Almagron kuoltua hänen poikansa vaati itselleen isänsä maakuntia, mutta Pizarrot eivät tahtoneet siitä mitään tietää. Hernando Pizarro lähti Espanjaan oman puolueensa asiaa ajamaan. Mutta Espanjan hallitus, joka ei hyväksynyt Almagron mestausta, otti hänet vangiksi ja vankeudessa hän sitten sai viettää parikymmentä vuotta. Hallitus lähetti Vaca de Castro nimisen lakimiehen Peruhun oloja järjestämään. Ennenkuin tämä vielä oli ennättänyt Limaan, levisi tieto Francisco Pizarron murhasta. Almagron puoluelaiset, joita vainajan poika johti, olivat kesäkuussa 1541 Limassa tunkeutuneet Pizarron palatsiin, ottaakseen hänet vangiksi. Pizarro puolusti itseään tuimasti, kunnes sai surmahaavan. Hänen seurassaan kaatui hänen velipuolensa Martinez de Alcantara. Francisco Pizarro oli kuollessaan 63 vuoden ikäinen.
Semmoisen lopun sai Perun julma vallottaja. Hänen nimensä on kautta aikain säilynyt tämän kullanhimoisen, kavalan ja julman aikakauden pelottavimpana. Itse alhaisesta asemasta kohonneena hän tosin osasi kohdella hyvin sotamiehiään, mutta samalla kaikki tunsivat hänen petollisuutensa. Intianeja tuskin kukaan on kohdellut julmemmin. Pizarro ei ollut ritarillinen, sivistynyt eikä valtioviisas niin kuin Cortes, mutta hänen kykynsä ja lannistumaton tarmonsa olivat kieltämättömät. Espanjan hallitus antoi hänelle suuremman arvon kuin Cortekselle. sillä Pizarro lähetti monta vertaa enemmän kultaa.
Vaca de Castroa vastaan, joka nyt otti vallotetun maan hallituksen käsiinsä, nousi kapinaan Almagron poika, mutta joutui v. 1542 tappelussa häviölle ja mestattiin. Almagron puolue silloin tunnusti laillisen maaherran ylivallan ja luopui enemmästä vastustelemisesta.
Gonzalo Pizarro.
Mutta vielä piti Perun pohjoisosissa puoliaan Pizarron viimeinen veli, Gonzalo, joka v. 1540 oli nimitetty Quiton maaherraksi. Vahvistettuaan siellä valtaansa ja maan kauttaaltaan tutkittuaan, hän lähti etsimään kultamaata, jonka intianit kertoivat olevan Andien takana aarniometsien keskellä. Gonzalo kulki päiväntasaajan kohdalla Andien poikki ja tunkeutui sitten Rio Napon vartta Amazonijoelle päin, kunnes hän tiettömissä aarniometsissä ruokavarain loputtua joutui mitä kamalimpaan puutteeseen ja hädin tuskin pääsi retkikuntansa tähteitten keralla palaamaan Quitoon. Tuonnempana kerromme enemmän tästä merkillisestä retkestä.
Quitossa Gonzalo Pizarro sai kuulla veljensä Franciscon murhan ja tarjosi kuninkaalliselle maaherralle apuaan Almagron poikaa vastaan, kuultuaan tämän kapinan. Sen hän teki vihasta, mutta hänen avustaan ei huolittu, sillä Vaca de Castro toivoi sovinnon helpommin syntyvän Almagrolaisten keralla, kun hän hylkäsi Pizarron puoluekunnan avun. Gonzalo tästä syvästi loukkaantuneena alkoi valmistella kapinaa. Siihen hän sai piankin tilaisuuden, kun Espanjan hallitus v. 1542 julisti Perussa voimaan uudet lait, jotka melkoisesti rajottivat vallottajain oikeutta käyttää intianeja pakkotyöhön ja peruutti heille annetut suuret tilukset kruunun omaisuudeksi omistajan kuoltua. Nämä lait herättivät »conquistadorien» kesken niin suurta tyytymättömyyttä, että Gonzalo Pizarro sai heidät yhtymään suureen kapinaan. Varakuningas voitettiin, sai taistelussa surmansa, ja viimeinen Pizarron veljeksistä oli lyhyen ajan Perun itsenäinen hallitsija. Mutta espanjalainen aines ei vielä ollut maassa likimainkaan niin voimallinen, että se olisi tullut toimeen ilman emämaan apua. Vaikka Pedro de Gasca, jonka Espanjan hallitus lähetti Peruhun käskynhaltijakseen, olikin pappi ja saapui Panamaan melkein tyhjin käsin, niin sai hän siellä kuitenkin kuninkaan edustajana haltuunsa Gonzalo Pizarron laivaston ja sotaväen, jotka oli lähetetty hänen matkaansa estämään. Lupaamalla anteeksiannon Pedro de Gasca sai suurimman osan Perun espanjalaisista luopumaan Gonzalosta. Kun ratkaisevan taistelun v. 1548 piti alkaa Cuzcon läheisyydessä, niin Gonzalo Pizarron koko sotajoukko meni kuninkaallisten puolelle ja hän joutui vangiksi. Etevimpien ystäviensä keralla hän sai päällään sovittaa kapinoimisensa.
