Periklestä sanottiin syyksi kaikkiin näihin rasituksiin, ja kansa vaati rauhaa Spartan kanssa millä ehdoilla hyvänsä; mutta hän kehoitti heitä rohkaisemaan mielensä, antamatta satunnaisten vastuksien saattaa itseään luopumaan siitä korkeasta asemasta, johon olivat esi-isien urhotöiden kautta päässeet. Velvollisuus valtioita kohtaan vaatii ettei anneta yksityisten kärsimysten mieltä lannistaa. Athenalaiset tottelivat hänen neuvoaan ja jättivät taas vallan hänen käsiinsä. Mutta Perikles kuoli ruttoon jo vuoden päästä. Tukydides puhuu myöskin hänen nerostaan ja vaikutusvoimastaan. Kun Perikles huomasi kansalaistensa syyttä olevan liian myöntyväisiä ja herkkäuskoisia, herätti hän puheellaan heissä terveellistä pelkoa; mutta jos he osoittivat mieletöntä arkuutta, saattoi hän sanoillaan heihin rohkeutta ja luottamusta. Nimeltään oli Athena kansanvalta, mutta todellisuudessa johti kaikkia asioita yksi mies, nimittäin Perikles.
Rutto kesti kaksi vuotta, sitten lakkasi se vuodeksi ja rupesi jälleen tuhojaan tekemään, raivoten vielä vuoden ajan. Taudin uhrien lukumäärä oli suurempi, kuin koko sodassa kaatuneiden.
Kuten ennen Athenalaiset, niin nyt Peloponnesolaiset pyysivät Persiasta apua. He koettivat myös kiihoittaa Trakian kuningasta hyökkäämään Potidaiaa vastaan, mutta tämä laitti lähettiläät Athenaan, jossa nämät surmattiin kostoksi siitä julmuudesta, millä Spartalaiset olivat kohdelleet Attikalaisia merimiehiä. Sivumennen Tukydides mainitsee Athenalaisten pitäneen eri laivastoa rannikkojen turvaamista ja kauppa-aluksien suojelemista varten.
Seuraava sotaretki alkaa Plataian vapaakaupungin piirityksellä; tämän kaupungin asukkaat muistuttivat piirittäviä Spartalaisia siitä, että olivat auttaneet näitä Medestä vastaan, mutta saivat vastaukseksi, että heidän joko tuli taistella Athenalaisia vastaan taikka pysyä puolueettomina. Kun he puolestaan vastasivat, etteivät voineet ehtoihin suostua, alettiin piiritys, jonka yksityistapahtumat tarkalleen kerrotaan. Kun ruokavarat alkoivat loppua, raivasi puolet varustusväestä itselleen tien Spartalaisten piiritysjoukon läpi ja lähti Athenaan. Kahdenvuotisen piirityksen perästä täytyi jälelle jääneiden antautua armoille. Tyydyttääksensä Thebeläisten kostonhimoa hakkasivat voittajat heidät maahan, myivät naiset orjiksi ja hävittivät kaupungin maan tasalle. Samana vuonna tekivät Athenalaiset onnettoman sotaretken Kalkiisen, mutta saivat kaksi loistavaa merivoittoa Korinton lahdessa. Kostaakseen tätä päättivät liittoutuneiden laivaston päälliköt tehdä äkkinäisen hyökkäyksen Piraiota vastaan; mutta kun he välillä rupesivat ryöstämään Salamista, saivat Athenalaiset vihiä tuumasta ja ryhtyivät sellaisiin varustuksiin, että viholliset katsoivat parhaaksi luopua hyökkäyksestään. Toisella taholla oli Athenalaisten liitossa oleva Trakian kuningas hyökännyt Makedoniaan; mutta siitä ei lähtenyt mitään hyötyä, sentähden että vuodenaika jo oli liian pitkälle kulunut, jotta ei Athenalaisten laivasto voinut olla avullisena.
