V. 1637 oli puhe kauppa- ja meriliikkeen asettamisesta erinäisen kauppakollegion hoitoon; silloin aiottiin taas Klaus Flemingiä sen ylijohtajaksi. Koko hankkeesta ei tullut vielä silloin mitään; mutta Fleming ilmankin jo edisti hyvin hartaasti Ruotsinvallan kauppaa, teollisuutta ja merenkulkua, erittäinkin viimeksimainittua, joka olikin hänen varsinaista virkatointansa lähimpänä. Hänellä oli näissä asioissa enimmäkseen samat mielipiteet kuin Aksel Oxenstjernalla; tavallisesti mietiskelivät ja keskustelivat he ensin yhdessä, ennenkuin uusia, siihen kuuluvia asetuksia otettiin puheeksi. Suorastaan omalla toimellaankin otti Fleming osaa teollisuuteen sekä kauppaan. Nähtyänsä, kuinka vaikea aina oli hankkia tarpeellisia aseita maasta lähetettäville sotureille, perusti hän Ruotsiin asetehtaan. Myöskin hän otti aina suurien summien edestä osakkeita kaikkiin yhtiöihin valtamerentakaista kauppaa varten. Hän oli esim. Länsi-Intian komppanian johtaja, joka perusti ruotsalaisen siirtomaan Amerikkaan, Delaware-joen rannalle. Kenties oli hänen tointansa sekin, että niin suuri joukko noita vainottuja Vermlannin suomalaisia sinne lähetettiin. Hänen kuoltuansa laimeni into mainitun siirtomaan edistämiseen.
Paitsi jo mainituita virkoja oli Flemingillä myös Etelä-Suomen laamannin paikka, josta ei kuitenkaan, aikakauden tavan mukaan, ollut mitään vaivaa. Työläämpi oli jäsenyys valtaneuvoskunnassa, jossa hänellä vuodesta 1625 oli ollut sijansa. Mutta vielä monin verroin vaivalloisempi, vastuksellisempi oli eräs luottamustoimi, joka hänelle v. 1634 uskottiin kaikkien yllämainittujen lisäksi; hän määrättiin näet Tukholman kaupungin kuvernööriksi. Semmoisena hän edisti kaikin tavoin pääkaupungin vaurastumista, järjestystä ja siisteyttä. Hän oli hartaasti apuna, kun koko Pohjanlahden kauppa päätettiin laskea Tukholman alaiseksi. Hän järjesti kadut suoriksi ja leveiksi sekä valvoi ankarasti järjestystä, huolimatta siitä, että hän sen johdosta joutui tuhansiin riitoihin aatelisherrojen kanssa.
Näin ihmeteltävä oli hänen toimeliaisuutensa. "Jos Pietari Brahe neron puolesta oli Aksel Oxenstjernaa lähin mies", sanoo hänestä eräs ruotsalainen historioitsija, "niin oli Klaus Fleming työvoimaan, toimellisuuteen sekä ahkeruuteen nähden häntä yhtä lähellä." — Valtiollisiin puolueriitoihin valtaneuvoskunnassa hän ei paljon sekaantunut. Hänen paras harrastuksensa oli saada kokonaan antautua hänelle uskottuihin tärkeihin hallintotoimiin. Joskus vain moitittiin, että hän otti tehtäväkseen liian paljon työtä, jota kaikkea hän ei sitten ajallaan saanut valmiiksi. Neuvoskunnassa hän aina uskollisesti piti Aksel Oxenstjernan puolta, vaikka tämä äänellään oli ollut syynä siihen, ettei Fleming päässyt holhoushallituksen jäseneksi. — Nuoruudessaan hän oli, niinkuin muutkin Suomen aateliset, koettanut vääryydellä enentää etuoikeuksiansa ja vähentää velvollisuuksiansa. Hänestä valitettiin v. 1618, että hän laiminlöi ratsupalvelustansa ja että hän erään Lemun pitäjässä läänitykseksi saadun talon lisäksi oli ottanut vielä neljä omin luvin. Mutta valtaneuvoskunnassa hän sitten aina lujasti vastusti aateliston liikoja vaatimuksia. Kuinka harras hän siinä suhteessa oli, sen osoitti hänen ehdoituksensa väliaikaisessa holhoushallituksessa, että kaikki Kustaa Aadolfin lahjoittamat tai myömät talot lunastettaisiin jälleen takaisin kruunulle.
Koko miehuutensa parhaan iän Fleming asui ulkopuolella synnyinmaatansa; mutta ei hän sitä kuitenkaan koskaan unhottanut, vaan piti, missä taisi, kansalaistensa puolta. Niin esim. hän v. 1635 toi valtaneuvoskunnassa esiin suomalaisten talonpoikaisten valtiopäivämiesten valituksen, etteivät he ymmärrä esittelyitä eikä keskusteluita, ja hänen ehdoituksestaan päätettiin nyt hankkia heille tulkki.
