Affonso d’Albuquerque saapuu Intiaan.
Intian vesille hän oli jättänyt Sodren seitsemän tai kahdeksan laivan keralla. Samudrin käytti nyt tilaisuutta kostaakseen kapinallisille vasalleilleen, vallotti Kotshinin ja karkotti sikäläisen radshan pieneen saareen. Sodre ei voinut tätä estää, sillä hän risteili paraikaa Arabian etelärannikolla, jossa hän usean laivan keralla sai kamalassa myrskyssä hautansa. Haaksirikon välttäneet laivat palasivat Intian rannikolle, mutta eivät uskaltaneet ryhtyä sotatoimiin, ennenkuin kotimaasta saatiin apua. Kauaakaan ei tarvinnut odottaa, sillä pian sen jälkeen saapui Intian vesille uusi laivasto, johon kuului kuusi laivaa, Affonso d’Albuquerque johtajana. Sen kautta portugalilaisilla jälleen oli Intian vesillä ylivalta ja Kotshinin radsha pääsi takaisin kaupunkiinsa. Hän salli portugalilaisten rakentaa satamaansa linnan kauppansa suojaksi; se oli ensimäinen linna, jonka nämä Intiaan rakensivat nopeaan kehittyvän mahtinsa tueksi. Paluumatkalla Albuquerque laski suoraan meren poikki Mosambikiin, välttäen siten kiertomatkan Melinden kautta. Mukanaan hänellä oli eräs venezialainen, Bonavita d’Alban, joka oli viisikolmatta vuotta takaperin Egyptin kautta matkustanut Intiaan ja oleskellut kauan Malakassa. Albuquerque sai häneltä paljon tärkeitä tietoja mausteinen varsinaisista kotipaikoista ja etenkin Malakasta; nämä tiedot myöhemmin olivat hänelle suureksi avuksi, kun Intian maaherruus hänelle uskottiin. Affonson serkku Francisco d’Albuquerque, joka oli lähtenyt myöhemmin Intiasta, joutui Afrikan itärannalla myrskyyn, joka tuhosi hänen kaikki laivansa. Intiaan jäi ainoastaan urhoollinen Duarte Pacheco Pereira muutaman laivan keralla. Hänelle oli tosin lähetetty apua, mutta avun tuojat osaksi hajaantuivat toisistaan matkalla, osaksi rupesivat omin päin harjottamaan merirosvoutta Afrikan itärannalla, pidättäen muun muassa Sansibarin sheikiltä kaksikymmentä kauppa-alusta.
Pacheco joutui sillä välin ahtaalle. Kalikutin samudrinin sanottiin koonneen 60,000 miestä, joilla hän aikoi lähteä kurittamaan Kotshinia. Mutta urhea portugalilainen pidätti häntä muutaman kymmenen miehen keralla erään virran ylimenopaikalla, jonka hän oli aidoilla ja tykeillä linnottanut. Intialaisten kehittymätöntä sotataitoa osottaa, ettei suuri armeija yhä uudistuvista hyökkäyksistä huolimatta voinut tätä pientä joukkoa karkottaa varustuksistaan. Intialaiset rakensivat puusta korkeita uivia torneja, vallottaakseen niillä Pachecon laivat, mutta tämäkin yritys torjuttiin. Samudrinin täytyi tyhjin toimin palata takaisin, sillä monsuuni oli kääntymässä ja saatettiin niin ollen taas odottaa meren takaa uutta portugalilaista laivastoa.
