Neljännentoista vuosisadan keskivaiheilla raivosi Saksassa "musta surma", joka varsinkin taajaan asutuissa, ajanlaadun mukaan likaisissa kaupungeissa teki suunnatonta tuhoa. Tätä seikkaa hyväkseen käyttäen saattoivat ruhtinaat hajottaa Etelä-Saksan kaupunkien liitot, korvaamattomaksi tappioksi vapaan keskisäädyn vastaiselle kehitykselle. Kaupunkien liiton vastapainoksi oli muodostunut ritariliitto ja molempien välillä syntyi sota, jonka kestäessä maata kamalimmalla tavalla hävitettiin. Kuninkaan välityksellä sota päättyi, riitakysymykset yhteisesti sovitettiin, mutta kaupunkien liittokunta hajotettiin ja ritarien liittokunta jäi voimaan, ja siinä syy, miksi kehitys Etelä-Saksassa ei päässyt jatkumaan samalla vapaalla pohjalla kuin Pohjois-Saksassa.
Mutta toiselta puolen sai sekä ruhtinasvalta että ritaristo samaan aikaan ankaran iskun, kun mahtavain Habsburgien kaikista ponnistuksista huolimatta heidän varsinainen kantamaansa tähän aikaan vapautui ja yhtyi Sveitsin itsenäiseksi liittovaltakunnaksi. Siihen saakka olivat sveitsiläiset niin kansallisuudeltaan kuin valtioyhteyden puolesta olleet osa Saksan kansasta. Böhmin oli kuitenkin Habsburgin Rudolf saanut uudelleen lannistetuksi. Kaarlo IV aikana siitä tuli valtakunnan päämaa. Pragiin perustettiin saksalainen yliopisto, joka pian kehittyi kuuluisimmaksi koko Keski-Europassa. Böhmi saksalaistumistaan saksalaistui, näytti tosiaan siltä, kuin siitä lopultakin tulisi saksalaisia yhdistävä keskusmaa, etenkin kun kruunusta kilpailevat Lützelburgin ja Habsburgin suvut avioliittojen kautta liittyivät yhteen. Mutta kuninkaan jakaessa kuollessaan maansa poikainsa kesken tämä mahdollisuus hälveni.
Saksan valtakunta puuttui yhtenäisyyttä vielä entistäkin enemmän. Sen vuoksi siirtolaisuuden saavutukset suureksi osaksi jälleen menetettiin. Sisällisesti maa heikontui säätyjen keskinäisten riitain kautta. Yhä yleisemmäksi alkoi sen vuoksi käydä vaatimus, että kirkko oli puhdistettava ja valtakuntaa vahvistettava. Skandinavian maat vähitellen vapautuivat Hansan holhoudesta, idässä Puola voimistui niin, että se pian saattoi anastaa takaisin koko joukon niistä slaavilaisista maista, joita Saksalainen ritarikunta yhä saksalaistutti. Viidennentoista vuosisadan loppupuolella oli koko maa Weichselin suistamoon saakka Puolan hallussa.
Böhmi kukistaa saksalaisuuden.
Böhmissä, jossa saksalaisuus oli nopeaan edistynyt niinä aikoina, kun valtakunnan hallitsija Pragissa asui, tapahtui hussilaissotain kautta viidennentoista vuosisadan alkupuoliskolla perinpohjainen muutos. Kun Juhana Huss vastoin hallitsijan lupaamaa turvallisuutta oli Konstanzin kirkolliskokouksessa poltettu, niin Böhmin tshekkiläinen väestö nousi kapinaan, jota ei paavin saarnaama ristiretkikään voinut kukistaa. Siitä kehittyi mitä kamalin uskonsota ja samalla myös rotusota. Tshekkiläiset karkottivat saksalaiset Pragista, ottivat heidän omaisuutensa takavarikkoon ja valtasivat kaikkialla maassa kirkot ja luostarit. Kuningas Sigismundin ensimäiset ristiretkeläisarmeijat voitettiin v. 1420 ja Böhmin saksalaiset kaupungit toinen toisensa jälkeen vallotettiin ja hävitettiin. Böhmin varakas saksalainen porvaristo tuhottiin, kaupungit muutettiin tshekkiläisiksi. Kun Böhmi oli saksalaisista puhdistettu, niin lähdettiin hävitysretkille Schlesiaan, Lausitziin, Thüringiin, Brandenburgiin, jopa Itämeren rannoille saakka. Hajanaisen Saksan puolustuslaitos oli kykenemätön näitä retkiä vastustamaan. Varsinaista armeijaa ei ollut, paikalliset nostoväet eivät kyenneet vallottajia pysäyttämään. Maaseutua oli aivan mahdoton puolustaa, kaupungit muurineen pitivät paremmin puoliaan. Vaivalla kokoon saadut ristiretkiarmeijat väistivät miesluvultaan heikompia tshekkiläisiä joukkoja. "Niinkuin hävittäviä laavavirtoja purkava tulivuori riehui silloin Böhmi vuoriensa piiristä", kostaen saksalaisten sorron. Eikä sitä lopultakaan voitu sotaisilla keinoilla kukistaa, vaan sekä kirkon että hallitsijan täytyi myöntyä tshekkiläisten tärkeimpiin vaatimuksiin. Böhmi edelleenkin pysyi valtakunnan yhteydessä, mutta sisälliset asiansa se oli itse järjestänyt, ja kaikiksi ajoiksi se oli ratkaissut kysymyksen, pysyisikö se slaavilaisena maana.