Ruotsin laivaston hyväksi oli hän kaikkein enimmin ponnistellut voimiansa; sen palveluksessa hän myös viimein henkensäkin heitti. Tanskan sodan alkaessa tulivat vasta oikein hänen ahkeruutensa hedelmät esille; monen ajan perästä saattoi nyt Ruotsin laivasto ensi kertaa kilpailla tanskalaisen kanssa. Fleming meni v. 1644 vesille 39:n suuremman, 10:n pienemmän sotalaivan sekä 68:n saaristolotjan kanssa. Jollei vain väki olisi suureksi osaksi ollut niin tottumatonta, olisi hän sillä voimalla saanut suuria aikaan. Heinäk. 1 p. kohtasi Fleming lähellä Femern-saarta Tanskan laivaston, jota itse kuningas Kristian IV johti. Tässä syttyi nyt tulinen tappelu. Tanskalaisilla oli ensin myötätuuli, mutta Flemingin onnistui rohkealla käännöksellä saada tuuli puolelleen. Kuningas tuli haavoitetuksi, josta säikähtyneinä tanskalaiset joutuivat häiriöön. Sen päätti Fleming heti käyttää edukseen, hyökkäsi suoraan päälle ja käski muittenkin laivojensa seuraamaan esimerkkiä, jotta saataisiin vihollisen sotarinta läpimurretuksi. Mutta ainoastaan neljä laivaa seurasi häntä; muut jäivät jäljelle. Täten joutui Fleming ankaraan ristituleen tanskalaisten väliin, ja pääsi vain töin tuskin pahasti runneltuna pois. Voitto ei kallistunut ratkaisevasti puolelle eikä toiselle; yö lopetti taistelun. Aamulla olivat kuitenkin tanskalaiset vetäytyneet pois, jonka johdosta ruotsalaiset väittivät voittaneensa.
Fleming vei nyt isomman osan laivastoansa Kielin lahteen korjattavaksi. Mutta sen suulle tuli Kristian kuningas ja sulki heiltä poispääsön, niin että heidän täytyi monta viikkoa maata siinä jouten. Pian alettiin Ruotsin laivastoa myös maanpuolelta ahdistaa. Tanskalaiset laittoivat rannalle patterin, josta heinäk. 26 p. rupesivat ampumaan. Ylimalkaan oli matka siksi pitkä, etteivät heidän luotinsa voineet suurta vahinkoa aikaan saada; yksi kuula kuitenkin kilpistyi veden pinnalta ylös ja lensi amiraalilaivan peräkokan ikkunasta sisään. Kello oli 6; Fleming parasta-aikaa pesi käsiänsä. Luoti löi mäsäksi hänen vasemman säärensä ja tappoi siihen paikkaan palvelijan, joka piti pesumaljaa. Kohta huomattiin, ettei amiraalilla itselläänkään ollut enää monta hetkeä elettävänä. Hän määräsi siis sijaisensa ja otti alipäälliköiltään sen lupauksen, että he tottelisivat häntä. Hänen poikansa Herman seisoi vuoteen vieressä. Hänelle kuuluu kuoleva amiraali silloin sanoneen: "Älä itke, poikaseni! Laita vaan, että sinäkin kuolet tanskalaisten vihollisena, niinkuin minä!"
Ruumis vietiin Tukholmaan ja haudattiin Vermdön kirkkoon, missä komea hautakivi osoittaa hänen lepopaikkaansa. Kaikki surivat hänen kovin aikaista poismenoansa; kaikki kaipasivat tuota "uskollista miestä, jota ilman ei voitu tulla toimeen". Kristiina sekä suuri osa valtaneuvoksista olivat läsnä hautajaisissa. Kuningatar sitten, osoittaakseen maan kiitollisuutta Klaus Flemingin ansioiden johdosta, antoi hänen pojilleen Liperin vapaaherrakunnan.