Se saapuikin kohdakkoin, johtajanaan Soarez, jolla oli kolmetoista laivaa, toista tuhatta sotilasta ja paljon tykkejä ja ampumavaroja. Syyskuussa v. 1504 hän saapui Kalikutin edustalle ja alkoi pommittaa kaupunkia, hävittäen muun muassa osan samudrinin palatsista. Kaupungissa kaikki portugalilaiset sotavangit kostoksi surmattiin. Seuraavana vuonna Soarez arvokkaat kuormat otettuaan lähti kotimatkalle. Intian vesille jäi viisi laivaa rantoja vartioimaan. Kalikutin samudrinin voima oli siksi murrettu, että kaikki vasallit alkoivat hänestä luopua. Duarte Pacheco palasi kotimaahan, jossa hän urheutensa palkaksi nimitettiin Guinean maaherraksi. Myöhemmin hänet parjausten vuoksi erotettiin ja vietiin vankina Portugaliin, jossa hän köyhänä kuoli. Runoilija Camões »Lusiadas» eepoksessaan, jossa hän ylistää Portugalin suuruuden ajan sankareita, ankarin sanoin tuomitsee kuninkaan kiittämättömyyden ansiokasta sotilasta kohtaan.
Francisco d’Almeida Intian varakuninkaana.
Egyptin sulttaani pyytää paavin välitystä.
Portugalilaiset olivat toimillaan Intian vesillä kokonaan häirinneet kaupan, joka sieltä kulki Ormusin ja Adenin kautta Persian lahdelle ja Punaiselle merelle. Tämä kaupanseisaus tuntui nopeaan Egyptissä, jonka sulttaani välittömästi hallitsi Punaisen meren tietä ja Persian lahden kautta kulkevan kaupan päätesatamia Syyrian rannalla ja kauppavaihdosta sai suuria tuloja. Hän koetti ensinnä paaville valittamalla saada apua. Paavin muka piti kieltää Portugalia ensinkään purjehtimasta Intiaan. Ellei tätä kieltoa toteutettu, niin hän puolestaan aikoi ryhtyä omissa maissaan kristittyjä vastaan pakkokeinoihin, tuhota Vapahtajan haudan Jerusalemissa ja juurineen hävittää Itämaista pois kristinuskon nimenkin. Sitä paitsi hän uhkasi lähettää laivastonsa Välimerelle kostamaan kristityille samalla mitalla, jolla he olivat muhamedilaisille mitanneet Intian vesillä ja rannoilla. Paavi lähetti tämän sanoman Portugalin kuninkaalle, mutta tämä jyrkästi epäsi Egyptin vaatimuksen.
Manuel kuningas lausui vastauksessaan: »Kun me päätimme laivoinemme raivata tien Intiaan ja tutkia esi-isillemme tuntemattomia maita, niin oli aikomuksemme jalkaimme alle musertaa muhamedin usko, joka saatanan avulla on tuottanut kristikunnalle niin paljon kärsimyksiä, ja hävittää Muhamedin hauta. Valitamme, ettei tätä päämäärää ole vielä saavutettu. Sulttaani on varova, ettei hän tuhoa Pyhää hautaa, sillä pyhiinvaeltajista hän saa paljon tuloja. Jos hän taas uskaltaa ruveta hävittämään Välimeren rantoja, niin on tämä teko yhdistävä häntä vastaan kaikki kristityt kansat, jotka nykyisin ovat niin erimieliset.» Paras vastaus sulttaanin uhkauksiin oli kuningas Manuelin mielestä kehotus kansoille liittyä yhteen uutta ristiretkeä varten.
Egypti valmistautuu sotaan.
Egyptin sulttaani niin ollen ryhtyi sotaa valmistelemaan. Kun ei ollut toivoa siitä, että hän Välimerellä saisi suuriakaan aikaan, niin hän päätti keskittää kaikki voimansa Intian vesille. Syyriaan lähetettiin viisikolmatta laivaa hakemaan laivapuita, jotka sitten piti vietämän Suezin kannaksen poikki Punaiselle merelle, jossa laivasto rakennettaisiin. Johannitat, jotka yhä pitivät hallussaan Rhodos saarta, hävittivät tosin osan sulttaanin laivoista, mutta osa sai asiansa ajetuksi ja Punaisen meren rannalla aljettiin varustaa suurta egyptiläistä laivastoa. Kuusi suurempaa ja viisi pienempää laivaa saattoi sulttaani siten v. 1506 lähettää matkaan Intian vesille. Yrityksessä hänellä oli apuna salaisia, europpalaisia liittolaisia, joita portugalilaisten toimet niinikään uhkasivat, niinkuin saamme myöhemmin nähdä.