Sen verran oppia saivat papin-alut kouluissa, joita oli sekä luostarikouluja että kirkkokouluja. Sitä paitsi oli kaupunkien kustantamia kaupunkikouluja. Ensinmainittuja oli yksi jokaisessa luostarissa, ja niissä opetettiin munkeiksi tai nunniksi pyrkijöille jumalanpalvelukseen kuuluvia temppuja ja oppia. Loppupuolella tätä aikakautta alkoi niissä kuitenkin käydä myös semmoisia lapsia, joita ei aiottu hengelliseen säätyyn. Koulu oli niinikään jokaisella suuremmalla kirkolla, etenkin tuomiokirkolla, missä papiksi aikovia ohjattiin. Suomessa tiedetään keskiajalla olleen kouluja: tuomiokoulu Turussa, luostarikouluja Turussa ja Viipurissa, minkä lisäksi myös Naantalissa pidettiin huolta luostarin jäsenten kirjallisesta edistyksestä, sekä kaupunkikouluja Raumalla ja Viipurissa.
Milloin ensimäinen koulu Suomeen perustettiin, siitä ei ole tietoa, mutta Turussa oli tuomiokoulu Suomen etevin koulu viimeistäänkin 14:nnen vuosisadan alkuajalta asti ja Viipurin koulua mainitaan ensikerran 15:nnen vuosisadan alussa. Kirkon kirkkoherra toimitti ensiaikoina koulunopettajankin virkaa, vaan loppupuolella 14:ttä vuosisataa tapaamme jo Turun koulussa varsinaisen opettajan.
Näihin kouluihin tuli enimmäkseen talonpoikien poikia, tulipa joukkoon joku aatelispoikakin, joka halusi päästä korkea-arvoisiin ja hyväpalkkaisiin piispan-, tuomiorovastin j.m.s. virkoihin. Katoliset papit eivät saaneet mennä naimisiin; sentähden ei heidän poikiaan voinutkaan olla koulussa. Kuri oli kouluissa ankara. Penkkejä ei suvaittu, vaan koululaisten eli teinien oli lattialla istuttava, joka oli oljilla, "pahnoilla" peitetty. Täten heidän piti oppia käyttäytymään nöyrästi ja kunnioittavasti opettajaa kohtaan. Vitsaa ahkerasti harjoitettiin, niinkuin moni niiltä ajoilta säilynyt kouluvirsi todistaa. Esim. seuraava:
Opin sauna, autuas aina, cosea vidzoill vihdoillan; ej saerasta sijt saunasta, enin kylmäld kylvetellän. Opin otta, carttain cohta tavoi taitamattomii; ett' on lyöty, siijt' on hyöty, seora taito ja toimi.
Vaikea olisikin kenties ollut pitää sen ajan vallatonta, väkivaltaisuuteen tottunutta nuorisoa muulla keinoin aisoissa.
Koulussa oli kolme tai neljä luokkaa; alaluokilla opettivat yläluokkien paremmat oppilaat, yläluokilla opettaja itse. Opetus alkoi aivan ensimäisestä alusta, aapisesta. Vaan äidinkieltä ei koulussa opetettukaan lukemaan; opetettiin ainoastaan latinaa. Latinankielellä siihen aikaan koko jumalanpalveluskin toimitettiin, latinankielisiä olivat kaikki kirjat, joista voi jotakin oppia saada, latinaksi olivat alussa kaikki yksityistenkin välikirjat kirjoitetut, ja nytkin käytettiin sitä kieltä kansain ja kuningasten liittokirjoissa. Äidinkieltä melkein kaikissa maissa pidettiin halpana. Täällä pohjoisessa kirjoitettiin kuitenkin jo yksityisten asioita koskevat tuomiot maan kielellä, Ruotsissa ruotsiksi, vaan suomenkieltä ei kirjallisissa toimissa käytetty ennenkuin katolisen uskon hävittyä. Tämän latinankielen tarpeellisuuden tähden oli se pääaineena senaikaisessa opetuksessa; muuta kieltä ei ollut oppilasten lupa käyttää keskenänsä eikä opettajaa puhutellessa; jos ken vahingossa tuli sanoneeksi jonkun sanan äidinkielellä, se siitä sai aika selkäsaunan. Kun oppilaat olivat oppineet sisältä lukemaan sekä kirjoittamaan, ryhtyivät he latinan kielioppiin käsiksi, jonka sääntöjen harjoitukseksi luettiin joitakuita muinaisajan tai uudempiakin latinankielisiä runoelmia. Tätä kaikkea sanottiin nimellä grammatica. Lisäksi harjoitettiin rhetoricaa, s.o. niitä lausetapoja, joita käytettiin kirjeissä suurille herroille, piispoille y.m. Viimeksi tuli logica, s.o. jonkunlainen ajatusoppi. Koko tätä oppimäärää nimitettiin nimeltä trivium (kolmihaara). Sen jälkeen alkoi toinen, quadrivium (nelihaara) niminen oppimäärä, johon kuului luvunlasku (arithmetica), mittausoppi (geometria), tähtitiede (astronomia) ja veisuu (musica). Tämä viimeksimainittu oli välttämättömän tarpeellinen papille, koska jumalanpalvelus enimmäkseen vain oli virsien veisaamista ja messuamista. Myöskin piti oppia kristinuskon pääkappaleet: Isämeidän, uskontunnustus, Ave Maria (Rukous Neitsyt Maarialle) ja Davidin seitsemän katumuspsalmia. Korkeammissa kouluissa sen lisäksi vielä harjoitettiin hiukan jumaluusoppia ynnä kirkko-oikeuden (kanonisen oikeuden) ensimäisiä alkeita. Kreikankieltä ei luettu, sentähden että se muka oli pakanallinen; hepreaa ei myöskään, koska se oli Vapahtajan surmaajien kieltä; historiasta ja maantieteestä ei tiedetty mitään, vielä vähemmän luonnontieteistä. Ei edes raamattuakaan luettu, sillä sen lukeminen oli maallikoilta kovasti kielletty eikä pidetty sitä papeillekaan tarpeellisena.
