Lokakuussa Magalhães päätti kevään edistyneen siksi pitkälle, että hän saattoi lähteä matkaa jatkamaan. Kun otaksuttiin salmen olevan lähellä, niin seurattiin rannikkoa niin läheltä kuin mahdollista. Lokakuun 21 p. nähtiin rannassa aukko, joka näytti johtavan lahteen. Niemi sai nimekseen Cabo de las Virgenes ja lahti oli kauan etsitty salmi! Sen olemassa oloa oli kauan aavistettu, niin että se kumma kyllä on piirretty muutamiin tätä retkeä aikaisempiin karttoihinkin. Mutta tuskin oli siltä kukaan ennen Magalhãesia niin pitkällä käynyt. Luultavasti olivat kartanpiirtäjät otaksuneet Amerikan ulottuvan etelään päin jotenkin yhtä pitkälle kuin Afrikakin ja niille vaiheille salmen piirtäneet sen ja tuntemattoman Etelämaan välille, jonka olemassa olosta, Ptolemaioksen maantieteeseen luottaen, oltiin aivan vakuutettuja.
Magalhães lienee ollut itse ensimäinen, joka huomasi hänen mukaansa nimitetyn salmen, taikka ainakin arvasi sen oikean luonteen. Hän lähetti »Concepcionin» ja »S. Antonion» sitä edeltäkäsin tutkimaan ja kävi itse »Victorian» keralla ankkuriin, odottaakseen niitten palaamista. Pian nousi taas moinen kamala äkkimyrsky, jotka niissä seuduin ovat niin tavallisia, ja molemmat tiedustelulle lähteneet laivat olivat vähällä kärsiä haaksirikon. Myrskyn asetuttua ne tulivat salmen ensimäiseen kaventoon, purjehtivat sen kautta, tulivat väljemmälle vedelle, löytäen sen takaa toisen ahtaamman kohdan, josta miehistöt näkivät eteenpäin salmea niin kauas kuin katse kantoi etelää kohti. Siitä he palasivat takaisin kertomaan tiedustelunsa tuloksista. Magalhães oli jo pelännyt heidän kärsineen haaksirikon. Sitä suurempi oli ilo, kun he viisi päivää poissa oltuaan äkkiä ilmestyivät salmeen, täysin purjein tullen ja kaikki liput liehumassa, tykeillä ampuen ja huutaen. Odottavat miehistöt arvasivat sanoman, yhtyivät riemunosotuksiin ja kiittivät Jumalaa ja Pyhää Neitsyttä. Ripeästi kohosivat ankkurit ja kaikki laivat saattoivat vihdoin kääntää keulan länttä kohti, ohjata väylään, jota niin hartaasti oli etsitty, joka niin suurien vaivain jälkeen oli löydetty, — joka piankin oli juonillaan melkoisessa määrin laimentava löytäjäin iloa, sillä tämä salmiväylä on vielä tänä päivänä purjehtijoille maailman vaikeimpia. Tiedustelijat olivat päättäneet salmen johtavan toiseen mereen, koska se oli kauttaaltaan niin syvää, ettei pohjaa toisin paikoin ensinkään tavattu, kosk’eivät vuorovedet olleet semmoisia, kuin ne olisivat lahdessa olleet, ja koska lisäksi vesi oli kovin suolaista. Magalhães kysyi päälliköittänsä mielipidettä matkan jatkamisesta. Kaikki, »S. Antonion» luotsia Gomesia lukuun ottamatta, tahtoivat nyt purjehtia eteenpäin. Gomes, vaikka oli johtajan maanmies, oli hänen kanssaan vihoissa; mutta kieltämättä hän myös esitti pätevät syyt mielipiteelleen. Hän arveli, että kun salmi nyt oli löydetty, niin oli viisaampaa palata Espanjaan ja tulla vereksin voimin, suuremmalla laivastolla, löydettyä tietä edelleen purjehtimaan, sillä eihän tietty, kuinka pitkä matka salmesta vielä oli Molukeille. Magalhães sitä vastoin, joka ehkä arveli palaamalla menettävänsä retkensä hedelmät — tavallistahan oli uskoa uuden retkikunnan johto jollekulle toiselle — vaati matkaa jatkamaan ja jatkamaan, »vaikkapa täytyisi syödä nahka purjepuista». Innostus laivastossa oli nyt niin yleinen, että kaikki olivat hänen puolellaan. Molukkien luultiin jo olevan hyvinkin lähellä, jonkun lyhyen viikon purjehdusmatkan päässä vain. Jos olisi voitu arvata, mikä todella edessäpäin odotti, ja kuinka sana sanalta Magalhãesin uhittelu nahkan syömisestä toteutuisi, niin tuskinpa olisi matkan jatkamisesta tullut mitään.
