Habsburgien valtakunta oli Kaarlo V:nnen aikana mahtavimmillaan. Siihen kuuluivat Espanja, Burgundi, Italia ja Alankomaat ja lisäksi Saksan valtakunta, joka kuitenkin jäi melkein sivumaaksi, koska keisari yritti tehdä Espanjasta valtansa päämaan. Kaarlo V oli katolisen uskon harras kannattaja. Mutta Saksan valtakunnan hallitus, joka tähän aikaan sijaitsi Nürnbergissä, edisti siitä huolimatta uskonpuhdistusta, ja jotenkin yksimielisesti asettuivat säädyt samalle kannalle. Varsinkin Pohjois-Saksassa asetettiin kirkko puhdistetun uskon pohjalle, katolisen kirkon laajat tilukset otettiin takavarikkoon ja jaettiin protestanttisen kirkon, valtioitten ja ruhtinaitten kesken. Mutta kun keisarin valta oli voitollisten sotien kautta vahvistunut, niin aljettiin Lutherin saarnaamaa oppia vainota ja Kaarlo V:nnen järkähtämätön aikomus oli saattaa Saksassa kaikki ennalleen. Aluksi se hänelle onnistuikin. Mutta hallituksensa loppuajalla hänen kuitenkin täytyi, vaikka vastahakoisesti, tunnustaa Saksanmaan valtioille sisällinen uskonvapaus. Itse hän tappionsa masentamana luopui vallasta, jakaen valtakuntansa siten, että hänen veljensä Ferdinand sai Itävallan perintömaat ja Saksan keisarivallan, hänen poikansa Filip Espanjan, Burgundin ja Italian. Saksanmaa siten pääsi vapaaksi yhteydestään Italian ja Espanjan kanssa, joka oli ollut sen sisälliselle kehitykselle turmioksi. Mutta sen kautta, että uskonpuhdistus, joka oli koko kansan, varsinkin Pohjois-Saksan omantunnon asia, oli keisarivallan puolelta kärsinyt kaikkea mahdollista vastustusta, pienempäin maanruhtinaitten voimasta sitä vastoin lopullisesti voittanut, juurtui Saksassa hajaannus yhä syvemmin, saaden nyt sekä uskonnollista että kansallista tukea.
Saksan sisälliset olot.
Uskonpuhdistuksen ajalla sai Saksan kirjakieli varsinaisen perustuksensa. Siinäkin oli Luther raamatunkäännöksensä ja uskonnollisten kirjainsa, vieläpä uskonnollisen runoutensakin kautta uran aukaisijoita. Tämä kirjakieli rakentui osaksi eteläsaksan kielelle, jota keisarin hovissa käytettiin, osaksi Keski-Saksan ruhtinashoveissa käytetylle keskisaksan kielelle. Mutta aivan suureksi ei saksankielen valta kirjallisuudessa alkuaikoina päässyt, kauan piti latina puoliaan niissäkin piireissä, jotka olivat hyväksyneet evankelisen opin.
Riippumatta uskonpuhdistuksesta kehittyivät tähän aikaan Italiasta tulleitten vaikutusten nojalla monet taiteet. Rakennustaide alkoi luopua kotiutuneesta gootilaisesta tyylistä ja italialainen renessanssitaide, joka nojautui vanhoihin klassillisiin malleihin, alkoi Saksassakin nopeaan levitä, muodostuen kuitenkin suuressa määrin Saksan olojen mukaiseksi. Saksassa säilytettiin entisen rakennusmallin korkeat harjat ja pystyt päädyt, nurkkaparvekkeet ja tornit, ja ainoastaan rakennuksen jäsentely ja koristeet mukailivat renessanssin muotoja. Baijeria hallitsevat Wittelsbachit rakensivat sen tyylisiä linnoja Landshutiin, Müncheniin ja Heidelbergiin, Württembergin ruhtinaat Stuttgartiin, Habsburgit varsinkin Praagiin, Saksia hallitsevat Wettinit Torgauhin, Dresdeniin ja Augustusburgiin, Hohenzollerit Berliniin, Mecklenburgin ruhtinaat Wismariin, ja aatelikin, varsinkin yläsaksilainen, rakensi itselleen uusia upeita linnoja, osasta Erzgebirgen ylempiin metsäseutuihin saakka. Vanhoista kaupungeista varsinkin Augsburg etelässä ja Danzig pohjoisessa rakennettiin suureksi osaksi uudelleen renessanssiajan malliin. Tähän aikaan elivät myös Saksan kuuluimmat maalarit, Dürer Nürnbergissä ja Holbein nuorempi Augsburgissa, Lukas Cranach Frankissa. Erinomaisen korkealle kehittyi kaikenlainen taideteollisuus, huoneitten sisustus, huonekalut, aseet, vaatteet, kaikki sai entistä siromman taiteellisen käsittelyyn.
Mutta siitä huolimatta Saksanmaan taloudellinen elämä alkoi yhä enemmän tyrtyä. Saksanmaa menetti kuudennentoista vuosisadalla asemansa maailmankaupassa. Alkutuotanto tosin pysyi edelleenkin melkoisena. Metsiä aljettiin paremmin hoitaa ja niistä saatiin suunnattomat määrät puutavaroita. Vuoriteollisuus pysyi tuottavana vuosisadan loppupuolelle saakka, mutta ehtyi sitten, kun jalommat metallit oli jotenkin loppuun kaivettu. Mutta maanviljelystä alkoi yhä enemmän rasittaa talonpoikain sorrettu tila, joka v. 1559 oikeudellisestikin joutui suuressa osassa Saksaa maaorjuuden kannalle. Länsi-Saksan suurtilalliset, jotka etupäässä elivät talonpoikain suorittamilla veroilla, lisäsivät veroja yhä enemmän. Itäisissä uudisasutusmaissa taas ritaristo yhdisti talonpoikain maat tiluksiinsa ja alkoi harjottaa suurviljelystä. Talonpoikainen väestö menetti siellä viljelysvapautensakin, se oli maaomaisuuteen kuuluvaa irtaimistoa.