Tähän mainioon, etevään mieheen ei voida hänen orpanaansa Henrik Flemingiä suinkaan verrata; sittenkin hänkin ansaitsee saada tässä sijansa siitä syystä, että hän on kirjoittanut elämäkertansa, joka valaisee senaikuisen aatelin oloja. Kirjallisen harrastuksensa, joka siihen aikaan oli kovin harvinainen, oli hän perinyt isältänsä, Klaus Hermaninpoika Flemingiltä. Tämä, niinkuin jo kerrottu, oli sepittänyt latinaisen kertomuksensa tapauksista Suomessa kuudennentoista vuosisadan lopulla. Näiden samojen tapausten tähden oli hänen täytynyt paeta Saksanmaalle, johon myös poikakin sitten lähetettiin jäljessä. Siellä oleskeli nyt Henrik Fleming useampia vuosia, luultavasti harjoitellen opintoja oppineen isänsä johdolla. Ainakin oli hän latinaiseen kirjallisuuteen hyvin perehtynyt. Mutta v. 1604 he palasivat ulkomailta Tukholmaan, jossa kuitenkin isä heti vangittiin ja poikakin oli jonkinlaisessa kotiarestissa. Eräänä päivänä v. 1605 hän pääsi vähän kävelemään, jolloin hän kohtasi kuningas Kaarle IX:nnen. Hän seurasi silloin hovijunkkarien kanssa ja käskettiin sitten palatsissa pesuvettä pitämään, kun kuningas pesi itseänsä. Kuningas kehoitti silloin häntä rupeamaan sotapalvelukseen. Nuori Fleming esteli, sanoen aikovansa ensin taas mennä ulkomaille. "Kylläpä täälläkin annetaan yhtä kovia läimäyksiä kuin Tanskassa tai Hollannissa!" sanoi kuningas. Viimein hän myöntyi, kun näki kuninkaan muuten pahastuvan. Kaarle lahjoitti silloin hänelle ratsun sekä tarpeelliset aseet ja varustukset. Jonkun ajan perästä onnistui Flemingin myös rukouksillaan saada isänsä vapaaksi. Liivinmaan sodasta palattuaan, jossa hän kuninkaan kanssa oli käynyt, nai hän v. 1608 ruotsalaisen aatelisneidon, Erland Båtin tyttären. "Meillä oli", kertoo hän itse, "sangen vähän omaisuutta: vaimollani vaatteet, minulla hevonen satuloineen sekä pyssy ja muut aseet. Näihin luottaen, lähinnä Jumalaa, toivoin kuitenkin voivani hankkia elatusta itselleni sekä vaimolleni." Sitten hän kuitenkin möi hevosensa ja aseensa, sai lisäksi 100 talaria rahaa sekä liha- ja jauhovaroja apeltansa, ja läksi näin varustettuna Suomeen, missä hänen isänsä antoi hänelle pienen tilan viljeltäväksi. Vuoden ajan siellä köyhyydessä elää nyhjysteltyänsä, muutti hän appensa kehoituksesta Ruotsiin ja otti erään appensa tilan arennille. Siellä hän ahkerasti harjoitti maanviljelystä ja purjehti myös joskus, aatelin tullivapautta käyttäen, omalla laivallaan Saksan maalle kauppaa tekemään. Täten alkanut varallisuus karttui sitten rikkaudeksi Tanskan ja Venäjän sodissa, joihin hän otti osaa. "Jumala", kertoo hän, "minulle niissä niin runsaasti ja ihmeellisesti siunasi kultia, hopeita sekä muuta ylellisyyttä, että pääsin kaikista veloistani sekä ostin useampia maatiloja sekä Ruotsissa että Suomessa." Myös hän peri v. 1616, isänsä kuoltua, Lehtisten kartanon. Sittenkin hän katsoi luvalliseksi, niinkuin samana vuonna hänestä valitettiin, eräältä hänelle läänitetyltä verotalon isännältä anastaa viljaa, karjaa, jopa tuvankin, hän kun tahtoi talonpoikaparkaa pakoittaa luopumaan omistusoikeudestaan.
V. 1617 määrättiin Henrik Fleming Viipurin ja Savonlinnan läänien maaherraksi sekä kaiken Karjalan jalkaväen everstiksi. Tässä virassa ollessaan vuokrasi hän kruunulta vuosiksi 1618-19 Savonlinnan läänistä tulevat verot, josta hänelle, niinkuin hän itse sanoo, jäi voittoa 5,000 talaria. Samalla ajalla hän yhä myös jatkoi laivaliikettänsä, vaikkei enää itse kapteenina. V. 1619 tuli hänen laivansa Hollannista, tuoden täyden lastin suoloja sekä viinejä, sitä paitsi rahaa 3,000 talaria sekä 700 Unkarin kultakolikkoa voittona myödyistä tavaroista. V. 1620 pääsi Fleming Narvan ja Länsi-Inkerin maaherraksi, jolloin hän taas yhdessä erään kauppiaan kanssa vuokrasi kruununtulot siitä maakunnasta ja eräänä vuonna voitti 10,000 talaria. Sillä lailla meidän herrat siihen aikaan osasivat koota rikkauksia. Myöhemmin hänkin muutti Tukholmaan asumaan, missä hän v. 1638 sai asessorin viran sotakollegiossa. Tanskan sodassa hän v. 1644 valloitti Jämtlannin maakunnan Norjalta. Hän kuoli v. 1650 ja haudattiin Mynämäen kirkkoon. Hän oli eläissänsä antanut suuria lahjoja Turun sekä Viipurin tuomiokirkkoihin sekä kokonaan omalla kustannuksellaan rakennuttanut kirkon Mietoisten kappeliin, samoinkuin hän puolisonsa kanssa kustansi Jaakon kirkon uhkean porttirakennuksen Tukholmassa.
20. Kauppa ja teollisuus.