Bassakissa, jossa retkikunta viipyi pitkän ajan, Garnier mittaili Mekongin vesimäärän, huomaten sen tavallisella vedellä olevan 9,000 kuutiometriä sekunnissa, tulvan aikana taas 50,000 ja vähimmillään 2,000—3,000 kuutiometriä. Pnom Penhissä tulvan vesimäärä on 60,000— 70,000 kuutiometriä. Ganges kuljettaa tulvillaan vielä kaksi vertaa sitäkin enemmän. Mekongin pinta on ylimmillään toistakymmentä metriä tavallistaan korkeammalla, jonka vuoksi se hedelmöittää laajat vainiot vedellään ja lietteellään ja tarjoaa hyvät edellytykset, riisinviljelykselle.
Garnierin piti nyt palata Pnom Penhiin postia, kiinalaista passia ja tärkeitä koneita noutamaan, muun retkikunnan poiketessa Siamiin tutkimaan Nam-Mun nimistä suurta syrjäjokea. Retkikunnan selän takana oli kuitenkin syntynyt suuri kapina, joka kokonaan katkaisi sen selkäpuolen yhteydet ja Garnierin täytyi sen vuoksi palata takaisin ja tehdä Siamin kautta pitkä kierros Angkoriin ja sieltä veneellä kulkea vihollisen vallassa olevan maan kautta Pnom Penhiin. Tällä vaikealla, tarmolla suoritetulla matkalla hän näki useita tuntemattomia khmeriläisraunioita, muun muassa suurenmoisen, kolmekymmentä metriä yli joen pinnan kohoavan sillan, josta kolme suurta kappaletta vielä oli jäljellä. Keskimmäisen siltakaaren pituus oli 148 metriä, leveys 15. Kaaria oli ollut kolmekymmentäneljä. Silta oli hiekkakivestä rakennettu ja veistoksilla runsaasti koristettu.
Saatuaan osan kaipaamistaan tavaroista ja ennen kaikkia kiinalaisen passin, joka oli välttämätön, jos mieli päästä Jynnaniin, Garnier samoja teitä palasi takaisin. Tällä kerralla hänen täytyi jollakin taipaleella kannattaa tavaroitaan tytöillä, kun ei muuta keinoa ollut. Tytöt kuitenkin ottivat työn aivan leikin kannalta, nauroivat vain veitikkamaisesti hänen kiirehtiessään ja uivat joka joessa, vähääkään välittämättä hänen pyynnöistään ja käskyistään. Muun retkikunnan tavatessaan Garnier oli kulkenut yli 1,600 kilometriä seutujen läpi, jotka suurimmaksi osaksi olivat eurooppalaisille aivan tuntemattomat.
Huhtikuun 2 p. 1867 ranskalainen retkikunta saapui Vien-Tiaheen, entisen laosvaltakunnan pääkaupunkiin, joka hollantilaisten siinä 1641 käydessä oli suuri kukoistava kaupunki. Nyt se oli raunioina ja troopillinen tiheikkö oli kokonaan peittänyt sen rehevään vaippaansa. Tämäkin laosvalta oli kahdeksannentoista vuosisadan keskivaiheilla joutunut Siamin vaikutusvallan ja sorron alaiseksi, kunnes Vien-Tianen kuningas v. 1820 murhautti hovissaan olevan Siamin lähettilään, tämä kun niin armottomasti nylki hänen maataan. Siamista lähetettiin paikalla suuri armeija Vien-Tianea kurittamaan. Kaupunki valloitettiin ja hävitettiin ja sen asukkaat karkoitettiin. Valloittajat polttivat paljon ihmisiä huoneihin ja harjoittivat kaikenlaista julmuutta kostaakseen vainajan puolesta. Anu kuningas pakeni Annamiin. Sieltä hän kuitenkin annettiin pois ja vietiin Bangkokiin ja pantiin häkkiin, jossa hän kuoli surkean kuoleman. Hänen poikansa, jota säilytettiin eräässä pagodissa vankina, hyppäsi sen tornista ja sai siten surmansa. Vien-Tianen asukkaita ajettiin kuin karjalaumaa etäisiin seutuihin ja sadoittain heitä sortui matkalla nälkään. Toiset joutuivat voittajain orjiksi. Kun Vien-Tianesta oli kaikki vähänkin kelvollinen ryöstetty, jätettiin kaupunki metsittymään, eikä troopillinen tiheikkö pitkää aikaa tarvinnutkaan, ennenkuin se oli entisen vilkkaan elämän paikalla yksinvaltiaana.
