Columbus ei kuitenkaan nyt ennättänyt jatkaa tutkimuksiaan, vaan purjehti Louhikäärmeen kidasta suorinta tietä Espanjolaan, jonka olot häntä huolestuttivat. Sitä paitsi alkoivat turmeltua ruokavarat, joita hänellä oli sinne viedä.
Sekasorto Haitissa.
Amiraalin poissa ollessa oli hänen veljensä Bartolomeo hallinnut Espanjolaa tarmokkaasti, rakentanut linnotuksia, pakottanut saaren päälliköt tunnustamaan Espanjan yliherruuden, määrännyt heille verot, ja katolilaiset papit olivat hyvällä menestyksellä ruvenneet kääntämään asukkaita kristinuskoon. Amiraalin käskyn mukaan hän niinikään alkoi rakennuttaa uutta pääkaupunkia etelärannalle, koska Isabella oli huomattu liian epäterveelliseksi. Uusi pääkaupunki sai nimekseen Santo Domingo ja se on vanhin näihin saakka säilynyt siirtokunta, mitä Espanjalaiset perustivat Uuteen maailmaan. Ei kauan kulunut, ennenkuin Isabella, joka oli pohjoisrannalla, kokonaan hylättiin. Metsä kasvoi kaduille, puut anastivat talot ja kohottivat latvojaan niiden seinien keskeltä. Raunioita vain on säilynyt meidän aikoihimme, kuten Columbuksen talon, linnan ja kirkon pohjia. Adelantado oli jo ennen Columbuksen saapumista muuttanut Santo Domingoon pääkortteerinsa.
Espanjalaisen sotaväen ja siirtolaisten kesken vallitsi paljon tyytymättömyyttä, sillä heitä ei miellyttänyt »adelantadon» kova kurinpito, eivätkä he mielestään olleet velvollisia tottelemaan muukalaista nousukasta. Tyytymättömyys lopulta yltyi kapinaan. Isabellan kaupunginpäällikkö, Diego Colombo, joutui vaikeaan asemaan, kun adelantado sattui silloin olemaan retkellä saaren sisäosissa ja kun ylituomari Roldan asettui kapinallisia johtamaan. Bartolomeon palatessa Roldanin puoluekuntansa keralla tosin täytyi väistyä kaupungista, mutta se ei estänyt häntä kaikin tavoin jatkamasta juoniaan. Hän koetti muun muassa saada intianit puolelleen lupaamalla vapauttaa heidät Espanjan sorrosta, ja nämä lakkasivatkin veroa maksamasta. Kun ruokavarain tuonti sen kautta ehtyi, niin olisi siirtokunta joutunut toivottomaan tilaan, ellei onneksi Espanjasta olisi tullut apua. Vereksiä voimia saatuaan Bartolomeo saattoi uudelleen lannistaa saaren kasikit ja karkottaa Roldanin etäiseen kolkkaan, jossa hän ei voinut tehdä vahinkoa. Mutta siellä hän sai pidätetyksi osan niitten laivain miehistöstä, jotka Columbus oli lähettänyt Canarian saarilta suoraan valtameren poikki ja jotka tulomatkalla sattuivat poikkeamaan Haitin etelärannalle juuri Roldanin olopaikoille.
Vihdoin saapui amiraali itse perille. Ensi työkseen hän kehotti kaikkia tyytymättömiä palaamaan Espanjaan sitä varten varatuilla laivoilla. Mutta siihen ei Roldanilla ollut halua. Hän tiesi Columbuksen saapuneen ilman rahoja, ei voivan maksaa sotaväelleen palkkoja ja kapinan sen tautta laajenevan. Laivat niin ollen valmistautuivat palaamaan tyhjinä Espanjaan. Sekä Columbus että hänen vastustajansa laativat niiden mukaan katkeria syytöskirjotuksia toisiaan vastaan. Lopulta Columbus, rauhan aikaansaadakseen, teki sangen alentavilla ehdoilla sovinnon. Roldan joukkoineen sai kaksi laivaa ja Columbuksen täytyi antaa heille todistus, jolla he saattoivat kotimaassa velkoa maksamattoman palkkansa. Vieläpä hänen täytyi siinä vakuuttaa, että he olivat Intiassa hyvin palvelleet kuningasta. Mutta kun Columbus ei voinutkaan määräaikana luovuttaa molempia luvattuja laivoja, niin tämäkin sopimus meni myttyyn. Hänen täytyi asettaa Roldan uudelleen ylituomariksi, jaella hänen miehilleen maita ja suostua vielä siihenkin, että jollei näitä vaatimuksia voitu täyttää, niin oli kapinajoukolla oikeus ottaa väkivallalla, mitä sille oli luvattu. Columbus ei kuitenkaan aikonut pitää tätä sopimusta. Sen vuoksi hän allekirjotti sen laivassa, koska hän ei muka ollut velvollinen maaherrana maalla pitämään sitä, mitä hän oli amiraalina laivassa allekirjottanut. Tämä nöyryyttävä sopimus jos mikään osottaa, kuinka vaikeaan asemaan Columbus oli joutunut ja kuinka mahdotonta hänen oli ulkomaalaisena ja itse varattomana miehenä hallita siirtokuntaa, johon emämaasta saapui paljon kaikkein levottomimpia aineksia, suurin osa siinä toivossa, että lyhyessä ajassa rikastuisivat. Nämä vastoinkäymiset vaikuttivat siihen, että Columbus menetti kuninkaan ja kuningattaren suosion.
