Toukokuun 26:ntena 1805 nähtiin Rocky Mountains eli Kalliovuoret. Retkikunta tuli Missourin suurelle putoukselle, jätti sen alle osan tavaroistaan ja putouksien yläpuolella koversi puunrungosta uudet kanootit, joilla matkaa jatkettiin kolmen joen haaraan. Joet saivat nimeksi Jefferson, Madison ja Gallatin ja ensiksi mainittua lähdettiin edelleen nousemaan, osa veneellä, osa rantoja pitkin. Lopulta joki kapeni niin pieneksi, että yksi miehistä saattoi asettua sen poikki hajasäärin seisomaan ja kiittää taivasta, joka oli suonut hänen niin kauan elää, että hän saattoi hajasäärin silloittaa valtavan Missourin.
Vedenjakajalla.
Retkikunta kiipesi nyt vuorisolaan ja tuli vedenjakajalle. Kun oli sen poikki kuljettu ja vastakkaista rinnettä vähän matkaa laskettu, tultiin kirkkaalle purolle, joka juoksi länttä kohti.
Se oli Columbian lähdehaara. Sitä oli kuitenkin mahdoton laskea veneellä, jonka vuoksi retkikunta osti hyviltä ystäviltään shoshoni-intiaaneilta hevoset ja niillä lähti maisin matkaa jatkamaan. Polku kulki jyrkkiä vuoria, äkkijyrkkien vuorenseinämien reunoja, louhisten rotkojen poikki. Lähes kuukausi kului, ennenkuin oli päästy vuorien poikki, joilla usein oltiin niin korkealla, että vesi kesällä jäätyi ja satoi lunta. Toisinaan päästiin päivässä penikulma eteenpäin eikä aina sitäkään. Ruoasta alkoi olla puute, kun riistaa ei ollut ensinkään. Kun hevonen väsyi, niin se tapettiin ja syötiin. Täytyipä ostaa punanahkoilta koiriakin muun ravinnon puutteessa. Nälkä, vaivat ja väsymys uuvuttivat retkikuntaa, mutta lopulta se taas pääsi tasaiselle maalle. Monen vuorijoen poikki he olivat kulkeneet, ennenkuin saapuivat semmoiselle, jota punanahat vakuuttivat voivan vaaratta laskea. Se oli Kooskooskia, valkoisten antamalla nimellä Clearwater River.
Columbialla.
Retkikunta oli nyt nenänpuhkaisija intiaanien maassa. He jättivät sinne hevosensa odottamaan, kunnes palaisivat, ja rakensivat jokimatkaa varten kanootit. Matka kävi nyt helpoksi. Kolmen päivän kuluttua he saapuivat Shoshone-joelle ja sitä seitsemän päivää laskettuaan Columbialle. Maa alkoi olla asuttua ja ruokaa runsaasti, etenkin lohia, joita Columbia toisina vuodenaikoina on aivan tungokseen asti täysi. Yhä alempana intiaaneilla oli ampuma-aseet, mikä osoitti heidän olevan yhteydessä rannikon valkoisten kanssa. Useat heimot olivat sotaisia ja liikkuivat joella suurilla kanooteilla, joiden keulassa ja perässä oli vuoltuja kuvia. Onneksi ne kuitenkin asettuivat retkikuntaa kohtaan ystävälliselle kannalle. Vihdoin alkoi vuorovesi tuntua ja marraskuun 7:ntenä kuului kaukaa edestäpäin hyökyaaltojen jyrinää. Näin retkikunta oli päässyt pitkän matkansa päähän, yli 6000 kilometriä kuljettuaan.
Tyynen meren rannalla.
Paluumatkalla, jolle lähdettiin varhain seuraavana keväänä, kuljettiin aluksi samaa juonta, vähemmän kuitenkin veneillä, enemmän hevosilla. Korkeammalla vuorimaassa retkikunta kuitenkin jakautui. Lewis osan keralla kulki Maria-joelle, joka on yksi Missourin lähdehaaroja, Clark kulki eteläisempää reittiä ja saapui Yellowstone joen lähteille, kulkien läheltä nykyisen kansallispuiston ohi. Missourilla retkikunta jälleen yhtyi ja jatkoi sitä pitkin matkaa, kunnes syyskuun lopulla 1806 saapui takaisin St. Louisiin.
Tämä löytöretki oli tärkein, mitä milloinkaan on Yhdysvaltain alueella tapahtunut. Siihen Yhdysvallat perustivat oikeutensa Oregoniin, joka muutoin luultavasti olisi menetetty Englannille. Mutta sitä paitsi se varsinaisena löytöretkenä paljasti maanosan koko läntisen puoliskon rakenteen.
Piken retket.