikin loi häikäisevän kimellyksensä hänen väririkkaaseen elämäänsä. Napoleonin historia, semmoisena kuin hän itse sen kirjoitutti S:t Helenassa vastapainoksi silloin Euroopassa vallitsevalle mielipiteelle, kaipaa kyllä, kuten jo aikoja sitten on huomautettukin, korjauksia ja lisäyksiä yksityiskohdissa, mutta se on sittenkin paras lähde tiedon saamiseksi siitä, mihin hän pyrki, ja — tarpeellisine korjauksilleen — itse Napoleonin tuntemiseen.
Ja Napoleonilla oli totisesti jotakin oikeutta sanoa: "Minä olen masentanut anarkian voimat ja luonut järjestystä vallitsevaan hämminkiin. Olen puhdistanut revolutsionin sen liasta, jalostuttanut kansat ja vahvistanut kuninkaiden vallan. Minä olen aiheuttanut yleisen kilpailun, palkinnut ansiot ja laajentanut kunnian rajat… Jos puhutaan minun hirmuvallastani, niin historioitsijan täytyy näyttää, että diktaattori oli välttämätön. Jos puhutaan siitä, että supistin vapauden, täytyy hänen osottaa, että vallattomuus, epäjärjestys ja anarkia seisoivat kynnyksellä… Jos minua syytetään kunnianhimosta, — no, silloin täytyy minun myöntää, että sitä on ollut minussa paljon; mutta se on ollut ylevintä, mitä koskaan on ollut olemassa… kunnianhimo saadakseni järjen hallitsijaksi ja ihmisten voimat harjoitetuiksi ja kehitetyiksi. Historioitsija ainoastaan valittakoon, ettei semmoinen kunnianhimo ole saavuttanut tarkoitustaan." Ja hän saattoi kyllä lisätä niitä varten, jotka ajattelevat niitä tuhansia, jotka kuolleina makasivat hänen tiellään, että maailmankehityksen lait ovat kirjoitetut verellä, sekä politiikan että uskon ja tieteen marttyyrien verellä.
Päivät hiipivät hitaasti eteenpäin Euroopan vangin elämässä. Kuvernööri oli luullut olevansa pakoitettu lähettämään pois kreivi Las Cases'in ja hänen poikansa sekä lääkäri O'Meara'n, ne kun pitivät vireillä yllyttävää kirje-vaihtoa mannermaan kanssa. Siitä oli seurauksena välikysymys Britannian parlamentissa, josta kuitenkin oli tuloksena vain se, että Napoleonia vastaan ryhdyttiin ankarampiin toimiin. Mutta kun niitä ruvettiin toteuttamaan, oli ilmeistä, että hän jo oli alkanut riutua. Niiden riitaisuuksien johdosta, jotka aiheutuivat Hudson Lowe'n ylenpalttisista vartioimistoimista, Napoleon pidättyi vähän uhmatenkin melkein kokonaan ulkona liikkumasta, mutta se vaikutti varsin turmiollisesti ennen niin toimekkaaseen mieheen. Häntä uuvutti pieninkin liikunto, ja vain kehoittamalla saatiin hänet istumaan ulkoilmassa. Hänen valtasuonensa, joka aina oli tykyttänyt erittäin hitaasti, kävi nyt kuumeentapaiseksi. Napoleon tiesi kuoleman lähestyvän, ja että lopun aiheena tulisi olemaan sama tauti, syöpäpaise vatsassa, johon oli kuollut hänen isänsä ja vanhin sisarensa. Huhtikuussa 1821 hän saneli Montholon'ille testamenttinsa, joka todistaa, kuinka uskollisesti hän muisti tehdyt palvelukset.