Espanjassa hänen vihamiehensä olivat uutterassa työssä. He painostivat sitä, ettei Columbus säännöllisesti lähettänyt kruunun osuutta kaivoksien tuotosta, että hän oli riitaantunut Roldanin kanssa, joka juuri hänen ehdotuksensa kautta oli korkeaan virkaansa nimitetty, ja kuningatar harmistui varsinkin siitä, että amiraali jälleen oli viimeisillä laivoilla lähettänyt kullan ja mausteitten sijasta kuorman orjia, hankkiakseen valtiorahastolle varoja.
Columbus kahleissa.
Columbus oli pyytänyt saarelle uutta kunnollista tuomaria; tätä pyyntöä hallitus nyt käytti verukkeena lähettääkseen Haitiin miehen, jolle paitsi tuomarinvaltaa uskottiin sekä hallinnollinen valta että sotaväenkin johto. Columbus toisin sanoen syrjäytettiin varakuninkaan virasta. Uusi ylituomari, Francisco de Bobadilla, sai vielä oikeuden karkottaa saarelta, kenen hyväksi näki.
Elokuussa v. 1500 Bobadilla saapui Haitiin. Columbus oli edellisellä viikolla tuominnut hirtettäväksi seitsemän espanjalaista, jotka olivat kapinaa lietsoneet. Bobadilla näki Santo Domingon satamaan tullessaan nämä ruumiit hirsipuussa riippumassa ja piti tuomiota aiheettomana julmuutena. Columbus veljineen sattui olemaan poissa Isabellasta hänen saapuessaan. Bobadilla paikalla luki julki kuninkaan käskykirjeen, sai siirtokunnan puolelleen, anasti linnan ilman miekan iskua ja asettui asumaan Columbuksen palatsiin, ottaen amiraalin omaisuuden ja paperit takavarikkoon. Seuraavana päivänä hän julisti, kansansuosiotaan vahvistaakseen, että siitä pitäen ken tahansa sai kultaa kaivaa mielin määrin, kun hallitukselle toi yhdennentoista osan saaliistaan. Saatuaan näin kaikki puolelleen Bobadilla kutsui Columbuksen luokseen kuninkaan kirjeen nojalla, antoi vangita hänet ja viedä kahleissa laivaan. Diego Colombo oli jo sitä ennen vangittu ja vähän myöhemmin tuli Bartolomeonkin vuoro. Mutta Bobadilla ei itse kehdannut näyttäytyä amiraalille.
Merellä laivan kapteeni kohteli Columbusta paremmin ja tahtoi päästää hänet kahleista. Mutta Columbus ei siihen suostunut. Hän tahtoi, että Espanjan tuli saada nähdä, millä tavalla kuningas oli palkinnut hänen ansionsa. Hän vakuutti olevansa viaton. Jos hän oli jotain rikkonut, niin oli se tapahtunut ilman tietoa ja olojen pakosta. Marraskuussa v. 1500 laiva saapui Cadiziin. Hovi oli silloin Granadassa. Kapteenin suostumuksella oli amiraali heti laivan saavuttua lähettänyt kirjeen kuningattaren imettäjättärelle, jolla hän tiesi olevan kuningattareen paljon vaikutusta. Sitä tietä Columbuksen esitys asioista tuli kuningattaren tietoon ennen kuin Bobadillan vihamielinen kertomus. Cadizissa ja Sevillassa herätti mitä suurinta huomiota, että Uuden maailman löytäjä oli tuotu kahlehdittuna takaisin. Se oli niin julkea teko, että kuningasparikuntakin viipymättä lausui julki suuttumuksensa. Isabella ja Ferdinand käsittivät, että se loukkasi heidän arvoaan. Columbus päästettiin kahleistaan ja sai 2000 dukattia, jotta hän saattoi arvonsa mukaisesti matkustaa Granadaan. Hovissa hän otettiin armollisesti vastaan, ja kun amiraali itkien kertoi häntä kohdanneesta häväistyksestä, niin kaikkien läsnäolijain, kuningattarenkin silmät vettyivät. Mutta vaikka Columbus täten saikin hyvityksen, niin ei hän kuitenkaan enää saanut takaisin entistä valtaansa Uudessa maailmassa.