»Trinidad» ja »Victoria» lähtivät sitten Maustesaaria hakemaan, harhaillen kauan tässä laajassa saaristossa, ennenkuin perille löysivät. Carvalhon ja Espinosan johdolla purjehdittiin ensinnä etelään Mindanaoon ja sieltä Cagayaniin lähelle Borneota, jossa tavattiin Borneosta karkotettuja maureja. Sitten kuljettiin koillista kohti Palavaniin, yhä Maustesaarien haussa, ja saatiin sieltä ruokavaroja. Tämän jälkeen palattiin taas Borneoon, Bruneihin, joka oli mereen paaluille rakennettu ja melkoinen kaupunki. Espanjalaiset tekivät siellä kauppaa, kävivät kuninkaan palatsissakin, elefanteilla ratsastaen, mutta sitten syntyi selittämättömän väärinkäsityksen kautta kahakka ja vahingosta viisastuneina he näkivät viisaimmaksi lähteä pois. Pari merimiestä jäi Bruneihin — he ehkä olivatkin karkureita, — mutta Espanjalaisetkin puolestaan saivat käsiinsä useita ylhäisiä bruneilaisia, joista Carvalho salaa korkeita lunnaita vastaan päästi pois etevimmän, pitäen itse rahat.
Borneosta purjehdittiin jälleen itää kohti ja tultiin Mindanaon eteläpäähän, ja vasta sieltä ohjattiin etelää kohti Molukeille, jonne vihdoin saavuttiin 8 p. marrask. 1521. Matkalla oli oltu kaikkiaan kaksi ja neljännes vuotta, ennenkuin vihdoinkin voitiin käydä ankkuriin Tidorin satamassa tykkien paukkuessa, lippujen liehuessa ja juhlallisen hymnin kohotessa ilmaan. Portugalilaiset olivat levitelleet semmoista huhua, että muka Molukit olivat matalassa meressä, että sumut ja kaiut haittasivat purjehdusta, mutta Espanjalaiset nyt huomasivat nämä puheet vääriksi, sillä väylät päin vastoin olivat puhtaat ja syvät.
Tidorin radsha otti Espanjalaiset suurella riemulla vastaan ja teki heidän kanssaan mielihyvällä mitä edullisimman kauppasopimuksen, sillä Espanjalaiset maksoivat mausteista paljon korkeammat hinnat kuin Portugalilaiset, jotka olivat asettuneet Ternateen, Tidorin kilpailijan luo. Espanjalaiset sen kuultuaan lähettivät Portugalilaisten luo airueen, kehottaen heitä saapumaan rauhalliseen neuvotteluun; mutta sen Portugalilaiset kielsivät, koska se muka olisi loukannut Ternaten hallitsijaa. Tämä kuitenkin sittemmin antoi luvan, ja Portugalin kauppa-asiamies Lorosa, joka oli oleskellut Intiassa kymmenen vuotta, tuli Espanjalaisten vieraaksi, ihmetellen kovasti, että he olivat maksaneet niin korkeita hintoja. Samalla hän kertoi, että Manuel kuningas oli lähettänyt laivoja sekä La Plata joelle että Hyvän toivon niemen edustalle Magalhãesin laivastoa pidättämään, jota paitsi Intiasta käsin piti lähetettämän Molukeille kuusi sotalaivaa, estämään Magalhäesia sinne pääsemästä; mutta sota Turkkilaisia vastaan oli vaikuttanut, että nämä laivat tarvittiinkin Punaisella merellä.
»Victoria» purjehtii maan piirin umpeen.
Joulukuun puolivälissä »Trinidad» ja »Victoria» olivat ottaneet täydet maustelastit ja lähteneet rannasta uusin purjein, joissa oli Galician Pyhän Jaakopin risti ja kirjotus: »Tämä on meidän onnemme kuva.» Mutta silloin »Trinidad» odottamatta sai vuodon, jota eivät radshan sukeltajat voineet tukkia. »Victorian» oli lähdettävä yksin matkaan ja »Trinidad» oli purettava korjausta varten. 21 p. joulukuuta »Victoria» lähti merelle, kevennettyään kuormaansa jonkun verran, koska laiva oli ottanut liian paljon mausteneilikoita. Päällikkönä oli nyt Sebastian del Cano, laivaväkeä oli 47 europpalaista ja 13 intialaista. Ensin poikettiin Burussa, sitten Ombaissa ja Timorin pohjoisrannalla ottamassa ruokavaroja ja vettä. Jaavan eteläpuolitse purjehdittiin edelleen niin kauas etelään, että nähtiin Amsterdam-saari, joka on Intian meren eteläosassa, Afrikan ja Australian keskivälillä. Ehkä kuljettiin hyvinkin läheltä Australian ohi. Tämä poikkeus tavallisesta väylästä aivan tuntemattomille vesille tapahtui tietysti väjyvien Portugalilaisten välttämiseksi; ehkä del Cano lisäksi toivoi tällä matkalla löytävänsä »Kulta- ja Hopeasaaret», joilla saataisiin heittää kallis maustelasti mereen ja poimia laiva täyteen puhtaita kultanokareita.
