Marssi Cuzcoon.
Tuskin oli Atahualpa mestattu, niin Pizarro huomasi, että hän kuitenkin tarvitsi inkan, jos mieli maata hallita ilman taistelua, jota Espanjalaiset kuitenkin kaikitenkin olisivat mieluimmin välttäneet. Hän nimitti inkaksi Atahualpan veljen Toparcan. Pizarro itse kietoi nuoren inkan otsalle borlan ja intianiylimykset vannoivat hänelle uskollisuutta. Syyskuun alussa Pizarro sitten lähti Cajamarcasta Cuzcoon, mukanaan 500 sotilasta, näistä kolmasosa ratsuväkeä. Iloisella mielellä kaikki lähtivät matkaan, sillä Cuzcosta, josta oli niin ylisteleviä juttuja kuultu, toivottiin suurta saalista. Nuori inkka ja vanha päällikkö Chalcutchima seurasivat mukana.
Inkkatie kulki toisin paikoin vaikeitten vuorimaitten kautta ja niissä oli ratsuväki pahassa pulassa, hevoset kun eivät tahtoneet oppia kiviportaita kapuamaan. Jokien poikki rakennetut riippuvat pajusillat ratsuväen painon alla turmeltuivat, jonka vuoksi täytyi useinkin uittaa hevoset jokien poikki. Kun tultiin Xauxan laaksoon, niin nähtiin suuri perulainen armeija, joka oli majautunut joen taa ja nähtävästi aikoi estää Espanjalaisia edemmäksi kulkemasta. Silta oli hävitetty, mutta kun joki oli matala, vaikka leveä, niin ratsuväki suoraa päätä kaalasi sen poikki hyökkäykseen. Intianit sen nähdessään kääntyivät pakoon ja ratsuväki surmasi pakenevia joukottain.
Xauxassa, joka oli melkoinen kaupunki. Pizarro viipyi useita päiviä ja lähetti Soton 60:n ratsumiehen keralla tiedusteluretkelle. Soto näki joka puolella merkkejä vihollisen hävityksestä, sillat oli revitty, tielle asetettu raskaita kiviä ja puita. Eräässä solassa syntyi kiivas tappelu ja Soto menetti kolme ratsumiestä. Kun tämä mieshukka oli ensimäisiä, mitä Espanjalaiset kärsivät, niin se heihin koski hyvin kipeään. Kuljettuaan Apurimak-joen poikki Soto sai kuulla, että Sierra Vilcacongan vaarallisissa solissa oli melkoisia vihollisparvia väjymässä. Kapealla solatiellä hänen kimppuunsa hyökkäsikin niin suuri ylivoima, että pieni ratsumiesjoukko joutui epäjärjestykseen, hevoset pillastuivat ja tuho olisi tullut, ellei Soto olisi saanut joukkoaan palautetuksi solasta tasangolle, joka oli vähän matkan päässä. Siellä tapeltiin pimeään saakka. Soton asema näytti toivottomalta, sillä hän oli jo menettänyt monta miestä ja vihollinen oli ylivoimainen. Onneksi oli kuitenkin Pizarro, pahaa peläten lähettänyt» Almagron muun ratsuväen kanssa perässä tulemaan: Almagro saapui Sierra Vilcacongan juurelle samana yönä. Sieltä kuultuaan taistelun räiskettä hän pimeästä huolimatta riensi eteenpäin. Kun yö oli pilkkopimeä, eikä nähty, missä oli vihollinen, missä ystävät, niin Almagro toitotutti torvillaan raikuvat soitelmat ja Soton uupuneet sotilaat heräsivät ihanimpiin säveliin, mitä olivat koskaan kuulleet. He paikalla vastasivat torvillaan ja näin ystävykset pimeästä huolimatta löysivät toisensa. Aamulla intianit avuntulon huomatessaan peräytyivät ja jättivät solat auki.
Ennenkuin Pizarro ennätti perässä tulla, kuoli nuori Toparca inkka Xauxassa, Pizarron syytöksen mukaan Chalcutchiman myrkyttämänä. Pizarro sitten pääjoukon kanssa kulki Xaquixaguaman laaksoon, josta ei ollut kuin muutama penikulma Cuzcoon. Tässä ihanassa laaksossa oli paljon perulaisten ylimysten huviloita. Pizarro viipyi siellä muutamia päiviä inkan taloissa, joissa oli runsaat varastot, ja antoi tuomita Chalcutchiman, jota myös epäiltiin kapinan yllytyksestä, elävänä poltettavaksi. Valittamatta iäkäs päällikkö nousi roviolle, suotta munkki Valverde hänelle tarjosi samanlaista rangaistuksen huojennusta kuin Atahualpalle, vanhus pysyi lujana kuolemaan saakka. Hänen omat palvelijansa olivat kantaneet kokoon rovion, joka hänet tuhosi. Ennenkuin vielä ennätettiin liikkeelle lähteä, saapui Xaquixaguamaan Huascar vainajan veli prinssi Manco vaatimaan itselleen valtaistuinta ja muukalaisten suojelusta pyytämään. Pizarro otti hänet vastaan avosylin ja vakuutti hänelle tulleensakin maahan nimenomaan Huascarin oikeuksia puolustamaan. Mutta Mancon tulosta huolimatta oli solissa vielä taisteltava, ennenkuin Cuzcon aukealle päästiin. Oli jo niin myöhä ilta, että Pizarro päätti vasta seuraavana aamuna marssia inkkain vanhaan pääkaupunkiin. Leiriä vartioitiin yöllä tarkkaan ja sotamiehet nukkuivat aseissaan.
Cuzco.