Magalhãesin salmi.
Salmi, johon laivat nyt tunkeutuivat, on noin 600 kilometriä pitkä, täynnään vuonomaisia haaroja ja umpikujia, mutkainen, äkkituulinen, myrskyinen, vaikka yleiseen puhdasväyläinen. Kahden puolen kohoavat korkeat synkät vuoristot, toiset kukkulat parikin tuhatta metriä korkealle. Kun lumiraja täällä Etelä-Jäämertä läheisessä meri-ilmastossa on hyvin matalalla, niin on kahden puolen melkein yhtämittaiset jonot lumituntureita syvine pääsemättömine rotkoineen ja glasiereineen, joista toiset ovat kuin jäätyneitä Niagaroita, toiset, rinteillä päättyvät, kuin valtavia lasiseiniä rosoisien mustien kalliojyrkänteiden tai synkkien elottomien laaksojen päällä. Maisemat ovat samalla yksitoikkoiset ja jylhän mahtavat. Ilman tietoa siitä, mitä edessä oli, mikä sola monesta lännen merelle johti, oli ensimäisten purjehtijain tehtävä niin vaikea, että sen suorittaminen on omiaan vielä tänä päivänä ihmetyttämään. Usein heidän täytyi päiväkausia luovittuaan ja taisteltuaan palata samaa tietä takaisin, kun sola lopulta päättyikin joko äkkijyrkkään kalliomuuriin tai kääntyi aivan toivottomalle suunnalle. Magalhãesin salmen länsiosissa, jossa vesi syvyytensä ja vuorien synkkien varjojen vuoksi on melkein pikimustaa, raivoaa melkein yhtämittainen myrsky, taivas on ainiaan synkässä pilvessä, ilma sameata ja huuruista. Tavallisesti tuuli puhaltaa lännestä ja salmessa käy silloin voimakas virta samaan suuntaan, mutta väylät ovat niin ahtaat, että luovimiseen tuskin on joka paikassa tilaa. Paljailta vuorilta syöksyvät myrskyvihurit rajulla voimalla vuonoihin ja kohottavat veden lyhyiksi jyrkiksi aalloiksi, joita merimiehet ovat ruvenneet sanomaan »pirunaalloiksi», ne kun ovat varsinkin purjelaivalle vaaralliset.
Salmen etelärannoilta näkyi usein yöllä valkeita, ja sen vuoksi sen puoleinen maa sai Tulimaan nimen, joka sillä yhä vielä on. Kun oli purjehdittu 50 penikulmaa, niin tultiin paikkaan, jossa haarautui väyliä monelle suunnalle; oli lähetettävä laivoja kutakin tutkimaan. Magalhãesin oma laiva sillä välin kalasti ruokavarain apua, sillä ruokavaroja ei ollut enää kuin kolmeksi kuukaudeksi. »S. Antonio» laski täysin purjein kaakkoa kohti kulkevaan vuonoon, odottamatta »Concepcionia», jonka piti alkumatka kulkea sen kanssa yhdessä. »S. Antoniolla» oli petos mielessään — se palasikin takaisin Espanjaan. »Trinidadin» suuri vene, joka oli lähetetty tutkimaan luoteeseen päin kulkevaa vesisolaa, palasi jo kolmantena päivänä takaisin sillä tiedolla, että se oli löytänyt paikan, josta salmi kääntyi mereen. Tämän ilosanoman saatuaan Magalhães lähetti »Victorian» etsimään »S. Antoniota» ja jättämään ennen sovittuun yhtymäpaikkaan kirjeen, jossa ilmotettiin laivaston matkan jatkosta. Mutta »S. Antonio» ei enää palannut. Laivaväki oli luotsi Gomesin kannatuksella tehnyt kapinan kapteeniansa, portugalilaista Mesquitaa vastaan, jota syytettiin siitä, että hän Juliano lahdessa oli neuvonut Magalhãesia julmuuteen kapinoitsijoita vastaan. »S. Antonio» aikoi paluumatkalla poiketa Juliano-lahteen pelastamaan Juan de Cartagenan ja papin, joka oli hänen kerallaan maihin viety; mutta joko poikkeusta ei tapahtunut taikka ei maalle jätettyjä enää löydetty. Joku sen ajan kirjailija tosin väittää, että molemmatkin olisivat tällä tavalla palanneet takaisin, mutta tieto tuskin on luotettava. Kotimaassa »S. Antonion» miehet levittelivät Magalhãesista kaikenlaisia parjauksia, ja Mesquita sai uskollisuutensa palkaksi olla vankeudessa aina siihen saakka, kunnes maapallon toiselta puolelta saapui tietoja tositapauksista. Silloin hän pääsi vankeudesta ja sai palkinnoista