Samana päivänä, jolloin Aleksein puolison hautajaiset olivat, kirjoittaa Pietari pojalleen, että hän piti häntä kelvottomana hallitukseen, koska hän ei osottanut halua sotatoimiin eikä tahtonut mitäkään kunnollisesti oppia: häntä voitiin, sanoi isä, verrata laiskaan palvelijaan Evankelistain kertomuksessa, joka kaivoi maahan leiviskänsä; hän oli ilkeä, itsepäinen ja tottelematon: hänen täytyi itsensä parantaa tai muuten isä julistaisi hänet perintöoikeutensa menettäneeksi. "Parempi on", sanoi hän lopuksi, "vieras kelvollinen, kuin oma kelvoton".
Ystäviensä kehotuksesta ilmotti Aleksei luopuvansa perintöoikeudestaan, mutta Pietaria ei se tyydyttänyt, sillä olisihan hän saattanut kuitenkin uudistaa vaatimuksensa, niinkuin hän pojalleen huomauttaa. Hän vaatii, että Aleksein piti itsensä muuttaa tai ruveta munkiksi: "muuten", sanoo Pietari, "ei minun mieleni saa rauhaa, varsinkin kun olen tätä nykyä usein sairas".
Aleksei suostuu menemään luostariin, ystävät kun kehottivat, että hän antaisi mennessään sen salaisen selityksen, että se tapahtui pakosta; sen kautta hän muka olisi vapaa tulemaan takaisin milloin hyvänsä. Mutta Pietari ei nytkään ollut tyytyväinen, lieneekö hän jotakin sellaista tuumaa aavistanut. Mutta hän lähti samaan aikaan ulkomaille ja asia jäi toistaiseksi ratkaisematta.
Nyt Aleksei päättää paeta pois koko isänsä valtakunnasta. Eräs hänen paraista ystävistään nimeltä Kikin oli jo ennen häntä siihen kehottanut. Ja kun hän Elokuussa v. 1716 sai käskyn isältään, joka silloin oli Kööpenhaminassa sotaa varten Ruotsin kanssa, joko heti rupeamaan munkiksi tai lähtemään isänsä luo, päätti hän panna tämän kanan mietityn tuumansa täytäntöön. Hänen aikomuksensa oli pysytellä ulkomailla Saksan keisarin Kaarle VI:nen turvissa siksi kun hänen isänsä kuolisi; sitten hän palaisi takaisin. Pietarin kuolemasta oli taas tähän aikaan uusia ennustuksia ja unennäkyjä liikkeessä.
Aleksei matkusteli salassa; hän saapui Wieniin ja sieltä lähdettyään hän ensin oleskeli jonkun aikaa eräässä Tyroolin linnassa sekä sittemmin St. Elmossa lähellä Neapelia. Saksan keisarin suostumuksella hän sai suojaa hänen maissaan.
Mutta ei Aleksei etäisessä piilopaikassaankaan saanut olla isältään turvattuna. Pietarin luja tahto sai asian selville ja poikansa palautetuksi. Saatuansa tiedon Aleksein paosta, valtuutti hän kaksi etevää valtiomiestänsä Tolstojn ja Rumjanzovin lupauksilla ja uhkauksilla palauttamaan hänet Venäjälle. Kirjeessä, jonka hän pojalleen lähettää, lupaa hän, jos poika on kuuliainen ja palaa takaisin, päästää rankaisematta; mutta muuten uhkaa hän häntä isän kirouksella ja ankaralla rangaistuksella.
Alekseilla ei enää muuta toivoa ole, kuin päästä naimisiin lemmittynsä Afrosinjan kanssa, joka oli pakomatkalla mukana, ja elää yksityisenä miehenä. Hän palaa takaisin antautuen ankaran isänsä armoihin.
Nyt alkoi loppunäytelmä. V. 1718 Pietari palasi toiselta pitemmältä ulkomaan matkaltaan, ja hän päätti ankaruudella tehdä lopun viimeisestä vastarinnasta valtiossaan. Hän oli ennen kukistanut Streltsit, sisarensa Sofian sulkenut luostariin, kapinat Astrakanissa ja Donin varrella oli kukistettu; satoja muita kapinallisia henkilöitä oli tieltä poistettu. Aleksei oli jäljellä; häntä uhkasi sama kohtalo. Sama suuri tarkotusperä oli Pietarilla vaikuttimena kaikissa. Hän löi maahan kaikki ne voimat, jotka asettuivat hänen uutta suuntaansa vastaan. Hän ei ryhtynyt tutkimaan ja tuomitsemaan poikaansakaan sitä varten, että hän oli ollut tottelematon isää vastaan, vaan sentähden että hän oli hänen toimiensa esteenä. Siinä ei persoonalliset syyt, vaan periaatteelliset olivat vaikuttamassa. Aleksein puolue oli vaarallisempi kuin hän itse; se oli samassa hävitettävä.
Tutkinto alkoi. Samoin kuin Streltsejä kuulusteltaissa ja tuomittaissa otti Pietari tässäkin itse kiihkeästi osaa. Kiduttamalla niinkuin tapa oli, koetettiin saada totuutta esille. Aleksein ystävistä useat mestattiin Moskoovassa, kun olivat syyllisiksi julistetut. Aleksein kanssa jatkettiin tutkintoa Pietarissa; Pietari-Paavalin vankilassa häntä siellä pidettiin. Häntä tutkittiin ensin ilman kidutusta, mutta myöhemmin käytettiin hänellekin samaa tapaa; hän sai erään kerran esim. 25 knuutinlyöntiä yhtämittaa. Pietari tahtoi näet saada selville kapinallisia tekoja tai ainakin yrityksiä, voidakseen tuomita epäluulonalaiset valtiorikoksesta. Mutta sellaista ei tullut ilmi; ainoastaan puheita, toivomuksia, joita oli lausuttu, mutta ei muuta. Kuoleman tuomio tuli kuitenkin päätökseksi. Eräs tuomioistuin, jossa oli 127 jäsentä sen lausui Alekseille, koska hän vuosikausia oli tuuminut kapinallisia yrityksiä, oli toivonut isänsä kuolemaa, sekä toivonut Saksan keisarin avulla saavansa vielä isänsä eläissä hallituksen käsiinsä. Kuoleman tuomiota ei kuitenkaan pantu toimeen, sillä jo ennen kuoli Aleksei vankeudessa. Hänen kuolemansa oli salaperäinen ja monellaisia huhuja sen johdosta oli kansassa liikkeessä. Saman päivän aamupäivällä oli tsaari käynyt hänen luonaan vankilassa muutamien ylhäisten virkamiesten kanssa; Alekseita oli vielä silloin kidutettu; iltapäivällä hän kuoli.
Aleksein kuolema ja hänen puolueensa häviö oli Pietarin vapauttanut sisäisistä vihollista. Hänen lujuutensa, hänen tarmokas tahtonsa oli kaikki masentanut. Syyt ja keinot, joiden nojalla tuo tapahtui, eivät aina olleet tarkkoja, mutta niistä ei Pietari ollutkaan varsin arkatuntoinen, kunpa ne vaan veivät toivottuun päämaaliin.