Mülhausenissa olivat näin ollen, paitsi kaupunkilaisköyhälistöä, etukaupunkilaisia ja kaupungista riippuvien lähiseutujen talonpoikia, kapinallisia myöskin ammattikuntiin kuuluvat käsityöläiset, jotka muualla kuuluivat etuoikeutettuihin luokkiin. Ei ihme, että uskonpuhdistusliike johti Mülhausenissa useihin kiivaisiin porvariston kapinoihin ylimyskuntahallitusta vastaan. Kansan johtajana näissä taisteluissa oli Heinrich Pfeiffer, muuan munkki, joka kuten niin useat muutkin siihen aikaan, oli eronnut luostaristaan. Pfeiffer oli hyvinvoivan porvariston vastustushaluisen osan, ammattikuntiin kuuluvien käsityöläisten ja kauppiaiden, johtaja, mikäli nämä eivät kuuluneet ylimystöön. Mutta vanhat ylimyssuvut olivat Mülhausenissa niin voimakkaat, ettei Pfeiffer voinut jättää talonpoikia ja köyhälistöä huomioon ottamatta. Hän kääntyi heidänkin puoleensa ja kutsui heitä taisteluun kaupungin ylimystöä vastaan.
Ja vielä toisenkin liittolaisen sai Pfeiffer: Saksin ruhtinaat, jotka jo kauan olivat himoinneet tuota mahtavaa valtakunnankaupunkia valtansa alle ja joiden tarkotuksiin sen sisäiset levottomuudet osottautuivat mainiosti sopivan. Sama Saksin herttua Johan, joka myöhemmin, sitte kun Pfeiffer ei enään sovi hänen tarkotuksiinsa, mestauttaa hänet, suosi nyt tämän kapinahankkeita.
Huolimatta kaikista näistä vastustajista oli neuvoskunnalla ehdottomasti voimakas puolue kaupungissa, koskapa kansanvaltaisten ei onnistunut saavuttaa pysyväistä voittoa. V. 1523 saavutti Pfeiffer puolueineen ensi kerran voiton. Mutta saalis joutui kokonaan hyvinvoivalle porvaristolle; vain tämä sai osanoton-oikeuden kaupunginhallintoon. Köyhälistö ja etukaupunkien pikkukäsityöläiset ja ennenkaikkea talonpojat eivät saavuttaneet kerrassaan mitään.
Saiko tämä aikaan käänteen alempien luokkien mielialassa? Varmaa on, että neuvoskunnan pian onnistui karkottaa Pfeiffer, ja turhaan puhui Saksin herttua Johann hänen paluulupansa puolesta. Mutta sittenkin tapaamme hänet taasen pian Mülhausenissa kiivaassa taistelussa neuvoston kanssa, jolloin onni kallistui väliin puolelle, väliin toiselle. Kesken tätä taistelua saapui Münzer Mülhauseniin. Neuvosto oli silloin voimaton noudattamaan Lutherin vaatimusta, niin halukas kuin se siihen olisi ollutkin. "Kunnianarvoisa neuvosto on ollut yhtävähän tyytyväinen häneen kuin Pfeifferiinkin, mutta roskakansa on käyttänyt väkivaltaa häntä puolustaakseen. Hän on toverinsa Pfeifferin kera perustanut ja toiminut salaliiton toisensa jälkeen."
Juuri siihen aikaan kun Münzer saapui, tapahtui Pfeifferin puolueessa käänne vasemmalle, se teki vaatimuksia, jotka miellyttivät myös talonpoikia ja etukaupunkilaisia, ja 27 p:nä elokuuta 1524 saavutti hän voiton. Missä määrin Münzerillä oli näissä tapauksissa osaa, ei voi varmaan sanoa. Voitto ei nytkään kestänyt kauan. Voittajain piirissä ilmeni hajaannusta. Porvarillinen aines lienee alkanut pelätä talonpoikia ja köyhälistöä, jotka eivät suinkaan kadottaneet luottamustaan sen kautta, että Münzer oleskeli kaupungissa. Porvarit, käsityöläiset ja kauppiaat menivät neuvoskunnan puolelle, ja jo 25 p:nä syyskuuta voitettiin pfeiffer-münzeriläinen puolue ja molemmat johtajat karkotettiin.