osansa. Magalhães oli siten menettänyt toisenkin laivan. Eikä hänellä paitsi lankoaan Duarte Barbosaa, enää ollut montakaan miestä, joihin saattoi ehdottomasti luottaa. Jos hän nyt olisi kutsunut upseerinsa neuvotteluun, niin hänet ehkä olisi kumoon äänestetty. Siitä syystä hän pyysi heidän kirjallista mielipidettään, oliko viisaampaa jatkaa matkaa, vaiko palata takaisin. Päätöksen hän kuitenkin lupasi itse tehdä, silmällä pitäen, mitä laivain turvallisuus ja kuninkaan etu vaativat. Vastauksissa, ainakin toisissa, huomautettiin ruokavarain vähyyttä ja muitten varustusten puutetta mutta ei kuitenkaan suoraan vastustettukaan matkan jatkamista. Magalhães antoi seuraavana päivänä käskyn nostaa ankkurit. Oikealla' puolella oleva maa selväänkin oli mannermaata, vasemmalla puolella olevaa luultiin saareksi, koska sen poikki kuului kuin avoimen meren rantapauhua. Varovaisesti purjehdittiin ahtaita vuonoja eteenpäin, edellä veneet, jotka mittailivat väyläin syvyyttä, yöksi ankkuroiden. Viidentenä päivänä vihdoin saavuttiin salmen suulle. Tykeillä ammuttiin ilolaukauksia, kun Cabo Deseadon kohdalla lännessä avautui aava Tyyni meri. Salmen purjehtimiseen oli kulunut kolme viikkoa, mutta jos tästä ajasta vähennetään ne päivät, jotka oli odotettu, niin oli varsinainen purjehdusaika 12 päivää.
Matka Tyynen meren poikki.
Tyynelle merelle tultua kuoli toinen anastetuista patagonialaisista. Hän oli vähitellen alistunut kohtaloonsa ja ollut hyvin avulias opettamaan kieltään espanjalaisille. Kun hän tunsi pahoin sairastuneensa, syleili ja suuteli hän ristiä ja halusi tulla kristityksi. Hänet kastettiin ja nimeksi annettiin Paavali.
Kuta pohjoisemmaksi tultiin, sitä leudommaksi muuttui ilma, tuuli suotuisammaksi, niin että kestetyt vaivat melkeinpä unohdettiin. Äkkinäisten rajujen myrskyjen sijasta kuljettivat tasaiset tuulet laivastoa yli rauhaisan merenpinnan, ja kiitokseksi tästä ystävällisestä vastaanotosta meri sai Tyynen meren nimen. Kolmeen kuukauteen kahteenkymmeneen päivään ei kohdattu ainoatakaan myrskyä.
Aluksi purjehdittiin Patagonian jylhää länsirannikkoa seuraillen, kuitenkin kaukana siitä ulapalla. Kalain paljous hämmästytti merimiehiä. Italialainen aatelismies Pigafetta, joka oli retkellä mukana ja säännöllisesti pitämänsä päiväkirjan mukaan siitä kirjotti täydellisimmän kertomuksen, kuvaa »albacores» ja »bonitos» kaloja, jotka ajoivat takaa »colondrineja» (pääskyjä s.o. lentokaloja). »Takaa ajettuina nämä hyppäävät vedestä ja lentävät nuolen kantaman — niin kauan kun siivet ovat tuoreet — ja sukeltavat sitten taas mereen. Mutta takaa-ajajat seuraavat niiden varjoa ja tultuaan sille paikalle, jossa ne putosivat, hyökkäävät niiden kimppuun ja syövät suuhunsa — se oli aivan ihmeellistä ja hupaisaa katsella.»
Joulukuun 16 p. muutettiin suuntaa. Magalhães arveli purjehtineensa kyllin kauas pohjoiseen, voidakseen kääntyä suoraan Molukkeja kohti. Suunta sen vuoksi käännettiin 37:nnen eteläisen leveysasteen vaiheilta luoteiseksi. Mutta vanhat auktorit tuottivat Magalhãesillekin pahoja pettymyksiä, samoin kuin häntä ennen Columbukselle ja vielä monelle hänen jälkeensäkin. Hän oli pahoin erehtynyt Tyynen meren laajuudesta. Kului päivä päivän jälkeen, mutta maata ei vain näkynyt, ei muuta kuin meren ääretön laaja pinta. 24 p. tammik. 1521, lähes kahden kuukauden purjehtimisen jälkeen, vihdoin nähtiin pieni puita kasvava saari, mutta se oli asumaton. Kun meri oli niin syvä, ettei luoti pohjannut, niin jatkettiin vain matkaa. Yhdentoista päivän kuluttua nähtiin jälleen maata, mutta sekin oli yhtä pieni ja asumaton saari kuin edellinen. Se sai »Haikalasaaren» nimen.