Suurisuuntaiseen politikaan, jota Saksa silloin olisi tarvinnut, tämmöinen valtakunta oli kykenemätön. Ei ollut yhteisiä päämääriä, eikä yhteisiä keinoja niiden saavuttamiseksi. Sisälliset vastakohdat saivat vapaasti versota. Vanhan valtiollisen yhteytensä, suurvalta-asemansa menettänyt Saksan kansa joutui musertavan kohtaloniskun uhriksi.
Uskonvainot. Kolmenkymmenen vuoden sota.
Evankelinen usko oli Kaarlo V:nnen hallituksen viimeisinä vuosina saanut suurimmassa osassa Saksaa suvaitun aseman, Pohjois-Saksassa siitä oli tullut maanuskonto. Seuraavina aikoina valtasi mieliä lamaannus, evankelisissakin piireissä pääsivät valtaan sisälliset uskonriidat, maalliset pyyteet heikonsivat taistelun synnyttämää siveellistä voimaa. Sitä ankarammin katolilaisuus näinä jälkiaikoina varustausi taisteluun, voittaakseen takaisin menetetyn valta-asemansa. Jesuiittain veljeskunta perustettiin yksinomaan sitä varten, ja pian se sai keisarin hovissa Wienissä ratkaisevan vaikutusvallan. Mutta vielä enemmän keisarit valtiollisista syistä rupesivat katolisen kirkon puolustajiksi. Kaarlo V:nnen lähimmät seuraajat tosin koettivat ylläpitää uskonnollista rauhaa. Mutta seitsemännentoista vuosisadan alussa oli jännitys kuitenkin kasvanut niin pelottavaksi, että evankeliset ruhtinaat tekivät liiton yhteisiä etuja puolustaakseen, katolilaiset taas liigansa, jonka tarkotus oli katolinuskon palauttaminen kaikkialla. Evankelisten ruhtinaitten puolella oli Ranska, katolisten Espanja. Kahden ulkovallan vaikutus kilpaili Saksassa. V:sta 1608 evankeliset säädyt eivät enää ottaneet osaa valtiopäivien töihin.
Kolmenkymmenen vuoden sota alkoi Böhmissä, jossa keisarit väkivallalla koettivat tukahuttaa evankelisen opin. V. 1619 oli Ferdinand II noussut valtaistuimelle ja hän otti katolilaisuuden asian kokonaan omakseen. Böhmissä katolilaisuus asevoimalla saatettiin kaikkialla jälleen voimaan. Sitten keisarin armeijat lähtivät Etelä-Saksan evankelista kirkkoa tukahuttamaan. Protestanttinen liitto nousi sopimuksensa mukaan uskoa puolustamaan, mutta sen toimet olivat epäröiviä ja puuttuivat yksimielisyyttä ja tarmoa. Wallenstein vallotti keisarin armeijan ylipäällikkönä vielä suurimman osan Pohjois-Saksastakin ja suunnitteli jo sotaretkeä Ruotsiakin vastaan. Keskellä näitä suuria tuumiaan hän kuitenkin kateellisten katolisten ruhtinaitten vaatimuksesta sai eronsa. Tämän kautta keisarin sotatoimet lamaantuivat, ja lisäksi saivat Saksan hätääntyneet protestantit apua Ruotsilta. Kuningas Kustaa II Adolf nousi v. 1630 maihin Pommerin rannalle. Saksan evankelisetkin ruhtinaat kuitenkin, epäillen Ruotsin valtiollisia tarkotuksia, kannattivat häntä alussa heikosti. Breitenfeldtin loistava voitto, jossa Tilly perinpohjin lyötiin, muutti yhdellä iskulla aseman Ruotsin eduksi. Koko Pohjois-Saksa oli samalla vapautettu keisarillisesta sotaväestä, joka oli sitä julmasti hävittänyt ja ryöstänyt. Sota siirtyi Böhmiin ja Etelä-Saksaan. Entistä tehokkaammin ryhtyivät Pohjois-Saksan evankeliset ruhtinaat nyt auttamaan Ruotsin armeijoja. Toiselta puolen Ranska, jonka kanssa samat ruhtinaat olivat jo aikaisemmin silloin tällöin olleet välipuheissa, teki Ruotsin kanssa liiton, auttaen sitä alussa rahallisesti, myöhemmin armeijoillaankin. Se ei suinkaan tapahtunut uskonpuhdistuksen harrastuksesta, vaan valtiollisista syistä. Ranskalla oli etua siitä, ettei keisarivalta päässyt Saksassa vahvistumaan, se sen vuoksi, mikäli saattoi, ylläpiti Saksan sisällistä hajanaisuutta. Samaa politikaa on Ranska myöhemminkin uskollisesti noudattanut.
Ruotsin armeijat — niiden mukana suomalaisetkin — vallottivat pian koko Saksan ja uhkasivat jo keisarin perintömaita ja Wieniä. Hädissään keisari silloin teki sovinnon Wallensteinin kanssa, tämä kokosi armeijan ruotsalaisten selkäpuolella, Kustaa II Adolfin täytyi, Nürnbergin pelastettuaan, kääntyä takaisin Saksiin, jossa hän Lützenin kentällä (v. 1632) sai surmansa voitollisessa tappelussa.