Kapina tosin myöhemmin alkoi uudelleen, kun Espanjan hallitus ei suostunut peruuttamaan intianien hyväksi säätämiään lakeja, mutta tukahutettiin, ja Perun kolmas varakuningas, Don Andres Hurtado de Mendoza, Caneten markisi, joka hallitsi siirtomaata kuusi vuotta vuodesta 1555 alkaen, järjesti maan olot rautaisella kädellä. Kaikki edellisten kapinain johtajat lähetettiin Espanjaan, piirikuntien päälliköitä käskettiin mestauttamaan jokainen rauhanhäiritsijä. Kaikki joutilaat toimitettiin etäisille retkille. Manco inkan pojalle ja jälkeläiselle Sayri Tupakille annettiin eläke. Inttäneille hankittiin hyviä pappeja, kouluja ja kaupungeita perustettiin kaikkiin maakuntiin. Mutta hallituksen huolenpito ei kuitenkaan voinut riittävästi huojentaa asukkaitten veristä sortoa, jonka vuoksi he usein kapinoivat. Viimeinen intianikapiua tapahtui v. 1783, mutta sekin verisesti kukistettiin.
Chilen vallotus.
Almagro oli tavannut Chilessä vähän kultaa ja paljon sotaisampaa kansaa kuin Perussa. Pohjoisosissa väestö tosin oli sivistyneempää ja samalla taipuvampaakin, mutta kuta kauemmaksi etelää kohti kuljettiin, sitä villimmäksi ja sotaisemmaksi se muuttui. Syynä tähän erotukseen epäilemättä oli se, että Perun inkat viidennellätoista vuosisadalla olivat vallottaneet Chilen pohjoisosan. Vaikkei heidän valtansa ollutkaan siellä suuri, niin muutti kuitenkin kehittyneemmän sivistyksen kosketus melkoisesti oloja. Mutta Rapel joen eteläpuolelle ei inkkain mahti ulottunut, ja siellä intianit olivat säilyttäneet entisen sotaisuutensa. Vaikka he olivatkin tietämättömiä ja raakoja, niin olivat he kuitenkin kehittäneet järjestelmän yhteistä sodankäyntiä varten. Kullakin kunnalla oli oma »ulmeninsa», s.o. päällikkönsä, sodassa heimoilla oli yhteinen valittu johtaja. Araukanit olivat Etelä-Chilen mahtavin heimo ja heidän nimellään mainittiin sitten kaikkia Bio-bio joen eteläpuolella asuvia kansoja.
Tuskin oli Almagro mestattu, niin kiiruhti Pizarro ottamaan haltuunsa maan, jonka kruunu oli Almagrolle antanut. Pedro de Valdivia lähti 1540 Pizarron toimesta vallottamaan Chileä ja peruslamaan sinne siirtokuntia. Alonso de Camargo samaan aikaan kartotti rannikon. Valdivia perusti v. 1541 Santiagon, Chilen nykyisen pääkaupungin, ja puolenkymmentä muutakin kaupunkia, voidakseen niiden avulla pitää maata kurissa. Mutta intianit taistelivat epätoivon urheudella. V. 1553 kaikki heimot tekivät yhteisen kapinan, jossa Valdivia sai surmansa ja useimmat hänen siirtokunnistaan tuhottiin. Tämä oli alkuna lähes vuosisadan kestävälle yhtämittaiselle sodalle. Vereen kastetut nuolet — se oli Araukanien sotakapula — kulkivat taas kautta maan, ja joka taholta kokoontui sotilaita vastustamaan vallottajia. Araukanit, vaikka olivatkin kaikkea sivistystä vailla, olivat kuitenkin sodankäynnissä paljon älykkäämpiä kuin Perulaiset. Huomatessaan, että heidän vanhoista heitto- ja ampuma-aseistaan oli vähän apua uutta vihollista vastaan, he sangen nopeaan muuttivat koko sodankäyntinsä. He hylkäsivät kokonaan jousen, joka oli pyssyä niin paljon huonompi, ja käyttivät etupäässä keihästä, miekkaa ja muita aseita, jotka käsikähmässä tehosivat. He lähestyivät nopeaan Espanjalaisten rintamaa, jott'ei näillä ollut aikaa panostaa pyssyjään, kun olivat ne kerran laukaisseet. Säikähtämättä he kestivät ensimäisen yhteislaukauksen, vaikkapa se aina kaatoikin suuren joukon, ja hyökkäsivät sitten kilvan käsikähmään. Alkuasukkaiden löyhän heimojärjestyksen vuoksi oli mahdoton saada heistä musertavaa voittoa, ja vuorinen, tiheämetsäinen maa erinomaisesti suosi väjytyksiä ja ylläköltä. Kenraali kenraalin, armeija armeijan jälkeen lähetettiin Chileen. Retki toisensa jälkeen tehtiin intianeja vastaan, heidän maansa hävitettiin, sotaa käytiin säälimättömän julmasti, mutta kaikki oli suotta. Siirtokuntia ja linnoja uhkasi ainiaan hyökkäys, niitä vallotettiin ja vallotettiin takaisin. Jos yksi intianiarmeija hävitettiin, niin oli pian toinen valmiina sen paikalle astumaan; jos yksi »toqui» (ylipäällikkö) kaatui, niin valittiin paikalla toinen. Tappion kärsittyään intianit pakenivat metsiinsä, soihinsa ja vuoriinsa, kokosivat uudelleen voimansa ja ajoivat takaa peräytyviä Espanjalaisia. Vasta v. 1640 tehtiin rauha, jossa kaikki Bio-bio joen eteläpuolella oleva maa tunnustettiin Araukanien omaksi ja itsenäiseksi. Tätä urhoollista kansaa on vielä jäljellä muutamia kymmeniätuhansia; vaikka sen luku vähenemistään vähenikin, niin piti se kuitenkin loppuun saakka puoliaan ja siirtyi vapaana kansana Chilen tasavaltaan.