Pitkä matka alkoi vihdoin uuvuttaa sekä laivaa että miehistöä.⁻ Huhtikuun 3 p. täytyi jälleen, samoin kuin usein ennenkin, kääriä kaikki purjeet ja ruveta alusta korjaamaan. Se vuoti melkoisesti. Miehistö, niin kauan kuumassa ilmanalassa oltuaan, alkoi kärsiä vilusta. Liha oli pahentunut, niin ettei sitä enää voinut syödä; suolan puute oli estänyt sitä kunnolla säilyttämästä. Ei ollut muuta syötävää kuin riissiä. Taudit alkoivat tehdä tuhojaan ja lopulta oli yleinen heikkous siihen määrään vallalla, että paljon ajateltiin, eikö pitänyt purjehtia portugalilaiseen Mosambikiin apua saamaan. »Mutta suurempi osa meistä piti kunniaa vielä henkeäkin kalliimpana», lausuu Pigafetta, »ja sen vuoksi päätimme pyrkiä suoraan Espanjaan, tuli mikä tuli.»
Neljättäkymmenettä ja neljättäkymmenettäensimäistä leveyspiiriä seuraillen purjehdittiin edelleen länttä kohti, purjehdittiin kokonainen kuukausi, sillä oltiin länsituulien vyöhykkeessä ja siis vastatuulissa. Toukokuun 8 p. vihdoin tavattiin Etelä-Afrikan korkea ranta ja käytiin seuraavana päivänä ankkuriin. »Victoriassa» oli luultu, että jo aikoja sitten oltaisiin Hyvän toivon niemen ohi. Toukokuun 16 p. menetettiin Agulhas-niemen edustalla kovassa myrskyssä etumaston latva ja raakapuu. Kun oli niemen ohi päästy, poikettiin maihin korjaamaan. Sitten lähdettiin jälleen vaivalla eteenpäin taistelemaan, vaikka keripukki ja nälkä olivat vieneet melkein kaikki voimat. Lähes kolmasosa europpalaisista oli kuollut sen jälkeen kun Molukeilta lähdettiin, kolmestatoista intialaisesta yhdeksän. Pigafetta oli melkein ainoa, joka oli yhä vieläkin terve. »Me huomasimme ihmeellisen asian», hän sanoo, »ruumiita mereen heittäessämme. Kristityt jäivät veteen kasvot taivasta kohti — mutta intialaiset kääntyivät kasvot alaspäin.»
Afrikan länsirannalla luoviminen päättyi, ja saatiin taas purjehtia myötämukaisilla tuulilla. Kesäk. 8. p. kuljettiin päiväntasaajan poikki, mutta laiva oli niin kaikin puolin rappeutunut, että arveltiin aivan mahdottomaksi purjehtia Viheriän niemen saaria kauemmaksi. Vaikka ne olivatkin Portugalilaisten hallussa, päätettiin sen vuoksi poiketa maihin korjaamaan ja varsinkin ruokavaroja saamaan. Laskettiin siis S. Jagon satamaan ja sanottiin oltavan paluumatkalla Amerikasta. Muun muassa tiedusteltiin viikon päivää, sillä tahdottiin verrata, oliko laivalla päivät oikein merkitty. »Se meitä kovin kummastutti», kertoi Pigafetta, »että heillä oli torstai, vaikka meillä laivalla vasta oli keskiviikko. Ja kuitenkin olin joka päivä merkinnyt tapaukset päiväkirjaani, koska alati olin terve. Vasta myöhemmin saimme tietää, ettemme olleetkaan erehtyneet, emmekä jättäneet yhtä päivää lukuun ottamatta, vaan että semmoinen ero syntyy, kun purjehditaan maan ympäri lännen kautta itään. Silloin aika lyhenee yhden päivän niihin verraten, jotka ovat samalla paikalla.»
Kun »Victorian» vene souti maihin kolmannen kerran, pidätettiin se, koska maissa sillä välin oli saatu selville, että laiva olikin Magalhãesin laivoja. Sebastian del Canoa vaadittiin antautumaan. Viipymättä hän kuitenkin nosti ankkurin, jättäen miehet maihin, ja saapui onnellisesti Guadalquivirin suuhun, S. Lucarin satamaan. Ainoastaan kahdeksantoista miestä oli jäljellä koko retkikunnasta, nekin suureksi osaksi sairaina. 8 p. syyskuuta saavuttiin Sevillaan. Seuraavana päivänä »Victorian» miehet, s.o. ne jotka kävelemään pääsivät, kulkivat juhlallisessa saatossa Santa Maria del Antiguan kirkkoon kiittämään onnellisesta palaamisesta. Sitten lähti koko palannut joukko kuninkaan luo Valladolidiin. Del Cano miehineen otettiin armollisesti vastaan ja sai vaakunakilven, jossa sulkatöyhdön päällä oli maapallon kuva ja kirjotus Primus circumdedisti me (ensimäiseksi kuljit minun ympärini). Pigafetta tässä tilaisuudessa antoi kuninkaalle omakätisen päiväkirjansa. Mainitsemista ansaitsee, että vaikka niin monta laivaa oli menetetty, niin oli kuitenkin »Victorian» tuoma kuorma niin arvokas, että se korvasi koko retkikunnan kustannukset.
Transsylvanus lausuu julki ne ihailun ja ylpeyden tunteet, joita tämä matka herätti, seuraavin sanoin: »Miehemme totisesti ansaitsevat ikuisen kunnian suuremmalla syyllä kuin Argonautit, jotka Jasonin kanssa purjehtivat Kolkhiiseen, ja paremmin heidän laivansa (Victoria) ansaitsisi paikan tähtitarhoissa kuin Argo.»