Münzer lähti nyt Etelä-Saksaan, niinkuin monet muutkin Saksissa valtiollisesti vainotut, kuten esim. Karlstadt, jonka Luther oli ruhtinaallaan karkotuttanut, kun orlamündalaiset olivat kovin huonosti ottaneet hänet vastaan eräällä agitatsioonimatkalla, jonka hän oli tehnyt Karlstadtia vastaan. Mutta nytkään ei suinkaan merkinnyt pelkoa se, että hän vetäytyi jonkun aikaa kestävään lepoon liikkeestä. Hän etsi vain uutta toimialaa. Saksanmaa oli tähän aikaan peitettynä salaisten seurojen verkolla, ja kommunistisilla lahkoilla oli kaikkialla kuljeskelevia agitatoreja, jotka, kuten Englannissa John Ballin aikaan, nyt varsinkin Etelä- ja Keski-Saksassa pitivät yllä yhteyttä eri seurojen kesken. Tiedämme jo, että valdolaisten ensi ajoilta asti kommunistien "luottamushenkilöt", "apostolit", "köyhät papit", tai minkä nimellisiä lienevät olleetkin, yleensä olivat alituisesti matkoilla, korkeintaan lyhyiksi ajoiksi näitä keskeyttäen. Käsityöläissällien matkustamisen kehittyminen oli uutena keinona saattaa näiden kerrosten paikkainvälistä yhteyttä kiinteämmäksi kuin yhteiskunnan muiden kerrosten välinen yhteys oli. "Kaikista kulkevista käsityöläisistä, jotka kuuluivat seurakuntaan, sekä mestareista että sälleistä, tuli apostoleja."
Kun Münzer kääntyi Etelä-Saksaan, täytyi hänen siis hyvinkin tuntea sikäläiset olot, hänen täytyi tietää, että siellä kaikkialla uhkasi kapina, hän tiesi joka tapauksessa myöskin siitä, että (elokuun lopulla) Stühlingerin talonpojat tosiasiassa olivat jo nousseet kapinaan ja että kapinaliike nopeasti levisi Sveitsin rajalla. Siinä kylliksi syitä Münzerille kääntyä sinne, kun saksilaisissa maissa hänen toimintansa oli tehty niin kauaksi aikaa mahdottomaksi, kuin olevat olot kestivät.
Tiellä hän pysähtyi hetkeksi Nürnbergiin, köyhänä ja nälkäisenä. Useat uskovat että hän siellä koetti saada aikaan kapinaa. Mutta todellisesti viipyi hän siellä painattaakseen salaisesti erään uuden kirjotuksen. Kapinantekoon ei hetki näyttänyt hänestä suotuisalta. Neuvoskunta sai kuitenkin vihiä painamisesta, otti takavarikkoon koko painoksen ja panetti tyrmään sen sällin, joka oli painanut kirjotuksen mestarinsa tietämättä.
Luther ja hänen puolueensa ovat panneet parhaansa ollakseen sanallakaan mainitsematta tästä kirjotuksesta. He eivät ole maininneet siitä missään, vielä vähemmin siihen vastasivat, huolimatta siitä tai oikeammin juuri siksi, että se sisälsi kiivaimpia hyökkäyksiä ja syytöksiä Lutheria — Lutheria ja ruhtinaita vastaan. Tämä Münzerin viimeinen kirjotus on kaikista intohimoisin ja vallankumouksellisin.
Jos nürnbergiläiset ja Luther ajattelivat voittaneensa jotakin takavarikkoonotolla ja vaikenemisellaan, niin he erehtyivät, samoin kuin ne lukuisat valtiomiehet meidän päiviimme asti ovat erehtyneet ja erehtyvät, jotka noudattavat samallaista valtiotaitoa. Tuo Nürnbergin rikkiviisas neuvosto ei suinkaan saanut käsiinsä kaikkia kappaleita. Kirjaa levitettiinkin suuresti ennen talonpoikaissotaa, ja huolimatta tuosta hävityssodasta, jota sen jälkeen käytiin kaikkia kapinallisia kirjotuksia kohtaan, on muutamia kappaleita tästä takavarikkoon otetusta kirjasesta säilynyt aina meidän päiviimme asti. Kirjanen oli Münzerin "Varsin tarpeen vaatima puolustuspuhe". Sen täydellisenä nimenä oli: "Varsin tarpeen vaatima suojeluspuhe ja vastaus Wittenbergin hengettömälle, mukavasti elävälle lihalle, joka on väärin, pyhää raamattua varastamalla, niin katalasti sokaissut viheliäistä kristikuntaa".