Kun matka Atlantin meren poikki edistyi näin hitaasti, niin vähennettiin jo miesten annoksia, kun pelättiin ruokavarain loppuvan. Vastoinkäymiset olivat omiaan kiihottamaan päällystön kesken vallitsevaa tyytymättömyyttä. Ennenkun oli kuljettu päiväntasaajan poikki Cartagenan laiva eräänä päivänä uhmaten tervehti johtajaa arvonimellä »kapteeni». Magalhães paikalla vaati, että häntä oli tervehdittävä »kenraalikapteenina». Cartagena antoi tähän vaatimukseen loukkaavan vastauksen, eikä seuraavana iltana tervehtinyt ensinkään. Magalhães ei sietänyt moista juonimista johtajavaltaansa vastaan, vaan kutsui kapteenit kokoon, antoi vangita Cartagenan ja erotti hänet virasta; Antonio de Coca nimitettiin Cartagenan laivan päälliköksi.
Brasiliassa.
Marraskuun 29 p. nähtiin vihdoin Brasilian ranta lähellä nykyistä Pernambucoa ja suunta käännettiin rannikkoa seuraillen etelää kohti. Rio Janeiron lahdessa viivyttiin pari viikkoa, vaikka se oli Portugalin aluetta, otettiin vettä ja ostettiin alkuasukkailta kaikenlaisia ruokatavaroita ja korjailtiin laivain kärsimiä vaurioita. Kaikenlaisella rihkamalla saaliin yllin kyllin ananashedelmiä, tapireja ja lintuja, sillä ruokatavarat olivat halvassa hinnassa. Pigafetta kertoo korttikuninkaalla ostaneensa kuusi kanaa. Kun Magalhãesin tullessa satoi ensi kerran pariin kuukauteen, niin alkuasukkaat siitä niin ihastuivat, että joukottain antoivat kastaa itsensä kristinuskoon. Rannalla pidettiin messu ja alkuasukkaat kokoontuivat sitä kuulemaan, »ja he olivat koko ajan polvillaan kädet ristissä niin hartaina, että sitä oli ilo ja samalla säälikin katsella.»
Vereksillä eväillä hyvin varustettuna laivasto 26 p. jouluk. lähti uudelleen matkaa jatkamaan. Sitä ennen koetettiin kuitenkin kuun ja Jupiterin asennoista Regiomontanuksen tähtitaulujen avulla määrätä Rio de Janeiron maantieteellinen pituusaste, mutta yritys ei näy onnistuneen.
La Platan suistamo.
Tammikuun 10 päivänä saavuttiin La Plata joen suistamolahteen, jonka rannalla eräs hatun näköinen kukkula sai nimeksi Monte Vidi; tästä on perinyt nimensä Uruguayn pääkaupunki Montevideo. Tosin tiedettiin, että jo Solis oli tästä lahdesta turhaan etsinyt salmea, mutta kun lahti on laaja, niin Magalhães päätti etsiä sen vielä tarkemmin. Laivasto kävi ankkuriin ja pieni »Santiago» lähetettiin tutkimusretkelle. Parin viikon kuluttua se palasi takaisin sillä tiedolla, että lahden pohjaan tosin purkautui suuria jokia, mutta ettei siellä mitään salmea ollut. Laivasto siis kohotti ankkurinsa helmikuun ensi päivinä ja lähti jatkamaan matkaa etelää kohti aivan tuntemattomille vesille.
Patagonian rannikolla.
Patagonian rannikolla on useita melkoisia poukamia, ja ne oli kaikki rantoja seuraillen etsittävä, sillä kun ei manteren leveyttä tiedetty, niin saattoi etsitty salmi olla niin kapea, ettei sitä etäämpää mereltä olisi huomannut. Semmoinen tarkka etsiminen, pitkin rantoja purjehtiminen, luonnollisesti vei paljon aikaa. Kesken hakua päättyi eteläisen pallonpuoliskon kesä ja Magalhãesin täytyi jäädä Patagonian kolkolle vilulle rannalle talvea viettämään.