Habsburgin huone.
Hajanaisesta Saksasta syntyi tosin uudelleen maailman valtakunta, mutta se ei tapahtunut valtiollisen eikä kansallisen kehityksen pohjalla, vaan avioliittojen kautta. Avioliittojen kautta Habsburgin huone hankki maita niin laajalti, että kun keisarius sille jälleen joutui, niin se hallitsi valtakuntaa, joka laajuuden puolesta saattoi kilpailla Kaarlo Suurenkin maailmanvaltakunnan kanssa. Siihen kuuluivat Itävallan maat ja Böhmi, Alankomaat, Burgundi, Neapel ja Sisilia, vieläpä Espanjakin ja näitten välillä kaikki saksalaiset maat, jotka kuitenkin edelleenkin pysyivät ruhtinassukujensa hallussa, vaikka tunnustavatkin keisarin ylivallan. Valtakunnan valtiopäivillä olivat edustettuina ainoastaan ruhtinaat ja osa kaupungeista, hallitsijan valta edelleenkin pääasiallisesti perustui hänen suoranaisten sukumaittensa mahtavuuteen. Valtakunnan eri osia hallittiin itsenäisesti. Ei edes sotalaitos ollut sille kannalle järjestetty, että se olisi hallitsijalle taannut varman ylivallan. Ruhtinaitten armeijat edelleenkin pääasiallisesti perustuivat läänityslaitokseen ja ritaristoon. Tätä armeijaa oli yhä vaikeampi koossa pitää suuremmissa sotaisissa yrityksissä, ja lisäksi se oli ajan edistyessä käynyt vanhanaikaiseksi ja kaluttomaksi aseeksi. Sveitsiläiset ensimäiseksi olivat osottaneet, että pitkillä keihäillä ja kaukoaseilla oli helppo murtaa ritarien kömpelöt panssaroidut rivit, kaupungit niinikään olivat useimmiten taistelleet menestyksellä niitä vastaan. Kaupungeissa oli ensinnä ruvettu tykkejä ja muita ampuma-aseita käyttämään, joita vastaan ritarien panssaripaidat olivat huono suoja. Seuraus tästä oli, että ruhtinaat rupesivat, samoin kuin kaupungitkin, pitämään palkattuja armeijoja; ritariaikaa seurasi "maanihtien" aika. Keisari Maximilian Alankomailla sotiessaan ensimäiseksi käytti suurempia Ylä-Saksasta palkattuja maanihtijoukkoja. Rahoja armeijansa ylläpitämiseksi ruhtinaat hankkivat pääasiallisesti vuoriteollisuuden kautta, joka kaikkialla oli ruhtinaitten yksinoikeus. Se kukoisti varsinkin Böhmissä, Erzgebirgessä, Westfalissa, Tirolissa, Steiermarkissa, Kärnthissä ja Krainissa. Etupäässä kaivettiin jaloja metalleja, varsinkin hopeata.
Kaupungit keskiajan lopulla.
Etelä-Saksan kaupungit olivat aikaisemmin menettäneet valtiollisen mahtinsa, kun niiden liitto hävitettiin. Myöhemmin tuli Hansan vuoro.
Hansa menetti valtansa sekä ulkomaisen kilpailun että kaupunkien sisällisen eripuraisuuden vuoksi. Mutta ylä-Saksan kaupungit säilyttivät edelleenkin kauppansa sekä Välimeren maihin, että Alankomaihin, vieläpä ottivat osaa Intiankin kauppaan, kun meritie sinne oli löydetty, hyötyen varsinkin maustekaupalla. Tämä tuottava kauppa kävi Rheiniä myöden. Samalla kauppa kehitti uusia muotoja. Korkokanta aleni ja rahakauppa kävi entistä vilkkaammaksi. Pääomia alkoi olla yhä enemmän liikkeessä ja niitä käytettiin erinomaisen tuottavasti erilaisiin yrityksiin. Samalla alkoi rahoja hämmästyttävän nopeaan kokoontua yksiin käsiin. Siten syntyivät aikansa ensimäiset rahamahdit, Fuggerit, Welserit, Höchstätterit y.m., jotka ensinnä alkoivat rahallisesti vallita kukin kaupunkiaan, ostaa köyhtyneen aatelin maat, jopa usein rahanlainaajina vaikuttivat ruhtinaittenkin politikaan. Fuggerien pankki hallitsi v:n 1500 vaiheilla Rooman koko silloista rahaliikettä ja oli tärkeä tekijä Europan politikassa. Nämä huoneet vähitellen kukistivat keskiajan sosialistis-ammattikunnallisen kehityksen. Tämä pääomallinen kehitys sen vuoksi vaikutti perinpohjaisen muutoksen ammattikuntien oloihin. Se hävitti kokonaan ammattikuntien perustukset. Yksityiset mestarit muuttuivat tehtailijoiksi, vaikeuttivat mestariksi pääsyä yhä enemmän. Kisällit puolestaan liittyivät yhteen laajemmiksi yhdistyksiksi, ja yrittivät jo työlakkojen kautta vaikuttaa palkkausoloihin.