Elokuun 14:ntenä lähetyssaarnaajat luokseen muuttaneitten makololoitten ja tuhatkunnan mangadshan kanssa lähtivät liikkeelle. Ajavain hyvin varustettu armeija tavattiin ja kun vihollinen ei suostunut minkäänlaisiin keskusteluihin, ei auttanut muuta kuin tapella. Piispa lähetti pienen joukon hyökkäämään vihollisen sivustaan, itse hän johti pääjoukkoa. Laukaustenvaihdon jälkeen ajavat perääntyivät kantomatkan ulkopuolelle, mutta piispan toverit ampuivat silloin heidän päänsä yli puolen kilometrin päästä kauas kantavalla kiväärillä, ja näiden luotien pitkä lentomatka säikäytti ajavoja siihen määrään, että koko armeija pötki pakoon. Piispa palasi voittoisana Magomeroon sotaretkeltä, jolla ei vuotanut verta ensinkään. Edelleenkin hän piti kurissa ryösteleviä ajavajoukkoja, vapauttaen heidän käsistään satoja kurjia vaimoja ja lapsia. Lähetystön jäsenien ja pakolaisten ruokkiminen alkoi kuitenkin tuottaa paljon huolta. Magomeron ympäristössä kun ei ensinkään pidetty karjaa ja viljelykset olivat heikot eivätkä lähetystön omat vainiot vielä paljon tuottaneet. Toiselta puolen alkoivat lähetyssaarnaajat mangandshoissa huomata melko lailla huonojakin puolia ja ajavoissa taas hyviä, oloihin perehdyttyään he alkoivat leppeämmin arvostella ajavoja, jotka olivat kotiseudultaan karkoitettu kansa ja elivät täällä pakolaisina, suurin osa rauhallisesti.
Piispa Mackenzie lähetti sitten pari lähetyssaarnaajista Ruo joelle tietä tutkimaan, mutta joella lähetyssaarnaajat ryöstettiin ja muutamia heidän kantajistaan otettiin vangiksi. Piispan täytyi tehdä kylään uusi sotaretki, jok muutoin menestyi kaikin puolin hyvin paitsi että mukana olevat valkoiset luultavasti silloin saivat kuumetartunnan vereensä.
Retkeltä palattuaan piispa Mackenzie Burrupin kanssa lähti Shirelle, jonne Livingstonen piti tulla heitä hakemaan ollen tammikuun 1:nä 1862 Ruon suussa. Piispa pääsi kuitenkin vastoinkäymistensä vuoksi lähtemään vasta tammik. 2:na ja vasta 8:ntena hän Shibisan kylästä sai veneen Shireä laskeakseen. Matkalla vene kaatui ja lähetyssaarnaajat menettivät lääkkeensä ja kahvi- ja tee-eväänsä. 10:ntenä saapuessaan Ruon suuhun he saivat kokea sen suuren pettymyksen, että Livingstone jo oli lähtenyt paluumatkalle. Molemmat lähetyssaarnaajat sairastuivat kuumeeseen, joka kiniinin puutteessa pian kävi ylivoimaiseksi, ja kuukauden viimeisenä päivänä piispa kuoli. Burrup hautasi hänet Ruon suuhun ja kannatti sitten itsensä takaisin Magomeroon, jossa hänkin helmikuun lopulla kuoli. Pian sen jälkeen tuli tieto, että Shirelle oli Shibisan kylän luo tullut englantilaisen sotalaivan vene, jossa paitsi kuumeeseen sairastunutta kapteenia saapui Mackenzien sisar ja Burrupin puoliso. Surusanomat saatuaan ei näille jäänyt muuta neuvoa kuin palata murtunein mielin kotimaahansa.
Ylämaahan jääneet lähetyssaarnaajat muuttivat nyt asemansa Shiren rannalle ollakseen kauempana mangandshain ja ajavain taisteluista, mutta siellä tuota pikaa vielä kaksi heistä kuoli ja eloon jääneet pyysivät päästä lauhkeampaan ilmastoon henkensä säilyttääkseen. Täten oli yliopistoiähetys saanut surullisen lopun.
Livingstoneen nämä kohtalon iskut koskivat syvästi, mutta vielä välittömämpi suru häntä kohtasi, kun hänen puolisonsakin, joka niinikään oli Englannista palannut, huhtikuun 27:ntenä 1862 Shupangassa, Sambesin suistamassa, sortui kuumeen uhriksi.
Livingstone oli Englannista saanut omalla kustannuksellaan tilaamansa uuden höyrylaivan, »Lady Njassan», jonka hän aikoi kappaleittain kuljettaa Shiren koskien ohi Njassalle, mutta kun tästä ei tullut mitään, kokosi hän laivan Shupangassa ja tämän työn kestäessä hänen vaimonsa kuoli.
Kotimaassa Englannissa herätti yliopistolähetyksen surullinen kohtalo suurta surua ja ynseyttä koko Sambesiyritysrä kohtaan. Sitä varsinkaan ei hyväksytty, että lähetyssaarnaajat olivat ottaneet osaa alkuasukkaitten sotiin, mutta näyttää siltä, ettei heidän vaikeata asemaansa osattu asianmukaisesti arvostella. Rauhallinen ympäristö oli tietysti välttämätön ehto lähetystyön onnistumiselle, mutta sitä paitsi heidän saamissaan ohjeissa nimenomaan sanottiin, että perustettavain asemain tärkeimpiä päämääriä oli orjakaupan hävittäminen. Moitittiin myös Livingstonea siitä, ettei hän kyennyt niin suurta yritystä johtamaan, ja nämä moitteet näyttävät olleen ansaittuja. Lisäksi Livingstonen luonteessa oli ilmaantunut epätasaisuuksia, jotka vaikuttivat, ettei sopu hänen ja hänen apulaistensa kanssa ollut niin hyvä, kuin olisi ollut suotavaa.
Kesäkuussa 1862 »Lady Njassa» laskettiin Shupangassa vesille. Tilaisuuteen oli saapunut paljon alkuasukkaita katsomaan, pysyisikö todella rautainen laiva veden päällä. »Kun me», sanoivat alkuasukkaat, »heitämme veteen kuokan taikka kuinka pienen palan rautaa tahansa, niin uppoaa se paikalla. Kuinka siis näin suunnaton kasa rautaa pysyisi veden päällä? Sen täytyy upota.» Vähemmistö kuitenkin oli sitä mieltä, että valkoisilla oli siihenkin rohtonsa, vaikkapa rauta ei olekaan afrikkalaisia.
Orjastajain kamalat jäljet.
Vuoden 1863 alussa hän molemmilla laivoillaan taas lähti Shupaugasta. Hänen viime kerran Shirellä käydessään oli rannoilla asunut lukuisa väestö, mutta nyt oli kaikki hävitetty, kylät poltettu ja kuolon hiljaisuus vallitsi siellä, missä ennen iloinen laulu oli kaikunut. Teillä vaaleni luurankoja, ruumiiden haju täytti ilman ja joessa uiskenteli ruumiita krokotiilien saaliina.