Toukokuun 18:ntena 1845 olivat molemmat laivat Thamesilla valmiina lähtemään. Miehistöä niissä paitsi ylipäällikköä oli 24 upseeria ja 104 merimiestä. Upseerit oli valittu siten, että niiden kesken tutkimusmatkalla kysymykseen tulevat tieteet olivat niin hyvän edustettuina, kuin suinkin. Suurilla toiveilla laivat seuraavana päivänä nostivat ankkurit ja lähtivät ulapalle.
Kuukauden Atlantin poikki luodetta kohti purjehdittuaan retkikunta tuli Davisin salmeen ja Baffinin lahteen, käyden maissa Disko saarella Grönlannin länsirannalla. Täältä mukana ollut evästyslaiva lähetettiin takaisin ja kaikki käyttivät tilaisuutta lähettääkseen sen keralla viimeiset kirjeet kotimaahan. Täältä ei tarvinnut kauaksikaan pohjoista kohti purjehtia, ennenkuin taistelu kylmiä pohjoismyrskyjä ja jäävuoria vastaan alkoi.
Heinäkuun 22:ntcna eräs valaanpyytäjä tapasi molemmat laivat Melvillen lahdessa, jossa niiden miehistö ampui ja suolasi lintuja. Franklin vakuutti, että hänellä oli elintarpeita viideksi vuodeksi ja että hän hädän tullen tulisi niillä toimeen seitsemänkin. Hän kutsui kapteenin päivällisille, mutta valaanpyytäjä tahtoi käyttää hyväkseen hyvää tuulta ja kiittäen purjehti edelleen.
Neljä päivää myöhemmin, heinäkuun 26:ntena, tapasi eräs toinen valaanpyytäjä retkikunnan laivat kauempana Melvillen lahden länsipuolella. Ne olivat käyneet vierekkäin matalaan jäävuoreen kiinni ja etsivät sulaa vettä, jota pääsisivät Lancasterin salmeen. Seitsemän retkikunnan upseereista oli tullut veneellä valaanpyytäjän laivaan ja mitä iloisimmin toivein puhunut matkastaan sekä pyytänyt valaanpyytäjää tulemaan seuraavana päivänä päivälliselle. Tämäkään ei kuitenkaan voinut noudattaa kutsua, tuuli kun oli niin suotuisa ja pitkä kotimatka edessä.
Viimeinen viesti.
Hänen havaintojensa mukaan oli sää siitä eteenkinpäin ollut kolme viikkoa sangen suotuisa, niin että Franklinin retkikunta varmaan oli päässyt sinä vuonna tunkeutumaan sangen pitkälle.
Tämän jälkeen kului kaksi vuotta, ilman että retkikunnasta tuli minkäänlaisia tietoja. Kotimaassa ei kuitenkaan oltu siitä huolestuneita, retkikunta oli tietysti kulkenut kauas valaanpyytäjäin äärimmäistenkin alueiden ulkopuolelle, jonka vuoksi ensimmäisten tietojen otaksuttiin paremminkin tulevan Intiasta tai Panamasta kuin Grönlannin vesiltä. Toisena vuotena alkoi kuitenkin vallita levottomuutta ja ensimmäinen, joka kehoitti amiraliteettia kiiruumman kautta lähettämään apuretkikunnan, oli vanha jäämeren retkeilijä John Ross. Tällä oli mielestään Franklinin yksityisistä lausunnoista syytä luulla, että hän oli poikennut saamistaan ohjeista. Amiraliteetti tiedusteli Parryn, Richardsonin, Sabinen ja James Rossin, etevimpäin jäämerenkulkijain mieltä, mutta kaikki asettuivat John Rossia vastaan. Franklin ei ollut se mies, joka olisi salavihkaa aikonut toimia vastoin ohjeitaan.
John Ross ei kuitenkaan hellittänyt, vaan esitti huolensa Royal Societylle ja Englannin maantieteelliselle seuralle, sanomalehdet alkoivat asiasta kirjoittaa, yleisö huolestua yhä enemmän, ja lopulta amiraliteetti lupasi lähettää apuretkikunnan, ellei ennen vuoden 1847 loppua tulisi luotettavia tietoja.
Vuosi 1847 sai kuluneeksi, viimeisetkin valaanpyytäjät palasivat kotia, mutta »Erebuksesta» ja »Terrorista» ei kuulunut mitään. T:ri Rae palasi Melvillen niemimaalle ja Boothian lahteen tekemältään retkeltä, mutta hänkään ei ollut eskimoilta kuullut hiiskaustakaan molemmista laivoista eikä valkoisista miehistä. Valaanpyytäjät, joista muuan oli käynyt Barrowin salmessa saakka, vakuuttivat vuosien 1846 ja 1847 olleen hyvin epäedullisia jäämerenretkiin.
Kadonneita etsimään.