Juslenius oli tarkka Raamatun alkukielten tuntija, jonka tähden hän Gezelius'en luona oleskellessaan saikin itselleen uskotuksi muutamat osat piispan toimittamaa suurta Raamatun-selitystä. Ja v. 1712 määrättiin hän näiden pyhäin kielten professoriksi. Sitä ennen oli hän jo v. 1705 päässyt apulaisprofessoriksi filosofiassa sekä vuodesta 1707 toimittanut yliopiston sihteerin vaivaloista virkaa. Parempiakin paikkoja yliopistossa oli hänellä pari kertaa ollut tarjona, vaan hän oli aina käskenyt antaa niitä muille hänen mielestään ansiokkaammille.
Ennenmainitussa puheessa suomenkielen sukulaisuudesta heprean ja kreikan kanssa, jolla hän luentonsa aloitti, ryhtyi Juslenius ensikerran pääaineesensa, oman kielen tutkimiseen. Tässäkin puheessa puhkeaa hänen harras kotimaanrakkautensa yhtenään ilmi suurentelevissa lauseissa. Niinpä hän suomen ja heprean runoutta verratessaan ottaa esimerkiksi erään vähää ennen ilmestyneen suomalaisten sananlaskuin kokoelman ja huudahtaa sen johdosta ihastuksissaan: "Mikä on näitä runoja somempi kun niitä alkukielellä katselee? Mikä voi olla ytimellisempää?" Samalla lailla hän kehuilee suomenkieltä melkein kreikan vertaiseksi murteitten rikkaudessa ja liikuttamisen voimassa.
Vakinaiseen virkaan päästyänsä, jossa hänellä oli hyvä toimeentulo ja tilaisuutta rakkaihin tieteellisiin tutkimuksiinsa, saattoi nyt Juslenius toivoa saavansa viettää lopun elämäänsä rauhassa ja onnessa. Mutta toisin oli sallittu. Vuoden perästä täytyi hänen jo vaimoinensa, lapsinensa paeta vihollisen jaloista Pohjanmaalle, jossa hänen anoppinsa asui Pietarsaaren pitäjässä. Syksyllä, kolme päivää sen perästä kuin hänen vaimonsa oli synnyttänyt lapsen, täytyi jatkaa pakoa yhä kauemmaksi. Torniossa, johon pakenijat joutuivat Joulukuussa, kuoli äsken syntynyt lapsukainen. Heinäkuussa he joutuivat Tukholmaan. Siellä elätteli Juslenius omaa ja perheensä henkeä töin ja tuskin yksityisellä lasten-opetuksella, siksi kuin hänelle v. 1715 suotiin lehtorin virka Vesterås'in kymnaasissa. Puhe, jolla hän astui tähän virkaan, oli De Miseriis Fennorum (Suomalaisten kärsimyksistä).
Ajat kuluivat, vuodet vierivät, ja vihdoin viimein koitti maanpakolaisille palaamisen päivä. V. 1722, jolloin Turun yliopisto oli jälleen työnsä alkanut, tuli Jusleniuskin takaisin entisiin toimiinsa. Samallaisena ei hän kuitenkaan enää palautunut. Sekä omat että myös koko kansan yhteiset kovat kokemukset olivat hänen mielensä suuresti masentaneet. Kadonnut oli tuo rohkea ylpeys Suomalais-nimestä, kadonnut kerskaus Suomen kaikenpuolisesta rikkaudesta. Minkälainen hänen mielialansa siihen aikaan oli, näkyy selvästi latinankielisestä esipuherunosta, jonka hän v. 1725 kirjoitti muutamaan yliopistolliseen väitökseen. Tekijä oli tässä väitöksessään selitellyt erään Suomalaisen teosta, josta aiheesta Juslenius muun muassa katkerasti huudahtaa: "Mitäs sulla on tekemistä Suomalaisten kanssa? Rikoshan on pitää halveksitusta kansasta lukua!"
Käytännössä hän ei sittenkään lakannut oman kansallisuutensa puolta pitämästä. Sitä todistaa hänen samanaikuinen lausuntonsa yliopiston konsistoorissa, kun oli täytettävänä matematiikan professorin virka v. 1723. "Jos Suomalaisia aina syrjäytettäisiin, silloinkin kun heidän joukossaan on kykeneviä miehiä, niin pian häviäisi uskallus ja halu tieteellisiin harrastuksiin oman maan lapsista, josta taas olisi seurauksena, että maamme ennen pitkää joutuisi kaikkia hyveitä, yksin Jumalansanaakin vaille".[49] Väsymättömällä ahkeruudella hän myös yhä edelleen työskenteli virassansa, josta v. 1727 siirrettiin kolmanneksi ja v. 1728 toiseksi jumaluus-opin professoriksi. Paitsi sitä oli hän v. 1725 saanut myös kirkkoherran viran Turun tuomiokirkon suomalaisessa seurakunnassa. V. 1732 suotiin hänelle jumaluus-opin tohtorin arvo.
