Albuquerquen seuraaja Soarez purjehti suurella laivastolla Punaiselle merelle ja pääsi aina Dshiddaan saakka, johon Egyptin sulttaanin laivasto oli peräytynyt; mutta ahtaitten väyläin ja koralliriuttain vuoksi hän ei voinut satamaan tunkeutua, vaan sai tyhjin toimin palata takaisin. Parempi menestys hänellä oli Ceylonissa, jonka ruhtinas suostui maksamaan Portugalille veroa ja rakentamaan linnan Colombon satamaan, johon maurilaiset alukset olivat alkaneet purjehtia maustekauppoja tekemään. Soarezin jälkeen oli Sequeira, sama mies, joka oli Malakan vallotuksessa taistellut niin urheasti, muutaman vuoden Intian maaherrana. Hänkin teki retken Punaiselle merelle, poiketen Massovan satamaan, jonne vietiin palaava abessinialainen lähetystö. Abessinia oli monta kertaa pyytänyt Portugalin apua muhamedilaisia vastaan, jotka uhkasivat kokonaan vallottaa maan ja tuhota sen vanhan kristillisen kirkon, mutta vasta v. 1542 Christopher da Gama, amiraali da Gaman nuorempi veli, saapui sinne, mukanaan 450 portugalilaista sotamiestä. Näitten avulla muhamedilaisten hyökkäys saatiin pysäytetyksi, mutta Gama itse joutui vangiksi ja menetti henkensä. Samaan aikaan Abessinia sai ensimäiset jesuittalaiset lähetyssaarnaajansa, jotka koettivat taivuttaa sen vanhaa kirkkoa yhtymään Rooman kirkkoon. Sequeira teki sotaretken Diutakin vastaan suurella laivastolla, mutta yritys meni myttyyn.

V. 1521, Manuelin seuraajan, kuningas Juhana III:nen hallituksen ensi vuotena, tapahtui Ormuksessa kapina, jossa toista sataa portugalilaista sai surmansa. Linna kuitenkin piti puoliaan. Ormuksen kuningas aikoi koko väkensä kanssa muuttaa pois kaupungistaan, mutta vihdoin saatiin aikaan sopimus ja kaikki jäi ennalleen.

Vasco da Gama varakuninkaana.

V. 1524 lähetettiin iäkäs Vasco da Gama vielä kerran Intiaan järjestämään sen rappiolle joutuneita oloja. Gama tuli varakuninkaan arvoisena ja alkoi ankarasti puhdistaa portugalilaisten siirtokuntain hallintoa, vaatien takaisin kaikki rahat ja tavarat, mitä oli eri verukkeilla anastettu kruunulta. Korkeitten virkamiesten täytyi maksaa takaisin suuria rahasummia ja kauppalaivain luopua tykeistään, joita ne olivat hankkineet kruunun varastoista suojakseen. Tämä toimenpide kuitenkin vaikutti, etteivät laivat enää uskaltaneet yhtä usein Intiaan purjehtia ja kauppa siitä kärsi. Vasco da Gama olisi epäilemättä paljon kohottanut Portugalilaisten rappeutuvaa mahtia, jos hän olisi saanut kauemmin vaikuttaa. Mutta hän kuoli jo samana vuonna ja haudattiin Kotshiniin, josta ruumis kuitenkin myöhemmin siirrettiin Portugaliin.

Eräs aikalainen kuvaa Vasco da Gamaa keskikokoiseksi mieheksi, rohkeaksi ja urheaksi yrityksissään, ankaraksi käskyissään, kamalaksi vihassaan, sitkeäksi vaaroissakin ja ankaran oikeamieliseksi tuomariksi. Uskonnollisesta innosta ja Portugalin kunnian vuoksi hän oli alati valmis vaaroihin antautumaan. Ritarillinen asekunnia ja kristinuskon levittäminen olivat hänen elämänsä päämäärät, niinkuin niin monen muunkin portugalilaisen ylimyksen. Monelle heistä, varsinkin jaloimmille, Intian sota oli pyhää sotaa, ristiretkeä kristikunnan perivihollista vastaan. On omituista, että samaan aikaan, kun Keski-Europpa oli uskonpuhdistukselle kypsynyt, Iberian niemimaan molemmat maat yhä hehkuivat samanlaista sammumatonta ritariaikaista uskonintoa ja taistelukiihkoa vääräuskoisia vastaan kuin ristiretkien parhaimpina aikoina. Tämä tuntuu pohjoismaalaisten mielestä käsittämättömältä, mutta on muistettava, että Espanja ja Portugal olivat saaneet katkerammin ja kauemmin kuin muu Europpa, Balkanin niemimaata lukuun ottamatta, kokea maurien sortoa omassa maassaan ja heidän rosvoretkiä rannoilleen. Ne olivat saaneet viimeiseen saakka kärsiä sitä, että tuhansia kansalaisia kitui Afrikan puolella maurien vankiloissa, taikka heidän orjinaan. Espanjasta viimeiset maurit karkotettiin vasta samana vuonna, jona Columbus lähti retkelleen. Ja yhä vielä täytyi Iberian niemimaan kansain olla ainiaan varuillaan, etteivät uskon viholliset meren takaa päässeet rantoja ryöstämään. Kirkolta ja vapaaehtoisilta ristisotureilta ne olivat saaneet pysyvää ja tehokasta apua kansallisessa vapaustaistelussaan sekä niiden avulla lopulta voittaneet. Kiitollisuus kirkkoa kohtaan oli siitä vilpitön ja pysyvä.