Siamin ja Annamin ja muitten valtain keskinäisen kilpailun johdosta oli koko Laos-maan rahvas siihen määrään menettänyt tarmonsa, että näytti mahdottomalta, voisiko se koskaan enää miehistyä. Se oli siihen määrään sorron alainen, että karavaanien kantajat pitivät luonnollisena oikeutenaan ottaa väkisin, mitä tarvitsivat, heille kun ei yleensä maksettu palkkaa. Ranskalaiset sitä vastoin maksoivat palkat joka miehelle, mutta sen sijaan vaativat, ettei väestöltä saanut ottaa mitään ilmaiseksi, ja tämä tuntui kaikista niin luonnottomalta, että he sitä tuskin ymmärsivät. Päälliköt julkisesti valittivat, kun hyvää messinkilankaa tuhlattiin suotta halvoille talonpojille.
Huhtikuun lopulla retkikunta saapui Luang-Prabangiin, ylimpään laos-valtioon, joka Vien-Tianen kukistuttua oli suuresti paisunut. Valtion samanniminen pääkaupunki oli suurin kaupunki (8,000 a.), mitä retkikunta oli ylämaassa nähnyt. Luang-Prabang maksoi veroa Kiinalle, Annamille ja Siamille ja oli siitä hyvästä saanut elää rauhassa ja kehittyä Mekongin ylämaan tärkeimmäksi kauppakeskustaksi. Nyt kuitenkin oli Kiinalta kielletty veron suoritus sillä verukkeella, että tiet olivat Jynnanin muhamettilaisten tekemän kapinan vuoksi epävarmat, eikä aiottu päästää ranskalaista retkikuntaakaan matkaa jatkamaan, koska tämä olisi voinut osoittaa verukkeen aiheettomuuden. Lopulta Luang-Prabangin kuningas kuitenkin suostui ja erosi de Lagréesta hyvänä ystävänä.
Mekong kävi tästä ylöspäin niin koskiseksi, että retkikunnan täytyi jatkaa matkaa kokonaan maitse. Lokakuun 12 p. se kulki rajan poikki Kiinaan ja ihmetteli heti ensi kylissä sitä korkealle kehittynyttä ikivanhaa sivistystä, joka Kiinassa heti kohtasi, todistaen sen asukkaitten suurta tarmoa. Mutta muhamettilaiskapinan hävityksetkin olivat kaikkialla ilmeiset ja monen talon oli koleera jättänyt autioksi. Se-Mao oli Jynnanin ensimmäinen kaupunki, johon retkikunta tuli. Mandariinit ottivat sen mitä parhaiten vastaan, sillä vaikka tulijain vaatteet olivatkin pitkällä vaivalloisella matkalla ränstyneet ryysyiksi, oli heidän Pekingistä lähetetty passinsa sitä tehoisampi. Se-Maon kauppapuodeista he saivat koko joukon apua ruumiinsa verhoamiseksi.
Jynnanissa ranskalaiset ihailivat sen kauniita järviä, korkeita vuoria ja suurenmoisia siltoja. Jynnanin kaupungissa he tapasivat pari ranskalaista lähetyssaarnaajaa, jotka monella tavoin helpottivat heidän seurusteluaan kiinalaisten viranomaisten kanssa.
Ranskalaisen retkikunnan olisi ohjeittensa mukaan pitänyt löytää Mekongin lähteet ja se aikoi nyt pyrkiä niille Jangtsen vartta, jossa on kauas ylämaahan teitä ja siltoja. Edessä oleva maa oli kuitenkin kapinallisten muhamettilaisten käsissä, jonka vuoksi Lagrée pyysi Jynnanissa asuvalta muhamettilaiselta pyhimykseltä suositusta kapinallisten muhamettilaisten sulttaanille, jonka päämaja oli Ta-li-fussa örrhai järven rannalla, lähellä Jangtsen mutkaa ja Kiinan rajaseutujen halki juoksevaa Mekongia. Garnier laittoi kuntoon pyhimyksen hallussa olevan erinomaisen eurooppalaisen tähtikiikarin ja pyhimys hänelle kirjoitti palkaksi kaikki mahdolliset suositukset.
Matkalla Jangtsekiangille, jota tällä osalla sanottiin Kinshaksi, Lagrée kuitenkin sairastui niin vaaralliseen kuumeeseen, että hänen täytyi lääkärinsä keralla jäädä erääseen kaupunkiin ja Garnier sai retkikunnan johdon käsiinsä.