Mutta samalla välikirja velvotti Pizarroa hankkimaan yritykseen vähintäin 250 miestä, joista vain 100 saatiin ottaa siirtomaista. Ja tätä ehtoa hänen oli vaikea täyttää, vaikka sai apua Cortekseltakin, joka siihen aikaan oli Espanjassa. Peläten yrityksen tämän vuoksi haaksirikkoon joutuvan hän lähti matkaan salaa San Lucarin satamasta, Guadalquivirin suusta, tammikuussa 1530, vaikka vajanaisin voimin. Vähän myöhemmin lähtivät hänen veljensä Hernando, Juan, Gonzalo ja Martinez de Alcantara, ja kaikki yhtyivät Gomeran luona Canarian saaristossa. Yhdessä purjehdittiin sitten meren poikki Panamaan. Almagro ja Luque olivat kovin tyytymättömiä uuteen välikirjaan, heidän asemansa kun oli siinä määrätty kokonaan toisarvoiseksi. Pizarro syytti Espanjan hallitusta, mutta ei voinut saada yhtiömiehiään vakuutetuiksi omain aikeittensa rehellisyydestä. Almagro tosin pysyi yrityksessä osallisena, mutta luottamus oli hävinnyt, sijaan oli astunut vihamielisyys, joka tuon tuostakin puhkesi ilmi, ja tämä riita se monen vaiheen jälkeen vihdoin tuotti kummallekin conquistadorille niin surkean kuoleman.
Kolmas retki.
Panamasta lähdettiin tammikuussa 1531 kolmella laivalla, joissa oli 180 miestä ja 37 hevosta.
Vastaiset tuulet hidastuttivat matkaa. Nykyisen Equadorin pohjoisrajalla mentiin maihin ja vallotettiin eräs kaupunki, josta saatiin paljon kultaa, hopeaa ja smaragdeja. Viidennes saaliista määrättiin kruunun osaksi, loput jaettiin retkeläisten kesken kunkin arvon mukaan. Panamaankin Pizarro lähetti melkoisen summan, houkutellakseen enemmän väkeä. Sieltä tuli muutama kymmenkunta miestä, mutta enemmän tarvittiin. Pizarro lähti Guayaquilin lahdessa olevaan Punan saareen odottamaan lisää väkeä. Punan asukkaitten kanssa elettiin ensinnä hyvässä sovussa, kunnes vastapäätä mannerrannalla olevan Tumbezin asukkaat, jotka elivät Punalaisten kanssa riidassa, saivat Pizarron uskotelluksi, että nämä aikoivat hyökätä hänen kimppuunsa ja tuhota kaikki Espanjalaiset. Samoin kuin Cortes Cholulassa Pizarrokin päätti ennättää ennen. Punan päälliköt vangittiin ja mestattiin. Väestö siitä raivostuneena teki suuren hyökkäyksen, mutta voitettiin. Pian tämän jälkeen saapui 100 miestä lisäväkeä, jotka oli pestannut etevä ritari Hernando de Soto, ihastuneena Panamaan lähetetyistä smaragdeista. Vahvistunein voimin Pizarro lähti Tumbeziin. Tämä kaupunki olisi nyt luultavasti ryöstetty, sillä seikkailijain kullannälkä kiihtyi yhä enemmän, kuta enemmän aika kului, mutta se oli sillä välin aarteensa menettänyt, kurakan selityksen mukaan Punan raakalaisheimojen hyökkäyksen kautta. Tähän ei kuitenkaan ollut ehdottomasti luottamista, sillä Tumbezilaiset näyttivät lähteneen Espanjalaisia pakoon ja kuultuaan heidän ryöväyksistään pohjoisempana ehkä olivat vieneet aarteensa kätköön. Osa palasi takaisin Pizarron rauhottavien vakuutuksien jälkeen. Heiltä kysyttiin, mikä oli tullut Alonso de Molinan ja toisen heidän luokseen jääneen ritarin kohtaloksi, mutta vastaukset olivat vältteleviä. Toiset sanoivat heidän kuolleen tarttuvaan tautiin, toiset saaneen surmansa, kun olivat ahdistaneet intianien naisia. Sen parempaa tietoa ei heidän kohtalostaan milloinkaan saatu.
San Miguel.
Vaikka muutamia espanjalaisia murhattiin Tumbeziin maihin noustaessa, niin ei Pizarro kuitenkaan kostanut, koska hän älysi lempeyden välttämättömäksi, niin kauan kuin hänen voimansa olivat niin vähäiset. Hän ylläpiti sen vuoksi toistaiseksi ankaraa mieskuria. Peläten enemmän odotuksen vain lisäävän joukkonsa tyytymättömyyttä hän lähti kulkemaan maisin etelää kohti. Matkalla hän kaikkialla valtasi maan Espanjan kruunun nimeen. Väestö, joka ei tuota muodollisuutta käsittänyt, salli sen tapahtua. Tangararan laaksoon, nykyisen Perun pohjoisosaan, perustettiin San Miguel siirtokunta, tukikohdaksi vastaisille toimille. Siirtokunta vähän myöhemmin muutettiin terveellisempään paikkaan Piuran laaksoon, joka oli parisataa kilometriä Tumbezista eteläänpäin. Uuteen kaupunkiin rakennettiin kivestä taloja, yleisiä rakennuksia ja muurit ja asetettiin virkamiehet ikäänkuin espanjalaiseen kaupunkiin ainakin. Kaupungin espanjalaisille jaettiin ympäristöstä maita ja maaorjia tavallisen repartimiento-järjestelmän mukaan; mutta aluksi kohdeltiin väestöä paljon paremmin kuin olisi Panaman verikoiralta odottanut. Pizarro oli viisas, vaikka sydämetön.