Nuno da Cunha.

Seuraavista kenraalikapteeneista oli Nuno da Cunha etevin. Hän saapui Intiaan v. 1529 ja hoiti laajan siirtomaavaltakunnan asioita lähes kymmenen vuotta hyvällä menestyksellä, vaikka hänkin sai ansioittensa palkaksi kuninkaansa kiittämättömyyden.

Nuno da Cunhan aikana vallotettiin vaihtelevien taisteluitten jälkeen Diu, jota sitten suuri turkkilainen laivasto koetti takaisin anastaa, vaikka turhaan. Bombay, Salsette saari ja Bassein liitettiin Portugalin alusmaihin. Mutta Cunhan seuraajaksi tuli Intiaan eräs Albuquerquen sisarenpojista, joka jo oli heikko vanhus eikä voinut mitään aikaan saada. Intia oli jo siihen määrään kuluttanut Portugalin voimia, ettei kotimaasta enää liiennyt riittävästi nuorta väkeä puolustamaan saavutettuja alueita ja pitämään maureja poissa Intian markkinoilta: sen vuoksi ruvettiin sinne nyt lähettämään rikoksentekijöitä. Siitä syystä taas monet portugalilaiset kapteenit erosivat ja palasivat Nuno da Cunhan keralla kotimaahan. Nuno da Cunhalle ei edes liiennyt valtion laivaa, jolla hän olisi päässyt palaamaan, vaan hänen täytyi vuokrata laiva. Matkalla hän sairastui, samoin kuin niin moni ennen häntä, joka oli Intian vaarallisessa ilmanalassa toiminut. Tuntiessaan kuoleman lähestyvän hän valalla todisti, ettei ollut koskaan anastanut kuninkaan omaisuutta muuta kuin sulttaani Bahadurin aarteesta viisi kultarahaa, joita hän oli aikonut kuninkaalle näyttää. Kun häneltä kysyttiin, halusiko hän tulla Portugaliin haudatuksi, niin hän vastasi: »Jos minä Jumalan tahdosta merellä kuolen, niin olkoon meri hautanikin. Isänmaa, joka kiittämättömänä on minut luotaan hylännyt, älköön luitanikaan kätkekö.» Matkalla Nuno da Cunha kuoli, verhottiin Kristuksen ritarikunnan viittaan ja upotettiin mereen. Se olikin hänelle onneksi, että hän merellä kuoli, sillä Portugalin hallitus oli jo lähettänyt häntä vastaan laivan nimenomaisella käskyllä, että hänet oli vangittava ja pantava kahleisiin. Mutta tämän miehen kanssa, joka samoin kuin kaikki parhaat edeltäjänsä, Vasco da Gamaa lukuun ottamatta, sai kuninkaan kiittämättömyyden palkakseen, vaipui Portugalilaisten maineaikakin hautaan.

Portugal oli näin hankkinut Intian rannikolla joukon kivilinnoja, mutta maata hallitsivat edelleenkin kotimaiset ruhtinaat. Portugal toisin sanoen tahtoi vallita meren ja kaupan, mutta ei sekaantua maitten sisäiseen hallintoon. Ainoastaan kolmella kohdalla oli anastettu maa-alueitakin pysyväksi omaisuudeksi, Diu, Goa ympäristöineen, ynnä Bassein ja Salsette-saari, jolla nykyinen Bombay on. Nämä paikat olivat kaikki pienillä saarilla rannikon edustalla, jotta niitä oli helpompi puolustaa. Taka-Intiassa Portugal omisti Malakan, mutta Malakka jo seuraavalla vuosisadalla menetettiin.

Portugalilaiset Molukeilla ja Kaukaisen Idän vesillä.