Kesäisin joutoaikoina kävivät köyhät teinit maaseudulla apua kerjäämässä ja saivat mistä rahaa, mistä viljaa, mistä nahkoja. Mutta koska he näillä retkillänsä tekivät talonpojille väkivaltaa sekä harjoittivat kaikellaista muutakin koiruutta, niin kiellettiin, vaikka nähtävästi ilman seurausta, v. 1489 koko kerjuullakäynti.
Yliopistoa siihen aikaan ei vielä ollut Ruotsissa eikä Tanskassa, saatikka sitten Suomessa. Kun kotoinen koulu oli läpikäyty, täytyi siis hakea syvempää ja laveampaa oppia kaukaisilla ulkomailla. Semmoisiin matkustamisiin eivät kaikkien varat riittäneet; useimmat sentähden menivät koulusta suoraan pappisvirkoihin; muutamat olivat jo ennenkin koulusta eronneet ja ruvenneet jonkun aatelisherran sihteeriksi. Mutta ne rikkaat, joiden varat vain suinkin kannattivat, ja joskus köyhemmätkin, joiden matkan kirkko otti kustantaaksensa, riensivät ulkomaille; sillä siellä saatavaa maisterinnimeä pidettiin hyvin suuressa arvossa ja oli se ikäänkuin portaana korkeampiin kirkollisiin virkoihin.
Kolmessa yliopistossa varsinkin oli suomalaisten tapana käydä näinä aikoina, nimittäin Pragissa Bööminmaalla, Leipzigissä Saksassa ja Ranskan pääkaupungissa Parisissa. Niistä viimeksimainittu oli kaikkein vanhin, suurin ja kuuluisin. Sentähden keräytyikin sinne kaikista Euroopan maista oppilaita, jotka kotiperänsä mukaan olivat jaetut neljään kansakuntaan. Pienin niistä, jota aluksi nimitettiin englantilaiseksi, sittemmin saksalaiseksi, sisälsi Saksan, Englannin ynnä kaikki Pohjoismaat. Siihen siis kuuluivat meidänkin miehet.
Parisiin tultuansa nuoret oppilaat antautuivat jonkun heidän kansakuntaansa kuuluvan maisterin johdon alaiseksi, joka piti heille ajatusopillisia luennoita, luetti heillä muutamia määrättyjä kirjoja, käytti heitä muiden maisterien väittelyitä kuuntelemassa ynnä harjoitti heitä itseäänkin väittelemiseen. Kaksi vuotta kului näissä toimissa; sitten oli oppilas valmis rupeamaan bakkalarioksi, s.o. julkisessa väittelyssä puolustamaan muutamia opinkappaleita. Bakkalarion tuli nyt edelleen harjoittaa väittelyä sekä kuunnella siveysopin, luonnontieteiden ja sielunopin luentoja, vieläpä harjoittaa hiukan mittausoppia ja tähtitiedettä. Sen tehtyä tuli hänen suorittaa tutkinto näissä aineissa ja sillä tavoin hän pääsi lisensiaatiksi. Sitten hänen oli lupa itse pitää luentoja ja opettaa, vaan ennenkuin hän siihen toimeen rupesi, oli kuitenkin vielä yksi temppu tehtävä. Hänen oli nimittäin kansakuntansa pedellin (vahtimestarin) seurassa käytävä kaikkien maisterien luona heidän suostumustaan anomassa. Sen saatuaan teki hän valan rehtorin edessä, luvaten pitää kunniassa yliopiston, tiedekunnan ja kansakuntansa oikeudet, säännöt ja tavat. Sitten kulki hän määrättynä päivänä suurella juhlamenolla kansakuntansa kouluihin. Se maisteri, jonka johdolla hän siihen asti oli opiskellut, piti hänelle puheen ja painoi hänen päähänsä maisterilakin. Nyt oli oppilaasta tullut täydellinen maisteri, joka arvonimi nyt aina kulki hänen nimensä edellä. Useimmat, näin pitkälle päästyään, kiirehtivät kotiin johonkuhun kirkolliseen virkaan; vaan olipa niitäkin, jotka vielä jäivät lukujansa jatkamaan. He pitivät nyt tästälähin luentoja varhain aamulla taiteiden tiedekunnassa, johon he kuuluivat, kävivät sitten luentoja kuuntelemassa jumaluusopin tiedekunnassa, päästäksensä aikaa myöten jumaluusopin tohtoreiksi, johon tavallisesti kului vielä kuusi vuotta.