Pizarro sai tällä retkellä yhä paremman käsityksen sekä maasta itsestään että sen valtiollisista oloista, ja saattoi sen mukaan toimensa suunnitella. Hän kuuli Atahualpan ja Huascarin välisen riidan ja saattoi käyttää sitä hyväkseen. Huayna-Capak nimisen vallottaja-inkan molempain poikain, Atahualpan ja Huascarin välillä oli syntynyt verinen veljessota. Alussa he tosin olivat sovussa hallinneet kumpikin valtakuntaansa, edellinen Quitossa, jälkimäinen Cuzcossa, mutta sopu rikkui, kun kunnianhimoinen ja sotainen Atahualpa oli anastanut Guayaquilin lahden rannalla olevan Tumibamban. Monessa tappelussa voitettuaan veljensä Atahualpa lopulta sai hänet lähellä Cuzcoa vangiksi. Huascarin perhe oli Atahualpan toimesta melkein sukupuuttoon hävitetty. Tämä kaikki oli tapahtunut vähää ennen Pizarron tuloa; Atahualpa oleskeli nyt paraillaan sotajoukkonsa keralla Cajamarcassa, kymmenkunnan päivämatkan päässä San Miguelista. Pizarro olisi mielellään odottanut Panamasta apua, mutta pelkäsi viivytyksen kautta miestensä mielialan masentuvan. Saatuaan San Miguelin asiat järjestykseen hän jätti sinne jonkun verran puolustusväkeä ja varustautui lähtemään pääjoukon keralla vuoristoon inkkaa tapaamaan. Ennen lähtöään hän sulatti siihen saakka anastetun kullan ja hopean harkoiksi, erotti kruunun viidenneksen ja lähetti loput Panamaan velkojen maksuksi ja uusien tarpeitten ostamiseksi. 21 p. syyskuuta 1532 hän lähti San Miguelista retkelleen, mukanaan 110 jalkamiestä, 67 ratsumiestä ja muutamia harvoja pyssymiehiä. Tulkkina oli kaksi tumbezilaista, jotka olivat hyvin edistyneet espanjan kielen taidossa.
Inkat ja heidän maansa.
Luomme seuraavassa silmäyksen siihen suureen ja edistyneeseen valtakuntaan, jonka espanjalaiset seikkailijat näin olivat saavuttaneet ja jonka he sitten vähäisillä voimilla vallottivat ja alistivat.
Inkkain vanha valtakunta ulottui laajimmillaan ollessaan pitkin Audein vuorimaita ja Tyynen meren rantoja nykyisestä Columbiasta Chileen saakka. Tämä laaja alue on luontonsa puolesta maapallon omituisimipia. Vaikka se onkin melkein kokonaan kuumassa vyöhykkeessä, niin käsittää se kuitenkin tavallaan kaikki ilmastot, ilmastovyöhykkeet vain eivät ole pohjois-etelä-suunnassa, vaan niitten lauhtuminen kuumasta kylmään tapahtuu alaalta ylöspäin. Toiset maakunnat ovat erinomaisen kosteita ja hedelmällisiä, täynnään laajoja aarniometsiä, joihin raivaus ei ole vieläkään voinut tunkeutua. Nämä ovat Andien itäpuolella, merenrannikko enimmäkseen on kuivaa, erämaanluontoista ja viljelykselle vastahakoista ilman keinotekoista kastelua. Kuta korkeammalle noustaan, sitä enemmän ilmanala viilenee, vaikkapa aurinko vuoden umpeensa kaartuukin melkein suoraan keskitaivaan poikki. Tuhannen, parin metrin korkeudessa on maita niin viehättävän leutoja ja suotuisia, että tuskin missään tapaa kautta vuoden tasaisempaa ja mieluisempaa ilmanalaa. Mutta kun noustaan siitä, niin tullaan laajoille ylänkömaille, jotka ovat niin korkealla, että niiden ilmanalaa täytyy sanoa viileäksi, vaikka ne ovat päiväntasaajan alla. Puurajan yläpuolella ovat vihdoin paramo-maisemat. joissa ei koskaan ole niin lämmintä kuin esim. Suomessa kesällä, eikä taas koskaan niin pakkastakaan kuin meillä talvella; kesälämmön karkottaa korkeus, talvipakkasen auringon korkea asema taivaalla. Siellä vallitsee, ottaaksemme vertauksen oman maamme ilmanalasta, ainainen kevätkesä raesateineen, lumiräntineen, mutta myös päiväpaisteineen ja suline maineen. Vuoden umpeensa pysyy sää ja lämpö melkein samanlaisena. Metsät eivät menesty enää; paramoilla on oma omituinen kasvullisuutensa, jonka lajit ovat kaikissa matkustajissa herättäneet ihmettelyä haaveellisten muotojensa kautta. Andien reunaselänteitten väliset ylätasangot, punot, jotka ovat leveimmät Etelä-Perussa ja Boliviassa, ovat kaikki joko viileän lauhkeita taikka aivan paramo-luontoisia maita.