Nuorella Kongo-valtiolla oli alun pitäen paljon sekä sisällisiä että ulkonaisia vaikeuksia voitettavanaan. Rajarettelönsä Ranskan kanssa se kuitenkin sai jotakuinkin tyydyttävästi sovituiksi ja Suur-Britannian suostumuksella väliaikaisesti kappaleen maata, joka ulotti sen alueen Niilin latvoille saakka. Enemmän huolta oli sisällisistä vaikeuksista.

Arabialaiset, joitten hallussa oli Stanley-koskien ja Tanganjikan välinen maa, alkoivat piankin ankarasti vastustaa nuoren valtion viranomaisia, nämä kun aikoivat kääntää länteen päin kaupan, jonka valtasuunta ennen oli ollut itäinen, ja kokonaan hävittää orjakaupan. Ilmisotaan ryhdyttyään arabialaiset v. 1886 hävittivät Staanley-koskien aseman ja sota näytti välttämättömältä, mutta Stanleyn ehdotuksesta päästiin pulasta sillä kertaa siten, että Tippu Tip, arabialaisten johtaja, otettiin tämän aseman päälliköksi. Viisi vuotta asiat pysyivät tällä kannalla ja niiden kuluessa belgialaiset perustivat linnoitettuja leirejä Kongon suurien syrjäjokien Sankurun, Lomamin ja Aruwimin, rannoille. Nämä varustukset huolestuttivat siinä määrin arabialaisia, että he päättivät alkaa uuden yleisen sodan, ennenkuin eurooppalaisten valta kasvaisi liian suureksi. V. 1892 he Lomamin latvoilla murhasivat useita belgialaisia ja se oli taistelun alku. Onneksi kuitenkin Kongon alijuoksulla samaan aikaan oli valmiina melkoinen belgialainen retkikunta, jonka piti valloittaa kuparimaa Katanga, ja tämä paroni Dhanisin johtama retkikunta lähetettiin paikalla arabialaisia vastaan. Monta ottelua taisteltiin ja Njangve ja Kasongo, arabialaisten vahvimmat linnat, valloitettiin, arabialaisten mahti murrettiin ja monet heidän johtajistaan surmattiin. Njangve ja Kasongo, jossa oli 60,000 asukasta, hävitettiin ja ne menettivät vuosikymmeneksi kaiken merkityksensä, ja kauppa, joka siihen saakka oli kulkenut Tanganjikan poikki Sansibariin, kääntyi nyt Stanley Pooliin ja Atlantin merelle. Belgialaisten oli voitostaan suureksi osaksi kiittäminen maanasukkaita, jotka ilomielin auttoivat heitä orjastajia vastaan.

Lopulla vuotta 1896 Kongolta lähetettiin kaksi suurta retkikuntaa ottamaan vapaavaltion haltuun Ladon alue Niilin yläjuoksun varrella. Toinen joukko, johon kuului 700 miestä, saapuikin perille ja anasti maan, voitettuaan mahdilaiset, jotka kavalan yöllisen hyökkäyksen kautta koettivat sen äkkiarvaamatta tuhota. Toinen joukko, jota paroni Dhanis komensi, oli paljon suurempi, siihen kun kuului 3200 miestä. Väki oli suureksi osaksi bateteleja, Lualaban ja Lomamin välillä asuvaa kansaa, joka on koko Kongo-alueen sotaisinta. Mutta helmikuussa 1897 sen keskuudessa syttyi kapina. Useita valkoisia upseereja surmattiin, Dhanis itse, joka johti jälkijoukkoa, töin tuskin pelastui. Kapinallisia oli parituhatta miestä ja näillä oli hyvät aseet ja runsaasti ampumavaroja. Retkikunta oli kapinan syttyessä Uelle joen yläjuoksulla ja sieltä kapinoitsijat kulkivat Stanley-koskien asemaa vastaan, joka oli heidän kotomatkansa varressa; mutta kun tämä oli hyvin varustautunut heitä vastaanottamaan, poikkesivat he itää kohti ja samoilivat ja ryöstivät sitten puolentoista vuotta Tanganjikan ja Albert Njansan välisiä maita. Monessa tappelussa kapinoitsijat kärsivät suuria tappioita, mutta siitä huolimatta ei heitä voitu täydelleen kukistaa. He anastivat Tanganjikan pohjoispäässä Uvira nimisen aseman, voittivat parinsadan miehen osaston, joka lähetettiin heitä vastaan Manjemasta Kabambaren asemalta (Lukugan rannalta) ja sitten monen tuiman tappelun jälkeen vihdoin valloittivat mainitunkin aseman. Kabambaren puolustajista kaatui parisataa miestä, useita valkoisia upseereja näiden joukossa. Kongovaltion hallituksen täytyi nyt ryhtyä ponteviin toimiin ja lopun lopuksi kapina kukistettiin.

Kongon, Sharin ja Benuen välinen suuri maa-alue pysyi verraten kauan tutkimattomana, vaikka ympärillä olevien seutujen tunnetuiksi tulemisen jälkeen oltiinkin selvillä siitä, ettei tästä seudusta löydettäisi suurta jokea eikä vuoristoakaan. Tärkein tehtävä siellä oli vedenjakajan selville saaminen. 1890-luvulla ja edellisen vuosikymmenen lopulla retkeili tällä alueella kuitenkin useita matkustajia ristiin rastiin ja näiden retkien tulos oli varsinkin Kamerunin ja Ranskan Kongon alueitten tarkempi rajoittelu.

Ranskalainen Gentii nousi Ubangia pienellä höyrylaivalla niin korkealle, että hän saattoi vetää sen vedenjakajan poikki Shariin ja marraskuussa 1897 laskea Sharia Tshad järveen. Niin matala on näiden jokien välinen kynnys.

Ranskalainen Marchand v. 1898 retkeili näiden maitten kautta Bahr-el-Gasalin alueelle aivan tuntemattomia teitä, aikoen anastaa Niilin latvaseudut, ennenkuin englantilaiset ehtivät sinne Egyptistä käsin. Lordi Kitchener kuitenkin sai samoihin aikoihin mahdilaisista suuren voittonsa ja valloitti takaisin Khartumin ja niin hänelle kävi mahdolliseksi sodan uhalla karkoittaa ranskalaiset Niilin latvoilta. Kongon, Bahr-el-Gasalin, Sharin ja Benuen välinen alue on yleensä yksitoikkoista maata, jossa ei ole suurempia korkeuksia, ja se on enemmän kuivanluontoista kuin kosteata.

Kongometsän läpi, jossa Stanley oli vähällä menehtyä ja jossa myöhemmin Emin pasha murhattiin, matkusti v. 1894 kreivi Götzen. Hän löysi muun muassa Kivu järven ja sen pohjoispuolella olevat tulivuorimaisemat, jotka jo edelliset matkustajat olivat nähneet etäisyydestä.

Itä-Afrikka.

Thomsonin matka Elgonille.

Viktoria Njansan itäpuolisten maitten kautta matkusti ensimmäisenä 1880-luvulla skotlantilainen Josef Thomson. V. 1879 hän oli tehnyt retken Njassa järvelle ja sieltä tuntemattomia teitä Tanganjikalle ja palannut, sen eteläpäätä tutkittuaan, Taboran kautta Sansibarin rannikolle.