Vielä vaarallisempaa tälle oli se, että muuan petturi ilmaisi ruhtinaille, että Münzer oli Allstättiin perustanut salaisen seuran, jonka tarkotuksena oli, kuten Melanchton lausuu, "rangaista jumalattomia ruhtinaita ja asettaa sijaan kristillinen hallinto." Liitolla oli kannattajia Allstättin ulkopuolellakin, niin Mansfeldin laaksossa, Sangershausenissa, vieläpä Zwickaussakin. Münzer itse ilmottaa myöhemmin "Tunnustuksessaan", että tarkotuksena oli ollut "yhdistyminen niitä vastaan, jotka vainoovat evankeliumia," ja pakotettuna kovin kysymällä tunnustamaan, mitä "evankeliumi" tässä kohden merkitsi, hän lausui: "Oli tarkotus toimia tähän suuntaan: omnia sunt communia (kaikki on yhteistä), ja piti jaettaman kullekin tarpeen ja tilaisuuden mukaan. Mutta siltä ruhtinaalta, kreiviltä tai herralta, joka vakavasti kehotettuna ei olisi tahtonut tähän suostua, olisi lyöty kaula poikki taikka olisi hänet hirtetty."

Miten laajalti saksilaiset ruhtinaat jo silloin tunsivat liiton tarkotusperät, sitä emme tunne. Mutta ilmiannot jo saattoivat Saksin ruhtinaat kutsumaan tuon vaarallisen miehen Weimariin tutkittavaksi, sitä suuremmalla syyllä kun myöskin "veli Mukavaelämä" (Luther) pani parhaansa yllyttääkseen heitä avoimessa kirjeessään Münzeriä vastaan. Hän kirjottaa siinä, kuinka hän on huomannut, ettei "tämä henki tahdo jättää asiaa sanoihin, vaan aikoo ajaa sitä nyrkkioikeudella ja tahtoo väkivaltaisesti asettua esivaltaa vastaan ja ruveta täydelliseen kapinaan. — Vaikka minä kyllä tiedän, että Teidän ruhtinaallinen Armonne tässä kohden osaa paremmin menetellä kuin minä voin neuvoa, niin vaatii kuitenkin minun alammainen intoni tekemään voitavani ja alammaisesti pyytämään ja kehottamaan Teidän ruhtinaallista Armoanne huomaamaan, että tässä on tosi kysymyksessä… sillä jumala tulee toden teolla vaatimaan tilille antamansa miekan veltosta käyttämisestä. Eikä sitä myöskään voisi ihmisille ja maailmalle selittää, että Teidän ruhtinaallinen Armonne suvaitsisi ja kärsisi kapinallista ja hävytöntä kättä."

Nämä paikat kirjeestä kuvaavat sekä Lutherin että silloisen tilan luonnetta. Kaikki muu on vain kiistakirjotusta Münzeriä vastaan ja melkoista itsensä kehumista. Vihdoin oli siinä, ehkä torjuakseen ilmiannon pahaa sivumakua, viittaus siihen, ettei hän muka vaadi allstättiläisen hengen vaan vain siellä valmistellun väkivallan tukahuttamista. Ellei Münzer ryhdy väkivallan töihin, annettakoon hänen rauhassa saarnata. Münzer itse on jo vastauksessaan tähän kirjeeseen, "Puolustuspuheessaan", viitannut siihen, minkälaista teeskentelyä nämä Lutherin kirjotelmat sisälsivät. Olihan joka tapauksessa Lutherin hartaana pyrkimyksenä tukkia Münzerin suu.

Münzer oli siksi rohkea, että kutsua noudattaen saapui elokuussa Weimariin. Herttua Johann tutki häntä ja huomasi, "että hän oli kehottanut kansaa yhtymään liittoon ja tekemään muuta sellaista sopimattomuutta," mutta hän tahtoi joka tapauksessa ensin neuvotella vaaliruhtinaan kanssa niistä toimenpiteistä, joihin hänen suhteensa ryhdyttäisi. Siihen asti tulisi Münzerin pysyä alallaan.