Kolmessa osastossa Espanjalaiset aikaisin seuraavana aamuna. 15 p. marraskuuta 1533, marssivat Cuzcoon. Etukaupunkeihin oli kokoontunut suunnattomat laumat kaupunkilaisia ja maalaisia ja ihmetellen katseltiin muukalaisia, jotka niin lyhyessä ajassa olivat mullistaneet kaikki asiat. Cuzcossa lienee siihen aikaan ollut 200.000 asukasta: kun rakennukset olivat yhdenkertaiset, niin oli se siis hyvin laaja alaltaan. Pizarro joukkoineen kulki pääkatua suurelle torille, jonka ympärillä oli jykeviä matalia kivirakennuksia, muutamat niistä, inkkain palatseja. Ei ollut puutetta hyvistä asunnoista; siitä huolimatta sotaväki ensi viikot asui torilla teltoissa, ollakseen vaikka millä hetkellä valmiina kapinaa kukistamaan. Mutta väestöllä ei näytä olleen vähääkään aikomusta kapinoida, se vain soitti ja tanssi myöhään yöhön, niin etteivät Espanjalaiset tahtoneet unta saada. Järjestys oli mallikelpoinen. Cuzcolaiset näyttivät yleensä sangen varakkailta, mutta sielläpä asuikin maan ylimystö ja taitavimmat ammattilaiset. Kaduilla vallitsi vilkas elämä ja pukujen värikäs kirjavuus antoi niille paljon rattoa. Ne olivat säännölliset, leikaten toisiaan suorin kulmin, mutta kapeat. Päätorilta lähti neljä valtakatua, joiden päistä alkoi neljä valtatietä. Tori itse ja useat kadutkin olivat huolella kivetyt. Kaupungin kautta juoksi kirkas joki, jonka rannat olivat penikulmia pitkältä kivellä lasketut kuin kanavanpartaat. Joen poikki oli paljon siltoja. Komein rakennus oli suuri auringontemppeli. Korkealla kallionkeilalla oli Sacsahuamanin linna, joka oli rakennettu niin tiiviisti toisiinsa liitetyistä kivistä, ettei saumoja näkynyt.
Pizarron ja Almagron väki anasti palatsit ja temppelit, mutta yksityisten talot ainakin aluksi rauhotettiin. Mitä suinkin löydettiin kultaa ja hopeata asuinrakennuksista, pyhätöistä, haudoista, kätköistä, kaikki ryöstettiin, ryöstettiin sekä Cuzcon että kaikkien muitten retkillä tavattujen kaupunkien aarteet, saalis koottiin yhteen paikkaan, sulatettiin ja jaettiin. Erään perulaisen ylimyksen luota oli saatu kymmenen 20 jalkaa pitkää, jalkaa leveää ja paria kolmea tuumaa vahvaa hopeaharkkoa. Muutamasta luolasta Cuzcon läheisyydestä tavattiin kymmenen tai kaksitoista kultaista ja hopeaista naisen kuvapatsasta, jotka olivat luonnollista kokoa. Inkkain aarreaitoista saatiin kultaisia jalkineita ja kultahelmistä tehtyjä pukuja. Keräytyi toinen mokoma jaettavaa kuin Cajamarcassa, ja tuota pikaa oli jokainen pohatta. Kaikenlaisten europpalaisten tavaroitten hinta kohosi suunnattomasti, hyvä hevonen maksoi 2500 pesoa, miekka 40—50, pullo viiniä 50, j.n.e. Samalla valtasi Pizarron ja Almagron armeijan hurja uhkapeliraivo, tuo Espanjalaisten kansallispahe. Kuta enemmän pelipöydissä hävittiin, sitä kiihkeämmin etsittiin uutta kultaa ja hopeaa, eikä kauaa kulunut, ennenkuin rauhallisia kansalaisia aljettiin venyttää kidutuspenkille. jos epäiltiin heidän tietävän salaisia aarteita, eikä niitä muutoin ilmi antavan.
Kun saalis oli jaettu, niin Pizarro kohotti Huayna Capakin pojan Mancon inkaksi. Väestö oli vaalista erinomaisen hyvillään ja ylimystö riensi esiintuomaan alamaisuutensa osotukset uudelle inkalle. Mutta hän nousi nyt julkisesti valtaistuimelle Espanjan kruunun vasallina. Valtaistuimelle nousemista vietettiin suurin juhlin, yhtä loistavasti kuin ennenkin, paitsi että kulta- ja hopea-astiat ja koruesineet. nyt puuttuivat ja inkkamuumiotkin. jotka juhla-ateriassa istuivat pitopöydässä, olivat parhaat koristeensa menettäneet. Cuzco sai kaupunkihallituksen espanjalaiseen malliin. Paljon espanjalaisia asettui sinne pysyvästi ja useimmille riitti joku palatsi tai muu julkinen rakennus asunnoksi, laajoja tiluksia tulolähteiksi. Vanhat palatsit ja temppelit myöhemmin hävitettiin ja niiden pohjille rakennettiin kirkkoja ja luostareita. Auringon impien temppelin paikalla on nykyisin luostari.
Seuraavat tapaukset osottavat. kuinka vaikea Espanjan hallituksen vielä oli matkain pituuden vuoksi johtaa siirtomaidensa asioita, ja kuinka omavaltaisesti niissä toimittiin. Vaikka Pizarro ja Almagro toimivat Espanjan hallituksen nimissä, niin saivat he kuitenkin hallituksen omista käskynhaltijoista kilpailijan, jota vastaan täytyi lähteä ase kädessä. Huhut Perun satumaisista aarteista houkuttelivat liian voimallisesti saaliinjaolle.