Kaupungeissa käsiteollisuus riutui, sitä myöden kuin ulkomainen kauppakin katosi. Siitä syystä ammattikunnatkin alkoivat yhä tarkemmin rajottaa jäseniensä lukua ja vainota kaikkea vapaata käsityötä. Sisämaan kaupassa vanhat suuret kauppa- ja markkinapaikat, kuten Nürnberg, Frankfurt, Leipzig, Magdeburg, Lüneburg, Hampuri, Breslau ja Stettin, taistelivat vanhan tie- ja tapulioikeutensa puolesta. Mutta monen täytyi sitä varten entistä enemmän turvautua ruhtinaihin, jotka muutoin uhkasivat kuristaa kaupungit, erottamalla ne maaseudusta.
Keskiajalla oli maailmankauppa suureksi osaksi kulkenut Italiasta Saksaan, saaden siellä syntymään suuria kauppakaupungeita, niinkuin olemme ennen nähneet. Amerikan ja Intian meritien löydön kautta kaupan suunnat muuttuivat. Espanjasta ja Portugalista tuli Europan tärkeimmät kauppamaat. Saksanmaan kaupungit ottivat alussa menestyksellä osaa sekä Amerikan että Intian kauppaan, vaikka vasta toisessa kädessä. Tämä kauppaliike yhä vilkastui, kun Saksa ja Espanja Kaarlo V:nnen aikana valtiollisestikin kuuluivat yhteen. Welser-suku, Augsburgin rikas ylimyssuku, joka oli yhdessä Fuggerien kanssa lainannut keisarille kaksitoista tynnöriä kultaa, muun muassa sai Venezuelan espanjalaiseksi läänitykseksi. Fugger-suku taas vallitsi Espanjan vuoriteollisuutta ja lainanantajina sen rahamarkkinoitakin. Venezuela kuitenkin neljännesvuosisadan kuluttua luovutettiin takaisin Espanjalle ja kun Lissabonin kauppamahti aleni, Espanjan vallotettua Portugalin, niin Welser-suku seitsemännentoista vuosisadan alkupuolella kukistui.
Alankomaat sitä vastoin, edullista maantieteellistä asemaansa hyväkseen käyttäen, anastivat yhä suuremman sijan merentakaisessa kaupassa. Brüggen jälkeen, jonka satama hiekottui, oli Antwerpen kohonnut erinomaisen tärkeäksi kauppakaupungiksi, Espanjalaisten kukistettua Antwerpenikin, Amsterdam. Pohjoismaissakin alankomaalaisten kauppa nopeaan kehittyi, kun Skandinavian maat olivat sen verran voimistuneet, että ne saattoivat tehdä lopun Hansan pakollisesta kauppaylivallasta. Ruotsi uhkasi katkaista saksalaisten kauppatiet, laskemalla valtansa alle yhä enemmän Itämeren rantamaita. 1600:n vaiheilla Hollannin kauppalippu vallitsi Itämerellä. Mutta Hollanti oli jo kokonaan vieraantunut Saksan valtakunnasta. Hollannin ohella alkoi Englanti voimistua ja liikkua merillä. Englantilaiset alkoivat nyt vuorostaan tehdä kauppaa Saksan merisatamissa. Nämä koettivat saada sen valtakunnan välityksellä estetyksi ja lainasivat Espanjalle laivoja ja sotatarpeita Englannin nousevan kauppamahdin kukistamiseksi. Siitä suuttuneena kuningatar Elisabeth v. 1597 sulki Hansan viimeisenkin suuren kauppatoimiston, Lontoon teräshovin. Vanhoista Hansakaupungeista piti puoliaan ainoastaan Hampuri, joka ei oman etunsa vuoksi suuria välittänyt muusta Saksasta, ynnä Danzig, joka ei edes valtakuntaan kuulunut, vaan eli Puolan turvissa.
Kahdeksi ja puoleksi vuosisadaksi Saksa siten suljettiin pois maailmankaupasta. Tämä Saksan tulevaisuudelle tuhoisa kehitys oli seurauksena valtakunnan heikontumisesta ja maanruhtinaitten vallan vahvistumisesta.
Saksan maitten hallinnossa tapahtui tähän aikaan kuitenkin edistyksiä. Oikeudenkäyttöä koetettiin saada yhtenäisemmälle kannalle. Lait alkoivat ulottua kaikille elämän aloille, omaisuuden ja hengen turvallisuus alkoi olla entistä parempi, virkamiehistö muodostua ja hallinto kehittyä kirjalliselle pohjalle, syntyä keskusvirastolta, jotka valvoivat virkamiesten toimia. Mutta paikallishallinto pysyi edelleenkin enimmäkseen säätyjen käsissä. Kaupungeissa sitä hoitivat kauppaylimykset, jotka alkoivat yhä enemmän omistaa kirjallistakin sivistystä, maaseudulla aateli, jolla varsinkin itäisissä osissa oli alempi hallinto-oikeus ja tuomarivalta, kirkkojen ja koulujen isännyys, ja evankelisissa maissa suureksi osaksi katolisen kirkon entinen omaisuuskin. Mutta vanhasta sotilaallisesta itsenäisyydestään ja vaino-oikeudestaan aatelin täytyi vähitellen luopua. Eri valtioissa olot kuitenkin kehittyivät suuressa määrin eri tavalla. Varsinaisella kansalla vaan ei ollut missään mitään oikeuksia.