Retkikunnan varustaminen.
Kun tämän sopimuksen sisällys tuli tunnetuksi, niin huomasi Portugal äkkiä erehtyneensä, kun se oli ansiokkaan purjehtijan ja soturin arvottoman kohtelun kautta maasta häätänyt. Portugalin lähettiläs tahtoi parantaa erehdystä siten, että hän koetti saada Kaarlo V:ttä purkamaan sopimuksen, koska retken onnistumisesta muka oli oleva seurauksena, että molempien naapurivaltakuntien välillä syntyisi riita Maustesaarien omistuksesta. Mutta kun keisari pysyi päätöksessään, niin koettivat Portugalin asiamiehet vaikuttaa Magalhãesiin ja saada hänet luopumaan yrityksestä, luvaten hänelle loistavan korvauksen, jos hän palaisi isänmaansa palvelukseen. Kun Magalhães vastasi, että yritys nyt oli hänelle kunnia-asia, niin turvauduttiin panetteluihin. Miehistöä peloteltiin sillä, että varustettavat laivat muka olivat vanhat ja lahonneet ja että Magalhães aikoi merelle tultuaan kavaltaa koko laivaston Portugalille. Mutta kaikkia näitä keinoja käytettiin turhaan. Tosin ne espanjalaiset viranomaiset, joitten huolena retkikunnan varustaminen oli, kadehtivat sitä, että muukalainen oli johtajaksi määrätty, ja viivyttelivät monella tavalla valmistuksia. Mutta kun Magalhãesilla oli hallituksen varma kannatus, niin eivät virkamiesten estelyt ajan pitkään tehonneet. Lopulta Portugalin salaiset asiamiehet koettivat saada yrityksen kansankapinankin kautta tuhotuksi ja Magalhãesin murhatuksi. Siitäkin vaarasta hän pelastui. Mutta Ruy Faleiron Magalhães itsekkäästi pakotti luopumaan yrityksestä. Siitä tämä epäkäytännöllinen, haaveileva tähtitieteilijä niin loukkautui, että palasi kotimaahan. Portugalissa hänet vangittiin, ja vasta Kaarlo V:nnen välityksellä hän pääsi vapaaksi.
Magalhãesin laivastoon kuuluivat laivat »Trinidad», jota hän itse johti, »San Antonio», jossa päällikkönä oli Juan de Cartagena, »Concepcion», päällikkönä Gaspar de Quesada, »Victoria», päällikkönä Luis de Mendoza, ja »Santiago», päällikkönä Juan Serrão. Laivaväkeä oli kaikkiaan, upseeritkin mukaan luettuina. 270—280 miestä Näistä oli portugalilaisia 37, italialaisia 30, ranskalaisia 19, englantilaisia ja saksalaisia yksi kumpaakin kansallisuutta. Laivastossa oli siis verraten paljon ulkomaalaisia, ehkä joku enemmänkin, kuin on lueteltu. Varustukset olivat kaikkiaan tulleet maksamaan noin 1,250,000 markkaa nykyisen raha-arvon mukaan. Neljännesosan tästä summasta suoritti Haro niminen kauppias, suuren antverpeniläisen kauppahuoneen osakas, joka oli joutunut Portugalin kuninkaan vihoihin. Muutoinkin Magalhães oli Harolta saanut mitä parasta apua.
Magalhães ennen lähtöään teki testamenttinsa ja kirjotti Kaarlo V:ttä varten muistineen, jossa hän vielä täsmälleen esitti ratkaistavat maantieteelliset kysymykset: mistä Espanjan ja Portugalin vaikutusalueiden raja oli vedettävä ja kumman valtakunnan puolelle Molukit kuuluivat.
Matka Atlantin meren poikki.
20 p. syyskuuta 1519 laivasto nosti ankkurinsa San Lucarin satamassa, Guadalqvivirin suussa.
Magalhães antoi ennen lähtöä tarkan käskyn, että laivain piti purjehtia yhdessä, päällikön laiva etupäässä. Sitä varten poltettiin yöllä tulta johtajalaivan perässä, jotta toiset näkivät sen mukaan ohjata. Kun oli tuulen tai muun syyn vuoksi muutettava suuntaa, taikka vauhtia hiljennettävä, niin annettiin merkki kahdella tulella. Kolmella tai neljällä tulella ilmotettiin, kuinka paljon purjeita laivain tuli pitää. Erilaisilla tulilla tai tykinlaukauksella varotettiin matalikoista.
Magalhães ohjasi ensinnä Teneriffan kautta Viheriäniemen saarille, laskeakseen sieltä meren poikki Amerikan puolelle. Kapteenit olivat tästä eri mieltä ja varsinkin Cartagena, Magalhãesin jälkeen korkein päälliköistä, vaati suuntaa määrättäissä sananvuoroa. Magalhães jyrkästi epäsi tämän vaatimuksen, viitaten kuninkaan selviin määräyksiin.
Viheriäniemen ja sen saarien välitse edelleen kulkien tultiin päiväntasaajan seudun tyventöihin ja vaihteleviin tuuliin, eikä parissakymmenessä päivässä kuljettu kuin monias penikulma eteenpäin. Magalhães oli valinnut epäedullisen kohdan Atlantin meren poikki purjehtiakseen; sitä ei ole ihmettelemistä, suuret tukijärjestelmät olivat silloin vielä melkein tuntemattomat. Näiden tyvenien jälkeen oli sitten kokonainen kuukausi vastatuulia ja ankaria myrskyjä. Toisinaan vihurit olivat niin rajut, että raakapuiden päät koskivat aaltoihin ja kapteenit useamman kuin yhden kerran jo aikoivat hakata poikki mastot. Kaikki purjeet oli kääritty ja laskettiin paljain raakapuin tuulen mukana. Myrskyssä nähtiin usein Elmon tulia ja eräänä sangen pimeänä yönä näkyi »Trinidadin» päämastossa päälle kaksi tuntia liekki, joka paloi kirkkaasti kuin soihtu. Tämä sähköilmiö, jota merimiehet pitivät hyvänä enteenä, lohdutti heitä nyt niin suuresti, että he itkivät ilosta. »Ja kun se hylkäsi meidät», kertoo Pigafetta päiväkirjassaan, »niin se loi meidän silmiimme niin kirkkaan valon, että olimme neljännestuntia kuin sokeat, armoa huutaen ja luullen tuhomme tulevan».
Päiväntasaajan seuduilla vallitsivat ainaiset sateet Portugalilaisten suureksi ihmeeksi; nykyisin tiedämme, että sateet ja vaihtelevat äkkituulet kuuluvat siellä luonnonsääntöön, jonka vuoksi purjelaivat mikäli mahdollista päiväntasaajaa karttavat. Paljon haikaloja nähtiin, »suuria kaloja, joilla oli kamalat hampaat», ja niitä koukuilla pyydettiin. Mutta haikalat eivät merimiesten mielestä olleet hyviä syödä, — nykyään merimies ei millään hinnalla maistaisi haikalan lihaa, — pienemmät kuitenkin maistuivat paremmilta.