Egyptin suurin luonnonihme on Niili ja sen tulvat. Se viehätti Ilerodotosta, samoin kuin muitakin kreikkalaisia ajattelijoita ennen ja jälkeen syvämietteisiin selitysyrityksiin. Herodotos kertoo, ettei hän Egyptissä ollessaan voinut saada Niilin luonnosta mitään tietoa papeilta eikä muiltakaan ja tekee sen vuoksi johtopäätöksensä sen mukaan, mitä hän itse näki.
»Olin kuitenkin halukas saamaan heiltä tietoa, minkä vuoksi Niili paisuu ja on tulvillaan sata päivää, alkaen kesäpäivän seisauksesta, mutta saavutettuaan tämän päiväluvun jälleen vetäytyy takaisin ja vähenee uomassaan, niin että se pysyy matalana koko talven ajan aina seuraavaan kesäpäivän seisaukseen asti. Kaikesta tästä en voinut saada keltään egyptiläiseltä mitään tietoa tutkiskelussani heiltä, mikä kyky Niilillä on olla päinvastaista luontoa kuin muut joet. Näitä seikkoja tahdoin tietää, kuin myös, minkä vuoksi Niili yksin kaikista joista ei aikaan saa tuulenpuuskia.
»Muutamat Helleeneistä, jotka ovat tahtoneet tulla kuuluiksi viisaudestaan, ovat esittäneet tästä vedestä kolmea mahdollisuutta», joista Herodotos kuitenkin pitää kahta niin mahdottomana, että hän ne vain mainitsee. Toinen on Thaleksen, vaikkei kirjailija filosofia nimitä, ja sen mukaan Niilin tulvan aiheuttaisivat pohjatuulet, »etesiat», jotka kesällä puhaltavat Välimerellä ja Egyptin rannalla ovat kovat ja vakaat. Ne muka estäisivät Niilin vettä juoksemasta mereen. Herodotos sitä vastaan huomauttaa, etteivät nämä tuulet aina puhalla, eivät ainakaan yhtä kiihkeästi, ja eivätpä muutkaan joet, jotka niitä vastaan virtaavat, siitä paisu. Toinen selitys, jonka voimme arvata olevan miletoslaisen Hekataioksen, on hänen mielestään vielä ymmärtämättömämpi. Sen mukaan Niili alkaisi Okeanosta ja siten saisi aikaan tulvan, ja Okeano virtaisi koko maan ympäri. Tätä selitystä hänen mielestään on suotta vääräksikään todistaa, koska se perustuu Okeanoon, siis aivan tuntemattomaan seikkaan. Herodotos pitää Okeanoa vain Homeroksen ja muitten runoilijani mielikuvitelmana. »Kolmas selitys on kyllä todenmukaisin, mutta itse asiassa enimmän väärä.» Sen voimme arvata Anaxagoraan esittämäksi. Sen mukaan Niili saisi vetensä sulavasta lumesta. Mutta »kuinka se voisi saada vetensä sulavasta lumesta, se kun enimmäkseen virtaa mitä lämpöisimmistä maista kylmempiin?» Etelästä päin Egyptiin puhaltavat tuulet ovat muka niin lämpöiset, ettei se selitys ole mahdollinen. Tuo maa on alati sateeton ja jäätön ja »lumentulon jälkeen täytyy pakostakin seurata sadetta viisi päivää, niin että jos Niilin lähteillä sataisi lunta, niin siellä sataisi myös vettä. Kolmanneksi ihmiset ovat kuumuudesta mustia. Ja ilmahaukat ja pääskyset pysyvät siellä vuoden umpeensa, kurjet taas, jotka pakenevat talven tullessa Skyyttien maahan, matkaavat niihin paikkoihin talvehtimaan.» Tämä kaikki muka todistaa, ettei Niilin lähteillä voi sataa lunta.
Herodotos puolestaan esittää seuraavan selityksen »näistä hämäristä seikoista»: »Talvisin ajavat talvimyrskyt auringon pois sen vanhalta radalta ja se saapuu Libyan yläosiin.» Ja sillä muka onkin kaikki sanottu. »Sillä on luonnollista, että se maa, jota lähimpänä ja jossa tämä jumala (aurinko) juuri oleskelee, enimmän janoo vettä, ja että siinä joen omaperäiset lähteet ehtyvät.»