Samana vuonna, jona hän toiseksi jumaluus-opin professoriksi siirrettiin, oli hän myöskin saanut useimmat huudot piispaksi Turun hiippakuntaan. Hiippaa ei hänelle kuitenkaan vielä silloin suotu, vaan vasta v. 1734, jolloin ihmeellisestä sattumuksesta pidettiin yht'-aikaa piispanvaalia molemmissa Suomenmaan hiippakunnissa ja Juslenius'elle kumpaisessakin annettiin useimmat äänet. Nöyränä kuin aina hän valitsi itselleen pienemmän, Porvoon hiippakunnan. Tässäkin uudessa virassa ryhtyi hän toimeen tavallisella innollaan ja uutteruudellaan, käyden alueensa kaukaisimmissakin pitäjissä omin silmin oloja tarkastamassa, neuvoen ja kehoitellen sekä pappeja että myös itse kansaa. Niin esim. tiedetään hänen v. 1737 kulkeneen veneellä Liperistä Pieliseen eli Lieksaan ja sieltä jatkaneen matkaansa Nurmekseen; tämän matkan muistona on vielä "Piispankallio" Pielisjärvessä. Varsinkin koetti Juslenius poistaa kansan taikauskoa ja piti erittäin tarkkaa huolta opetuslaitoksista.
Kovin pitkällistä rauhaisan työn aikaa ei ollut tälläkään paikalla suotu Juslenius'elle, sillä jo v. 1742 täytyi hänen toista kertaa vihollisten tullessa paeta perheensä kanssa, jota nyt oli 14 henkeä. Tukholmassa eli hän taas kaksi vuotta viratta, vaikk'ei suinkaan työttömänä. Pitkällisillä, metelisillä valtiopäivillä 1742-43 otti Juslenius osaa moneen tärkeään valtiotoimeen; muun muassa istui hän siinä säätyjen valiokunnassa, joka tuomitsi onnettoman kenraali Buddenbrock'in kuolemaan. Samoilla valtiopäivillä ehdotti Juslenius myöskin, että Suomen toinen piispan-istuin muutettaisiin Porvoosta Kokkolaan, koska edellinen kaupunki oli niin likellä rajaa ja siten aina sodan jaloissa. Kaiken ajan, joka hänelle liikeni valtiollisilta toimilta, käytti Juslenius tärkeimmän kirjallisen teoksensa valmistamiseen, johon epäilemättä jo monen vuoden kuluessa oli koonnut aineksia. Tämä teos oli Suomalaisen Sana-Lugun Coetus, jonka esipuheen hän "hyvinkin häiriytyneellä mielellä" (turbato satis animo) allekirjoitti Tukholmassa 15 p. Elok. 1744; painosta se ilmestyi kuitenkin vasta seuraavana vuonna 1745.
Pienempiä sanakirjoja oli, niinkuin on ennen mainittu, tullut useampia 17:n vuosisadan kuluessa. Mutta ne kaikki olivat n.k. tulkkikirjoja, jotka sisälsivät ainoasti tavallisimpia, arkipäiväisessä puheessa tarpeellisia sanoja järjestettyinä aineen mukaan, niin ett'ei niistä suomalaisiin kirjoihin ryhtyvälle ollut juuri mitään apua. Paremman sanakirjan saaminen oli siis kipeänä tarpeena, varsinkin niille monille Ruotsalaisille, jotka tulivat maahamme virkamiehiksi. Paitsi sitä halusivat tiedemiehetkin, kielemme nyt tultua tieteellisen tutkimuksen esineeksi, hartaasti saadaksensa tämmöistä välttämätöntä apukeinoa. Niinpä esim. oppinut Linköping'in piispa Eerik Benzelius v. 1731 kirjoitti professori Iisak Björklund'ille Turkuun: "olisi hyvin tärkeätä, että joku suomenkielen perinpohjainen tuntija toimittaisi suomalaisen sanakirjan, osoittaen siinä, mitkä sanat ovat alkuperäisesti suomalaiset ja mitkä lakien, siirtolaisten ja kaupan kautta tulleet Ruotsista".
Juslenius itse ei kuitenkaan mainitse näitä käytännöllisiä eikä tieteellisiäkään syitä yllyttiminään sanakirja-työhön, vaan ilmoittaa tällä tahtoneensa hankkia ulkomaalaisille apukeinon suomen kyllä halveksitun, vaan ei suinkaan halveksittavan kielen oppimiseen, siksi että he voisivat suomenkielisistä kirjoistamme nähdä, mitenkä Suomalaisetkin ovat yhtä jumalisia ja puhdas-uskoisia kuin muut kristityt kansat. Sitten mainittuansa yllä jo kerrotun tapauksen, joka niin suuresti kiihoitti hänen rakkauttansa omaan kieleen, lisää hän: "Ruotsin viisaat kuninkaat eivät ole katsoneet suomenkielen hävittämistä sopivaksi, eikä mahdolliseksikaan. Sentähden on se tähän asti jäänyt tekemättä ja armollisimman Jumalan varjeluksella on niin aina jääväkin!" Lopuksi hän vielä arvelee: "Jos eivät Suomalaiset köyhyytensä ja alhaisen yhteiskunnallisen asemansa vuoksi olisi halpana pidetyt, ynnä myös heidän kielensä, niin ei työni suinkaan olisi turha ja hedelmätön". Siinä siis taas ilmautuu sama epätoivo kansastansa, jonka edellisten vuosikymmenien kauheat vitsaukset olivat tämänkin jalon Suomalaisen mielessä synnyttäneet.
Kirjassaan löytyvät sanavarat sanoo Juslenius keränneensä sekä kirjoista että kansan suusta, johon hänellä, piispana ympäri hiippakuntaa matkustellessaan, olikin ollut hyvä tilaisuus. Mistä seudusta mikin sana oli saatu, ei hän ollut merkinnyt, ensiksikin sen vuoksi ett'ei siitä aina ollut helppo saada selvää, ja toiseksi siinä toivossa että kaikista murteellisistakin sanoista yhteinen kirjakieli rikastuisi.