Se rannikko, jolle retkikunta oli joutunut, on varmojakin karttoja seuraaville purjehtijoille vaarallinen. Sen vaarat ovat rantameren mataluus, kovat ja oikulliset merivirrat ynnä äkkituulet, »pamperot», jotka odottamatta ja hirmumyrskyn voimalla hyökkäävät laivain kimppuun sisämaan lakeuksilta. Purjehdusvaikeuksia vielä lisää satamain puute, sillä vaikka onkin avoimia laajoja poukamia, niin ei kuitenkaan ole ainoatakaan satamaa. Laivain täytyy hädän tullen kestää aavalla merellä, taikka koettaa pysyä ankkurien turvissa lakean puuttoman rannan edustalla. Monta kertaa oli Magalhãesin laivasto vähällä kärsiä haaksirikon, ennenkuin se Patagonian rannoista selvisi.
Helmikuun 12 p. oltiin tavattoman vaikeassa myrskyssä, ukkonen pauhasi ja salamat leiskuivat, mutta vaaran ollessa suurimmillaan ilmestyivät jälleen mastoihin Pyhän Elmon tulet, ja nämä lohduttivat miehistöä, ja moni, joka oli niitä pitänyt naurun arvoisina, uskoi nyt niihin. Seuraavana päivänä oltiin niin matalassa vedessä, että »Victoria» monta kertaa koski pohjaan. Laskettiin kauemmaksi merelle, eikä sitten moneen päivään nähty rantaa. 24 p. helmik. oltiin Mathias poukaman suulla ja laskettiin siihen salmen toivossa. Mutta salmea ei löytynyt, vaan oli palattava merelle. Ilma kävi lähestyvän talven vuoksi yhä kylmemmäksi ja myrskyt ajoivat laivat hajalleen, niin etteivät ne päiväkausiin nähneet toisiaan. Mutta kuta kauemmaksi etelään kuljettiin, sitä runsaammin alkoi rannikolla olla pingvinejä ja hylkeitä. Eräs venekunta, joka oli lähtenyt maihin vettä ottamaan ja hylkeitä tappamaan, ei päässytkään yöksi palaamaan, ja se olisi kuollut viluun, elleivät miehet olisi keksineet sitä keinoa, että ryömivät tappamainsa hylkeitten alle makaamaan, kunnes sää asettui, niin että voitiin palata laivoihin. »Trinidad» menetti myrskyssä kaikki ankkurinsa yhtä lukuun ottamatta ja oli vähällä ajautua kallioihin. Tuskin oli siitä myrskystä päästy, niin alkoi toinen, jota kesti kolme päivää. Se repäsi »Trinidadista» sekä keula- että peräkannen huoneet, mutta vaaran ollessa suurimmillaan ilmestyivät pyhät tulet mastoihin, taas luotettiin pelastukseen — ja pelastuttiin. Mutta vaikka vastukset olivat näin suuret, niin näyttivät ne kuitenkin vain yhä yltyvän, kuta kauemmaksi matkaa jatkettiin. Eräässä ahtaassa lahdessa, jonka arveltiin ehkä sopivan talvisatamaksi, yllätti kuusi päivää kestävä myrsky, kaikkia edellisiä kamalampi. Vene, joka oli lähetetty maihin vettä ottamaan, ei päässytkään palaamaan, ja miesten täytyi elää se aika simpukoilla, kunnes pelastus vihdoin saapui. Lahti sai nimekseen »Vaivain lahti». Vasta 31 p. maalisk. löydettiin satama, johon voitiin jäädä talveksi. Se oli Pyhän Julianon lahti Patagonian rannikon eteläosissa, noin 350 kilometrin päässä siitä niemestä, josta Magalhãesin salmi alkaa. Satama oli turvallinen ja kaloja runsaasti, mutta sitä synkemmäksi kävi talvi rettelöiden vuoksi.