Kun tuo suuri taistelu oli ohitse ja Saksan kapinallinen talonpoikaissääty oli maahan runneltu, vuotaen verta tuhansista haavoista, silloin muuttui myös kastajien asema Sveitsissä. Nämä rauhaarakastavat lahkolaiset, jotka kammosivat kapinaa, olivat voittaneet suurimmat voittonsa kapinan aikana ja juuri sen perustuksella. Kun se kukistettiin, kadottivat he lujan pohjansa, ainakin omassa kotiseudussaan. Alemmat luokat tulivat nyt pikkumaisiksi ja aroiksi, kun sen sijaan sortajien kukonharja nousi ja saksalaisten naapurien tavaton esimerkki kiihotti heidän verenhimoaan.
Vuoden 1525 jälkimäisellä puoliskolla tulivat uudestikastajien vainoamiset Sveitsissä yleisiksi. Ja ne tulivat sitä katkerammiksi ja julmemmiksi, kuta uhkaavampi kommunististen lahkojen kasvaminen talonpoikaissodan turvin oli ollut.
Jo kesäkuun alussa kielsi St. Gallenin neuvosto uudestikastamisen ja määräsi maanpakoon ajettavaksi jokaisen, joka ei tahtonut vannoa ehdottomasti tottelevansa sen määräyksiä. Heinäkuussa vangittiin Manz, elokuussa kiellettiin uudestikastaminen Schaffhausenissa, lokakuussa vangittiin Grebel ja Blaurock ja joulukuussa vihdoin joutui Waldshut, uudestikastajien vahvin turvapaikka, miekaniskutta Itävallan hallituksen käsiin. Hubmeier pakeni Zürichiin, jossa hänet vangittiin.
Tämä vuosi, jonka alkupuoli oli täynnä loistavia voittoja, päättyi siis uudestikastajien täydellisellä häviöllä ja joukkojen hajottamisella Sveitsissä.
Useimmat pakenivat Saksaan, kuten Reublin, Hätzer ja Blaurock. Toiset taasen peruuttivat harhaoppinsa. Tunnetuin näistä oli Hubmeier. Hänen ollessaan vankina Zürichissä, pakotettiin hänet väittelemään Zwinglin — vanginvartijansa kanssa, jolla oli käsissään hänen kohtalonsa! Hubmeier ei ollut omiaan antamaan arvokkaisuutta tälle ilkeälle ilveilylle. Hän sanoi ensin olevansa epätietoinen, ja kun se ei riittänyt, hän juhlallisesti peruutti "harha-oppinsa", pelastaakseen itsensä. Sitten hän sai vannoa, ettei hän milloinkaan tulisi takaisin Zürichiin, jonka jälkeen hänet laskettiin vapaaksi. Tämä tapahtui huhtikuussa v. 1526.
"Mutta", vaikeroi Bullinger, "vaikka tämä tohtori Balthasarin menettely sai järkiinsä monta ihmistä, oli kuitenkin useita uppiniskaisiakin kastajia, joita ei mitenkään saatu parannukseen."
Esivalta rankaisi heitä nyt yhä kovemmin. Zürichin neuvosto päätti maaliskuussa 1526, että jokainen, joka itsepintaisesti pysyisi kastajien opeissa, "pantaisiin uuteen torniin vedelle ja leivälle". Siellä "saisi hän kuolla ja mädäntyä". Samaa kohtaloa uhattiin vaimoille ja tytöillekin. Myöskin kiellettiin ankaran rangaistuksen uhalla pitämästä uudestikastajaa huoneessaan ja antamasta hänelle ruokaa. Vihdoin määrättiin kuolemarangaistus niille, jotka uudelleen liittyvät kastajien lahkoon. Ensimäinen, joka joutui uhriksi, oli Felix Manz, v. 1527. Hänet upotettiin veteen, ja hänen omaisuutensa otettiin takavarikkoon.
Totta kyllä, nämä vainot eivät voineet hävittää lahkoa Sveitsissä yhtävähän kuin mitään kommunistista lahkoa tähän asti on voitu kokonaan hävittää väkivallalla. Mutta olosuhteiden suosio ei ollut enään sen puolella. Se tungettiin pian takaisin samaan mitättömyyteen, joka sillä oli ennen uskonpuhdistusta, salaseuraisuudeksi, joka ei varsinaisesti häirinnyt hallitsevia luokkia ja jonka olemassaolo ilmeni enään vain tavantakaa uudistuvissa käräjöimisissä ja mestauksissa.
Sveitsin uudestikastajat hävisivät julkisuudesta.
Mutta juuri samaan aikaan alkoi uudestikastajien liikkeen kukoistus
Saksassa.