Sodan seuraavassa vaiheessa pohjoissaksalaiset ruhtinaat, etupäässä Brandenburg ja Saksi, pysyivät erillään sodasta, heikontaen siten suuressa määrin Ruotsin sotatoimia. Sitä tehokkaammin antoi kuitenkin Ranska apuaan. Vaihtelevalla onnella käytiin sen jälkeen sotaa yli puolentoista vuosikymmentä, Saksan maita kamalimmin hävitettiin. Sota oli, Ranskan siihen sekaannuttua, saanut kokonaan valtiollisen luonteen. Lopulta keisari Ferdinand III joutui niin ahtaalle, että hänen täytyi suostua rauhaan, joka tehtiin Westfalin Münsterissä ja Osnabrückissä v. 1648. Tässä rauhassa vakuutettiin Saksassa uskonnonvapaus, keisarin perintömaita lukuun ottamatta, joissa katolinuskon väkivaltaista palauttamista jatkettiin. Ranska sai osan Elsassista, Ruotsi Saksan valtakuntaan kuuluvana läänityksenä osan Itämeren etelärannikosta, muun muassa Oderin suistamon ja Stettinin kaupungin. Alankomaitten ja Sveitsin itsenäisyys lopullisesti tunnustettiin. Saksalaisten ruhtinaittenkin alueita jonkun verran vaihdeltiin, Brandenburg sai Taka-Pommerin, Magdeburgin ja pienempiä alueita, Baijeri Ylä-Pfalzin. Mutta tärkeämpi oli se seikka, että heille myönnettiin oikeus tehdä ulkovaltain kanssa liittoja. Tosin säilytettiin valtakunnan valtiopäivät, joissa paitsi vaaliruhtinaita ja muita maallisia ja hengellisiä ruhtinaita ainoastaan valtakunnankaupungeilla oli edustajia, mutta valtiopäivät olivat vielä entistäkin enemmän heikontuneet.
Ainoastaan nimi ja käsite oli Saksan valtakunnasta jäänyt jäljelle. Todellisuudessa se ei enää ollut valtakunta, eikä edes valtioliittokaan. Seuraavina aikoina näiden muutosten vaikutukset tulivatkin väleen näkyviin. Brandenburg alkoi ennen muita esiintyä itsenäisesti ulkomaitakin kohtaan ja voimistua voimistumistaan, kunnes siitä varttui Preussin kuningaskunta.
Hävitetty Saksa.
Suunnattoman hinnan oli Saksan kansa saanut maksaa uskonvapaudestaan. Se oli menettänyt kaiken valtiollisen mahtinsa, joutunut naapurivaltain holhouksen alaiseksi, ja lisäksi se oli niin perinpohjin hävitetty, että väestö oli vähentynyt kolmasosaan entisestään. Suunnattomat määrät omaisuutta oli menetetty, kokonaisia ammatinhaaroja oli saanut surmaniskun, kauhistuttava raaistus päässyt valtaan, ulkomaalaisuus kaikilla aloilla tunkeutunut ensi sijalle. Valtakunnassa, jossa 1620:n vaiheilla vielä oli 13 miljonaa asukasta, oli v. 1650 tuskin neljää miljonaa. Enemmän kuin kaksitoistatuhatta kylää ja kaupunkia oli hävitetty. Monesta ei ole meidän päiviimme nimeäkään säilynyt. Varsinkin Baijeri, Böhmi, Schlesia, Württemberg, Elsass, Franki ja Hessi olivat sodan kautta kärsineet. Pitkillä matkoilla ei ollut jäljellä ainoatakaan kylää. Vielä v. 1700 oli enemmän kuin kolmas osa ennen viljellystä maasta mahona. Työvoimia puuttui melkein kaikkialla, raha ja tavara oli maasta viety. "Ei koskaan ole suuri uudenaikainen kansa joutunut niin kamalan kohtalon uhriksi!" huudahtaa eräs historiankirjottaja. Kolmenkymmenen vuoden sota oli Saksan "Iso viha". Hansa oli menettänyt mahtinsa tähteetkin; samoin kuin Hansa ennen Pohjoismaissa, samoin nyt Pohjoismaat isännöivät Saksan rannoilla. Danzig menetti suuren viljakauppansa. Etelä-Saksan kaupunkien täytyi lakata kauppaa käymästä Italian kaupunkeihin. Näihin aikoihin elpyi Rheinillä suurenmoinen tukinuitto, kun Alankomaitten rikkaat kaupungit alkoivat tuottaa Schwarzwaldista puita laivain rakentamiseen. Mutta melkein kokonaisen vuosisadan olikin tämä tukinuitto melkein ainoa liike, mitä ennen vilkas Rhein välitti. Kuitenkin olivat kaupungit sodan kautta kärsineet verraten vähemmän kuin maaseutu. Muutamat Ylä-Saksan ja Rheinin kaupungit olivat sodan kautta hyötyneetkin koronkiskomisen ynnä sotamiesten ryöstämän tavaran ostamisen ja myymisen kautta. Ryöstetty tavara myytiin hyvällä voitolla Alankomaihin.
Seuraavana pimeänä aikana, jolloin murha ja ryöstö olivat jokapäiväisiä tapauksia, huolimatta äärettömän ankarista rangaistuksista, tapahtuivat lukuisat noitain vainot, evankelisissa maissa melkein vielä säälimättömämmällä julmuudella kuin katolisissa. Oikeudenkäytössä kidutus kehittyi vielä julmemmaksi kuin keskiajalla. Yliopistot pikemmin lisäsivät kuin heikonsivat aikansa taikaluuloa.