Neljäntenä vuonna tehtiin uusi sotaretki Attikaan, ja Mitylene, Lesbon pääkaupunki, luopui Athenan liitosta ja yhtyi Spartalaisiin. Athenalainen laivasto saarsi saaren, ja sillä välin hyökkäsivät Lakedaimonilaiset vihollisten alueelle. Mutta ennenkuin liittoutuneiden laivasto ennätti avuksi, pakoitettiin Mitylene antautumaan, ja tuhannen sen etevimpää porvaria vietiin Athenaan tuomittaviksi. Ensin päätettiin että sekä nämät tuhannen että jokainen, joka oli tarttunut aseihin kapinaan osaa ottaakseen, olisi surmattava. Toisessa neuvottelussa astui esille Kleon, äreä kansankiihoittaja, vaan mahtava puhuja, vaatien varoittavan esimerkin osoittamista, jotta muutkin alavaltiot pelästyisivät. Kuitenkin päätettiin nyt heikolla enemmistöllä että ainoastaan rikollisimmat rangaistaisiin. Sodan viidentenä vuotena lähettivät Korintolaiset 250 Korkyralaista ylimystä, joita oli viimeisestä kapinasta saakka pidetty vankina, sillä ehdolla että taivuttaisivat saaren asukkaat luopumaan Athenan liitosta. Nämä yritykset herättivät saaressa yleisen kapinan ja synnyttivät puolueiden kesken tulisia taisteluja. Sinne lähetettiin laivastoja sekä Athenasta että Peloponnesosta odottamaan tapausten päätöstä, ja seitsemän päivää vallitsi oikea hirmuhallitus: kansajoukko tappoi kaikki, joita pidettiin ylimyksinä; heitä syytettiin salavehkeistä ja surmattiin mitä kauheimmalla tavalla.
Puhuessaan puoluevimman uhreiksi joutuneista valtioista Tukydides huomauttaa, kuinka ihmiset miten vain muuttavat mielipidettä ja puhetapaa, saadaksensa niitä soveltumaan tekoihinsa. Huimapäisyys muuttuu rohkeudeksi ja epäröiminen arkuudeksi. Se joka kehoittaa julmuuteen, on luotettava kansalainen; vaan sitä, joka kieltää julmuutta tekemästä, epäillään. Onnellisten ehdotusten tekijä on kunnon mies, mutta ken ehdotusten tekijän ilmaisee on vieläkin kunnollisempi. Sukulaisuuteen katsotaan vähemmin kuin puoluesiteihin, uskollisuus ei perustu mielipiteiden sopusointuun, vaan yhteiseen rikollisuuteen, ja valat rikotaan ilman vähintäkään omantunnon vaivoitta ja uskonnollisista velvollisuuksista rahtuakaan huolimatta. Siten syntyi, sanoo hän, koko Kreikassa kaikenlaista halpamielisyyttä ja ilkeyttä, ja tavallista oli, ettei kukaan toistaan uskonut; jokaisen täytyi varoa kaikkia muita.
Seuraavana kahtena vuonna kunnostutti itseään muuan Demostenes Athenalaisten päällikkönä sekä maalla että merellä, erittäinkin sen kautta että rakensi linnan Pylon luo ja puolusti sitä Lakedaimonilaisten laivaston tultua sitä piirittämään. Vaikka Brasidas johti Spartalaisia, eivät nämät kuitenkaan voineet mitään aikaan saada, vaan joutuivat vihdoin itse vielä saarroksiin Sfakterian saaren luona. Välirauha tehtiin, ja lähettiläitä laitettiin Athenaan hieromaan rauhaa; mutta kun kansa, Kleonin neuvosta, asetti liian kovat ehdot, uudistettiin piiritys. Kleon kysy nyt, minkä tähden ei kaikkia Spartalaisia heti otettu vangiksi, ja kerskasi että, jos hänellä olisi päällikkyys, niin hän kahdenkymmenen päivän kuluessa toisi heidät Athenaan tai heittäisi henkensä yrityksessä. Hän saikin sen toimekseen, ja Demosteneen avulla onnistui hänen todellakin voittaa Spartalaiset, joista lähes 300 vietiin vankina Athenaan. Tämä äkkinäinen menestys herätti suurta huomiota koko Kreikassa, ja Pylosta saivat Athenalaiset lujan ulkolinnoituksen. Spartalaiset, jotka pelkäsivät orjiensa (helootien) karkaavan vihollisten puolelle, houkuttelivat 2,000 heistä vaatimaan vapautta ja saivat tästä tekosyyn salaa surmata heidät kaikki. Taas esitettiin rauhan ehtoja; mutta Athenalaiset, jotka tahtoivat käyttää saatuja etuja niin paljon kuin mahdollista hyväkseen, eivät suostuneet ehdotukseen ja menettivät siten edullisimman hetken lopettaa sota kunnialla.
