Amiraali purjehti ensinnä Kiloaan (nykyiseen Kilwaan), johon jo Cabral oli poikennut. Tämä kaupunki, jonka muuan persialainen ruhtinas oli perustanut v. 975 Rhapta nimisen entisen kreikkalaisen siirtokunnan paikalle, oli kohonnut mahtavimmaksi koko tällä rannikolla ja hallitsi muun muassa Sansibaria, vanhaa Zenjiä. Kiloa oli saarella, lähellä mannerrantaa, ympäröity suurilla muureilla ja torneilla, joitten raunioita on säilynyt. (Lähellä on eräällä toisella saarella säilynyt vielä vanhemman kaupungin raunioita, joitten alkuperää ei vielä tunneta.) Kiloassa oli portugalilaisten saapuessa noin 12,000 asukasta ja hyvät kivitalot parvekkeineen; talojen yläkerros oli kuitenkin puusta. Kaupungin ympärillä oli sitrona-, limoni- ja oranssi-istutuksia. Sokeria, viikunoita ja granattiomenoita viljeltiin puutarhoissa. Kiloaa hallitsi arabialainen sheikki, jonka valta ei kuitenkaan ulottunut kaupungin omaa aluetta etäämmäksi.
Kun tämä sheikki oli kohdellut Cabralia petollisesti, niin purjehti Vasco da Gama nyt koko laivastonsa keralla kaupungin eteen, säikähytti sitä tyhjillä tykinlaukauksilla, piiritti sen ja pakotti sheikin antautumaan ja sitoutumaan maksamaan vuotuisen kultaveron. Portugal puolestaan suostui ottamaan hänet suojeluksensa alaiseksi. Sheikin palatsin katolle kohotettiin Portugalin lippu ja myöhemmin portugalilaiset rakensivat paikalle linnotuksenkin.
Sitten poikettiin Melindeen, jonka ruhtinaalle Gama nyt tahtoi näyttää, että hän oli arvokkaampi liittolainen, kuin miltä edellisellä kerralla näytti. Sheikki kutsuttiin laivoihin suuriin pitoihin ja ystävyysliitto vahvistettiin. Onnellisesti purjehdittiin sitten Intian meren poikki Malabar-rannikolle ja käytiin ankkuriin lähelle Goaa. Rantakaupungit saivat piankin kokea, ettei Gama ollut tällä kertaa tullut ystävällisissä aikeissa, vaan rankaisemaan, kostamaan ensimäisellä matkallaan kärsimiään nöyryytyksiä. Ensinnäkin pidettiin vihollisina kaikkia laivoja, jotka matkalla tavattiin, ja ne anastettiin, sillä Gama oli päättänyt saattaa maustekaupan kokonaan portugalilaisten käsiin.
Gaman julma sodankäynti.
Andjediva-saarien kohdalla tavattiin lähellä rantaa kolme »fustia», s.o. intialaista alusta, jotka takaa-ajettaissa pakenivat erääseen lahteen. Portugalilaisia ammuttiin heidän niitä seuratessa salatusta patterista tykeillä ja nuolilla, ja he puolestaan sytyttivät palamaan kaikki intialaiset laivat, mitä käsiinsä saivat. Kananoriin matkaa jatkettaissa tavattiin merellä suuri laiva, joka toi kauppatavaroita ja Mekasta palaavia pyhiinvaeltajia. Tämä laiva ilman taistelua anastettiin, ryöstettiin ja sytytettiin tuleen. Intialaiset liian myöhään huomasivat ruveta vastarintaa tekemään; koko joukko armotta surmattiin, joitakuita vaimoja ja lapsia lukuun ottamatta. Niitäkin, jotka hyppäsivät mereen, ajettiin armotta takaa ja surmattiin. Luultavasti laiva oli Egyptin sulttaanin tai hänen alamaistensa oma, sillä pian sen jälkeen sulttaani paaville valitti, että portugalilaiset harjottivat Intian vesillä merirosvoutta.
Kananorin radshan Vasco da Gama pakotti katkaisemaan kaiken yhteytensä Kalikutin kanssa, luvaten säästää ainoastaan niitä laivoja, jotka kulkivat portugalilaisille ystävällisiin satamiin. Kauppatavarain hinta vahvistettiin.