Mutta Münzer ei pitänyt viisaana odottaa vaaliruhtinaan päätöstä. Hänen asemansa Allstättissä oli käynyt epävarmaksi. Vaaliruhtinaan rankaiseminen uhkasi kaupunkia, ja neuvosto oli selittänyt olevansa häntä vastaan. Hän jätti kaupungin elokuun 8 päivän edellisenä yönä. Hän kertoo itse "Puolustuspuheessaan": "Kun tulin kotiin Weimarissa pidetystä kuulustelusta, aioin saarnata jumalan totista sanaa; silloin tulivat neuvosherrat ja tahtoivat jättää minut evankeliumin pahimpien vihollisten käsiin. Kun sain sen kuulla, päätin ainaiseksi lähteä kaupungista. Pudistin heidän tomunsa kengistäni, sillä näin näkevillä silmilläni, että he pitivät valaansa ja velvollisuuksiaan suuremmassa arvossa kuin jumalan sanaa."

Tuo heikko luopio Melanchton koetti tässäkin, kuten tavallista, kuvata Münzeriä pelkuriksi. "Tuomas unohti suuren henkensä ja piilotti itsensä puolen vuoden ajaksi," kirjottaa hän.

Kuinka vähän Münzer aikoi piileksiä, käy parhaiten selväksi siitä, että hän lähti Allstättistä suoraan uudelle sotanäyttämölle, Mülhauseniin, missä tapaamme hänet jo 15 p:nä elokuuta. Eikä tässä kohden voi olla puhettakaan mistään erehdyksestä Melanchtonin puolelta, vaan on kysymyksessä suorastaan tahallinen valhe, sillä Melanchtonin, joka tämän kirjotti v. 1525, oli mahdoton niin pian unohtaa, kuinka Luther ja hänen ystävänsä elokuussa 1524 kauhistuivat, kun heille kerrottiin, että Münzer oli mennyt Mülhauseniin.

Luther kirjotti heti sinne ja kehotti neuvoskuntaa karkottamaan Münzerin. Neuvoston pitäisi käskemän Münzer eteensä ja kysymän häneltä, kuka oli kutsunut hänet saarnaamaan. "Jos hän silloin vastaa, että jumala ja hänen henkensä oli hänet lähettänyt, niin pyytäkää häntä todistamaan tämä merkeillä ja ihmeillä; mutta kieltäkää hänet saarnaamasta, sillä missä jumala tahtoo muuttaa säännöllistä tapaa, tekee hän ihmemerkkejä."

Lutherilla olikin täysi syy ryhtyä pontevasti vastustamaan tuota kommunistista kiihottajaa. Uhkaavan kapinan merkit olivat lisääntymässä, ja Mülhausenissa oli Münzer vielä vaarallisempi kuin pienessä Allstättissä. Mülhausen oli suuri ja rikas kaupunki, jossa oli noin 6,000 asukasta. Siinä kukoistivat käsityöt ja kauppa, varsinkin kutomateollisuus ja verkakauppa. Mutta Mülhausen ei ollut ainoastaan rikas ja voimakas, se oli myöskin Saksin ruhtinaista riippumaton, yksi niitä harvoja vapaita valtakunnan kaupunkeita, joita Thüringenissä vielä oli säilynyt itsenäisinä. Jos sellainen kaupunki joutuisi kommunistisien hurmahenkien käsiin, voisi se tulla näiden hyvinkin arvokkaaksi tukipaikaksi.

Mülhausenin sisäiset olosuhteet olivat varsin suotuisat kansankapinoille. Villateollisuuden suuri laajeneminen vientiteollisuudeksi muokkasi pakostakin maaperän hedelmälliseksi kapinallisille ja kommunistisille virtauksille. Lisäksi tuli se seikka, että Mülhausenissa "vallitsi raskas ylimysvalta: tässä vapaassa valtakunnankaupungissa ei ollut enempää kuin yhdeksänkymmentäkuusi miestä, jotka todella olivat vapaita kansalaisia. Nuo vapaat olivat neuvoston herrat; neuvosto täydensi itse itsensä ja vain vanhojen sukujen piiristä", kertoo Zimmermann.