Vähää myöhemmin rupesivat Athenan Trakialaiset liittolaiset hieromaan sovintoa Spartalaisten kanssa, ja Brasidas sekä hänen mukanaan muutamia helooteja ja vapaaehtoisia lähetettiin sinne. Voitettuaan muutamia pienempiä etuja sai hän valtaansa tärkeän Amfipoliin kaupungin. Tämä tapahtui päällikön Tukydideen poissa ollessa sotaretkellä läheisessä Eionissa. Päästäkseen tästä virheestään syytökseen joutumasta läksi Tukydides vapaaehtoiseen maanpakoon 20 vuodeksi. Hän mainitsee tämän seikan ohimennen, tuomatta mitään esiin puolustuksekseen.
Sillä välin kuin Brasidas uudesta pääasemasta mietti lähteä uudelle sotaretkelle, tehtiin välirauha vuodeksi. Pysyväinenkin rauha olisi nyt voitu aikaan saada, jos eivät Kleon ja Brasidas olisi olleet sitä vastaan, edellinen sentähden että pelkäsi kaikki konnankoukkunsa tulevan ilmi, viimemainittu taas sen vuoksi että hänellä ainoastaan sodan aikana oli valtaa ja arvoa. Melkoista sotajoukkoa johtaen läksi Kleon Trakiaan ottelemaan Brasidaan kanssa. Valloitettuaan Torone'n ja erään toisen kaupungin asettui hän Eioniin odottamaan apujoukkoja, käydäkseen sitten taas Amfipoliin kimppuun. Mutta äkkiä hyökkäsi Brasidas esiin, Athenalaiset lyötiin ja Kleon kaatui. Ainoastaan seitsemän Spartalaista haavoittui, mutta yksi niistä oli Brasidas, ja tämä kuolikin heti sen jälkeen. Nimeksi tehtiin nyt rauhasopimus taistelevien valtioiden välillä, mutta siitä ei tullut sen enempää. Sen sijaan saatiin aikaan puolusliitto viideksikymmeneksi vuodeksi Spartan ja Athenan välillä. Se kuitenkin kesti ainoastaan seitsemän vuotta.
Argos rupesi silloin muiden Peloponnesolaisten valtioiden johtajaksi, ja Alkibiadeen välityksellä saatiin aikaan liitto Athenan kanssa. Silloin hyökkäsivät Spartalaiset Korinton ja muutamien muiden kaupunkien avulla Argoliisen ja valloittivat siellä itselleen lujan aseman. Mutta niin vähän käsittivät Argolaiset sitä vaaraa, joka heitä uhkasi, että, kun Spartan kuningas erään aselevon aikana peräytyi joukkoineen, moittivat päälliköltään siitä, että nämät olivat antaneet vihollisten paeta tiehensä. Kun välirauha oli rikottu, marssivat Argolaiset, saatuaan Athenasta apujoukkoja, Arkadiaan. Spartalaiset tulivat kootulla sotajoukollaan heitä vastaan Mantinean luona ja saivat ratkaisevan voiton. Tukydides oli omin silmin nähnyt tämän taistelun. Eräs osasto, jossa oli pelkkiä ylimyksiä Argosta, lyötyään pakosalle Spartalaisten vasemman siiven ja siten pelastettuaan isänmaansa kunnian, taivutti maanmiehensä luopumaan kansanvallasta ja yhdistymään Spartalaisiin. Mutta muutamien kuukausien kuluttua otti rahvas taas vallan käsiinsä ja teki uuden liiton Athenan kanssa.