Kalikutin samudrin pyysi nyt rauhaa. Mutta Gama esitti semmoiset vaatimukset, ettei niihin mitenkään voitu suostua; paitsi täydellistä hyvitystä ennen tehdystä väkivallasta olisi sämudrinin pitänyt kieltää kaikkia Punaisesta merestä tulevia laivoja poikkeamasta Kalikutin satamaan. Samudrin vastasi, että Mekasta tulleen laivan ryöstö oli riittävä korvaus, ja ettei hän voinut kaupungistaan karkottaa neljäätuhatta Kairon ja Mekan arabialaista, varsinkin kun heidän kauppansa tuotti hänelle suuria etuja.
Gama ei edes viitsinyt vastata näihin syihin. Samudrin tarjosi rahakorvausta portugalilaisen kauppa-aseman ryöstöstä, mutta Gama ei siitä huolinut, vaan alkoi sodan. Kaikki Kalikutiin menevät tai sieltä tulevat laivat anastettiin ja niiden laivaväki surmattiin, vieläpä usein niin julmalla tavalla, että Gama kaikiksi ajoiksi tällä raivollaan tahrasi nimensä. Sitä olisi mahdoton käsittääkään, ellemme muistaisi, että portugalilaiset pitivät kaikkia muhamedilaisia vanhoina verivihollisinaan, maureina, jotka aikanaan olivat niin säälimättä sortaneet heidän maataan ja kansaansa, ottamiansa orjia ja sotavankeja kiduttaneet. Tämä veriviha se sai heidät Intiankin merellä sokeasti vainoamaan kaikkia muhamedilaisia ja varsinkin arabialaisia ja tyydyttämään kostonhimoaan mielettömällä julmuudella.
Kalikutia pommitettiin kahteen kertaan ja koko joukko taloja tuhottiin. Gama ei nyt enää suostunut minkäänlaiseen rauhaan, vaan vaati täydellistä alistumista. Mutta silloin koko Kalikutin valtakunta nousi yhteiseen kostosotaan, joka joessa varustettiin suurempia ja pienempiä sotalaivoja julman vihollisen tuhoamiseksi. Gama purjehti Kotshiniin, jonka ruhtinaan kanssa tehtiin kauppasopimus. Sovittiin siitä, että portugalilaiset maksaisivat pippurin, mausteneilikkain ja benzoinin hinnan kullalla, muut tuotteet sitä vastoin, kuten kanelin, savusteet y.m. europpalaisilla tavaroilla. Samanlainen sopimus tehtiin Kulamin kanssa, joka on lähellä Intian eteläkärkeä; sieltä ostettiin varsinkin pippuria. Kaikille näille ystävällisille satamille Gama antoi vapaakirjeitä, jotka suojelivat niitten laivoja portugalilaisten vartijalaivain anastukselta.
Kalikutin samudrin koetti nyt viekkaudella saada vihollisensa tuhotuksi. Gaman luo saapui braamana, joka sanoi lähtevänsä hänen kerallaan Portugaliin keskustelemaan itse kuninkaan kanssa, koska muka samudrin ei luottanut laivastojen johtajiin, joita vaihdeltiin. Mutta Gama vastasi, että hänellä oli täydet valtuudet, ja lähti braamanan houkutuksesta yksin yhdellä laivalla Kalikutiin keskustelemaan. Hän luuli tapaavansa Kalikutin edustalla vartijalaivastonsa, mutta tämä olikin kaikenlaisilla huhuilla houkuteltu pohjoiseen, joten Gama oli aivan yksin. Suuri intialainen laivasto ympäröi hänet ja alkoi joka puolelta hyökkäyksen. Portugalilaisen laivan merikunto kuitenkin pelasti Gaman tästä vaarallisesta väijytyksestä. Braamana, joka vielä oli laivalla, hirtettiin raakapuuhun. Myöhemmin samudrinin laivasto vielä kerran hyökkäsi Gaman koko laivaston kimppuun, mutta hyökkäys tykeillä torjuttiin. Täydet kuormat otettuaan Vasco da Gama lähti paluumatkalle ja saapui syyskuussa v. 1503 Lissabonin satamaan.