Hän todistelee sitten mielipidettään laveammalti. »Silloin kun aurinko kulkee Etelä-Libyan yli, se aikaansaa seuraavan ilmiön. Koska ilma näissä seuduin on alati selkeä ja maa lämmin, siellä kun ei ole kylmiä tuulia, niin aurinko kulkiessaan vaikuttaa saman kuin sillä on tapana tehdä kesällä kulkiessaan keskitaivaalla. Se vetää nimittäin puoleensa vettä ja sen tehtyään työntää veden pois pohjoisiin seutuihin, jolloin tuulet ottavat vastaan, hajottavat ja sulattavat sen. Luonnollisesti siis tuosta maasta puhaltavat tuulet, etelä ja lounas, ovat kaikista tuulista ne, jotka ovat sateisimmat. Mutta minusta näyttää siltä, että aurinko ei joka kerta laske luotaan kaikkea sitä vettä, minkä se vuotuisesti Niilistä saa, vaan että se myös jättää ympärilleen osan. Vaan kevään tullen aurinko jälleen nousee keskelle taivasta ja siitä perin se taas tasaisesti vetää vettä kaikista joista. Siihen saakka toiset joet virtaavat suurina, niihin kun yhtyy paljon rankkasadevettä, ja koko maa on sade- ja tulvapurojen vallassa. Mutta kesällä, jolloin rankkasateet lakkaavat vuotamasta jokiin ja aurinko vetää vettä niistä, ne ovat voimattomat. Niili taas, joka ei saa rankkasadetta, mutta jota aurinko vetää puoleensa, on luonnollisesti ainoa joki, joka talvella virtaa paljon matalampana kuin kesällä. Sillä kesällä sitä vedetään yhtä paljon kuin kaikkia muitakin vesiä, mutta talvella sitä yksin ahdistetaan.» Herodotos toisin sanoen luulee, ettei auringolla talvella, sen ollessa kaukana etelän kuivissa erämaissa, ole muuta apua janoonsa kuin Niili, jonka vuoksi se vetää tämän melkein kuiville; mutta kesällä sitä vastoin, kun se on kohonnut korkeammalle Välimeren taivaalle, on paljon muitakin jokia, ja Niili silloin pääsee vähemmällä vesiverolla. Hänen selityksensä mukaan Niilin tulva siis olisi joen luonnollinen vedenkorkeus, sen luontainen vesimäärä taas luonnotonta, auringon aikaansaamaa ehtymistä.
Keksittyään tämän selityksen, jossa on aavistuksia todellisesta luonnonlaista, vaikka päätelmät käyvät harhaan, Herodotos ikäänkuin johtopäätöksiään vahvistaakseen lausuu: »Aurinko on niinikään minun mielipiteeni mukaan syynä siihen, että ilma siellä päin on kuivaa, koska aurinko radallaan polttaa kaikki. Niinpä Libyan etäisimmässä osassa vallitsee ainainen kesä. Jos nyt vuodenaikojen asema muuttuisi ja siinä osassa taivasta, missä nyt pohjoinen ja talvi sijaitsevat, olisi etelätuulen ja suven paikka, ja pohjoinen siis sijaitsisi siinä, missä nyt etelä on, — jos niin olisi, niin aurinko, talvimyrskyn ja pohjatuulen karkottamana keskitaivaalta, menisi Europan etäisimpiin osiin, samoin kuin se menee Libyaan, tai kulkiessaan sitten koko Europan läpi se luullakseni vaikuttaisi Istroksessa saman ilmiön kuin nyt Niilissä.»
Vasta Aristoteles ja Eratosthenes arvasivat oikean syyn Niilin tulvaan, nimittäin troopilliset rankkasateet, joita keväällä ja alkukesästä sataa molempien lähdehaarain latvoilla. Agatharkhides myöhemmin vahvisti oikeaksi tämän arvelun, saatuaan siitä Sisä-Afrikan alkuasukkailta nimenomaisen tiedon.
»Mitä taas siihen tulee», sanoo Herodotos, »että Niilin luona ei puhalla tuulia, on minulla tämä mielipide: ei ole ollenkaan todenmukaista, että tuuli puhaltaa kovin lämpimistä seuduista, koska se tavallisesti puhaltaa jostain kylmästä.» Se onkin tosiaan yleinen tuulilaki, koska korkeat ilmapaineet sijaitsevat kylmillä, alhaiset lämpöisillä alueilla.
Niilin lähteet.
Niilin lähteet ovat vanhastaan olleet maantieteen mieltäkiinnittävimpiä kysymyksiä. Herodotos luonnollisesti koetti saada niistäkin selkoa. Mutta Egyptiläisiltä hän ei saanut suurtakaan valaistusta. Eräs Saisin kaupungin temppelikirjuri kertoi Niilin lähteitten olevan Syenen ja Elefantinen välillä, jossa oli Mofi ja Krofi nimiset vuoret. Vuorien välissä muka oli pohjattomia suonia, joista Niili kumpusi. Toinen puoli vedestä virtasi pohjoiseen päin Egyptiin, toinen taas etelään päin Etioppiaan. Farao Psammetikho oli muka pitkällä köydellä mitatessaan huomannut lähteet pohjattomiksi. Mutta Herodotos arveli kirjurin laskeneen leikkiä ja mainittujen lähteitten olevan vain pyörteitä, jotka estivät luotilankaa pohjaan painumasta.